TEMA 4 - Transcripción en procariotas Flashcards
¿Cuáles son las características generales de la replicación?
- Sínesis de secuencias de RNA tomando DNA como molde.
- RNA se sintetiza de 5’ a 3’.
- Asimétrica (generalmente) (a veces se transcribe una hebra, a veces otra).
- No todo el DNA se transcribe.
- Más lenta que la replicación (40-50nt/s vs 800bp/s).
- La enzima encargada es la RNA pol y puede sintetizar de novo.
¿Qué es la template strand?
Cadena que se usa como molde para sintetizar el RNA.
¿Qué es la coding/nontemplate strand?
Cadena complementaria a la que se usa cómo molde. Es identica a la secuencia de RNA producida (excepto T y U).
¿Cuantas bases de RNA suelen estar apareadas con el DNA molde?
A
B
C
D
E
F
H
¿Cómo cataliza el centro activo de la RNA polimerasa la síntesis de RNA?
¿Qué es un promotor?
Región del DNA dónde se une la RNA pol para iniciar la transcripción.
¿Qué es el ‘start point’?
La posición en el DNA correspondiente a la primera base de RNA.
¿Qué es un terminador (terminator)?
Secuencia de DNA que provoca que la RNA pol termine de transcribir.
¿Qué es un transcription unit?
La secuencia (en la hebra codificante) entre los sitios de iniciación y terminación de la RNA polimerasa. Puede tener más de un gen.
¿Cómo se llama al start point?
Sitio +1 (o TSS)
A
upstream
B
downstream
¿Cómo se identifica un promotor mediante geles de retardo?
¿Cómo se identifica un promotor mediante DNA footprint?
¿Cómo puedes encontrar el sitio +1 de la transcripción de un gen sabiendo los primeros AA de su proteína?
¿Cómo funciona la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP y ChIP-seq?
¿En qué consiste el promotor procariota?
¿Qué es el UP element?
Secuencia que se encuentra upstream del sitio -35 (-40,-65) en algunos promotores procariotas. Incrementa la transcripción interactuando con la subunidad alfa de la RNA poln
¿Cómo reconoce la RNA polimerasa al promotor?
¿Cómo se une la RNA pol al promotor?
¿Qué es el ‘discriminator’?
La secuencia que existe entre el sitio +1 (TSS) y el elemento -10.
¿Cómo controlan los factores sigma la transcripción?
- Existen muchos factores sigma (7 en E. coli) que tienen afinidad específica a distintas secuencias -35 y -10.
- Estos factores están regulados (transcripcionalmente o por factores anti-sigma que controlan su degradación, localización o secuestro).
- Un mismo factor sigma se suele unir a genes implicados en funciones similares (i.e. choque térmico).
¿Qué es una cascada sigma?
Cuando un factor sigma se une a un promotor que codifica otro factor sigma, que lleva la polimerasa a otro promotor que codifica otro factor soigma etc. Consiguiendo cambiar la transcripción de una forma ‘programada’. (i.e. formación de esporas).
¿Cuales son las fases de la iniciación de la transcripción?
¿Cómo se dan las iniciaciones abortivas?
¿Cómo se da la actividad correctora de errores en la RNA pol?
¿Cómo se da la terminación intrínseca de la transcripción?
El RNA forma una estructura secundaria que hace que la RNA pol se detenga (tallo rico en GC).
6 residuos U en 3’ hace que la unión sea debil con el molde (A-U = 2H) lo que provoca que el RNA se separe de la hebra molde.
¿Cómo se da la terminación de la transcripción dependiente del facto rho?
¿Cómo es la secuencia rut?
Se caracteriza por la ausencia de estructura secundaria, mucho C y poco G.
rut = rho utilization site
¿Cómo funciona la rifampicina?
Se une a la subunidad beta de la RNA pol.
Bloquea el canal por donde pasa el híbrido DNA-RNA, bloqueando la transcripción tas la adición de 2 o 3 nt de RNA.
No inhibe la unión de la RNApol ni la reacción de polimerización.
¿Cómo funciona la actinomicina D?
Es un agente intercalante (se intercala entre las bases del dsDNA), inhibiendo la replicación y la transcripción.
A bajas concentraciones solo afecta a la transcripción.
Primer extension