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GENÉTICA MOLECULAR > TEMA 4 - Transcripción en procariotas > Flashcards

TEMA 4 - Transcripción en procariotas Flashcards

1
Q

¿Cuáles son las características generales de la replicación?

A
  • Sínesis de secuencias de RNA tomando DNA como molde.
  • RNA se sintetiza de 5’ a 3’.
  • Asimétrica (generalmente) (a veces se transcribe una hebra, a veces otra).
  • No todo el DNA se transcribe.
  • Más lenta que la replicación (40-50nt/s vs 800bp/s).
  • La enzima encargada es la RNA pol y puede sintetizar de novo.
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Q

¿Qué es la template strand?

A

Cadena que se usa como molde para sintetizar el RNA.

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Q

¿Qué es la coding/nontemplate strand?

A

Cadena complementaria a la que se usa cómo molde. Es identica a la secuencia de RNA producida (excepto T y U).

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4
Q

¿Cuantas bases de RNA suelen estar apareadas con el DNA molde?

A
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5
Q

A

A
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6
Q

B

A
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7
Q

C

A
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8
Q

D

A
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9
Q

E

A
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10
Q

F

A
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11
Q

H

A
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12
Q

¿Cómo cataliza el centro activo de la RNA polimerasa la síntesis de RNA?

A
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13
Q

¿Qué es un promotor?

A

Región del DNA dónde se une la RNA pol para iniciar la transcripción.

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14
Q

¿Qué es el ‘start point’?

A

La posición en el DNA correspondiente a la primera base de RNA.

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15
Q

¿Qué es un terminador (terminator)?

A

Secuencia de DNA que provoca que la RNA pol termine de transcribir.

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16
Q

¿Qué es un transcription unit?

A

La secuencia (en la hebra codificante) entre los sitios de iniciación y terminación de la RNA polimerasa. Puede tener más de un gen.

17
Q

¿Cómo se llama al start point?

A

Sitio +1 (o TSS)

18
Q

A

A

upstream

19
Q

B

A

downstream

20
Q

¿Cómo se identifica un promotor mediante geles de retardo?

A
21
Q

¿Cómo se identifica un promotor mediante DNA footprint?

A
21
Q

¿Cómo puedes encontrar el sitio +1 de la transcripción de un gen sabiendo los primeros AA de su proteína?

A
22
Q

¿Cómo funciona la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP y ChIP-seq?

A
23
Q

¿En qué consiste el promotor procariota?

A
24
Q

¿Qué es el UP element?

A

Secuencia que se encuentra upstream del sitio -35 (-40,-65) en algunos promotores procariotas. Incrementa la transcripción interactuando con la subunidad alfa de la RNA poln

25
Q

¿Cómo reconoce la RNA polimerasa al promotor?

A
26
Q

¿Cómo se une la RNA pol al promotor?

A
27
Q

¿Qué es el ‘discriminator’?

A

La secuencia que existe entre el sitio +1 (TSS) y el elemento -10.

28
Q

¿Cómo controlan los factores sigma la transcripción?

A
  • Existen muchos factores sigma (7 en E. coli) que tienen afinidad específica a distintas secuencias -35 y -10.
  • Estos factores están regulados (transcripcionalmente o por factores anti-sigma que controlan su degradación, localización o secuestro).
  • Un mismo factor sigma se suele unir a genes implicados en funciones similares (i.e. choque térmico).
29
Q

¿Qué es una cascada sigma?

A

Cuando un factor sigma se une a un promotor que codifica otro factor sigma, que lleva la polimerasa a otro promotor que codifica otro factor soigma etc. Consiguiendo cambiar la transcripción de una forma ‘programada’. (i.e. formación de esporas).

30
Q

¿Cuales son las fases de la iniciación de la transcripción?

A
31
Q

¿Cómo se dan las iniciaciones abortivas?

A
32
Q

¿Cómo se da la actividad correctora de errores en la RNA pol?

A
33
Q

¿Cómo se da la terminación intrínseca de la transcripción?

A

El RNA forma una estructura secundaria que hace que la RNA pol se detenga (tallo rico en GC).
6 residuos U en 3’ hace que la unión sea debil con el molde (A-U = 2H) lo que provoca que el RNA se separe de la hebra molde.

34
Q

¿Cómo se da la terminación de la transcripción dependiente del facto rho?

A
35
Q

¿Cómo es la secuencia rut?

A

Se caracteriza por la ausencia de estructura secundaria, mucho C y poco G.
rut = rho utilization site

36
Q

¿Cómo funciona la rifampicina?

A

Se une a la subunidad beta de la RNA pol.
Bloquea el canal por donde pasa el híbrido DNA-RNA, bloqueando la transcripción tas la adición de 2 o 3 nt de RNA.
No inhibe la unión de la RNApol ni la reacción de polimerización.

37
Q

¿Cómo funciona la actinomicina D?

A

Es un agente intercalante (se intercala entre las bases del dsDNA), inhibiendo la replicación y la transcripción.
A bajas concentraciones solo afecta a la transcripción.

38
Q

Primer extension

A

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