Annotation fonctionnelle, similarité - CC1 Flashcards
Donner les raisons principales de prédire la fonction d’une protéine.
Comprendre le fonctionnement du génome
Difficultés à le faire expérimentalement.
Donner les 6 fonctions qu’on peut prédire de manière automatique.
Fonction prot Domaine fonct. Modif post-traducton Structures Localisation Interactions
Qu’appelle-t-on gènes ubiquitaires ?
Ce sont les gènes codant pour des protéines retrouvées dans une très grande partie de l’organisme.
Quelle démarche permet-elle de déterminer la fonction de gènes spécifiques de l’organisme ?
On cherche d’abord la fonction des gènes ubiquitaires, ce qui est assez facile. Ensuite, on est capables de trouver celle de gènes spécifiques.
En quoi est-il plus pratique d’analyser au niveau protéique que nucléique ?
Il y a seulement 4 possibilités pour nucléique : ATGC. Or, si on veut obtenir un signal précis, sans bruit, plus il y a de possibilités de codage mieux c’est (20aa). En plus, facilité par la redondance des codons qui codent pour un même AA:
Comment fait-on l’annotation fonctionnelle ?
On essaye de comparer aux séquences des banques pour trouver des similarités.
Qu’indique une similarité entre les séquences des banques/celle de notre protéine ?
Une fonction biologique proche
Une structure 3D proche
Une origine commune, évolutivement parlant.
Quelle est la différence entre une notion de similarité et une notion d’homologie ?
Similarité : peut se quantifié, car + ou - similaires. L’homologie ne se quantifie pas, car les séquences le sont ou pas. Indique une origine commune.
Qu’est-ce que l’homologie ?
Ce sont des gènes issus d’une séquence ancestrale commune. Peut y avoir eu un évenement de spéciation, faisant qu’il y a la même fonction, ou de duplication + divergence.
Une similarité importante peut signifier…
… que une homologie est possible.
Quelles limites pour les prédictions ?
Il faut que ces séquences aient déjà été identifiées ailleurs pour pouvoir les prédire.
Si imprécision dans la prédiction par similarité, propagation sur la séquence d’interêt.
Est-ce que similarité = même fonction ?
NOPE
En résumé, quels problèmes avec les programmes prédictifs ?
Tendance à faire des erreurs.
Quels interêt à séquencer des génomes ?
Interêt pour comprendre l’evolution, intérêts médicaux, + modèles.
Définir métagénome.
Ensemble des génomes des populations bactériennes d’un milieu donné.
Définir Genome Browser
Permet une naviguation au coeur des génomes en visualisant des régions chromosomiques. L’utilisateur choisit de présenter des informations comme les séquences, les annotations et les éléments de genomique comparative
Comment est ce que il faut faire pour mettre des infos dans un genome browser ?
Il faut suivre un format précis des données / rectangle exon, ligne séquence intergénique et introns ligne cassée.
Définir orthologue.
Gènes orthologues issus d’un évènement de spéciation, assurent généralement la même fonction
Définir paralogue
Duplication d’un gène puis la copie évolue de manière a avoir une fonction différente.
