Labb

Question 1

Varför gör man PCR?

Answer 1

För att bilda mer av en specifik DNA-sekvens

Används i t.ex. faderskapstest och brottsplatsutredningar
- då letar man t.ex. efter Alu-element som är en specifik transposom

Question 2

Vad behövs för att kunna köra en PRC?

Answer 2

• Templat
• dNTPs (byggstenar)
• DNA polymeras Taq (termofil)
• Primrar

Question 3

Vilka är PCRs tre steg?

Answer 3

1. Denaturering i 95 grader i 1 min
2. Hybridisering i 55 grader i 1 min
   - primrarna binder in till specifika bassekvenser
3. Elongering i 72 grader i 1 min
   - DNA polymeras Taq

Körs många gånger

Question 4

Varför gör man en elektrofores?

Answer 4

För att separerar laddade molekyler med avseende på storlek

T.ex. separera DNA sekv - som är negativt laddade. Vandrar mot +pol

Små molekyler vandrar snabbast genom gelen

Question 5

Hur går elektrofores till?

Answer 5

Molekyler laddas på gelen och en spänning sätts över gelen.

Negativt laddade molekyler vandrar då mot +pol

Små molekyler vandrar snabbare pga mindre motstånd.

Gelen består av Agar och ofta märks DNA/molekyler med floureserande ämne

Question 6

När kör man Sekvensering?

Answer 6

När man vill veta en DNA-sekvens uppbyggnad - vilka nukleotidersom ingår.

Question 7

Hur går sekvensering till?

Answer 7

Man kör en PCR men tillsätter också några ddNTPs - när ddNTP används av DNA-pol kommer elongeringen att avbrytas. På detta sätt får man olika långa sekvenser

Man tillsätter t.ex. dATP, dTTP, dCTP och dGTP
+ ddGTP

Då kommer ddGTP ibland att binda in som en komplementär bas till dCTP - på de ställen där dGTP vanligtvis binder in
- man får på så sätt olika långa sekvenser som alla avslutas med ett ddGTP och kan se var alla G (C) är i DNA sekvensen

• gör detta med alla olika baser

Question 8

Hur fungerar Microarray?

Answer 8

Massor av små brunnar som innehåller probe (en komplementär DNA-sekv)

Tillsätter provet av mRNA som har gjorts om till cDNA. Infärgat med fluoroscens

De cDNA som hybridiserar med proben kommer att ge fluorecens-signal som röd/grön

Ger båda proven utslag så blir det gult

Question 9

Vad är QPCR?

Answer 9

Man tar en frisk och en sjuk cell

Renar fram RNA —>cDNA

Kör en PCR med primer som passar för den gen som vill undersökas - märker in med fuorecens

Efter nya cykler - Ser hur mkt DNA som bilas per cell

Question 10

Hur går kloning till (bakterie)?

Answer 10

1. Restriktionsenzym klipper ut en DNA-dit (specifikt enzym för specifik gen)
2. Samma restriktionsenzym klipper även upp plasmiden
3. Genen ligeras in i plasmid
4. Plasmiden sätts in i bakterien
5. Bakterien förökar sig och bildar fler kopior