RNR biosintezė

Question 1

Degradacija

Answer 1

RNR yra greičiausiai degraduojanti nukleorūgštis

Question 2

Baltymai - mRNR

Answer 2

Eukariotuose 1 mRNR = 1 baltymas;
Prokariotams būdingos policistroninės RNR - nuo kurių vienu metu galima sintetinti daug baltymų

Question 3

RNR struktūra

Answer 3

RNR vija dešininė (~11-12 bp). Dvigrandė RNR panaši į A formos DNR

Question 4

Transkripcijos vienetas

Answer 4

Transkribuojama DNR sritis nuo promotoriaus iki terminatoriaus. Prokariotuose transkripcijos vienete gali būti daugiau nei vienas genas

Question 5

RBS

Answer 5

Ribosomų prisijungimo srytis, prie kurios mRNR srityje atpažįsta ribosomą, už jos prasideda transliacija

Question 6

Transkripcijos etapai

Answer 6

Iniciacija - netoli pirmojo transkribuojamo nukleotido RNR polimerazė close (RPc) pavirsta į RNR polimerazę open (RPo);
Elongacija - RNR plomerazė sintetina RNR molekulę;
Terminacija - RNR polimerazė disocijuoja, transkriptas atpalaiduojamas

Question 7

Prokariotų - Eukariotų polimerazės

Answer 7

Prokariotai turi tik vieną RNR polimerazę, kuri sintetina visas RNR, išskyrus pradmenis replikacijos procesui.
Eukariotai turi 5-6 RNR polimerazes

Question 8

RNAP subvienetų funkcinės grupės

Answer 8

• subvienetai, reikalingi fermento surinkimui;
• subvienetai, kurie sudaro aktyvųjį centrą ir prijungia bei išdėsto DNR ir RNR molekules;
• pagalbiniai subvienetai

Question 8

RNAP = ?

Answer 8

Holofermentas = šerdinė dalelė (b, b’, a1, a2, w) + sigma baltymas

Question 9

nafig + 3D

Answer 9

NADFDGD - motyvas, kuriame yra konservatyvios Asp a.r.

Question 10

BH ir TL

Answer 10

BH spiralė ir TL kilpa yra judrūs centro elementai, nuo kurių priklauso NTP jungimo tikslumas. TL kilpa jungia nukleotidus, o BH spiralė reguliuoja jungimosi greitį.

Question 11

Veiksmas RNAP

Answer 11

Pro antrinį kanalą (piltuvą) įeina NTPP ir išeina iniciacijos metu susidariusios trumpos RNR sekos, nes sigma baltymas neleidžia polimerazei judėti. Per b’ Zn pirštą išeina elongacijos metu susidariusi pilna RNR seka.

Question 12

NADFDGD

Answer 12

Mg2+ jonus chelatuoja 3 aspartato a.r. esančios konservatyviame NADFDGD b’ subvieneto motyve

Question 13

Pradmuo

Answer 13

Kitaip nei DNR polimerazėms, RNR polimerazėms pradmens nereikia

Question 14

Pirmasis nukleotidas

Answer 14

Dažniausiai jungiamas ATP arba GTP

Question 15

RNR sintezės vieta

Answer 15

RNR sintezės vyksta transkripcijos bubule, kur DNR grandinės yra laikinai išskirtos. Burbulas (~12-15 nt) juda kartu su RNR polimeraze

Question 16

Energija RNAP

Answer 16

Energija RNR polimerazei gaunama dėl rNTP jungimo, per kurį išsiskiria ir yra suskaldomas pirofosfatas.

Question 17

Antibiotikų poveikis RNAP

Answer 17

Rifamicinai - stabdo transkripcijos elongaciją (trukdo susintetintos RNR išėjimui polimerazės kanalu, kai ji pasiekia 2-3 nt);
Streptolidiginas - (acil - tetraminės rūgšties antibiotikas) prisijungia netoli aktyviojo centro ir susiriša su jo “judriomis” dalimis (BH, TL);
Mikrocinas J25 - (antibakterinis peptidas, 21 a.r., E. coli) prisijungia prie “piltuvo” ir trukdo substratų patekimui

Question 18

RNAP giminingumas DNR

Answer 18

Šerdinė RNR polimerazės dalis pasižymi nedideliu giminingumu DNR; sigma veiksnys žymiai padidina holofermento giminingumą promotorių DNR

Question 19

DNR grandinės atskyrimas

Answer 19

DNR grandinės atskiriamos -10 dėžutėj, kur yra TATAAT seka. Tai patogu, nes silpnesnė sąveika tarp grandinių nukleoidų

Question 20

Transkripcijos pradžia

Answer 20

Tarp -10 ir -35 yra promoterio regionas (jungtukas). Ties + 1 pradedama RNR transkripcija/transkripcijos pradžios nukleotidas

Question 21

sigma70

Answer 21

Šis veiksnys atpažįsta housekeeping genes. Turi keturias konservatyvias struktūrines sritis: sigma1, 2, 3, 4. Sigma 2.3, sąveikauja su -10 sritimi, atsakingas už DNR grandinių išskyrimą. Sigma4 sąveikauja su -5 sritimi, “spiralė-posūkis-spiralė”. Sigma 1.1 slopina laisvo sigma sąveiką su DNR, dėl savo neigiamo krūvio, kuris imituoja DNR.

Question 22

Transkripcijos procesas

Answer 22

• surandamas promotorius/atpažinimas;
• prasideda RNR sintezė/iniciacija;
• RNAP sintetina RNR grandinę/elongacija;
• pasiekus terminacijos signalus, transkripcija sustoja/terminacija

Question 23

Iniciacija

Answer 23

Aktyviajame centre išdėstomas pirmasis rNTP, komplementarus +1, toliau +2 susidaro RPinit kompleksas ir juda link b’ Zn piršto, kur yra sigma 4.2. Iniciacijos fazė pasibaigia susintetinus ilgesnį nei 10 nt transkriptą. Disociajavus sigma veiksniui RNR polimerazė pabėga nuo promotoriaus

Question 24

Elongacija

Answer 24

Transkripcijos kompleksas (TEC) palieka promotorių. Jeigu fermentas disocijuoja nuo DNR matricos anksčiau, nei pasiekiama terminacijos sritis, RNAP nebegali toliau prisijungti ir ilginti atsipalaidavusių transkirptų: į aktyvųjį centrą pakliuvus komplementariam nukleotidui BH spiralė “išsitiesina”(sulėtėja slinkimas), o TL įgyja “uždarą suankstytą” konformaciją. Įvykus cheminei reakcijai, TL ir BH grįžta į pradinę konformaciją

Question 25

Endonukleazės aktyvumas

Answer 25

RNR polimerazė taiso klaidas, įjungus nekomplementarų nukleotidą, ji grįžta atgal, pasireiškia RNR Pol endonukleazės aktyvumas. RNR 3’ galas patenka į dNTP patekimo kanalą ir jį uždaro

Question 26

GreA ir GreB

Answer 26

Atneša Mg2+ jonus RNR polimerazės endonukleaziniam aktyvumui