Transcription Flashcards
Inhibiteur ProK
Actinomycine
Acridine
Rifampicine
Inhibiteur EuK
Actinomycine
Acridine
Alpha-amantine
Brin sens
5’—>3’
Brin codant= brin non transcrit = brin non-matrice
Brin anti-sens
5’—>3’
Brin non codant= brin transcrit = brin matrice
Caractéristique du site 5’ des Introns
Site donneur d’épissage ( SDE )
+1 et +2 = GU dans tout les introns
+3 = A ou G dans 95% des introns
Doit avoir un environnement favorable d’une douzaine de nt pour être reconnu
Caractéristique du site 3’ des Introns
Site accepteur d’épissage ( SAE )
-1 et -2 = AG dans tout les introns
-3 = C dans 80% des introns
Doit avoir un environnement favorable: séquence de 15 pb riche en pyrimidines en amont du AG
Boîte ou A de branchement
Positionné a une cinquantaine de nt ( 30 a 50 nt) de l’extrémité 3’ = SAE
ARN pol I
Localisation nucléaire :
Transcrit :
Activité cellulaire :
Localisation nucléaire : nucléole
Transcrit : ARNr 5.8S / 18S / 28S —> 45S
Activité cellulaire : 60-70%
ARN pol II
Localisation nucléaire :
Transcrit :
Activité cellulaire :
Localisation nucléaire : nucléoplasme
Transcrit : ARNm / ARNsn / ARNsno / ARNlnc / miARN
Activité cellulaire : 10-30%
ARN pol III
Localisation nucléaire :
Transcrit :
Activité cellulaire :
Localisation nucléaire : nucléoplasme
Transcrit : ARNt / ARNr 5S / ARNsn
Activité cellulaire : 10%
Actinomycine D
Mécanisme :
Utilisation :
Intercalants de l’ADN qui induisent une distorsion/déformation de l’ADN (voir répa).
Bloque le mouvement de l’ARN pol.
Actinomycine D = molécule anti-cancéreuse , de moins en moins utilisée en thérapeutique aujourd’hui
Acridine
Mécanisme :
Utilisation :
Intercalants de l’ADN qui induisent une distorsion/déformation de l’ADN (voir répa).
Bloque le mouvement de l’ARN pol.
Acridine pas utilisée en thérapeutique mais dans les labos de diagnostic moléculaire (détection de n’importe quel AN).
Rifampicine
Mécanisme :
Utilisation :
Se lie à la su ß de l’ARN pol (elle l’inhibe ainsi).
Explication : blocage de la liaison au ribonu-cléotide. (Logique car B se lie à celui-ci).
Antibiotique encore largement utilisé en clinique, notamment contre la tuberculose. On l’utilise aussi contre des infections ostéo-articulaires assez invasives (pas en pre intention).
Alpha-amantinine
Mécanisme :
Utilisation :
Bloque la transcription par action sur une ARNpol (surtout la pol II).
Cause des décès chaque année (entre 1 et 2 en région Rhône-Alpes tous les hivers (osef). Très utile en recherche pour étudier la vitesse de polymérisation.
Caractéristique de ces séquences promotrice
Séquence consensus = conservées
Double brin
2 endroits :
- région -10 ( riche en A et T ) = boite de Pribnow
- région -35 ( moins riche en A et T )
( séquence hexamérique )
Déficit du site +1
1er désoxyribonucléotide transcrit
10nt entre boite de Pribnow et le site +1
Caractéristique correction pyrophospholytique
Uniquement chez les Procaryotes
Capacité e l’enzyme à éliminer le dernier nucléotide ajouté par l’enzyme dans le transcrit primaire
Caractéristique correction Hydrolytique
Procaryote et Eucaryote
Correction un petit peu plus large de la polymérase qui recule de quelques nucléotides , coupe la fin de l’extrémité 3’ du transcrit en cours de synthèse , pour recommencer sans erreur .
Elle enlève toute une région d’ARN pour ensuite reprendre la polymérisation
TATA box
5’ TATAAA 3’
Séquence d’initiation la plus importante
Équivalent Eucaryote de la boite de Pribnow
Permet le recrutement de l’ARNpol
Localisée en -30 à -26 avant le site +1
Double brin et hexamérique
Très conservée au cours de l’évolition
Séquence AAUAAA
Reconnue par des facteurs protéique ( ribonucléase)
Signal de terminaison et de polyadénylation sur l’ARNm
Clive l’ARNm 10 à 15 nucléotides en aval
Séquence conservée et transcrite
Phosphatase
Élimine un phosphate en 5’ de l’ARNm
( car le 1er ribonucléotide est resté sous le forme triphosphate )
Guanyltransférase
Transfert d’une guanosine mono phosphate
( relié par une liaison 5’-5’ triphosphate )
Méthyltransférase
Pour méthyler la guanosine —> 7-méthylguanosine
Caractéristiques polyA
Extrémité 3’ OH libre
200-250 A rajouté par la Polyadénylate polymérase
Spécifique des ARNm Eucaryote
Modification post-transcriptionelle
( Protège )
Que possède presque tout les introns
Un site 5’ ou site donneur d’épissage ( SDE ). = GU —> U1
Un site 3’ ou site accepteur d’épissage ( SAE ) = AG —> U5
Un A de branchement a 30-50 nt de l’extremité 3’ de l’intron —> U2
Spliceosome
SnARN + Prot
Beta- globine
Constitution de l’hémoglobine
Contient 3 exons et 2 introns
Ensemble du gène = 2 000 nucleotides
Facteur VIII de coagulation
Facteur pour la formation d’un caillot de sang
Gène = 200 000 Pb
Introns = plusieurs millier de pb
Caractéristique du site donneur
en 5’ de l’intron
+1 et +2 : GU en 5’ dans 100% des introns
+3 : A ou G dans 95% des cas
Caractéristique boite de branchement
Contient le A de branchement
20 à 50 nt en amont du site accepteur
Caractéristique site accepteur en 3’ de l’intron
-1 : AG en 3’ dans tout les introns
-3 : C dans 80% des cas
15pb : Régions riche en pyrimidine
Def EJC
Exon Junction Complex
Complexe protéique important pour l’export de l’ARNm hors du noyau
Se fixe à la jonction exon-exon après épissage = permettent la vérification que l’épissage a été réalisé
Caractéristiques Transcription Procaryote
Pas de polyadénylation
Pas de Cap
Pas d’épissage
1 gène = 1 protéine
Caractéristiques Transcription EuK
Maturation
- coiffe
- Queue polyA
- épissage
1 gène peut donner plusieurs ARN
Épissage alternatif : 1 pré-ARNm
Nombre de gènes
Nombre de protéines
Environ 22 000 gènes
100 000 à 1 000 000 protéines
Application clinique humaine Pré-ARNm de l’hormone de croissance
Nanisme par déficit isolé en hormone de croissance de type II
Application clinique humaine Pré-ARNm d’un gene important dans le développement des reins et des gonades
Syndrome de Frasier
Application clinique humaine Pré-ARNm codant pour une protéine du cytosquelette
Démence
Application clinique humaine mutation dans un gène de la machinerie d’épissage
Atrophie musculaire spinale
Application clinique humaine Mutant p73 : épissage aberrant
Carcinome pavimentaire
