tertiaire structuur

Question 1

wat gebeurt er verder met de (super)secundaire structuurelementen

Answer 1

• ze vouwen verder om tot structurele eenheden: domeinen

Question 2

verschil structureel en functioneel domein

Answer 2

structureel= kleinste structurele eenheid ve eiwit
functioneel= kleinste functionele eenheid ve eiwit (Fab domeinen)

Question 3

geef een voorbeeld van een eiwit met slechts 1 domein

Answer 3

myoglobine

Question 4

wat is het verschil tussen chymotrypsine en actine

Answer 4

chymotrypsine
= protease
- 2 domeinen
- domeinen zijn sequentieel
actine
= structuur eiwit
- 4 domeinen
- domeinen zijn niet sequentieel

Question 5

bouw van een antilichaam

Answer 5

2 zware ketens
- 8 Ig folds
2 lichte ketens
- 4 ig folds
papaine scheidt de functionele domeinen
- sulfidebruggen
- Fab en Fc domein
- 4 polypeptideketens

Question 6

zware keten antilichamen

Answer 6

• hebben enkel 2 zware ketens
• nanobodies = kleinste functionele eenheid van het antilichaam
• bv in kamelen

Question 7

toepassing nanobodies

Answer 7

• gelsoline amyloidosis
• virale infecties
• structuur van een receptor onderzoeken

Question 8

hoe kan je de 3D structuur van een eiwit bepalen?

Answer 8

X straal-diffractie
NMR

Question 9

wat zijn twee verschillen van NMR in vergelijking met X straaldiffractie

Answer 9

• je krijgt een dynamisch beeld van het eiwit
• techniek is beperkt tot kleine eiwitten

Question 10

wat zegt de similariteit van de az sequenties over het opvouwingspatroon van het eiwit

Answer 10

• hoge similariteit (30% of meer), gelijkaardige Fold, zelfde functie
• lage similariteit (30% of minder), gelijkaardige Fold, zelfde functie
• lage similariteit (30% of minder), gelijkaardige Fold, andere functie
• geen similariteit, andere Fold, andere functie

Question 11

gelijkaardige Fold maar…

Answer 11

de gedetailleerde 3D structuur is verschillend

Question 12

voorbeeld van een eiwitten met lage similariteit maar toch gelijkaardig opvouwingspatroon

Answer 12

cofiline en S2(domein van gelsoline)

Question 13

wat toont het src-kinase aan

Answer 13

dat elk domein in een eiwit een bepaalde functie heeft dat bijdraagt aan de werking van het eiwit

Question 14

opbouw en werking van het src-kinase

Answer 14

• 4 domeinen
• SH2 domein: herkent gefosforyleerd tyrosine
• SH3 domein: herkent prolinerijke requenties
  => herkenningsdomeinen
• katalytisch deel: 2 Domeinen met kinase activiteit
• katalyseert de overdracht van het gamma fosfaat van atp naar tyrosine

Question 15

wat doet een kinase algemeen

Answer 15

de overdracht van fosfaat van atp naar een eiwit katalyseren

Question 16

komen dezelfde domeinen altijd samen voor?

Answer 16

nee, dezelfde domeinen kunnen in andere eiwitten teruggevonden worden in andere combinaties

Question 17

Post translationele modificaties

Answer 17

• niet door genoom gecodeerd
• rol van enzymes
• reversibel of irreversibel
• maturatie, of gwn op oppervlak

Question 18

op welke aminozuren kan fosforylering gebeuren

Answer 18

• Thr, Ser, Tyr

Question 19

op welke aminozuren kan glycosilatie gebeuren

Answer 19

• Asn, Ser, Thr

Question 20

PTM’s: soorten

Answer 20

• acetylering vd aminoterminale aminogroep
• hydroxylering vn proline
• lipidatie
• fosforylatie
• glycosilatie
• processing
• methylatie
• histonacetylatie
• zwavelbruggen

Question 21

SH2 domein en fosfo-Y

Answer 21

• vormt holte met positief geladen az’en (arg, lys)
• complementariteit qua vorm en lading; enkel fosfo-Y past erin
• PTM is dus nodig voor de functie van het eiwit

Question 22

Co-enzymes

Answer 22

= prothetische groep
- tijdelijke niet-covalente associatie met enzym
- essentieel voor de functie van het enzym

Question 23

co-factor

Answer 23

• meestal metaalionen
• bv in een gelaat (heemgroep)
• vaak als structurele co-factor: stabiliseert eiwitten en zorgen dat het eiwit zijn juiste conformatie kan aannemen -> anders niet functioneel
• of om enzym-substraat complex te stabiliseren

Question 24

voorbeeld structurele co factor

Answer 24

• Zn in zinc finger
  module in dna bindende eiwitten
  2 cysteines en 2 histidines coordineren het zink ion
• Ca in EF hand structuur
• Mg in hexokinase-atp complex

Question 25

welke aminozuren koppelen bij een transglutaminatie

Answer 25

• lysine
• glutamine

Question 26

op welke aminozuren zien we vaak methylatie

Answer 26

• histidine
• lysine