SV100-biochimie: CM1 ET 2 Flashcards

CM1 ET 2

1
Q

Les cellules sont constituées à 70% d’eau, quelles sont les 3 propriétés de l’eau?

A

C’est:
1) une molécule polaire
2) donneur et accepteur de liaison hydrogène–> établit réseau de liaisons hydrogène transitoire
3)donneur et accepteur de proton
L’eau a une profonde influence sur l’organisation
des constituants de la cellule

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2
Q

Qu’est-ce qu’une liaison covalente polarisée?

A

–> Le nuage électronique est déformé car les électrons sont davantage attirés par un atome que par l’autre
–> lorsque la différence d’électronégativité
entre les atomes formant une liaison covalente est
> 0,4
Exemples*:
H-O
H- N
C=O

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3
Q

La molécule de dioxyde de carbone estelle polaire?

A

NON, elle est apolaire–> voir géométrie linéaire

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4
Q

L’eau peut libérer ou accepter un proton, qu’est-ce qu’un acide? Une base?

A
  • Acide : substance libérant un ion H+ en solution
  • Base : substance acceptant un H+ en solution
  • L’eau peut agir à la fois comme un acide faible et
    une base faible (espèce chimique amphotère)
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5
Q

Que et comment sont organisés les sucres/glucides/oses?

A

Monomères –> polymères
monosaccharides>polysacharide
* formule: CH2On
* de 3 à 8 C
*Sur un C : une fonction carbonyle C=O (cétone ou aldéhyde)
*Sur chacun des autres C : Une fonction hydroxyle -OH

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6
Q

Comment sont la plupart des oses dans le monde du vivant?

A

Dans le vivant, la plupart des oses sont de la série D:
dans la représentation de
Fisher, leur carbone
asymétrique le plus
éloigné de la fonction carbonyle est toujours à
droite.

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7
Q

Comment sont les petoses et hexoses en solution?

A

-Sous forme cyclique
-Dans le glucose cyclisé, C1 devient asymétrique: on parle de **Carbone anomérique ** qui
peut être en configuration a ou b selon la position de l’hydroxyle par rapport au cycle.

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8
Q

Quel est le type de liaison entre deux oses?

A

C’est une liaison osidique:
le carbone anomérique réagit avec un hydroxyle pour –> liaison osidique/glycosidique
Cette réaction s’accompagne de l’élimination d’une molécule d’eau

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9
Q

Que sont les holosides?

A

Ce sont des polymères des oses
-oligosaccharides: const de quelques oses
-polysaccharides pouvant aller jusqu’à plusieurs milliers d’oses associés

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10
Q

Quel est le polysaccharide le plus abondant sur la planète?

A

La cellulose:
-Liaisons hydrogènes entre les molécules de cellulose
permettent la formation de microfibrilles de
cellulose qui rigidifient la paroi végétale

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11
Q

Comment est stocké le glycogène dans le cytoplasme?

A

-sous forme de
granules
–> c foie (hépatocytes)
–> c muscles

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12
Q

Quelles sont les deux grandes fonction des polysaccharides?

A

1) Réserve énergétique
-plantes
(amidon=amylose+amylopectine)
-animaux: glycogène
==> polymères de alfa-D-Glucose
2)Élements structuraux:
-plantes: cellulose (rigidtié paroi végétale)
-animaux: glycocalyx, antigènes de surface (gr sanguins)
-bactéries: paroi

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13
Q

Comment est la formation de polymères d’oses/liaisons avec des composés non-osidiques?

A
  • Les holosides:
    Polymères d’oses
  • Les hétérosides
    -> oses peuvent être liés avec un composé non-osidique par
    une liaison glycosidique entre le carbone anomérique et :
  • une fonction hydroxyle du composé non-osidique (ex :
    certaines glycoprotéines, voir cours sur O-glycosylation)
  • OU une fonction amine (–NH) du composé non-osidique
    (ex:certaines glycoprotéines, nucléosides)
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14
Q

Nommer un exemple d’hétéroside commun

A

Les nucléosides!
Liaison N-glycosidique entre:
-le carbone anomérique du ribose (C1)
-fonction amine (–NH) du composé non-osidique (base azotée)

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15
Q

Quelle est la réaction de polymérisation de l’ARN?

A

C’est une condensation:
–>2liaisons phosphoester ou liaison phosphodiester se forment

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16
Q

Quelles sont les purines? Les pyrimidines?

A

Les Purines en Adénine et Guanine

Les Pyrimidines sont Cytosine, Uracile et Thimine

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17
Q

Quelles sont les quatre fonctions des nucléotides dans la cellule?

A

1) support de l’info génétique (ADN, ARN)
2)”monnaie” d’échange énérgétique (ATP)
3)molécules messagères spécifiques dans la cellule (ex: AMP cyclique)
4) Liés à d’autres groupements pour former des co-enzymes importantes dans le métabolisme

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18
Q

Quelle est la structure des acides aminés?

A

-Un carbone central (alpha)
-Une fonction amine-NH2
-Une fonction acide carboxilique COOH
-Un hydrogène H
-Un groupe latéral variable R
Ce sont des molécules chirales (sauf glycine), et série L–> le groupement
amine est orienté vers la
gauche

19
Q

Quelle liaison relie deux acides aminés?

A

La liaison amide (peptidique)
–> f(x) acide Carb+ amine

20
Q

Les acides gras: caractéritques

A

association–>lipides complexes (triglycérides, phospholipides, etc)
Constitution: chaine carbonée (hydrophobe)+ tête polaire hydrophile (acide carbx)
-peuvent s’autoassembler et former des vésicules

21
Q

Quand un acide gras est-il saturé?insaturé?

A

Saturé: absence de double liaison C=C
Insaturé: présence d’au moins une double liaison C=C

22
Q

Nomenclature des acides gras

A

C (18:3 Δ 9,12,15)
**C18 **nombre de carbones (ici 18) avec le premier carbone qui porte la
fonction carboxyle
:3 nombre de double liaisons C=C (ici 3)
Δ 9,12,15 position des double liaisons C=C (ici la 1ère double liaison C=C
se trouve sur le 9ème carbone en partant du COOH, la 2ème sur le C12, etc…)

23
Q

Acides gras: comment se fait la formation d’une laison ester?

A

Entre l’acide carbx+alcool–>ester avec l’élimination d’une fonction alcool

24
Q

Quelle est la composition d’un triglycéride? où les trouve-t-on?

A

1 glycérol et 3 acides gras liés par 3 liaisons est
On les trouve sous forme de goutelettes lipidiques dans le cytolplasme des cellules de tissu adipeux
–>les triglycérides sont synthétisés dans la membrane du réticulum endoplasmique

25
Revoir la structure générale d'un glycérophospholipide
Région hydrophile: X: group polaire Phosphate Glycérol l l l l. Region hydrophobe l l. 2 acides gras l l
26
La bicouche _____ une barrière ____ entre deux espaces _____.
1. lipidique 2. hydrophobe 3.aqueux
27
phénomènes de la bicouche lipidique
-Diffusion latérale -Diffusion transversale/flipflop -flexion -rotation --> Mobilité des constituants membranaires (probabilité de rencontre) * Déformabilité (motilité, résistance au choc et à l’étirement)
28
Comment est la perméabilité de la bicouche lipidique?
Elle est sélective **DIFFUSION SIMPLE** -molécules hydrophobes: O2, CO2, N2, hormones==> -Petites molécules polaires non chargées H2O, Urée, glycérol=> **Transporteurs protéiques spécialisés** -Grosses molécules polaires non chargées: glucose, saccharose X -Ions X -aminoacides. X
29
Conclusions sur les fonctions des membranes biologiques
Structure des membranes biologiques -Une bicouche lipidique: Une barrière hydrophobe et imperméable entre milieu intérieur et milieu extérieur (2 milieux aqueux) -Protéines membranaires: structures permettant les échanges avec l’environnement -Fonctions des membranes biologiques * délimitent l’espace créant un milieu intérieur de composition spécifique * réduisent l’espace et les dimensions favorisant ainsi les réactions * sont des lieux d’échanges contrôlés
30
Quelles sont les 5 catégories d'acides aminés et leur propriétés physicochimiques?
On a: -Les chargées acides (D, E) et basiques (K,R,H) -Les non chargées: 5 polaires non chargées (N, Q, S, T, C), 7 apolaires (GALVIMP), 3 aromatiques (F, Y, W)
31
De quel type d'interaction résultent les structures secondaires, tertiaires et quaternaires des protéines?
Résultent d'intéractions non covalentes 1) Liaison hydrogène 2) liaison ioniques 3) forces de van der Waals 4) Effet hydrophobe -->eau=essentiel
32
Comment sont les structures secondaires?
Structures résultant de liaisons hydrogène entre l’oxygène (O) et l’azote (N) des liaisons peptidiques * Hélice a * Feuillet b | O--N N--O
33
Comment sont les structures tertiaires?
le repliement dans l'espace d’une chaîne polypeptidique * Correspond généralement à la forme fonctionnelle de la protéine
34
Comment sont les structures quaternaires?
**Assemblage de plusieurs chaînes polypeptidiques** * Chaque sous-unité est un monomère * Quand les sous-unités sont associées, on parle de: o structure oligomérique o **protéine oligomérique** o ou tout simplement d’oligomère * Les structures oligomériques peuvent être homo- ou hétérooligomères * L’interaction entre sous-unités est souvent forte
35
Comment appelle-t-on les modification post-traductionnelles?
Plus de 200 modifications recensées Exemples fréquents: - Phosphorylation - Glycosylation - Lipidation * Fonctions diverses * Modulation de la structure et donc de la fonction (ex. activité enzymatique) * Modification de la localisation de la protéine dans la cellule * Modification de l’interaction avec les molécules partenaires * Modification de la stabilité * Réversibles (ex. phosphorylation) ou irréversibles (ex. protéolyse)
36
Quelles sont les fonctions assurées par les protéines? (7)
**Catalyse** : enzymes **Energie** : production d’ATP, photosynthèse **Transport** d’un organe à l’autre (hémoglobine) et de part et d’autre de la membrane cellulaire (pompe, canaux) **Formes, mouvement ** cytosquelette, moteurs moléculaires **Communication entre cellules et dans la cellule** : récepteurs, hormones, protéines de signalisation **Gestion de l’information génétique** (réplication de l’ADN, réparation, transcription, régulation de l’expression des gènes…) **Défense immunitaire**
37
Quelle enzyme synthétise les protéines?
Ribosome
38
Quelle est la masse moyenne d'un résidu?Quelle est la différence entre peptide et protéine?
110 Daltons Les peptides
39
Quels sont les 20 acides aminés?
-**5 chargés**: 2- D,E. (acides) 3+ K,R,H. (basiques) -**15 non chargés**: -->5 polaires non chargés: N,Q,S,T, C -->7 apolaires: G,A,L,V,I,M,P --->3 aromatiques: F,Y,W
40
Donnez 2 exemples de catalysateurs spécifiques
* -La **b-Galactosidase** : une enzyme capable d’hydrolyser le disaccharide lactose mais pas le maltose (aussi un disaccharide) * - La **trypsine** coupe les liaisons peptidiques mais uniquement après une Lysine ou une Arginine
41
Qu'est-ce que le métabolisme?
« Le métabolisme est l'ensemble des réactions chimiques qui se déroulent à l'intérieur d'un être vivant et lui permettent notamment de se maintenir en vie, de se reproduire, de se développer et de répondre aux stimuli de son environnement. »
42
Que fait une KINASE? _________une PHOSPHATASE? -------------une GLYCOSIDASE?
**Kinase**: enzyme qui ajoute un groupement phosphate à une molécule **Phosphatase**: enzyme qui retire un groupement phosphate à une molécule **Glycosidases** : enzymes qui catalysent l’hydrolyse d’une liaison glycosidique
43
Qu'est-ce que la a b-Galactosidase ?
C'est une enzyme capable d’hydrolyser le disaccharide lactose mais pas le maltose (aussi un disaccharide)