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Environnement et Biosphère > Semaine 3 > Flashcards

Semaine 3 Flashcards

1
Q

Pourquoi sommes-nous incapables de cultiver certaines MO?

A
  1. Croissance lente
  2. Nécessite des facteurs environnementaux spécifiques
  3. Facteur de croissance exotique (molécule qui n’est pas disponible en laboratoire)
  4. Vivent en interdépendance avec d’autres organismes (impossible d’avoir une culture pure)
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Q

Nommer des techniques utilisées pour cultiver des incultivables. (4)

A
  1. Utilisation d’hôtes
  2. Culture haut-débit
  3. Coculture
  4. iChip (amener l’environnement dans le laboratoire)
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3
Q

Expliquer la technique coculture.

A

Utiliser une bactérie helper ; sécrète un facteur permettant la croissance de l’autre bactérie incultivable.

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4
Q

Expliquer la technique haut-débit.

A
  1. Dilution de l’échantillon

2. 1 à 5 bactéries par puits (tout le temps et l’espace pour croître)

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Q

Expliquer la technique avec iChip.

A
  1. Séparation des bactéries (isolation)

2. Échanges avec l’environnement (facteurs de l’environnement permettant la croissance)

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6
Q

Donner un exemple d’application si on est capable de cultiver des incultivables.

A

Être capable d’isoler de nouvelles bactéries, c’est être capable d’isoler de nouvelles molécules (médicaments).

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7
Q

L’ADN fournit des renseignements sur? (2)

A
  1. La diversité des MO dans l’échantillon

2. La présence/absence des gènes d’intérêts

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8
Q

L’ADN représente les MO qui sont? (4)

A
  1. Viables cultivables
  2. Viables non cultivables
  3. Dormants
  4. Morts
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9
Q

L’ARN représente les MO qui peuvent? (1)

A

Les gènes activement transcrits (ARNm)

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10
Q

L’ARN fournit des renseignements sur? (2)

A
  1. L’expression génétique de la communauté

2. Activité métabolique de la communauté

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11
Q

Nommer les trois étapes de l’isolation de l’ADN.

A
  1. La lyse des MO
  2. Purification
  3. Évaluation
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12
Q

Nommer les trois objectifs de la lyse des MO au niveau de l’isolation de l’ADN.

A
  1. Quantité
  2. Pureté
  3. Intégrité
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13
Q

Quelles sont les trois méthodes utilisées pour faire la lyse des MO? (ADN)

A
  1. Méthode mécanique
  2. Méthode chimique
  3. Méthode enzymatique
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14
Q

Définir la lyse In situ.

A

Lyse directement dans l’échantillon.

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15
Q

Définir la lyse Ex situ.

A

Isolation des bactéries avant leur lyse.

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16
Q

Nommer un avantage de la lyse Ex situ.

A

Ne contient pas de contaminants qui pourraient nuire à l’analyse par PCR.

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17
Q

Nommer un inconvénient de la lyse Ex situ.

A

Sélection des bactéries (moins d’ADN, pas représentatif)

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18
Q

Nommer un exemple de méthode mécanique pour la lyse des MO.

A

Billes + brassage mécanique

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19
Q

Nommer un exemple de méthode chimique pour la lyse des MO.

A

SDS

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20
Q

Nommer un exemple de méthode enzymatique pour la lyse des MO.

A

Protéases (dégradation de la paroi)

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21
Q

Nommer des techniques de purification de l’ADN (3).

A
  1. Extraction phénol/chloroforme
  2. Précipitation à l’éthanol
  3. Utilisation de colonnes commerciales
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22
Q

Quelle méthode est utilisée pour évaluer la pureté et la quantité d’ADN?

A

Spectrophotométrie

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23
Q

Quelle longueur d’onde est utilisée pour vérifier la puretés de l’ADN? (2)

A
  1. Acides nucléiques (260nm)

2. Protéines (280nm)

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24
Q

Pour évaluer la pureté de l’ADN le ratio 260nm/280nm doit être plus grand ou plus petit que 1.7?

A

Plus grand

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25
Q

Quelle est l’équation utilisée pour évaluer la quantité d’ADN en spectrophotométrie?

A

DO(260) 1.0 = 50ug/mL (ADN double-brin)

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26
Q

Comment évalue-t-on la qualité de l’ADN?

A

Migration sur gel d’agarose

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27
Q

Quel est le but du PCR?

A

Amplification d’une séquence d’ADN d’intérêt.

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28
Q

Quelles sont les trois étapes du PCR?

A
  1. Dénaturation
  2. Hybridation
  3. Élongation
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29
Q

Que se passe-t-il lors de la dénaturation de l’ADN?

A

Séparation des brins complémentaires d’ADN.

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30
Q

Que se passe-t-il lors de l’hybridation de l’ADN?

A

Permet l’hybridation des amorces sur la région 3’ de l’ADN d’intérêt.

31
Q

Que se passe-t-il lors de l’élongation de l’ADN?

A

Permet la synthèse du brin d’ADN complémentaire à l’ADN d’intérêt à partir de l’amorce.

32
Q

À quoi servent les régions conservées du gène encodant l’ARNr 16s? (1)

A

Utiles pour hybridation d’amorces universelles.

33
Q

À quoi servent les régions très variables du gène encodant l’ARNr 16s? (1)

A

Utile pour l’identification des membres d’une communauté.

34
Q

Avec quel gène peut-on identifier l’espèce?

A

Gène rpoB

35
Q

Qu’est-ce que l’analyse par empreintes?

A

Séparation des fragments issus de l’amplification par PCR d’un échantillon environnemental selon leur séquence spécifique.

36
Q

Nommer les trois types d’analyse par empreintes.

A
  1. Gel avec gradient d’agent dénaturant (DGGE)
  2. Gel de température (TGGE)
  3. Polymorphisme de longueur de fragments de restrictions (T-RFLP)
37
Q

La dénaturation de l’ADN ralenti ou augmente la migration (analyse par empreintes)?

A

Ralenti

38
Q

La sensibilité de l’ADN aux agents dénaturants dépend de quoi (analyse par empreintes)?

A

La richesse en G+C

39
Q

Qu’est-ce qui est ajouté en 5’ pour éviter une dénaturation complète (analyse par empreintes)?

A

Une pince GC

40
Q

L’agent dénaturant provoque quoi? (2) (analyse par empreintes)

A
  1. Dénaturation de l’ADN

2. Formation de structures branchées

41
Q

Nommer trois utilisés de l’analyse par empreintes.

A
  1. Évaluer la diversité
  2. Comparer les communautés
  3. Isoler des bandes pour le séquençage traditionnel
42
Q

Quel est le but du polymorphisme de longueur des fragments de restrictions (T-RFLP)?

A
  1. Digestion avec une enzyme de restriction

2. Séparer les fragments issus de l’amplification PCR

43
Q

Les fragments obtenus lors du polymorphisme de longueur des fragments de restrictions (T-RFLP) sont révélés de quelle façcon?

A

Amorce couplé à une molécule fluorescente.

44
Q

Nommer les utilités du du polymorphisme de longueur des fragments de restrictions (T-RFLP). (3)

A
  1. Évaluer la diversité
  2. Examiner les changements à travers le temps
  3. Retracer un MO en particulier

(Identification avec l’abondance des fragments obtenus)

45
Q

Quel est le but du séquençage traditionnel de type Sanger?

A

Connaître la séquence exacte d’un segment d’ADN (MO inconnu).

46
Q

Quel est la différence entre le séquençage traditionnel de type Sanger et le séquençage de masse?

A

Le séquençage traditionnel de type Sanger : une séquence d’ADN
Le séquençage de masse : plusieurs séquences différentes

47
Q

Nommer un avantage du séquençage traditionnel type Sanger?

A

Identification d’une séquence d’ADN d’un MO inconnu.

48
Q

Nommer un avantage du séquençage de masse?

A

Extrêmement puissant.

49
Q

Nommer trois inconvénients du séquençage de masse?

A
  1. Analyse complexe
  2. Bruit de fond
  3. Coûteux
50
Q

Quel est le principe de l’analyse par séquençage avec un gène marqueur?

A

Amplification d’un gène marqueur (ARNr 16s).

51
Q

Quel est le principe de l’analyse par séquençage : métagénomique totale?

A

Amplification de tout l’ADN contenu dans l’échantillon.

52
Q

Quelles sont les différences au niveau de l’analyse entre le séquençage par gène marqueur et métagénomique totale?

A
  1. Pour la métagénomique totale, aussi annotation fonctionnelle en plus de taxonomique (OTUs)
  2. La métagénomique totale permet en plus l’assemblage des séquences.
53
Q

Quelles sont les analyses communes entre le séquençage par gène marqueur et métagénomique totale? (3)

A
  1. Annotation taxonomique OTUs
  2. Analyse de la diversité de la communauté
  3. Comparaison entre communauté
54
Q

Nommer les trois utilités du séquençage avec un gène marqueur.

A
  1. Aperçu phylogénique des membres de la communauté.
  2. Identification de nouveaux phylotypes.
  3. Quantification relative des divers membres.
55
Q

Nommer les quatre utilités du séquençage : métagénomique totale.

A
  1. Assemblage du génome
  2. Aperçu phylogénique des membres de la communauté.
  3. Identification des nouveaux gènes/catégories de gènes.
  4. Annotation fonctionnelle (fonction des communautés)
56
Q

Par quel type de séquençage (gène marqueur ou métagénomique totale) 100% des séquences obtenues sont utiles pour identifier les membres de la communautés?

A

Gène marqueur

57
Q

Par quel type de séquençage (gène marqueur ou métagénomique totale) seulement une partie des séquences obtenues utiles pour identifier les membres de la communautés?

A

Métagénomique totale

58
Q

Dans quel type de séquençage (gène marqueur ou métagénomique totale) retrouve-t-on de l’ADN contaminant?

A

Métagénomique totale

59
Q

Quel type de séquençage (gène marqueur ou métagénomique totale) donne de l’information de fonction?

A

Métagénomique totale

60
Q

Que veut-on dire par biais possible dans l’amplification PCR 16S?

A

Les amorces ne sont pas toujours parfaitement universelles. Par conséquent, le PCR est moins efficace (sous-estimation).

61
Q

But de la phylogénie?

A
  1. Identification des MO

2. Visualisation de leurs relations

62
Q

Nommer trois techniques utilisées pour l’identification et phylogénie.

A
  1. Alignement des séquences d’un gène marqueur issues de différents MO.
  2. Comparaison avec des séquences déjà connues (banques de données).
  3. Établissement d’un arbre phylogénétique.
63
Q

Nommer les 3 éléments qui peuvent permettre la formation d’un arbre phylogénétique.

A

Séquences 16s obtenues par :

  1. Séquençage Sanger
  2. Séquençage de masse
  3. Banque de données
64
Q

Quel technique permet la plus grande diversité (indice Shannon), soit la culture-dépendante, les clones issus d’amplification par PCR ou le séquençage de masse?

A

Le séquençage de masse

65
Q

Nommer le but de la métagénomique fonctionnelle.

A

Identifier des gènes encodant pour une fonction spécifique.

66
Q

Nommer les avantages de la métagénomique fonctionnelle. (3)

A
  1. Peu cher
  2. Fournit de très longues séquences
  3. Permet d’attribuer de nouvelles fonctions à des gènes.
67
Q

Nommer les inconvénients de la métagénomique fonctionnelle. (3)

A
  1. Laborieux
  2. Permet de répondre à une seule question à la fois
  3. L’hôte doit pouvoir exprimer le(s) gène(s) d’intérêt(s)
68
Q

Expliquer le fonctionnement de la métagénomique fonctionnelle. (sécrétion d’un antibiotique)

A
  1. PCR (ADN)
  2. Cloner l’ADN chez E.coli par exemple.
  3. Visualisation de la résistance ou non sur gélose.
  4. Séquencer les gènes résistants (d’intérêts).
69
Q

Nommer le but de l’analyse par hybridation.

A

Identifier rapidement les espèces présentes dans une communauté.

70
Q

Qu’est-ce qui permet l’identification des espèces présentes dans une communauté avec l’analyse par hybridation.

A
  1. Impression de séquences d’ADN spécifiques aux MO d’intérêts.
  2. Ajout 16s (suite au PCR) de la communauté avec amorce fluorescente.

(Homologie entre les séquences = fluorescence)

71
Q

Quels sont les limites des biopuces ADN (analyse par hybridation)?

A
  1. Impression des séquences déjà existantes
  2. Pas de découverte de nouvelles bactéries

(travail avec ce que l’on connait déjà)

72
Q

Quels sont les avantages des biopuces ADN (analyse par hybridation)?

A
  1. Abondance des MO d’intérêts

2. Présence (identité) des MO d’intérêts

73
Q

Nommer un exemple ou les biopuces d’ADN sont utiles?

A

Quand c’est question de pathogènes (on les connait déjà)

Environnement et Biosphère (6 decks)

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