Transkription

Question 1

Vad innebär transkription?

Answer 1

DNA —-> RNA

Question 2

Vilka två stora skillnader finns det mellan uppbyggnaden av RNA och DNA

Answer 2

RNA har Uracil istället för Tymin

RNA innehåller ribos istället för deoxyribos i nukleotiderna

RNA är enkelsträngat

Question 3

Vilka skillnader finns det mellan transkription och replikation

Answer 3

• RNA-polymeras kan starta utan en primer och det är samma RNA-Pol för hela transkriptionen
• RNA:t kopierar endast en kort bit av DNA:t (en gen) och blir därför mycket kortare

Question 4

Vad lindar upp DNA-helixen vid start av transkription?

Answer 4

RNA-polymeras

Question 5

I vilken riktning växer RNA-kedjan?

Answer 5

DNA:t läses 3´-5

RNA-kedjan växer 5´-3´

Question 6

Kan syntes av en ny RNA-molekyl starta innan den föregående har avslutats?

Answer 6

Ja

Question 7

Har transkriptionen någon Proofreading?

Answer 7

Har ett modest proofreadingsystem som gör det möjligt att klippa bort en felaktigt instoppas NK

Inte lika utvecklad proofreading som replikation eftersom ej fungerande protein ofta inte utgör någon fara/skada för cellen utan bryts ner

Question 8

Vad är en transkription unit?

Answer 8

Ett segment av DNA som översätts till RNA - ofta en gen som kodar för ett protein

Question 9

Hur vet RNA-polymeras var den ska starta transkriptionen i en bakterie?

Answer 9

Sigma-faktorn sitter associerat med RNA-Pol och kan läsa av DNA:t och sedan förmedla till RNA-pol för transkription ska starta

Question 10

Hur stabiliseras transkriptionsbubblan i bakterier?

Answer 10

Genom att signa-faktorn binder till de oparade basparen på den ena av de separerade strängarna

Question 11

Vad innebär ”scrunching-mekanismen” och ”abortiv initiation” i bakterier?

Answer 11

Det innebär att medan komplexet av sigma-faktor + RNA-pol sitter bundet till promotorn kommer DNA-templetet att dras in till promotorn medans RNA-pol transkripterar.

Detta bildar en stress som gör att de flesta korta RNA-sekv som bildas lossnar -och till slut gör stressen/spänningen att RNA-pol lossnar från promotorn och sigma-faktorn dissocieras.

Därefter kan RNA-pol starta transkription

Question 12

Hur binder RNA-pol till promotorn i bakterier?

Answer 12

Mha av sigma-faktorn

Question 13

Hur vet RNA-pol var transkription ska sluta, i bakterier?

Answer 13

I bakterier är det en sekvens med mycket (svaga) A-T basparningar som efterföljs av en hairpin (watson-crick basparning) som gör att RNA-pol lossnar

Question 14

Vad menas med Watson-Crick basparning?

Answer 14

RNA som basparat med sig själv och bildat en hairpin (ögla)

Question 15

Vilken typ av gener transkriberar RNA-Polymeras I och III i eukaryoter?

Answer 15

Gener som kodar för tRNA och rRNA

Transfer RNA & ribosomalt RNA

Question 16

Vilket RNA-pol transkriberar de festa gener som kodar för protein i eukaryoter?

Answer 16

RNA-polymeras II

Question 17

På vilket sätt skiljer sig transkription i eukaryoter från transkription i prokaryoter?

Answer 17

• Eukaryoter behöver ”general transcription factors”
• I eukaryoter är DNA:t packat i nukleosomer
• Eukaryoter processar och modifierar det primära RNA:t
• I eukaryoter skoljer sig translation och transkription i tid och rum
• RNA-pol i eukaryoter hittar inte själv till promotorn

Question 18

På vilket sätt skiljer sig transkription och translation i tid och rum (eukaryoter)?

Answer 18

Transkription sker i kärnan och translation sker i cytoplasman

Question 19

Vad är TBP?

Answer 19

TATA-binding protein.
En subenhet på TFIID som känner igen TATA-boxen

Binder till minor groov och lockar dit andra protein

Question 20

Vad är TATA-boxen?

Answer 20

En nukleotidsekvens som ligger ca 25 nk uppströms från transkriptions-start

Question 21

Vad är TAFs?

Answer 21

Subenhet i TFIID som hjälper TBP att binda till TATA genom att binda in till närliggande sekv

Question 22

Har alla gener en TATA-box?

Answer 22

Nej endast 25%

Question 23

Vad gör TFIID?

Answer 23

Binder till Initiatorn (transkriptionsstartpunkten)

Innehåller TBP (tata-binding protein) och TAFs (TBP)

Question 24

Vad gör TFIIB?

Answer 24

Preciserar positionen för transkriptionsstart.

Interagerar med DNA på båda sidor om TATA-boxen

Binder till BRE-box

Question 25

Vad gör TFIIH?

Answer 25

Binder till TFIIE

Innehåller ett helikas som kan öppna upp DNA:t

Fosforylerar svansen på RNA-pol (C-terminal domän, CTD) - strukturförändringen för att RNA-pol kan släppa från promotorn

Question 26

Vad är PIC och när bildas det?

Answer 26

Pre-initieringskomplex

Bildas när TFIID har bundit in till TATA

Till PIC kan fler transkriptionsfaktorer + RNA-pol binda in

Question 27

Vad gör TFIIF?

Answer 27

Guidar och stabiliserar RNA-pol till TBP

hjälper till att binda in TFIIE och TFIIH

Enda GIF som sitter bundet även under elongering

Question 28

Vad gör TFIIE?

Answer 28

Stabiliserar den enkelsträngade DNA:t innan transkriptionsstart och hjälper till att binda in TFIIH

Question 29

vad händer med transkriptionsfaktorerna efter att transkriptionen har startat?

Answer 29

De släpps lösa och kan hjälpa till att starta en ny transkription

Question 30

Vad gör TFIIA?

Answer 30

Underlättar TBP-TATA interaktion

Tar bort proteiner som är försvårar inbindningen av RNA-pol

Question 31

RNA-pol behöver hjälp av flera protein/komplex för att kunna transkribera, vilka?

Answer 31

GTF (generella transkriptionsfaktorer)

Transkriptionsaktivatorer

Kromatinmodifierande enzym, kromatinremodullernade komplex och histonmodifierande komplex (histone chaperons)
— alla dessa inbundna mha Mediator

Elongeringsfaktor