TEMA 5 - Transcripción en eucariotas I (mecanismos) Flashcards
¿Cuáles son las principales analogías y diferencias de la transcripción en procariotas y eucariotas?
¿Cuáles son las RNA polimerasas nucleares de los eucariotas y cuáles son sus funciones?
¿Cómo se compara la estructura entre las RNApol eucarióticas y la RNApol bacteriana?
¿Qué proteínas son las que ayudan en el reconocimiento del promotor en eucariotas?
¿Qué es el core promoter/promotor mínimo?
La mayoría de los genes, hay muchas secuencias de iniciación, además de el promotor basal, a disitntias distancias que ayudan en la unión de la RNA pol II al promotor basal.
¿Qué son los DPE y DCE?
Downstream promoter elements.
Downstream core elements.
¿Cómo se usa el término promotor cuando hablamos de eucariotas?
Se usa para describir todas las secuencias importantes para la iniciación de la transcripción.
¿Cómo se da el ensamblaje de los factores de transcripción generales de la RNA pol II para unirse al promotor?
Después de la unión del TBP, se forma el complejo de preiniciación (PIC) por reclutamiento de otros GTF.
¿Qué hace la TBP?
TBP = TATA binding protein
¿Cuál es la función de TFIIA?
Estabiliza el complejo (no es imprescindible para iniciar la transcripción).
¿Cuál es la función de TFIIB?
Influye en la selección del punto de inicio de la transcripción.
¿Cuál es la función de TFIIF?
Recluta a la RNA pol, ya que se une por un lado a la RNA pol y por otro a TFIIB.
¿Cuál es la función de TFIIE?
Estabiliza la asociación de la RNA pol con el complejo de preiniciación.
¿Cuál es la función de TFIIH?
Actividad helicasa: responsable de la transición de complejo cerrado a abierto.
Actividad quinasa: fosforila Ser 5 y Ser 7 del CTD de la RNApol para iniciar la elonación.
¿Qué ocurre una vez se ha formado el complejo PIC?
- El complejo es capaz de abrir el DNA entre los nt -9 y +2.
- Hidrólisis de ATP y fosforilación de la Ser5 del CTD de la RNA pol provocan que la RNA pol salga del promotor.
- Tras la salida se desprenden la mayoría de factores de transcripción generales pero permanecen TFIID, TFIIA y TFIIH, haciendo posible las reiniciaciones (más rápidas que inicación primaria).
¿Existen iniciaciones abortivas en eucariotas?
Si, de 4-5nt, antes de que la polimerasa se escape del promotor.
¿Qué es el CTD?
Heptapéptido en la subunidad mayor de la RNA pol II. Secuencia: Thyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. Consta de 52 repeticiones en mamíferos. Es modificado en cada etapa de la transcripción y recluta factores.
¿Qué modificaciones en el CTD existen durante la transcripción y qué factores reclutan?
¿Cómo se detiene la RNApol II después de la iniciación?
- Después de la fromación del PIC comienza la iniciación.
- RNA pol II se detiene por la acción de NELF y DSIF (factores de elongación negativos).
- P-TEFb (factor de elongación positivo) es una quinasa que fosforila a NELF, DSIF y la Ser2 del CTD, lo que hace que se retome la elongación.
(se cree que la pausa puede tener un papel en el mantenimiento del promotor libre de nucleosomas)
¿Cómo se da el mecanismo de terminación de la RNA pol II dependiente de poly(A)?
Sirve para transcritos de longitud variable con cola poly(A) y está acoplado al procesamiento del mRNA.
1. El factor CPSF (Cleavage and Polyadenilation Specific Factor) (que está unido a la RNA pol II) reconoce la secuencia AAUAAA en el RNA recién sintetizado.
2. CstF (Cleavage Stimulatory Factor) se une al CTD de la polimerasa y estimula el corte de RNA por CPSF.
3. Después del corte la XRN2 (exoribonucleasa) degrada el RNA que queda unido a la polimerasa.
4. Se poliadenila el RNA recién sintetizado.
¿Cómo se da el mecanismo de terminación de la RNA pol II dependiente de Sen1?
Se da en transcritos sin cola poly(A) como snRNAs y snoRNAs en levaduras. Provoca el desenrollamiento del duplex RNA-DNA (análogo al factor Rho en procariotas).
- Proteína Sen1 es reclutada por proteínas que se unen al dominio CTD de la RNA pol II y secuencias específicas en el RNA (GUAA).
- Sen 1 es una helicasa que rompe la unión de 8nt entre el RNA y DNA en el centro activo.
En eucariotas superiores la mayoría de los snoRNAs vienen codificados por intrones (no sería necesario este mecanismo).
¿Cómo se da el mecanismo de terminación de la RNA pol II en transcritos sin cola poli(A)?
mRNA de histonas (expecto S. cervesiae).
¿Qué es el ITS?
Internal transcribed spacer. Es el DNA (o RNA) espaciador entre los genes del rRNA de la subunidades ribosómicas pequeña y grande. En eucariotas hay dos, mientras que en procariotas hay solo uno.
¿En qué dirección va la transcripción?
A
Intergenic Spacer (IGS). DNA espaciador que existe entre secuencias repetidas de genes rRNA (rRNA gene clusters).
B
5’ ETS. External transcribed spacer. DNA espaciador que hay al principio de un rRNA gene cluster.
C
5’ ITS. Internal transcribed spacer. 1er DNA espaciador entre genes dentro de un rRNA gene cluster.
D
3’ ITS. Internal transcribed spacer. 2do DNA espaciador entre genes dentro de un rRNA gene cluster.
E
3’ ETS.DNA espaciador que hay al final de un rRNA gene cluster.
¿Qué genes tienen un rRNA gene cluster en eucariotas?
18S rRNA.
5,8S rRNA.
28S rRNA.
¿Cuál es la función de la RNA pol I?
Síntesis de pre-rRNA en el nucleolo. (transcripción de los genes de los RNAs ribosomales).
¿Cual es la estructura del promotor de la unidad de transcripción de los genes de rRNA?
¿Qué tipos de promotores puede haber para la RNA pol III?
