Quelques rappels, et WGS - CC1 Flashcards
Quelle est l’organisation type d’un génome prokaryote ?
1 seul chromosome circulaire, et éventuellement 1 ou plusieurs plasmides. (exceptions)
Quelle est l’organisationtype d’un génome eucaryote ?
Chromosomes souvent linéaires. Les chromosomes sont variables en taille et nombre.
Est-ce que le nombre et la taille des chromosomes est lié à la complexité d’un organisme ?
Non, du tout
Quels génomes peut on trouver dans un organisme eucaryote ?
Génome nucléaire et génome de la mitochondrie.
Ou trouve-t-on le génome de la mitochondrie, et comment se caractérise-t-il ?
On le retrouve dans le cytosplasme. Se caractérise par un génome généralement circulaire d’une taille peu variable.
En parlant strictement en termine de codage d’ADN caractériser le génome procaryote.
Il possède une forte fraction codante, sans introns ni séquences intergéniques. Les gènes sont chevauchants.
Qu’est-ce que un génome compact ?
C’est un génome comme celui trouvé dans les procaryote, composé essentiellement de fractions codantes.
Dans le cas des gènes compacts, y a-t-il une relation entre le nombrede gènes et la taille du génome ?
Oui; c’est proportionel à environ1 gène par kb.
En parlant strictement en termine de codage d’ADN caractériser le génome eucaryote.
Génome de fraction codante faible. Les gènes sont dit disloqués, avec d’énormes régions intergéniques.
Que contiennent les régions intergéniques des eucaryotes ?
Des séquences répétées, et d’autres “uniques” dont on ne connait pas clairement la fonction.
Pour les eucaryotes, y a-t-il un lien entre le nombre de gènes et la taille du génome ?
Eeeeh non.
Qu’est-ce que la valeur C ?
Il s’agit du contenu en ADN d’une cellule haploide.
Qu’est-ce que la valeur G ?
Le nombre de gènes codés par un génome haploide.
Pourquoi parle-t-on des paradoxes de la valeur C et de la valeur G ?
Parce que la complexité de l’organisme de correspond pas ni au nombre de gènes ni a la taille du génome.
Rappel : principales caracs de sanger (capacité de lecture, ou se trouvent les erreurs, principe)
Lit de 500 à 1000 nt.
Peut avoir des erreurs en début et fin, et peut y avoir formation de structure secondaires en cours.
Principe : séquencer plusieurs fois une même région pour avoir une séquence fiable.
Quels limites principales à la méthode de sanger ?
La capacité de lecture est limitée, et il faut séquencer plusieurs fois une même région pour obtenir une séquence fiable.
Donner les 4 étapes cruciales au séquencage d’un génome.
Extraction et fragmentation de l’ADN génomique et cloner les fragments pour les amplifier.
Construction de banques géniques.
Séquençage des fragments obtenus.
Reconstitution de la séquence.
Rappel : quelles sont les deux méthodes principales pour séquencer un génome complet ?
WGS shotgun et méthode clone par clone.
Rappel : Différence entre séquencage WGS et clone par clone.
WGS se repose sur séquencage d’abord puis cartographie. Clone par clone cartographie d’abord, puis enchaine sur séquencage.
Donner les 4 étapes du WGS.
Extration d’ADN
Fragmentation aléatoire
Sélection par taille et création des banques de clonage aléatoires.
Séquencage des clones obtenus.
Qu’est-ce qu’un contig ?
C’est une séquence consensus de l’assemblage.
C’est quoi une séquence consensus ?
Ma bite
Quel est l’avantage du chevauchement ou recouvrement lors d’un séquencage?
Une même base est lue plusieurs fois, on a donc une meilleure précision dans la séquence obtenue.
Ou peut il y avoir un problème lors de l’assemblage des clones ?
Les séquences répétées sont très longues dans les génomes eucaryotes, parfois plus longues que la longueur maximale d’une lecture. On a alors des brèches entre les séquences uniques adjacentes, qu’on ne peut pas combler.
La présence d’éléments répétés peut aussi provoquer des alignements erronés.
En quoi consiste exactement l’assemblage ?
Positionnement relatif des contigs : pour cela, lecture bidirectionelle des clones, positionnement des lectures les unes par rapport aux autres, ce qui permet la création d’un squelette du génome
Le recouvrement est très pratique, mais est-ce que le répéter augmentera toujours la précision de la lecture ?
Non, il arrive un seuil ou ce n’est plus interessant de boucher les trous. (après 5-6 lectures)
Comment se fait la finition de l’assemblage ?
On fait encore des lectures dans le but de combler les derniers trous (utilisation de la marche surle chromosome)
Quel est le principe de la marche sur le chromosome ?
ON utilise la fin d’une séquence clonée comme amorce pour séquencer des fragments adjacents.
Cette technique de séquencage du génome complet par WGS : pour quoi est-elle utilisée ?
Pour le séquencage de petits génomes bactériens et la determination de séquences non finies. Pb : Dès que la complexité du génome augmente il y a des couilles.
