Transcriptome Flashcards
Pourquoi le nombre de nouvelles molécules pour traiter les cancers de l’enfant (surtout leucémie) a-t-il explosé depuis 2017?
En raison de l’essor de la génomique fonctionnelle. Combinaison du génome et de la cellule
Quelles informations peut-on tirer du séquençage de l’ARN?
1) Profil d’expression des gènes: signature de la tumeur
2) Identifier les isoformes d’épissage
3) Identifier des mutations dans les gènes exprimés et des gènes de fusion
Quel gène est souvent impliqué dans les leucémies de l’enfant en exprimant un transcrit de fusion?
MLL (réarrangé)
Le pronostic est-il le même pour tous les réarrangements impliquant MLL?
Non. Essentiel de connaître le partenaire de fusion
Pour quels éléments est-il utile de détecter les fusions par le transcriptome?
Diagnostic
Stratification pronostique
Traitement
Suivi de la réponse au traitement
3 types de séquençage ARN et leur principal avantage
Short reads pour ARN (cDNA) - Profil d’expression
Long reads pour ARN (cDNA) - Isoformes de transcrits et transcrits de fusion
Séquençage direct pour ARN (ARN) - Modification des bases ARN (méthylation)
Directions futures pour le séquençage de l’ARN
Single-cell RNA sequencing (intéressant pour interroger l’hétérogénéité cellulaire)
Transcriptomique spatiale (dans quelle région du tissu le gène est exprimé)
En quoi le séquençage de l’ARN est-il utile dans les cas de cancer?
1) Étude du profil d’expression:
- y a-t-il des gènes candidats spécifiquement exprimés dans une pop cell?
- le profil correspond-il à un profil d’expression déjà rapporté (ex- Ph-like leucémie)?
- changement du patron d’expression cell selon l’exposition à un médicament (expression diff)
2) Détection des fusions souvent impliquées
- utile pour le diagnostic (classification des tumeurs), la stratification pronostique, le tx et le suivi
3) Peut aider à savoir quel médicament donner à quel patient
