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Environnement et Biosphère > Semaine 4 > Flashcards

Semaine 4 Flashcards

Méthodes de culture-indépendante

1
Q

Qu’est-ce que l’ADN représente? (3)

A
  1. Les MO viables, morts et non-cultivables
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Q

Qu’est-ce que l’ARN représente? (1)

A

Les gènes transcrits (MO vivants)

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3
Q

L’ADN fournit des renseignements sur quoi? (2)

A
  1. La diversité microbienne dans l’échantillon (nombre de M0)
  2. La présence/absence des gènes d’intérêts
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4
Q

L’ARN fournit des renseignements sur quoi? (2)

A
  1. Expression génétique de la communauté

2. Activité métabolique de la communauté (ARNm qui code pour un enzyme qui effectue l’activité métabolique à l’étude)

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5
Q

Nommer les 3 grandes étapes lorsque l’on travaille avec l’ARN.

A
  1. Préservation de l’échantillon
  2. Isoler l’ARN
  3. Analyse
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6
Q

Nommer les objectifs de l’isolation de l’ARN? (3)

A
  1. Quantité
  2. Intégrité
  3. Pureté
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7
Q

Nommer les 3 grandes étapes de l’isolation de l’ARN?

A
  1. Lyse des MO
  2. Purification
  3. Évaluation
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8
Q

Comment évaluer la pureté de l’ARN?

A

Spectrophotomètre : ratio 260nm/280nm (>2)

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9
Q

Comment évaluer la quantité de l’ARN?

A

Spectrophotomètre (1.0 = 40 ug/ml)

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10
Q

Comment évaluer l’intégrité de l’ARN?

A

Migration sur gel d’agarose

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11
Q

Pour quelles raison on fait l’analyse de l’ARN par PCR avec la transcriptase inverse? (2)

A
  1. Pour la détection d’un ARNm spécifique

2. Pour évaluer la présence ou l’absence d’une activité microbienne

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12
Q

Nommer les grandes étapes de l’analyse de l’ARN par PCR avec la transcriptase inverse.

A
  1. Hybridation de l’ARN (transcriptase inverse)
  2. Formation d’un ADNc (complexe ARN/ADN)
  3. Dénaturation
  4. Formation d’un brin complémentaire à l’ADNc (ADN polymérase)
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13
Q

But du qPCR?

A

Quantification du nombre de molécules d’ARNm ou d’ADN d’intérêt présentes dans l’échantillon de départ.

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14
Q

Nommer une technique utilisée pour le qPCR.

A

SYBR green

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15
Q

Comment fonctionne le SYBR green?

A

Fluorescence : lorsqu’il y a interaction entre les molécules du SYBR green et les doubles brins d’ADN

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16
Q

Définir le cycle seuil.

A

Le nombre de cycle qui correspond à un nombre de copies qui est suffisamment élevés pour permettre l’intéraction avec le SYBR green.

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17
Q

Nommer les buts du séquençage d’ARNm (transcriptomique). (2)

A
  1. Identité des ARNm présents dans l’environnement

2. Abondance des ARNm présents dans l’environnement

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18
Q

Le qPCR permet d’examiner combien de gènes en même temps?

A

1

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19
Q

La transcriptomique permet d’examiner combien de gènes en même temps?

A

Plusieurs

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20
Q

Le qPCR et la transcriptomique sont utilisées dans un contexte de culture dépendant ou indépendant?

A

Indépendant

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21
Q

Nommer les buts de la microscopie optique. (3)

A

Évaluation sommaire de :

  1. diversité bactérienne
  2. structure
  3. Dénombrement direct des MO
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22
Q

Nommer les types de microscopie optique. (4)

A
  1. Fond clair sans colorant
  2. Fond clair avec colorant
  3. Contraste de phase
  4. Interférentielle ou DIC
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23
Q

Nommer les caractéristiques de la microscopie à contraste de phase. (2)

A
  1. Spécimens vivants non colorés

2. Apparaissent contrastés sur fond gris

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24
Q

Nommer les caractéristiques de la microscopie interférentielle ou DIC. (2)

A
  1. Spécimens vivants non colorés

2. Apparaissent contrastés en trois dimensions

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25
Q

Nommer deux inconvénients de la microscopie optique.

A
  1. Bruit de fond

2. Pas de distinction de la viabilité

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26
Q

Qu’utilise-t-on pour distinguer les MO en microscopie à fluorescence? (2)

A
  1. Colorants

2. Anticorps fluorescents

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27
Q

Est-il possible d’évaluer la viabilité des MO avec la microscopie à fluorescence?

A

Oui

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28
Q

Nommer les deux types de colorants.

A
  1. Colorant non-spécifique (DAPI)

2. Colorant de viabilité

29
Q

Avec la microscopie à fluorescence il est possible d’examiner comment les MO interagissent entre eux et avec leur environnement. Par conséquent, les sondes spécifiques (fluorophores) sont utilisées pour cibler quelles séquences?

A

ARN 16s

30
Q

Lorsque l’on parle de sondes fluorescentes on fait référence à?

A

Amorces couplées à un fluorophore

31
Q

La microscopie optique et à fluorescence sont des techniques de culture indépendantes ou dépendantes?

A

Indépendantes, sauf pour les bio-rapporteurs

32
Q

Pourquoi utiliser des bio-rapporteurs en microscopie à fluorescence?

A

Pour être capable de détecter des gènes dont leur expression est difficile à détecter avec des gènes dont l’expression est facilement détectable.

33
Q

Nommer un exemple de rapporteur?

A

Protéines fluorescentes (GFP)

34
Q

Nommer les deux types de fusion lors de l’utilisation des bio-rapporteurs?

A
  1. Fusion transcriptionnelle

2. Fusion traductionnelle

35
Q

Définir le fusion transcriptionnelle.

A

Fusion des gènes intervenant dans la région transcrite et non traduite.

36
Q

Définir le fusion traductionnelle.

A

Fusion des gènes effectuées dans leur partie codante.

37
Q

Nommer les deux types de microscopie électronique.

A
  1. à transmission (TEM)

1. à balayage

38
Q

Quelle est la différence entre la microscopie électronique à transmission et à balayage.

A

à transmission : couche mince, utilisation de plusieurs images pour former du 3D
à balayage : 3D

39
Q

Que peut-on faire avec la cytométrie en flux? (2)

A
  1. Trier les cellules

2. Quantifier les populations

40
Q

Quels sont les paramètres mesurés en cytométrie en flux? (2)

A

FSC : Grandeur

SSC : Granulosité

41
Q

Comment sont détectées les cellules en cytométrie en flux? (3)

A
  1. Fluorescence intrinsèque
  2. Colorant
  3. Reporteur fluorescent
42
Q

Quel est le but de la détermination de la biomasse?

A

Mesurer la masse totale de MO dans un échantillon.

43
Q

Quelles techniques sont utilisées pour permettre une détermination de la biomasse directe?

A
  1. Utilisation du microscope

2. Fumigation au chloroforme et extraction du carbone

44
Q

Quel est la technique utilisée pour permettre la détermination de la biomasse indirecte?

A

Fumigation au chloroforme et incubation

45
Q

Quelle est la différence entre la méthode direct et indirect pour la détermination de la biomasse?

A
  1. Un MO transforme le carbone libre (à l’extérieur de la cellule) en CO2.
  2. Quantification du CO2 produit
46
Q

Quelle méthode permet d’évaluer l’activité/taux de doublement (croissance) microbien en général?

A

Utilisation isotope radioactif

47
Q

Quelle est la méthode utilisée pour déterminer quels MO composent une communauté donnée?

A

Biomarqueurs lipidiques

48
Q

Quels sont les lipides caractérisés pour permettre d’inventorier les MO?

A

Lipides polaires intacts

49
Q

Pourquoi les lipides polaires intacts sont utilisés pour inventorier les MO? (2)

A
  1. Stables

2. Spécifiques à chaque type de MO

50
Q

Quels sont les buts de la mesure d’activités microbiennes spécifiques?

A
  1. Quantifier une activité métabolique dans une communauté microbienne.
  2. Évaluer la fonction de la communauté et les changements qu’elle apporte à son environnement.
  3. Évaluer la réponse métabolique à une perturbation environnementale.
51
Q

Nommer des exemples de mesures d’activités microbiennes spécifiques. (3)

A
  1. Utilisation de microélectrodes
  2. Quantification directe de processus chimiques spécifiques
  3. Utilisation de radioisotopes
52
Q

Quel est l’objectif de l’utilisation de microélectrodes?

A

Mesure basale de la respiration (CO2) présente dans l’échantillon utilisant les substrats organiques présents (O2).

53
Q

Nommer un avantage des microélectrodes?

A

Mesure de l’échantillon directe et sur place

54
Q

Nommer un désavantage des microélectrodes?

A

Limité par la technologie disponible.

55
Q

Nommer des exemples de quantification directe de processus chimiques spécifiques. (4)

A
  1. Méthanogenèse
  2. Dénitrification
  3. Fixation d’azote
  4. Réduction du souffre
56
Q

Nommer un avantage de la quantification directe de processus chimiques spécifiques?

A

Parfois déjà optimisé

57
Q

Nommer un inconvénient de la quantification directe de processus chimiques spécifiques?

A

Plus ou moins sensible

58
Q

Quel est le principe de l’utilisation des radioisotopes?

A

Utiliser un radioisotope pour marquer une molécule dont on veut suivre l’utilisation par les MO.

59
Q

Nommer un avantage de l’utilisation des radioisotopes.

A

Très sensible

60
Q

Nommer un inconvénient de l’utilisation des radioisotopes.

A

Le taux métabolique peut être surestimé.

61
Q

Nommer les buts de la spectrométrie de masse?

A
  1. Quantifier une molécule spécifique

2. Identifier la localisation de certaines molécules dans un environnement donné.

62
Q

Avant d’effectuer la spectrométrie de masse, les molécules d’intérêts doivent être récupérées par?

A

Chromatographie (gazeuse, liquide)

63
Q

Avant de se rendre au séparateur de masse, le matériel est?

A

Ionisé

64
Q

Avant de se rendre au détecteur, les ions sont?

A

Séparés

65
Q

Que comprend un spectromètre de masse de type MALDI TOF?

A
  1. Utilisation d’un laser (ionisation)

2. Détecteur de type : temps de vol (selon la grosseur)

66
Q

Avec le temps de vol le signal obtenu est exprimé sous quelle forme?

A

m/z (masse/ion)

67
Q

Qu’est-ce qui permet la localisation de certaines molécules dans un environnement donné?

A

La fragmentation

68
Q

Les méthodes de culture indépendantes sont basées sur quoi? (3)

A
  1. Les acides nucléiques
  2. La microscopie
  3. Le métabolisme

Environnement et Biosphère (6 decks)

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