Transkripcija eukariotuose

Question 1

Branduolio polimerazės

Answer 1

• RNR pol I: sintetina rRNR (18S rRNR, 5.8S rRNR, 28S rRNR) geno pirmtaką branduolėlyje (išskyrus 5S rRNR) ~ 75% visos RNR;
• RNR pol II: sintetina visas (su labai retom išimtimis) iRNR nukleoplazmoje (~5-10% visos RNR); transkribuoja miRNR, kai kurias snRNR;
• RNR pol III: sintetina tRNR, 5S rRNR, snRNR ir kitas mažas RNR nukleoplazmoje (~15% visos RNR);
• RNR pol IV ir V: augalų ląstelių branduolyje sintetina transkriptus, dalyvauja nuo RNR priklausomame genų tildyme (RNA-directed DNA methylation, RdDM)

Question 2

Ne branduolio RNAP

Answer 2

• mitochondrijų RNR polimerazė: sintetina mitochondrijų genų koduojamus transkriptus;
• chloroplastų RNR polimerazė: sintetina chloroplastų genų koduojamus transkriptus

Question 3

Eukariotų RNAP slopiklis

Answer 3

alfa amanitinas - slopina RNR pol II ir RNR pol III

Question 4

Promotorių atpažinimas

Answer 4

Eukariotų RNR polimerazės tiesiogiai neatpažįsta genų promotorių. Šia atpažinimo funkciją atlieka transkripcijos veiksniai

Question 5

IGS

Answer 5

Tarpgeniniai tarpai skiriantys RNR pol I promotoriaus vienetus

Question 6

Promotorius prieš rRNR transkripcijos vienetą

Answer 6

Jį sudaro šerdinis rRNR promotorius (-45 +20), daug GC. Priekyje esantis kontrolės elementas UCE arba UPE

Question 7

Eukariotų RNAP sintezės vieta

Answer 7

• RNR pol I sintetina rRNR branduolėlyje;
• RNR pol II sintetina iRNR, transliuoja miRNR, kai kurias snRNR;
• RNR pol III sintetina tRNR, 5S, rRNR, snRNR nukleoplazmoje

Question 8

RNAP I promotoriaus iniciacijos transkripcijos veiksniai

Answer 8

• veiksnys sąveikaujantis su promotoriaus UCE elementu (žmoguje - UBF, mielėse - UAF);
• veiksnio sąveikaujančio su šerdiniu promotoriumi (žmoguje - SL1, mielėse - CF, abiejuose TBP(TATA binding protein) + TAF (transcrioption activation factors)

Question 9

RNAP III promotoriai

Answer 9

I - 5S rRNR;
II - tRNR;
III - U6 snRNR
I ir II tipo promotorių sekos yra genų viduje

Question 10

RNAP III I ir II tipo promotorių elementai

Answer 10

I tipo: A, IE, C
II tipo: A ir B
III tipo promotorius neturi tipiškų elementų

Question 11

TFIIIC

Answer 11

Veiksnys, kuris įeina į transkripcijos iniciacijos kompleksų sudėtį;
Jungiasi prie A, B ir C elementų;
Pagrindinė TFIIIC funkcija - prijungti TFIIIB

Question 12

TFIIIB sudėtis

Answer 12

• TBP (jungiasi prie TATA dėžutės);
• BDP;
• BRF1

Question 13

Genų raiška eukariotinėse ląst.

Answer 13

Dažniausiai valdoma transkripcijos iniciacijos etape

Question 14

BH ir TL eukariotuose

Answer 14

Kaip ir prokariotuose RNR pol II aktyviajame centre yra du judrūs elementai: BH spiralė ir TL kilpa

Question 15

RNR pol II

Answer 15

Transkripcijos veiksniai:
- tiesiogiai sąveikauja su trumpomis savitosiomis DNR sritimis promotoriuose ir stiprikliuose;
- didina transkripcijos iniciacijos dažnį;
Koveiksniai:
- tiesiogiai prie DNR nesijungia;
- per tikruosius transkripcijos veiksnius pritraukiami į transkripcijos vietą ir dalyvauja transkripcijos valdyme;
- tam tikri koveiksniai keičia chromatino struktūrą

Question 16

Transkripcijos veiksniai

Answer 16

Pagrindiniai transkripcijos veiksniai (GTF):
- jų reikia bazinei transkripcijai;
- sąveikauja su promotoriaus sritimis netoli +1;
- nustato +1;
- tiesiogiai sąveikauja su RNR pol II;
- atlieka kitas funkcijas

Question 17

Šerdinis promotorius

Answer 17

Yra mažiausias DNR sekos fragmentas (~60 bp), kurio užtenka inicijuoti konkretaus geno transkripciją

Question 18

Iniciacijos būdai eukariotuose

Answer 18

Galimi transkripcijos iniciacijos būdai nuo eukariotų genų promotorių:
- sutelkta transkripcija;
- išskaidyta transkripcija;
- mišri transkripcija

Question 19

Šerdinių promotorių atpažinimas

Answer 19

Šerdinių promotorių elementus dažniausiai atpažįsta pagrindinis transkripcijos veiksnys TFIID; išimtis - BRE elementas, kurį atpažįsta TFIIB

Question 20

Artimieji promotorių elementai

Answer 20

sritys prieš šerdinį promotorių:
- CAAT “dėžutė”;
- GC “dėžutė” (CpG salelė), GGGCGG seka, paprastai yra prieš namų ūkio genus - 60% žmogaus genų turi nemetelintus;
- oktameras išsidėstęs prieš GC “dėžutę” (Okt1 ir Okt2)

Question 21

Transkripcijos aktyvikliai

Answer 21

• pvz.: prie GC baltymo jungiasi SP1 baltymas;
• jis prisitraukia TFIID veiksnį, per vieną iš jo baltymų;
• prie CAAT dėžutės jungiasi transkripcijos aktyviklis CTF

Question 22

RNAP II tolimieji reguliaciniai elementai

Answer 22

RNR pol II transkripcijos valdyme dalyvauja tolimieji reguliacijos elementai:
- stiprikliai;
- slopikliai;
- izoliatoriai;
- srities kontrolės rajonai;
- užpildo prisijungimo sritys MAR;

Question 23

Stipriklių atpažinimas

Answer 23

Stipriklių modulinės struktūros reguliacinės sritis (~10 sričių viename) atpažįsta transkripcijos veiksniai:
- pvz.: kompleksas, kuris susimontuoja kaip atsakas į interferoną ties stiprikliu - enhantsosoma

Question 24

Klasikinis stipriklio veikimo modelis

Answer 24

Stipriklis sudaro DNR kilpas ir tokiu būdu sutelkia transkripcijos komponentus ties tiksliniu promotoriumi, lokaliai padidindamas tokių komponentų koncentraciją

Question 25

Stiprikliai/slopikliai - skirtumai

Answer 25

Stiprikliai leidžia aktyvuoti RNR polimerazę leisdami ją fosforilinti, o slopikliai slopina fosforilinimą

Question 26

Izoliatoriai

Answer 26

Žymi ribą tarp heterochromatino ir euchromatino (neleidžia plisti heterochromatinui į transkripciškai aktyvias sritis)

Question 27

LCR

Answer 27

Srities kontrolės elementai organizuoja funkcinį chromatino domeną ir dažniausiai aktyvina už jo esančių genų transkripciją (b-globinai, žmogaus augimo hormonai)

Question 28

MAR yra DNR seka

Answer 28

Prie kurios jungiasi fibriliniai baltymai, kurie palaiko išvyniotą chromatiną

Question 29

PIC

Answer 29

Preiniciacijos kompleksas, jį sudaro RNR pol II ir pagrindiniai transkripcijos veiksniai

Question 30

Sąveika su baziniu transkripcijos aparatu

Answer 30

Sąveikauja transkripcijos veiksniai (aktyvikliai, koaktyvikliai, slopikliai) ir keičia transkripcijos preiniciacijos komplekso susimontavimo veiksmingumą ir transkripcijos iniciacijos dažnį; Svarbus koaktyviklis, stabilizuojantis PIC kompleksą ties promotoriumi, yra mediatoriaus kompleksas

Question 31

TFIID

Answer 31

Sudaro TBP baltymas ir transkripcijos veiksniai - TAF'ai: TBP - universalus visuose eukariotuose, sąveikauja su TATA sritimi. Jis sulenkia DNR, dėl ko lengviau prisijungia kiti veiksniai

Question 32

TFIIB

Answer 32

C-galinis domenas sąveikauja su TBP ir su DNR, N-galinis domenas sąveikauja su RNR pol II

Question 33

TFIIF

Answer 33

tiksliai įjungia RNR pol II į PIC kompleksą, išdėsto +1 atžvilgiu

Question 34

TFIIE

Answer 34

Reikia įtraukti į PIC kompleksą TFIIH veiksnio kinazės modulį CAK

Question 35

TFIIH

Answer 35

- 10 subvienetų; - šerdinis kompleksas (6 subv.); - kinazės kompleksas - fosforilina DNR (CAK 3 subv.); - jungiamasis baltymas; dvi helikazės: XPB ir XPD; - nuo ciklinų priklausoma baltymų kinazė cdk7-ciklinas H; - TFIIH reikia atviro transkripcijos komplekso susidarymui ir promotoriaus atlaisvinimui (fosforilina pol II CTD domeną)

Question 36

CTD

Answer 36

RNR pol II C-galinis domenas, turintis daug Ser a.r., kurios yra grįžtamo fosforilinimo taikiniai. Dvi CTD formos: - hiperfosforilinta, RNAPIIO; - hipofosforilinta, RNAPIIA (mažai liekanų fosforilinta)