Outils de comparaisons de séquences - CC2 Flashcards
Quel est la base du fonctionnement des méthodes bioinformatiques ?
On cherche un signal (ORFs etc) puis on le compare avec des éléments déjà connus.
Pourquoi compare-t-on les séquences trouvées avec cellesconnues ?
Une ressemblance peut indiquer une fonction bio proche, une structure 3D proche ou encore une origine évolutive commune.
Comment différentier la notion de similarité de la notion d’homologie ?
La similarité est quantifiable : deux séquences peuvent être plus ou moins similaires. En revanche, deux séquences sont homologues ou ne le sont pas.
Qu’implique une homologie ?
Implique l’existance d’une origine évolutive commune.
Vrai ou faux : une similarité importante impique une homologie.
Faux : peut impliquer une homologies, mais deux séquences peu similaires peuvent être homologues ou deux séquences très similaires peuvent ne pas l’être.
Donner deux méthodes permettant une comparaison efficace de deux séquences.
Matrice de points.
Alignements de séquences nucléiques ou protéiques.
Quel est le principe de la matrice de points ?
Deux séquences a comparer sont placées en abcisse et en ordonnées d’un graphe : 2 séquences identiques seront parfaitement alignés avec la diagonale.
Que signifieun décalage sur une matrice de points ?
Insertion ou délétion.
Que signifie une inversion de diagonale sur une matrice de points ?
Inversion d’une région d’ADN.
Que signifie la présence de diagonales parallèles sur une matrice de points ?
Des séquences répétées sont présentes.
Quels sont les points apparaissant sur les matrices de points un peu partout sur le graphique, et comment les élimine-t-on ?
Ces points correspondent à du bruit de fond : ils sont éliminés en utilisant des filtres.
Comment fonctionnent les filtres sur les matrices de points ?
Selon la comparaison de fenêtre d’une taille w, le calcul d’un score de similarité et l’affichage sur la matrice si le score dépasse un seuil défini. Prend aussi en compte le déplacement de la fenêtre.
Comment se calcule un score de similarité ?
Sur la base d’un alignement entre deux séquences : c’est la somme du poids de toutes les paires de l’alignement.
Qu’est-ce qu’une matrice de substitution ?
Elle donne un poids aux paires de lettres dans les alignements. Pour les nucléotides, assigne une valeur pour les match et une autre pour les mismatch.
Qu’est-ce que le diagramme de Venn ?
C’est un diagramme permettant de comparer les propriétés des acides aminés.-
Qu’est-ce qu’une mutation conservative ?
C’est une mutation que la nature tolère et conserve.
A quoi correspondent les matrices de substitution d’un point de vue évolutif ?
Elles correspondent à différentes distances évolutives entre les séquences.
Quelle matrice utiliserdans le cas ou les distances évolutives entre les séquences ne sont pas connues ?
La BLOSUM62.
Quelle matrice utiliser lorsque l’on sait que les séquences sont évolutivement proches ?
BLOSUM80.
Quelle matrice utiliser lorsque l’on sait que les séquences sont évolutivement éloignées ?
BLOSUM30.
Donner les avantages des matrices de points.
Avantages : vision globale de la similarité, détection rapide des régions répétées, des insertions et délétions, et des inversions.
Donner les inconvénients des matrices de points.
La méthode est strictement visuelle : on ne quantifie pas la similarité détectée.
Ne fournit pas d’alignements.
Comment se fait l’alignement de séquences (2 propositions) ?
Par alignement des séquences sur toute leur longueur, ou seulement des régions les plus conservées. L’alignement est fait paire par paire.
Quels sont les trois types de paires possibles pour la méthode de l’alignement de séquences ?
2 résidus identiques : match.
2 résidus différents : mismatch
1 résidu avec du vide : gap.
