Allineamenti

Question 1

Differenza tra similarità e omologia

Answer 1

39

Question 2

Differenza tra sequenze omologhe ortologhe, paraloghe ed xenologhe

Answer 2

39

Question 3

Def similarità

Answer 3

39

Question 4

Def omologia

Answer 4

39

Question 5

Sliding algoritms. Principio di funzionamento

Answer 5

39.1

Question 6

Score di similarità di una sequenza come si calcola

Answer 6

39.1

Question 7

Tipologie di matrici per stabilire la similarità di sequenza

Answer 7

40

Question 8

Matrici d’identità

Answer 8

40

Question 9

Matrici di codone usage

Answer 9

40

Question 10

Matrici per caratteristiche chimico-fisiche

Answer 10

40

Question 11

Matrici empiriche. Descrizione ed esempi generali

Answer 11

40

Question 12

Matrice PAM. Su quali sequenze è stata addestrata, conseguenze

Answer 12

40.1

Question 13

Differenza tra PAM1 e PAM6, PAM240

Answer 13

40.1

Question 14

Mutabilità relativa per ciascun residuo, calcolo e applicazione

Answer 14

40.1

Question 15

Matrice di sostituzione e matrice di score differenze

Answer 15

40.1

Question 16

Matrice BLOSUM. Cosa è? Come è stata creata? Per quali sequenze?

Answer 16

41

Question 17

Confronto matrice PAM e BLOSUM. Quando uso chi e perchè? Vantaggi e svantaggi di ciascuna

Answer 17

41

Question 18

Definizione di dinamic programming, esempi

Answer 18

39

Question 19

Differenza tra allineamento locale e allineamento globale

Answer 19

39

Question 20

Rappresentazione degli allineamenti, grafico e problemi di leggibilità, perchè e come sono risolti

Answer 20

38.1

Question 21

Dot-plot per allineamento come si presenta una stuttura perfettamente allineata

Answer 21

38.1

Question 22

Algoritmo di Needleman e Wunsch. Principio e funzionamento

Answer 22

41.1

Question 23

Algoritmo di Smith e Waterman, differenze con Needleman e Wunsch

Answer 23

42

Question 24

Algoritmi euristici a cosa servono, esempi

Answer 24

42.1

Question 25

Algoritmo FASTA. Come funziona, vantaggi e svantaggi

Answer 25

42.1

Question 26

Algoritmo BLAST. Come funziona, parametro di score, di threshold e wordsize, implementazione nuova di BLAST

Answer 26

43

Question 27

Paragone BLAST FASTA

Answer 27

43

Question 28

Tipi di BLAST, query e database e numero di confronti

Answer 28

43

Question 29

Definizione di e-value e p-value in BLAST. Analisi statistica dei risultati ottenuti

Answer 29

43.1

Question 30

Bit score in blast, cosa è e che significato ha

Answer 30

43.1

Question 31

Applicazioni algoritmo BLAST

Answer 31

43.1

Question 32

Algoritmo BLAT. Funzione, meccanismo, vantaggi

Answer 32

44

Question 33

Clustal W ed evoluzione. Come funzionano? Per cosa sono usati?

Answer 33

44.1

Question 34

Differenza tra mappatura e allineamento

Answer 34

45

Question 35

Allineare reads di sequenziamenti NGS a genoma, problemi e soluzioni

Answer 35

45

Question 36

Creazione di un indice per l’identificazione di un pattern nella stringa

Answer 36

45

Question 37

Modalità grafiche per rappresentare l’indicizzazione

Answer 37

45.1

Question 38

Descrizione di una hash table, per cosa viene usata e struttura

Answer 38

45.1

Question 39

Descrizione di rappresentazione trie e trees, struttura e come viene usata

Answer 39

45.1

Question 40

Suffix array, a che serve e descrizione

Answer 40

46

Question 41

Trasformata di Burrows-Wheeler. Descrizione, funzionamento e compattamento della trasformata

Answer 41

46

Question 42

Come identifico in una trasformata di Burrows- Wheeler la presenza della sottostringa desiderata

Answer 42

46

Question 43

Come sono fatti gli allineatori moderni, che algoritmo/strutture ausiliarie di dati utilizzano

Answer 43

46.1