Teoria tecniche di sequenziamento, post-sequenziamento e metagenomica Flashcards
Da 24.1 a 29 e da 34.1 a 38
Differenze tra clone by clone sequencing e whole genome sequencing nel processo
25
Vettori per il sequenziamento clone by clone. Differenze tra loro negli inserti
25.1
Definizione di MTP
Minimal Tiling Path
25.1
Quali possono essere dei marker genomici
25.1
Differenza tra mappa fisica e mappa genetica
25.1
Perchè non si possono usare le mappe genetiche per il sequenziamento? Come si ovvia a questo problema?
26
Tecniche per mappatura fisica
1.Mapping per restrizione
2. FISH
3. STS mapping
26
Cosa è la tecnica del cromosome walking, obiettivi e come si fa
26
Sequenziamento clone by clone. Metodologia
26.1
Sequenziamento whole genome shotgun. Come si fa e obiettivi
26.1
Sequenziamento ibrido, vantaggi e come si fa
26.1
Def ridondanza
27
Def coverage e calcolo
27
Sequenze ripetute durante l’assembly. Risoluzione degli errori così ottenuti
27
Step per fare l’assembly partendo da reads
27.1
Cosa vuol dire fare un assembly?
27.1
Paradigma OLC. A che serve? Come si fa? Vantaggi e svantaggi
27.1 28
Grafico di De Bruijn. Vantaggi e svantaggi rispetto ad altri metodi. Come lo ottengo?
28
Cosa sono gli scaffold? Come si ottengono? A che servono
28.1
Optical mapping, cosa è. Come si ottiene
28.1
Completezza e accuratezza del sequenziamento + N50 e NG50
29
N50 e NG50 cosa sono e differenze
29
Costo sequenziamento e lunghezza reads proporzione
29
Costo sequenziamento e peso strumento proporzione
29
Differenza tra tecniche di prima, seconda e terza generazione per sequenziamento
29
Esempi di tecniche di prima seconda e terza generazione
29
Cosa è SRA
34.1
Come faccio il quality check su un file fastq, che file trovo
34.1
A cosa serve il capturing? Quando lo uso? Come si può fare?
35
Cosa posso rilevare da un re-sequencing? Perchè e come lo faccio?
35
Sequenziamento di DNA e RNA con NGS, applicazioni
34.1
Come posso mappare un sequenziamento di RNA? Sulla base di cosa scelgo? E che effetti ha?
35.1
Algoritmi slice-aware, esempi
35.1
Algoritmi non splice aware, esempi
35.1
Funzionamento algoritmi splice-aware
35.1
Funzionamento algoritmo STAR
35.1
Analisi trascrittomica con approccio genome guided. Esempi di algoritmi e funzionamento
36
Analisi trascrittomica con approccio genome indipendent. Esempi di algoritmi e funzionamento
36
Perchè è necessaria la normalizzazione nell’analisi trascrittomica. Quali sono i due principali errori di bias
36
Normalizzazione statistica con CPM. Cosa correla
36.1
Normalizzazione statistica con RPKM. Cosa correla
36.1
Normalizzazione statistica con TPM. Vantaggi e cosa correla
36.1
Studio degli small RNA con RNA-seq
37
Studio di gene expression con RNA-seq
37
Studio RNA editing con RNA seq
37.1
Chip-seq. Obiettivo e tecnica
37.1
Metagenomica. Obiettivi e tecniche
38
Metagenomica - analisi in microfluidica
38
Metagenomica - analisi in emulsione. Componenti e come avviene
38
