Clone par clone et Annotation structurale - CC1 Flashcards
La méthode clone par clone du séquencage de génome complet se fait en deux étapes : lesquelles ?
D’abord, on établit une carte physique du génome en ordonnant les clones selon leur taille.
Puis, on fragmente et on séquence ces clones de grande taille.
Quels sont les avantages et inconvénients du clone par clone ?
Avantage: moins d’erreur, plus adaptés à des génomes complexes. Inconvénient : établir la carte physique, et cher.
Est-ce que la qualité des génomes séquencés qu’on peut obtenir est toujours la même ?
Non, pas du tout : la qualité dépend de nombreux facteurs. Une qualité plus haute est trouvée pour la recherche fondamentales que pour la recherche appliquée.
Après avoir obtenu les séquences, on fait quoi ?
Il faut décoder le génome, en faisant des tests fonctionnels dessus (couteux en temps et argent) ou en faisant des aproches in silico (mais prédictions -> erreurs)
Que va-t-on annoter lorsque le génome est étudié ?
On localise les éléments structuraux : gènes pour protéines, non coants, répétées ? On annote les produits du génome. On dresse des voies métaboliques, des familles de prots etc.
Qu’appelle-t-on la synténie ?
conservation de l’ordre des gènes entre les espèces.
Que sont les gènes codants pour les ARNs non traduits ?
Les gènes qui codent pour les ARN ribosomiques et ARNt. Ces séquences sont très conservées et bien connues.
Quel programme permet de détecter les séquences propres au codage de l’ARNt ?
tRNAscan
Que recherche-t-on au niveau des gènes codant, pour les procaryotes lorsque l’on fait de l’annotation structurale ?
On recherche des ORF
des unités de traduction (Shine/Dalgarno en 5’ du codon initiateur).
On recherche des unités de transcriptions, ou opérons.
Que recherche-t-on au niveau des gènes codant, pour les eucaryote lorsque l’on fait de l’annotation structurale ?
La structure en introns/exons.
Les 5’ UTR et 3’UTR.
Les promoteurs et sites de PolyA.
Quels difficultés de faire l’annotation structurale des gènes codant chez proca ? Euca ?
Chez les proca, les gènes sont chevauchants. Et chez les eucariotes, une faible portion du génome est codante et il y a beaucoup d’introns (pb avec l’épissage).
Dans les ARN de transfert, quelle structure est mieux conservée ?
La structure secondaire.
Qu’est-ce que une séquence codante ou CDS ?
Comment par un codon init (ATG ou GTG ou TTG)
Se termine par codon de term (TAA TAG TGA)
A une taille multiple de 3 sans les introns.
Qu’est-ce qu’une ORF ?
C’est une séquence codante qui peut contenir un gène.
Quels problèmes avec annotation structurale des ORF et CDS ?
Le gène peut être sur l’un ou l’autre des brins.
Plusieurs phasesde lectures possibles.
Chez les eukaryotes, les exonsintrons rendent les ORF discontinues.
Qu’est-ce que la méthodenaive pour détecter les ORF ?
On cherche des régions assez grandes entre Cini et Cstop puis on fait une traduction de la séquence à l’aveugle.
En détectant des ORF, si on trouve 6 phases de lecture, cela signifie que…
… il y a 6 séquences protéiques possibles.
à part la méthode naive pour détecter les ORF que peut-on-utiliser ?
Des logiciels pour els détecter, mais des limites : toutes les ORF ne contiennent pas de gène, ne détecte que la partie codante du gène et les logiciels ne sont pas appropriés pour les gènes morcelés.
Quel avantage des prédictions statistiques pour détecter les ORF ?
Prend en compte l’usage du code génétique, c’est à dire que N codons codent pour le même acide aminé.
Peut aussi calculer la proba qu’une fenêtre soit codante
Est-ce que chaque codon qui code pour un acide aminé a les même chances d’être utilisé ?
Non, il y a un codon préférentiel pour chaque AA dans chaque organisme.
Quelle méthode complémentaire peut être utilisée en plus des détections d’ORF et prédictions statistiques ?
Comparer les séquences : on cherche des similarités entre ORF prédite et celles déjà disponibles dans les banques.
Ou est-ce que ces programmes sont efficaces et ou est-ce qu’ils puent la merde ?
Très efficace pou rles procaryotes malgré quelques pièges. MAIS à chier pour les eucaryotes complexes à cause de la structure complexe des gènes et du faible % de régions transcrites.
Définir sensibilité.
Capacité à mettre un phénomène en évidence quand il a lieu.
Définir spécificité
Capacité à donner unr ésultat négatif quand ce phénomène n’a pas lieu.
Quelle relation entre sensibilité et spécificité ?
Quand sensibilité augmente spécificité diminue. Il faut donc trouver un bon compromis.
