Semaine 2 Flashcards
Quelle est la différence entre le milieu naturel et le milieu artificiel dans les phases?
Artificiel : la phase stationnaire avant la phase de mortalité
Naturel : la phase de mortalité avant la phase stationnaire
Nommer les 4 phases de la croissance.
- Phase de latence
- Phase exponentielle
- Phase stationnaire
- Phase de mortalité
Définir oligotrophe.
Peut se reproduire en milieu très pauvre.
Définir copiotrophe.
Se reproduit en milieu riche uniquement.
Définir la succession autogène (communauté microbienne 1).
La communauté modifie l’environnement en le rendant favorable pour la colonisation par d’autres MO.
Définir la succession allogène (communauté microbienne 1).
Ne modifie pas l’environnement, mais des facteurs extérieurs le modifie et favorise sa colonisation par d’autres MO.
Définir la niche écologique.
Environnement qui contient toutes les conditions permettant à un MO donné de se développer et de se multiplier.
Est-ce que la niche écologique peut être transitoire?
Oui (ex : probiotique, entrée d’une nouvelle bactérie dans la flore existante, période d’adaptation)
Définir le climax.
Stabilité relative au sein de la communauté.
Définir colonisation active.
Les MO se déplacent, car ils sont attirés par quelque chose (chimiotaxie).
Définir colonisation passive.
Les MO se déplacent par l’intermédiaire de l’eau, du vent, un vecteur, etc.
Qu’est-ce qui fait en sorte qu’un MO est pionnier?
Ça facilité à se disperser.
Les MO qui utilise une source d’énergie sont dits?
Phototrophes
Les MO qui utilise une source de carbone sont dits?
Autotrophes (Chimiototrophes, Hétérotrophes, Organotrophes)
Les MO qui utilise une source de donneur d’électrons sont dits?
Lithotrophes
Les MO qui utilise une source d’accepteur d’électrons sont dits?
- Respiration aérobie
2. Respiration anaérobie
Définir l’environnement microbien.
Ensemble des conditions extérieurs auxquelles les MO sont soumis.
Les environnements liquides sont plus homogènes ou hétérogènes?
Homogènes
Les environnements solides sont plus homogènes ou hétérogènes?
Hétérogènes
Nommer les niveaux d’organisation des MO. (5)
- Organisme (individu)
- Population microbienne
- Communauté microbienne
- Écosystème
- Biosphère
Définir le mot organisme.
MO unique avec ses propres caractéristiques, membre d’une espèce.
Définir la population microbienne.
Regroupement de plusieurs individus appartenant à la même espèce dans un espace physique donné.
Définir la communauté microbienne.
Deux populations ou plus d’espèces différentes vivant et interagissant dans un espace physique donné.
Définir l’écosystème.
L’ensemble d’une/plusieurs communauté(s) et de son/leur environnement(s).
Définir Biosphère.
Entité incluant tous les écosystèmes terrestres (composantes biotiques et abiotiques).
Nommer les termes de la taxonomie. (7)
- Règne
- Embranchement
- Classe
- Famille
- Genre
- Espèce
- Sérovar/Écotype
Les espèces d’un même genre possèdent des différences au niveau du génome. De quel terme taxonomique parle-t-on?
Sérovar/Écotype
À partir de quoi les bactéries sont regroupées?
Le pourcentage d’homologie de leur ARN 16s.
Comment nomme-t-on les regroupements formés à partir du % d’homologie de leur 16s?
OTU
Définir la succession autotrophe.
Les premiers MO modifient l’environnement en produisant des composés organiques, ce qui influence les MO s’établissant par la suite.
Définir la succession hétérotrophe.
Les premiers MO modifient l’environnement en consommant des composés, ce qui influence les MO s’établissant par la suite.
Définir colonisation préemptive.
MO qui modifie l’environnement pour prévenir sa colonisation par d’autres MO.
Lors d’une colonisation préemptive. Est-ce qu’il y a une communauté microbienne 2?
Non
Définir la richesse.
Nombre d’espèces retrouvées sur le nombre total de MO (variété au niveau des espèces)
Définir l’abondance.
Proportion des individus parmi les espèces présentes.
L’abondance peut être calculée par quel indice?
Indice Pielou
La richesse et l’abondance des MO dépend de? (2)
- Les conditions présents dans l’environnement
2. Les nutriments présents dans l’environnement
Quel indice est utilisé pour déterminer la richesse et l’abondance des espèces à l’intérieur d’une communauté?
Indice alpha (Indice de Shannon)
Plus l’indice de Shannon est élevé plus la diversité est élevée ou faible?
Élevée
Quel indice permet l’évaluation de la différence entre deux communautés?
Indice bêta
Plus l’indice bêta est élevé, plus les communautés comparées sont différentes ou semblables?
Différentes
L’échantillonnage du sol dépend de deux éléments. Nommer.
- de l’expérience
2. des techniques que l’on souhaite utilisées
Nommer les 4 emplacement possibles lors de l’échantillonnage du sol?
- Aléatoire
- Transect
- En deux étapes
- Grille systématique
À quoi sert le milieu d’enrichissement?
Cultiver les échantillons dans des milieux dont les ressources et conditions imitent le plus possibles ceux de la niche du MO d’intérêt.
À quoi sert le milieu sélectif?
Inhibe la croissance des MO non-désirés en ajoutant des conditions ou des substances.
But du dénombrement sur pétri?
Évaluer le nombre de MO présent dans un échantillon.
Nommer un avantage du dénombrement sur pétri?
Isolation de certains MO environnementaux spécifiques.
Nommer un inconvénient du dénombrement sur pétri?
Pas une détection des MO qui sont viables mais non cultivables.
But de la méthode du nombre le plus probable?
Évaluer statistiquement le nombre de MO présent dans un échantillon.
Nommer un avantage de la méthode du nombre le plus probable?
Utile pour évaluer la présence d’une population fonctionnelle spécifique.
Nommer un inconvénient de la méthode du nombre le plus probable?
Demande beaucoup de travail pour des résultats moins précis que le dénombrement sur pétri.
Nommer les 3 défis avec l’échantillonnage du sol?
- Conservation des échantillons
- Contamination
- Zones difficiles
Les cultures dépendantes permettent-elles une vision en profondeur d’un MO?
Oui
Les cultures dépendantes permettent-elles une vision d’ensemble des MO dans l’environnement?
Non
Quel est le but de la miniaturisation?
Examiner les interactions entre des MO d’intérêt et un environnement contrôlé.
Qu’est-ce qu’un système gnotobiotique?
Modèle dans lequel on connait précisément la composition des populations microbiennes (stérilisation de l’environnement + inoculation avec MO).
Nommer des méthodes de cultures dépendantes. (3)
- Dénombrement sur pétri
- Méthode du nombre le plus probable
- Miniaturisation
