Séquencage a ultra haut-débit - CC2

Question 1

Par quoi est définie chaque NGS (NextGen Sequencing) ?

Answer 1

Par la préparation d’une matrice d’ADN, suivie par un séquencage, de la récupération d’imageet de l’analyse de ces données-

Question 2

Donner les trois étapes d’un séquencage Roche454.

Answer 2

Amplification clonale par PCR,

puis production quantitative de lumière associée à l’intégration de dNTPs

Question 3

Quel est le bilan concernant Roche 454 ?

Answer 3

C’est bof rapide (500 Mb séquencés en 8h), les séquences sont de 500 nt environ, couverture d’environ 20 à 40 fois pour une lecture sûre.

Question 4

Décrire Illumina Solexa.

Answer 4

Amplification clonale in vitro sur support solide

Identification de la base a une position en 1 cycle.

Question 5

Bilan d’illumina solexa.

Answer 5

Super rapide : 30 Gb en 5 jours
Peu d’erreurs
Couverture 50-100x
séquences lues de 100 nt.

Question 6

Quelle technique va t on utiliser pour le séquencage d’un espèce et pour le reséquencage d’une espèce ?

Answer 6

Séquencage : Roche

Reséquencage : Illumina.