Translation Flashcards
Var sker translation?
I cytosolen av ribosomer
Hur ser ribsomens struktur ut?
Den består av en liten och en stor subenhet
Den lilla subenheten behövs för att binda till mRNA och förflytta den under syntes
Den stora subenheten katalyserar bildning av peptidbinding mellan aminosyrorna
Lilla och stora subeneheten är vanligtvis separerade i cytoplasmen och endast ihop vid proteinsyntes
Vilka är ribosomens 4 bindingställen för RNA?
A,P och E för tRNA
+ 1 bindingställe för mRNA
Hur går proteinsyntesen/translation till i stora drag?
- Subenheterna binder samman på mRNA, ofta nära 5´
- Ribosomen rör sig över mRNA ett kodon i taget
- I ribosomens center kommer kodonet att översättas till en AA mha adapter-tRNA
- När ribosomen stöter på stopkodon (UAA,UAG,UGA) kmmer translationen att soppas och det färdiga proteinet släpps iväg
- De två subenheterna separerar och kan sedan återanvändas
Hur bildas den nya peptidbindingen i den växande polypeptidkedjan?
- Aminoacetyl-tRNA binder in till ribosomens A-site tsm med EF1 som har ett GTP bundet till sig
- Basparningen testas av ribosomen och om den är bra utlöses en konformationsförändring som hydrolyserar GTP och först få kan EFI släppa
- Peptidbindning bildas nu mellan AA i P-site och AA i A-site
Det är bindningen mellan tRNA och AA i P-site som bryts för att skapa ny bindning mellan aminosyrorna
- I och med den nya bindningen kommer tRNA i A-site flyttas till P-site och tRNA i P-site att flyttas till Exit och dissociera
- Den stora subenheten flyttas till nästa kodon mha EF2 som hydrolyserar GTP
- Lilla subenheten flyttas efter och syntes börjar om
Vilka två typer av Proofreading finns det i translationen?
När EF1 + GTP binder in med aminoacyl-tRNA och tillsammans testar de basparningen. Är basparningen bra sker en strukturförändring som utlöser hydrolys av GTP och EF1 kan släppa - translation kan starta
Är basparningen inte bra hinner tRNA släppa innan peptidbinding skapas
Kinetic proofreading
Efter att GTP har hydrolyserats är det en andra tidsfördröjning där ett felmatchat tRNA får längre tid på sig att dissociera
Vad händer om fel AA råkar bli inbunden till till A-site i ribosomen?
Om en felmatchat AA blir inbunden till A-site och sedan flyttad till P-site kommer felläsningen av nya AA till A-site att öka
Efter flera rundor av felläsning i A-siten kommer release faktors att aktiveras - translationen avslutas i förtid och proteinet bryts ner.
Vilka elongeringsfaktorer ingår i translationen och vad gör de?
EF1 och EF2
EF1 är den elongeringsfaktor som sitter bundet till aminoacetyl-tRNA och dess bundna GTP måste hydrolyseras för att dissociera så att translation kan starta
EF2 binder in och hydrolyserar GTP efter att den nya peptidbindingen skapats - så att den stora subenheten flyttar i sidled vilket gör att AA i A-site flyttas till P- site
Vilken är startsekvensen för Ribomsomen och vad behövs för att inleda translation?
Startsekvensen är AUG och det som behövs för att inleda translation är initiator-tRNA som bär på ett metionin och har bildat ett komplex med eukaryotic initiation faktors (sIFs)
— >Met-tRNAi
Hur fungerar Met-tRNAi?
Detta initieringskomplex binder till den fria lilla subeneheten till dess P-site.
Sedan binder lilla subenheten till mRNA:ts 5’cap
Lilla sub rör sig sedan 5’-3’ på mRNA till att den stöter på startkodon AUG
Initiationsfaktorerna dissocierar och Met-tRNA är fortfarande bundet till P-site - vilket lämnar A-site ledigt för ny tRNA att binda in
Regleras translationsstart endast av startkodonet AUG?
Nej, startkodonet måste ligga nära nk som utgör en konsensus-sekvens - om konsensus sekvensen inte är tillräckligt lik/nära den perfekta sekvensen kan det hända att ribsomen hoppar över denna AUG och fortsätter till nästa
Detta gör att proteiner kan produceras med olika sekvenser i dess N-terminal och detta kan signalera t.ex. vart proteinet ska efteråt
Vad är Shine-Dalgarno sekvensen?
Finns i bakterier och binder in ribosomen och positionerar den till startsekvensen AUG
Hur avslutas translationen?
Ribsomen binder in något av stopkodonen UAA, UAG, UGA
Detta gör att peptidyltransferaset tvingas binda in H2O istället för AA till peptidyl-tRNA:t och detta frigör polypeptidkedjan från det bundna tRNA:t och proteinet släpps iväg
Ribsomens subeneheter dissocieras
Vad är en polyribosom?
Flera ribsomer som samtidigt translaterar olika delar av et mRNA
Eftersom 5’ och 3’ änden interagerar (är bundna så att mRNA:t bildar en cirkelform) under translation så kommer den ribsome som avslutar en translation vid 3’ vara perfekt posotionerad för att starta på nytt vid 5’
