SV100-biochimie: CM1 ET 2 Flashcards
CM1 ET 2
Les cellules sont constituées à 70% d’eau, quelles sont les 3 propriétés de l’eau?
C’est:
1) une molécule polaire
2) donneur et accepteur de liaison hydrogène–> établit réseau de liaisons hydrogène transitoire
3)donneur et accepteur de proton
L’eau a une profonde influence sur l’organisation
des constituants de la cellule
Qu’est-ce qu’une liaison covalente polarisée?
–> Le nuage électronique est déformé car les électrons sont davantage attirés par un atome que par l’autre
–> lorsque la différence d’électronégativité
entre les atomes formant une liaison covalente est
> 0,4
Exemples*:
H-O
H- N
C=O
La molécule de dioxyde de carbone estelle polaire?
NON, elle est apolaire–> voir géométrie linéaire
L’eau peut libérer ou accepter un proton, qu’est-ce qu’un acide? Une base?
- Acide : substance libérant un ion H+ en solution
- Base : substance acceptant un H+ en solution
- L’eau peut agir à la fois comme un acide faible et
une base faible (espèce chimique amphotère)
Que et comment sont organisés les sucres/glucides/oses?
Monomères –> polymères
monosaccharides>polysacharide
* formule: CH2On
* de 3 à 8 C
*Sur un C : une fonction carbonyle C=O (cétone ou aldéhyde)
*Sur chacun des autres C : Une fonction hydroxyle -OH
Comment sont la plupart des oses dans le monde du vivant?
Dans le vivant, la plupart des oses sont de la série D:
dans la représentation de
Fisher, leur carbone
asymétrique le plus
éloigné de la fonction carbonyle est toujours à
droite.
Comment sont les petoses et hexoses en solution?
-Sous forme cyclique
-Dans le glucose cyclisé, C1 devient asymétrique: on parle de **Carbone anomérique ** qui
peut être en configuration a ou b selon la position de l’hydroxyle par rapport au cycle.
Quel est le type de liaison entre deux oses?
C’est une liaison osidique:
le carbone anomérique réagit avec un hydroxyle pour –> liaison osidique/glycosidique
Cette réaction s’accompagne de l’élimination d’une molécule d’eau
Que sont les holosides?
Ce sont des polymères des oses
-oligosaccharides: const de quelques oses
-polysaccharides pouvant aller jusqu’à plusieurs milliers d’oses associés
Quel est le polysaccharide le plus abondant sur la planète?
La cellulose:
-Liaisons hydrogènes entre les molécules de cellulose
permettent la formation de microfibrilles de
cellulose qui rigidifient la paroi végétale
Comment est stocké le glycogène dans le cytoplasme?
-sous forme de
granules
–> c foie (hépatocytes)
–> c muscles
Quelles sont les deux grandes fonction des polysaccharides?
1) Réserve énergétique
-plantes (amidon=amylose+amylopectine)
-animaux: glycogène
==> polymères de alfa-D-Glucose
2)Élements structuraux:
-plantes: cellulose (rigidtié paroi végétale)
-animaux: glycocalyx, antigènes de surface (gr sanguins)
-bactéries: paroi
Comment est la formation de polymères d’oses/liaisons avec des composés non-osidiques?
-
Les holosides:
Polymères d’oses - Les hétérosides
-> oses peuvent être liés avec un composé non-osidique par
une liaison glycosidique entre le carbone anomérique et : - une fonction hydroxyle du composé non-osidique (ex :
certaines glycoprotéines, voir cours sur O-glycosylation) - OU une fonction amine (–NH) du composé non-osidique
(ex:certaines glycoprotéines, nucléosides)
Nommer un exemple d’hétéroside commun
Les nucléosides!
Liaison N-glycosidique entre:
-le carbone anomérique du ribose (C1)
-fonction amine (–NH) du composé non-osidique (base azotée)
Quelle est la réaction de polymérisation de l’ARN?
C’est une condensation:
–>2liaisons phosphoester ou liaison phosphodiester se forment
Quelles sont les purines? Les pyrimidines?
Les Purines en Adénine et Guanine
Les Pyrimidines sont Cytosine, Uracile et Thimine
Quelles sont les quatre fonctions des nucléotides dans la cellule?
1) support de l’info génétique (ADN, ARN)
2)”monnaie” d’échange énérgétique (ATP)
3)molécules messagères spécifiques dans la cellule (ex: AMP cyclique)
4) Liés à d’autres groupements pour former des co-enzymes importantes dans le métabolisme
Quelle est la structure des acides aminés?
-Un carbone central (alpha)
-Une fonction amine-NH2
-Une fonction acide carboxilique COOH
-Un hydrogène H
-Un groupe latéral variable R
Ce sont des molécules chirales (sauf glycine), et série L–> le groupement
amine est orienté vers la
gauche
Quelle liaison relie deux acides aminés?
La liaison amide (peptidique)
–> f(x) acide Carb+ amine
Les acides gras: caractéritques
association–>lipides complexes (triglycérides, phospholipides, etc)
Constitution: chaine carbonée (hydrophobe)+ tête polaire hydrophile (acide carbx)
-peuvent s’autoassembler et former des vésicules
Quand un acide gras est-il saturé?insaturé?
Saturé: absence de double liaison C=C
Insaturé: présence d’au moins une double liaison C=C
Nomenclature des acides gras
C (18:3 Δ 9,12,15)
**C18 **nombre de carbones (ici 18) avec le premier carbone qui porte la
fonction carboxyle
:3 nombre de double liaisons C=C (ici 3)
Δ 9,12,15 position des double liaisons C=C (ici la 1ère double liaison C=C
se trouve sur le 9ème carbone en partant du COOH, la 2ème sur le C12, etc…)
Acides gras: comment se fait la formation d’une laison ester?
Entre l’acide carbx+alcool–>ester avec l’élimination d’une fonction alcool
Quelle est la composition d’un triglycéride? où les trouve-t-on?
1 glycérol et 3 acides gras liés par 3 liaisons est
On les trouve sous forme de goutelettes lipidiques dans le cytolplasme des cellules de tissu adipeux
–>les triglycérides sont synthétisés dans la membrane du réticulum endoplasmique
Revoir la structure générale d’un glycérophospholipide
Région hydrophile:
X: group polaire
Phosphate
Glycérol
l l
l l. Region hydrophobe
l l. 2 acides gras
l l
La bicouche _____ une barrière ____ entre deux espaces _____.
- lipidique
- hydrophobe
3.aqueux
phénomènes de la bicouche lipidique
-Diffusion latérale
-Diffusion transversale/flipflop
-flexion
-rotation
–> Mobilité des constituants membranaires (probabilité de rencontre)
* Déformabilité (motilité, résistance au choc et à
l’étirement)
Comment est la perméabilité de la bicouche lipidique?
Elle est sélective
DIFFUSION SIMPLE
-molécules hydrophobes: O2, CO2, N2, hormones==>
-Petites molécules polaires non chargées H2O, Urée, glycérol=>
Transporteurs protéiques spécialisés
-Grosses molécules polaires non chargées: glucose, saccharose X
-Ions X
-aminoacides. X
Conclusions sur les fonctions des membranes
biologiques
Structure des membranes biologiques
-Une bicouche lipidique: Une barrière hydrophobe et imperméable entre milieu intérieur et milieu extérieur (2 milieux aqueux)
-Protéines membranaires: structures permettant les échanges avec l’environnement
-Fonctions des membranes biologiques
* délimitent l’espace créant un milieu intérieur de composition
spécifique
* réduisent l’espace et les dimensions favorisant ainsi les réactions
* sont des lieux d’échanges contrôlés
Quelles sont les 5 catégories d’acides aminés et leur propriétés physicochimiques?
On a:
-Les chargées acides (D, E) et basiques (K,R,H)
-Les non chargées: 5 polaires non chargées (N, Q, S, T, C), 7 apolaires (GALVIMP), 3 aromatiques (F, Y, W)
De quel type d’interaction résultent les structures secondaires, tertiaires et quaternaires des protéines?
Résultent d’intéractions non covalentes
1) Liaison hydrogène
2) liaison ioniques
3) forces de van der Waals
4) Effet hydrophobe
–>eau=essentiel
Comment sont les structures secondaires?
Structures résultant de liaisons hydrogène entre
l’oxygène (O) et l’azote (N) des liaisons peptidiques
* Hélice a
* Feuillet b
O–N
N–O
Comment sont les structures tertiaires?
le repliement dans l’espace d’une chaîne polypeptidique
* Correspond généralement à la forme fonctionnelle de la
protéine
Comment sont les structures quaternaires?
Assemblage de plusieurs chaînes
polypeptidiques
* Chaque sous-unité est un
monomère
* Quand les sous-unités sont
associées, on parle de:
o structure oligomérique
o protéine oligomérique
o ou tout simplement
d’oligomère
* Les structures oligomériques
peuvent être homo- ou hétérooligomères
* L’interaction entre sous-unités est
souvent forte
Comment appelle-t-on les modification post-traductionnelles?
Plus de 200 modifications recensées
Exemples fréquents: -
Phosphorylation
- Glycosylation
- Lipidation
* Fonctions diverses
* Modulation de la structure et donc de la fonction (ex. activité
enzymatique)
* Modification de la localisation de la protéine dans la cellule
* Modification de l’interaction avec les molécules partenaires
* Modification de la stabilité
* Réversibles (ex. phosphorylation) ou irréversibles (ex.
protéolyse)
Quelles sont les fonctions assurées par les protéines? (7)
Catalyse : enzymes
Energie : production d’ATP,
photosynthèse
Transport d’un organe à l’autre
(hémoglobine) et de part et d’autre
de la membrane cellulaire (pompe,
canaux)
**Formes, mouvement ** cytosquelette,
moteurs moléculaires
Communication entre cellules et
dans la cellule : récepteurs,
hormones, protéines de signalisation
Gestion de l’information génétique
(réplication de l’ADN, réparation,
transcription, régulation de
l’expression des gènes…)
Défense immunitaire
Quelle enzyme synthétise les protéines?
Ribosome
Quelle est la masse moyenne d’un résidu?Quelle est la différence entre peptide et protéine?
110 Daltons
Les peptides<protéines
Les peptides n’ont pas de structure secondaire ou tertiaire stable
Quels sont les 20 acides aminés?
-5 chargés:
2- D,E. (acides)
3+ K,R,H. (basiques)
-15 non chargés:
–>5 polaires non chargés: N,Q,S,T, C
–>7 apolaires: G,A,L,V,I,M,P
—>3 aromatiques: F,Y,W
Donnez 2 exemples de catalysateurs spécifiques
- -La b-Galactosidase : une enzyme capable d’hydrolyser le disaccharide lactose
mais pas le maltose (aussi un disaccharide) - La trypsine coupe les liaisons peptidiques mais uniquement après une Lysine ou une
Arginine
- La trypsine coupe les liaisons peptidiques mais uniquement après une Lysine ou une
Qu’est-ce que le métabolisme?
« Le métabolisme est l’ensemble des réactions chimiques qui se déroulent à l’intérieur d’un être
vivant et lui permettent notamment de se maintenir en vie, de se reproduire, de se
développer et de répondre aux stimuli de son environnement. »
Que fait une KINASE?
_________une PHOSPHATASE?
————-une GLYCOSIDASE?
Kinase: enzyme qui ajoute un groupement phosphate à une molécule
Phosphatase: enzyme qui retire un groupement phosphate à une molécule
Glycosidases : enzymes qui catalysent l’hydrolyse d’une liaison glycosidique
Qu’est-ce que la a b-Galactosidase ?
C’est une enzyme capable d’hydrolyser le disaccharide lactose mais pas le maltose (aussi un disaccharide)
