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2- introduction à la génétique > semaine 2 > Flashcards

semaine 2 Flashcards

1
Q

De quoi sont composés les chromosomes?

A

ADN + protéines

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Q

Chez qui retrouve-t-on les chromosomes?

A

procaryotes eucaryotes et virus

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3
Q

Quelle sont les fonctions de l’empaquetage de l’ADN?

A
  1. chromosome donne une forme compacte
  2. protège de certaines altérations
  3. peut être transmis de façon efficace aux cellules filles
  4. confère une organisation particulière à chaque molécule d’ADN
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4
Q

Qu’est ce que la chromatine?

A

complexe d’ADN associé aux protéines

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Q

Qu’est ce que des histones?

A

les protéines qui sont petites et basiques présentes dans les complexes d’ADN, réalisent le premier niveau de compactation

–> il y a aussi des protéines non-histones

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6
Q

À quoi servent les protéines de la chromatine?

A

compacter l’ADN

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7
Q

Comment se déroule la première compactation?

A

résulte de l’association des histones, régulièrement disposées le long de l’ADN, pour former des NUCLÉOSOMES

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8
Q

À quoi servent les nucléosomes?

A

réduisent la longueur linéaire de la molécule d’ADN et limite son accessibilité car les protéines ont + de difficulté à acceder à l’information si trop compacté

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9
Q

Que permet le remaniement local de nucléosomes?

A

permet à des régions spécifiques de l’ADN d’interagir avec d’autres protéines

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10
Q

Qui permet le remaniement local de nucléosomes?

A

les enzymes

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11
Q

Quelle est la différence de diversité procaryotes/eucaryotes?

A

les procaryotes contiennent plusieurs chromosomes circulaires ET/OU linéaires

eucaryotes = juste linéaires

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12
Q

Qu’est ce qu’un nucléotide?

A

copie complète de leur chromosomes empaqueté dans une structure

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13
Q

Qu’est ce que des plasmides?

A
  • petits ADN circulaires indépendants présents en plusieurs copies
  • essentiels pour la prolifération de bactéries
  • porteurs de gènes avec caractéristiques utiles (résistance aux antibiotiques)
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14
Q

Comment sont la majeure partie des cellules eucaryotes?

A

elles sont diploïdes (2 copies de chaque chromosomes)

les 2 copies sont dites homologues
empaquetés dans le noyau

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15
Q

Ou retrouve-t-on les cellules haploïdes?

A

spermatozoïdes et ovules (1 copie de chaque chromosome)

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16
Q

Qu’est ce que les mégacaryocytes?

A

des cellules polypoïdes (possèdent + de 2 copies de chaque chromosome)

  • géantes, dans la moelle hématopoïétique
  • responsable de la production de plaquette
  • dépourvues de chromosomes
  • cytoplasme se fragmente en plaquettes
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17
Q

Pourquoi les polyploïdes deviennent des mégacartocytes?

A

cela leur permet de maintenir u très haut niveau d’activité métabolique nécessaire à la production de plaquettes

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18
Q

Que contient le noyau?

A

chromosomes des eucaryotes (indépendamment de leur nombre)

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19
Q

Vrai ou Faux? la taille du génome varie selon les organismes?

A

VRAI (corrélation entre taille du génome et sa complexité n’est pas parfaite)

–> LE NOMBRE DE GÈNES (pas la taille du génome) est relié à la complexité d’un organisme

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20
Q

À quoi sont dédiées les régions non codantes?

A

régulation de la transcription des gènes

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21
Q

Combien de site d’initiation de la transcription sont utilisés pour contrôler l’expression de plusieurs gènes à la fois?

A

un seul

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22
Q

Qu’est ce que la densité génétique?

A

moyenne du nombre de gènes par mégabase d’ADN génomique

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23
Q

Comment est la relation entre la densité et la complexité de l’organisme?

A

relation inverse

plus la densité est grande, moins l’organisme est complexe

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24
Q

Comment est la densité génétique chez les eucaryotes / procaryotes?

A

plus faible et plus variable chez les eucaryotes

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25
Q

Qu’est ce que la levure saccaromyce cerevisiae?

A

eucaryote unicellulaire simple avec densité génétique près de celle des procaryotes

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26
Q

Quels sont les 2 facteurs qui peuvent expliquer la faible densité génétique chez les organismes eucaryotes?

A
  1. augmentation de la taille des gènes

2. augmentation des séquences d’ADN présentes entre chacun d’entre eux

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27
Q

Qu’est les introns?

A

éliminés de l’ARN après la transcription par épissage de l’ARN
gènes codant pour des protéines qui sont des régions codantes discontinues

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28
Q

En raison de quoi la taille moyenne d’un gène humain est de 27kb?

A

en raison des introns

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29
Q

Quel % des gènes sont codants?

A

5%, 95% dont des introns

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30
Q

Qu’est ce que des séquences intergéniques?

A

régions qui ne codent ni gènes ni ARN non-codants

des organismes eucaryotes complexes

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31
Q

Quels sont les 2 types de séquences intergénique?

A

séquences répétées

séquences uniques (séquences régulatrices)

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32
Q

Comment explique-t-on l’augmentation de la proportion des séquences intergéniques dans le génome?

A

s’explique par la nécessité pour l’organisme de posséder des régions dédiées au contrôle de la transcription

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33
Q

Qu’est ce que des régions intergéniques uniques?

A

reliques de gènes non fonctionnels (anciens gènes mutés, fragments de gènes ou pseudogènes)

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34
Q

Comment est le mécanisme d’origine des pseudogènes?

A

+ complexe
fait intervenir une enzyme virale : transcriptase inverse
gène non fonctionnel
produit par la transcriptase inverse

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35
Q

Comment agit la transcriptase inverse?

A

copie l’ARN en ADN double brin (ADN complémentaire -inverse- ou ADNc)
ARN converti en ADN peur alors s’inclure dans le génome

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36
Q

Que se passe-t-il avec la transcriptase inverse lors d’infections

A

elle peut copier des ARNm cellulaires en ADN cycliques qui vont pouvoir s’intégrer au génome de l’hôte.

ces copies ne seront pas exprimées puisqu’elles sont dépourvues de séquences régulatrices initiatrices de la transcription

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37
Q

Quels sont les 2 classes d’ADN?

A

microsatellites et répétées dispersées

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38
Q

Caractéristiques de l’ADN microsatellites?

A

composé de séquences de très petites taille répétées en tandem
plus commune: répétition de dinucléotides CACACA…
3% du génome humain

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39
Q

D’ou provient l’ADN microsatellite?

A

provient de difficulté rencontrées par la polymérase lors de la polymérase lors de la dupplication de l’ADN

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40
Q

Caractéristiques de l’ADN répétées dispersées ?

A

+ grande que microsatellites

en simple copies dispersées sur l’ensemble du génome ou regroupées en plusieurs copies légèrement espacées

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41
Q

D’ou provient l’ADN répétées dispersées ?

A

provient tout d’éléments transposables

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42
Q

Qu’est ce que sont des éléments transposables (transposons)?

A

séquences qui peuvent sauter d’un emplacement à un autre au sein du génome: transposition

laisse la copie originale à son site initial

transposition relativement rare (mais s’est assez propagé pour constituer 45% du génome humain), mais inutile et défavorable

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43
Q

Qu’est ce qui est nécessaire à la transmission fidèle des chromosomes eucaryotes durant la division cellulaire?

A

centromères
télomères
origines de réplication

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44
Q

Qu’est ce que les origines de réplication?

A

dirigent la duplication de l’ADN chromosomiques

site ou la machinerie de réplication de l’ADN va s’assembler pour débuter la réplication

  • procaryotes : 1 seul site unique
  • eucaryotes : plusieurs sites
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45
Q

Qu’est ce que les télomères?

A

protègent et répliquent les extrémités des chromosomes linéaires
situés aux 2 extrémités d’un chromosome linéaire

site de recrutement pour un grand nombre de protéines qui vont assurer 2 fonctions

  • protéines reconnaissent l’extrémité naturelle du chromosome et la distinguer des sites potentiels de cassure de l’ADN
  • télomères sont des origines de réplication spécialisées pour permettre à la cellule de répliquer les extrémités de ces chromosomes
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46
Q

Qu’est ce que les centromères?

A

orientent la ségrégation des chromosomes entre les 2 cellules filles

nécessaire à la ségrégation correcte des chromosomes après la réplication de l’ADN. - génère 2 copies du chromosome appelé chromatide soeur

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47
Q

Qu’est ce que les kinétochores?

A

complexe protéique très élaboré qui agit avec l’ADN du centromère et avec les filaments de protéines ; microtubules, pour séparer les chromatides soeurs

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48
Q

Qu’est ce que les microtubules?

A

filaments de protéines
vont mécaniquement permettre la séparation des 2 copies des chromosomes
permet la répartition des 2 copies dans les cellules filles

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49
Q

Qu’arrive-t-il si il n’y a pas de centromère?

A

les chromosomes se répartissent de manières aléatoire

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50
Q

Qu’arrive-t-il si il y a plusieurs centromères?

A

problématique, si les kinétochores du même chromosome sont attaché à des filaments se dirigeant dans des conditions opposées
–>cassure du chromosome!

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51
Q

Comment la taille des chromosomes varie?

A

plus petit chez les eucaryotes simples

plus grand chez les eucaryotes complexes

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52
Q

Que permettent les télomères?

A

la réplication des extrémités en recrutant une ADN polymérase particulière : la télomérase

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53
Q

Qu’est ce que la télomérase?

A

ADN polymérase particulière

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54
Q

Quelle est la particularité des brins du télomère?

A

à la différence de l’ensemble du chromosome , une portion du télomère est simple brin

– séquence répétée riche en TG qui varie d’un organisme à l’autre

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55
Q

Comment sont organisés les chromosomes des procaryotes?

A

généralement une seule copie (circulaire), empaquetés dans nucléoïdes (pas un noyau organisé)

ont aussi des plasmides (autoréplicatif)

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56
Q

Dans quoi sont empaquetés les chromosomes d’eucaryotes vs procaryotes?

A

eucaryotes: noyau

procaryotes :nucléoïdes

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57
Q

Comment est la densité des organismes les plus complexes?

A

densité plus faible

relation inverse entre densité et complexité de l’organisme

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58
Q

Quels sont les 2 facteurs qui peuvent expliquer la faible densité génique chez les eucaryotes?

A
  • augmentation de la taille des gènes

- augmentation séquences d’ADN entre les gènes : régions intergéniques (+ cours pour les procaryotes)

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59
Q

Qu’est ce que les régions intergéniques?

A

séquence d’ADN entre les gènes

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60
Q

Comment est la densité des eucaryotes simples?

A

moins de régions introniques donc plus grande densité génique

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61
Q

En quoi se divise le génome humain? (2)

A

gènes et leurs séquences associés

ADN intergéniques

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62
Q

Qu’est ce que les “séquences associées” contiennent?

A

introns
fragments de gènes
pseudogènes

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63
Q

Qu’est ce que l’ADN minisatellite?

A

séquence de taille intermédiaire (entre microsatellite et séquence d’ADN répétées dispersées) répétées en TANDEM , riche en GC,
taux de mutation élevé (donc instable)

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64
Q

Quelle est l’utilité des éléments transposables? (transposons)

A

inutile pour la cellule vivante parfois défavorable
vu comme parasite génétique (activité ne sert qu’à assurer sa propre persistance)

mais rôle dans l’évolution des espéces

  • création de nouveaux gènes
  • source d’amortissement des mutations dues à l’environnement (seulement 1,5% code pour des protéines alors moins de chance d’endommager un gène)
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65
Q

Avantage des séquences intergéniques?

A

( pas exclusives au génome )

pourrait conférer un avantage sélectif à l’organisme qui le contient

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66
Q

Quelles sont les 2 régions des kinétochores?

A

région interne - associée è l’ADN

région externe - interagit avec microtubules

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67
Q

Qu’est ce que dynéine et kinésine?

A

des kinétochores qui sont des protéines moteurs (se déplacent)
génèrent une force pour déplacer les chromosomes (mitose)

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68
Q

Qu’est ce que MAD2?

A

des kinétochores qui contrôlent l’Attachement de microtubules et augmente la tension entre kinétochores soeurs

active point “contrôle tubulaire”

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69
Q

Qu’est ce que le point “contrôle tubulaire” ?

A

son activation empêche l’anaphase tant que tous les chromosomes ne sont pas attachés aux microtubules

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70
Q

Quelles sont les 2 fonctions importantes des télomères?

A

site de recrutement pour un grand nombre de protéines
-protéines vont reconnaître l’extrémité naturelle du chromosome et la distinguer des sites potentiels de cassure de l’ADN, fonction de protection

  • les télomères possèdent des origines de réplication spécialisées et permettent à la cellule de répliquer les extrémités de ses chromosomes avec TÉLOMÉRASE
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71
Q

À quoi servent les extrémités libres d’ADN?

A

sites pour recombinaison et dégradation

72
Q

Qu’est ce que le cycle cellulaire?

A

ensemble d’évènements nécessaires à un cycle de division cellulaire
- chez les eucaryotes: maintient du même nombre de chromosomes dans les cellules filles et mères (mitotique)

73
Q

Quelle sont les 4 phases du cycle cellulaire?

A

G1 transition 1
S synthèse
G2 transition 2
M mitose

74
Q

À quoi sert la phase G1?

A

phase de préparation pour la division cellulaire

75
Q

À quoi sert la phase G2?

A

phase de vérification, la réplication este bien complétée? tout ce qu’il faut pour passer à la mitose?

76
Q

À quoi sert la phase S?

A

réplication des chromosomes

chromatides soeurs dupliqué, reliées entres elles par un processus de cohésion avec l’avtion de cohésine

77
Q

Qu’est ce qu’un chromatide?

A

chaque chromosome dupliqué

78
Q

Qu’est ce que des chromatides soeurs?

A

2 chromatides d’une même paire

79
Q

À quoi sert la cohésine?

A

maintient les chromosomes attachés jusqu’à leur ségrégation (se produit à la mitose:) anneau de protéine qui va emmailloter les chromatides soeurs

80
Q

Qu’est ce que le fuseau mitotique?

A

structure ou sont liée chaque paire de chromatide

  • ensemble de microtubules
81
Q

Quel est l’équivalent des centrosomes chez les levures et champignons?

A

corps organisateurs du fuseau mitotique

82
Q

Ou sont situés les centrosomes?

A

aux extrémités opposées de la cellule, forment les pôles vers lesquels les microtubules entraînent les chromatides

83
Q

Qu’arriverait-il sans force de cohésion?

A

chromatides soeurs rapidement déplacées vers les poles opposés

84
Q

Comment sont les chromosomes lors de la ségrégation?

A

très compacts : condensation du chromosome,ils sont entièrement démêlés ce qui facilite leur ségrégation

85
Q

Comment sont les chromosomes durant l’interphase?

A

moins compacts, plat de spaghetti

86
Q

Pourquoi est-t-il nécessaire de décompacter?

A
  1. la réplication de l’ADN nécessite réassamblage/désassemblage des protéines associées à chaque chromosome
  2. transcription génique requiert une modification de structure associées aux régions
87
Q

Que sont les protéines SMC?

A
  • pour la cohésion des chromatides soeurs et la condensation des chromosomes
  • protéines allongées, associées par paires
  • formation des complexes multiprotéiques avec protéines non-SMC
  • forme un anneau qui maintient les soeurs, enlacent ensemble les 2 hélices de l’ADN (chromatides soeurs) après réplication)
88
Q

De quoi est composé le grand anneau de la cohésine?

A

2 protéines SMC et 2 protéines non-SMC

89
Q

Quelles sont les protéines SMC dans la cohésine?

A

Smc1 et Smc3

ATPasem forment un anneau en présence d’ATP

90
Q

Quelles sont les protéines non-SMC dans la cohésine?

A

Scc1 et Scc3

lient les domaines ATPase de Smc1 et Smc3, STABILISENT L’ANNEAU, :(ferment la boucle)

91
Q

Comment se déroule le mécanisme de cohésion des chromatides soeurs?

A

passage des chromatides au travers du centre de l’anneau formé par cohésine

92
Q

Qu’est ce qui provoque l’ouverture de l’anneau de cohésine?

A

le clivage prétéolytique des sous-unités SMC

93
Q

Que nécessite la condensation des chromosomes à la ségrégation?

A

complexes comprenant les protéines SMC

- condensine et cohésine

94
Q

Qu’est ce que le complexe condensine?

A

facilite la condensation des chromosomes en reliant entres elles différentes régions éloignées du même chromosome, grandes boucles pour condenser l’ADN avant anaphase

formation d’un anneau mais pas au même endroit que cohésine

95
Q

Quelles sont les phases dans l’interphase? mitose?

A

interphase: G1 S G2
mitose: prophase, métaphase, anaphase, télophase

96
Q

Que se passe-t-il durant la prophase?

A

condensation des chromosomes, (anneaux)

enveloppe nucléaire se rompt –> métaphase

97
Q

Que se passe-t-il dans la métaphase?

A

fuseau mitotiques prend forme

kinétochores des chromatides soeurs se fixent aux microtubules

98
Q

Comment se fixe de façon CORRECTE les kinétochores?

A

2 kinétochores et les paires de chromatides sont reliés via les micro-tubules aux centres organisateurs (centrosomes) des pôles opposés

99
Q

Comment est un attachement bivalent?

A

permet aux microtubules d’exercer une tension sur les paires de chromatides en tirant chromatides soeurs dans les directions opposées

100
Q

Comment est un attachement monovalent?

A

fixation d’un seul des 2 chromatides ou de la fixation des 2 aux microtubules liés au même centrosome, aucune tension sur les chromatides

101
Q

Comment débute la ségrégation des chromosomes?

A

par la protéolyse cohésine, perte de cohésion entre chromatides soeurs, –> anaphas

102
Q

Que se passe-t-il durant l’anaphase?

A

les chromatides soeurs se séparent , tirées aux 2 extrémités de la cellule

103
Q

Que se passe-t-il durant la télophase?

A

enveloppe nucléaire se reforme autour de chaque jeu de chromosome ségrégés

104
Q

Que se passe-t-il durant la cytokinèse?

A

séparation du cytoplasme

105
Q

À quoi les étapes G1 et G2 servent (temps) ?

A
  • préparation à l’étape suivante

- vérification que la phase précédente a été correctement accomplie

106
Q

Que doivent faire les cellules avant la phase S?

A

les cellules doivent atteindre une certaine taille et un niveau synthèse protéique suffisant pour fournir protéines et nutriments –> synthèse de l’ADN

107
Q

Que se passe-t-il en cas de problème de synthèse d’ADN?

A

le système de surveillance interrompt le cycle cellulaire
prévient l’apparition d’anomalies chromosomiques

interrompre son cycle avant S ou avant mitose pour réparer les erreurs avant de reprendre le cycle

108
Q

Quelles sont les différences méiose/mitose?

A

production de cellules filles contenant 2x moins de chromosomes (haploïdes)

2 ségrégations chromosomiques successives, MAIS une seule phase de réplication d’ADN

phases G1 S et G2 prolongée

cellules doivent être diploïdes avant réplication de l’ADN

109
Q

Que se passe-t-il après la phase S dans la méiose?

A

les paires de chromatides soeurs (homologues) s’associent et se recombinent

création de liens indispensables à la cohésion des paires de chromatides soeurs au cours de la ségrégation chromosomique

110
Q

Combien y a t-il de ségrégations dans la mitose et méiose?

A

1 dans la mitose
2 dans la méiose
- méiose 1 = réductionnelle
- méiose 2 = équationnelle

111
Q

Que se passe-t-il dans la méiose 1 ?

A

paires de chromosomes homologues rejoignent les pôles opposés du fuseau de microtubules

2 kinétochores s’attachent de façon monovalente

112
Q

Quelle est la résistance présente dans la méiose 1?

A

au début les paires de chromosomes homologues résistent à la force d’attraction

résistance a cause des connections physiques induites par la recombinaison entre les paires de chromosomes homologues

après disparition de cette cohésion (anaphase 1) paires de chromosomes homologues se séparent et se dirigent vers pôles opposés. COHÉSION MAINTENUE AU CENTROMÈRE

113
Q

Comment se forment les fuseau durant la méiose 2?

A

avec chacune des 2 paires de chromatides soeurs (métaphase 2)

114
Q

Quand se déroule la deuxième ségrégation de chromosomes dans la méiose 2?

A

anaphase 2

115
Q

Comment sont les cellules à la fin de la méise 2?

A

4 cellules haploïdes

116
Q

Quels sont les 2 états possibles de la chromatine?

A

fibres de 30 et 10 nm (diamètre)

117
Q

Caractéristiques de la forme de 10 nm?

A

forme moins compacte

ressemble a un collier de perles (nucléosomes)

118
Q

Caractéristiques de la forme 30 nm?

A

version la + compacte de la chromatine

souvent repliée en grande boucle à partir d’un complexe protéique central

119
Q

Qu’est ce qu’un nucléosome?

A

octamère de 8 histones + ADN qui l’entoure

compaction 6X

120
Q

Qu’est ce que l’ADN internucléosomique?

A

l’ADN entre nucléosomes

121
Q

Quel est l’ADN le + fortement lié au nucléosome?

A

ADN du coeur

122
Q

Qu’est ce que les nucléase micrococcale ? (MNase)

A

nucléosomes qui on été purifiés en traitant les chromosomes avec nucléase non-spécifique

MNase clive ADN libre de protéines mais PAS ADN ASSOCIÉ À DES PROTÉINES

123
Q

Est-ce que l’ADN internucléosomique est variable?

A

entre 20 et 60 pb

varie entre les espèces (mais constant intra-espèce)

124
Q

Pourquoi y a-t-il des segments d’ADN non compactés en nucléosome?

A

réplication
recombinaison
expression des gènes

125
Q

Quelles sont les 5 histones en abondance chez les eucaryotes?

A

H1 H2A H2B H3 H4

126
Q

Quelles sont les caractéristiques des histones H2A H2B H3 H4?

A

histones de l’octamère (autour duquel l’adn s’enroule)

quantité égale dans la cellule

127
Q

Que fait l’histone H1?

A

elle se lie à l’ADN internucléosomique, 2x - abondante que les autres

128
Q

de quoi sont constituées les histones?

A

histones fortement liées à l’ADN NÉGATIVEMENT chargées

donc elle sont des petites protéines chargées positivement
au moins 20% des résidus sont des lysines et arginines (grande affinité)

129
Q

Qu’est ce que le domaine globulaire des histones?

A

région conservée dans toutes les histones de l’octamère (domaine de repliement)

  • 3 régions en hélices séparées par 2 boucles non structurées
  • permet la formation de structures intermédiaires moins organisées (hétérodimères)
130
Q

Qu’est ce que les hétérodimères?

A

structure intermédiaire formée sur les domaines globulaires des histones
H3+H4 = hétérodimères

131
Q

Que forme une associationd’hétérodimères?

A

des tétramères

132
Q

Que forment H2A et H2B?

A

des hétérodimères entre eux MAIS INCAPABLE de former des TÉTRAMÈRES

133
Q

Comment se passe l’assemblage du nucléosome?

A
  • assemblage ordonné entre l’ADN et tout ses constituants
  • tétramère H3 H4 se lie à l’ADN
  • 2 dimères H2A et H2B s’associent au complexe ADN-H3-H4
134
Q

Quelles histones se lient en premier à l’ADN?

A

le tétramère formé de H3 et H4

135
Q

Quelle molécule possède une queue?

A

les histones de l’octamère

136
Q

Caractéristiques des queues amino-terminales?

A

accessibles aux protéases
mis en évidence par la digestion à la trypsine
cibles de modification en altérant la fonction individuelle du nucléosome

137
Q

Que cause un traitement protéasique?

A

isole (coupe) les queues

138
Q

Quelles sont les altérations que peuvent subir les queues?

A

phosphorylation
acétylation
méthylation

139
Q

Quelles sont les histones qui peuvent subir le plus de modifications post-traductionnelles?

A

H3 et H4

140
Q

Que sont les axes de la dyade?

A

le nucléosome présente un double axe de symétrie (division de 12 à 6h)

141
Q

Quelles éléments interagissent avec une région spécifique de l’ADN (intérieur du nucléosome) ?

A

tétramèreH3-H4

dimère H2A H2B

142
Q

Comment se divisent les 147 paires de base?

A

histones du tétramère H3-H4: 60pb partie centrale

Partie terminale formé de H3, forme 4ième hélice, réagit avec les 13pb de chaque côté

dimères H2A-H2B associé ave 30bp de part et d’autre du 60pb

143
Q

Comment peut-on expliquer l’assemblage ordonné du nucléosome?

A

les nombreuses interactions entre le tétramère H3-H4 et l’ADN

    • cause des courbures et tensions considérables de l’ADN
    • facilite accès aux dimères H2A-H2B
144
Q

Combien y-a-t-il de points de contact différents entre histone et ADN?

A

14 points de contact différents (à chaque fois que le petit sillon de l’ADN touche l’octamère de l’histone)

145
Q

Qu’est ce qu’implique les points de contact entre histone et ADN?

A

implique un grand nombre de liaison H+

majorité entre les protéines et les atomes d’oxygène des phosphodiester du petit sillon

146
Q

Que permettent les liaisons H+?

A

à l’origine de la force qui permet la courbure ADN, failité par la nature basique des histones qui masquent la charge -des phosphates

147
Q

D’ou émergent les 4 queues H2B et H3?

A

entre les 2 sillons de l’ADN

- point de sortie se forme à partir de 2 petits sillons adjacents, ouverture GAP entre 2 hélices d’ADN

148
Q

D’ou émergent les queues terminales H2A et H4?

A

au dessus des 2 hélices d’ADN (pas au travers)

149
Q

Dans quelle directions les queues d’histones font enrouler l’ADN?

A

comme les sillons d’une vis
dirigent l’enroulement d’ADN par la gauche

DONC surenroulement négatif

150
Q

Quels sont les 2 conformations chromatiniennes?

A

euchromatine et hétérochromatine

151
Q

Qu’est ce qui caractérise l’hétérochromatine?

A

marquage dense (foncé) avec de nombreux contrastes et apparence condensée

** zone de FAIBLE expression de gènes (eu transcrits donc réprimés)
important pour suppression d’expression génique

152
Q

Qu’est ce qui caractérise l’euchromatine?

A

présente les caractéristiques inverses à l’hétérochromatine

** zone de FORTE expression génique

153
Q

Quelles sont les différences / ressemblance entre l’hétérochromatine et euchromatine?

A

dans les 2 cas : ADN condensé en nucléosomes

différence: différence dans l’assemblage ou non des nucléosomes en structure complexe

154
Q

Que se passe-t-il lorsque les nucléosomes sont formés?

A

fixation de l’histone H1 qui interagit avec l’ADN

internucléosomique, resserre l’association de l’ADN avec nucléosome

155
Q

Comment H1 agit dans la protection?

A

il y a 147 pb protégés par les histones de l’octamère

H1 protège 20pb additionnelles

156
Q

Que lie l’histone H1?

A

2 régions distinctes du duplexe d’ADN appartenant à une seule molécule d’ADN associée à un nucléosome

1er région: dans ADN internucléosomique
2ieme région: au milieu des 147pb associées au nucléosome

_> effet: rapproche les 2 régions , la qte d’ADN associée au nucléosome augmente (resserre l’angle)

157
Q

Qu’est ce qui induit un plus grand resserrement de l’ADN ente les nucléosomes?

A

H1

fixation de H1 donne un angle + défini pour l’entrée et la sortie de l’ADN du nucléosome

158
Q

Par quoi est influencé l’angle de resserrement causé par H1 ?

A

pH, sel, présence d’autre protéines

159
Q

Que provoque l’ajout de H1 in vitro?

A

formation de fibre de 30 mn à partir de l’ADN nucléosomal

160
Q

Caractéristiques du second niveau de compactation de l’ADN?

A

formation de fibres de 30nm

ADN devient beaucoup moins accessible aux enzymes dépendantes de l’ADN (ARN polymérase)

161
Q

Quels sont les 2 modèles de représentation de la fibre de 30nm?

A

modèle solénoïde

modèle en zigzag

162
Q

Caractéristiques du modèle solénoïde?

A

ADN nucléosomal forme une superhélice contenant 6 nucléosomes par tour

-> ADN internucléosomique enfoui au centre de la superhélice, donc ne passe jamais à travers l’axe de la fibre, donc LUMIÈRE

163
Q

Caractéristiques du modèle en zigzag?

A

modèle alternatif, repose sur l’organisation en zigzag que prennent les nucléosomes après ajout de H1

-> ADN internucléosomique bien droit passe au travers de l’axe central de la fibre, donc PAS de lumière

164
Q

Quels modèle entre zigzag et solénoïde a une lumière au centre?

A

solénoïde

165
Q

Quel modèle est privilégié pour l’analyse par diffraction au rayons X entre zigzag et solénoïde?

A

zigzag

166
Q

Pourquoi les 2 modèles, zigzag et solénoïde, peuvent être correctes?

A

puisque la taille ADN internucléosomique varie entre différentes espèces, forme fibres de 30nm différentes

167
Q

Quelle est l’utilité des queues N-terminales pour la formation de fibres de 30nm?

A

sans queue: histones incapables de former les fibres de 30nm

les queues stabilisent la fibre de 30nm par interaction entre les nucléosomes adjacents.

168
Q

Quelles queues interagissent avec le coeur du nucléosome adjacent?

A

H2A
H4
H4

169
Q

Les queues N-terminales des histones dont les cibles de modification dans la cellule donc?….

A

elle peuvent réguler l’histone pour former les fibres de 30nm ou d’autres structures nucléosomiques d’ordre supérieur

170
Q

Qu’est ce que la matrice nucléaire?

A

structure protéique, qui retient les fibres de 30nm qui forment des boucles de 40 a 90kb (repliement additionnel de la fibre de 30nm)

171
Q

Quelles sont les 2 classes de protéines dans la matrice nucléaire?

A

topoisomérase 2

protéines SMC

172
Q

Caractéristiques de la topoisomérase 2 (dans la matrice nucléaire)?

A

en abondance dans la matrice, associée aux chromosomes en mitose après purification

traitement des cellules provoque la cassure de l’ADN aux sites de fixation de la topo 2 (génère fragments ADN 50)

fixe l’ADN à la base de ces boucles

173
Q

Caractéristiques des protéines SMC?

A

composant abondant dans la matrice nucléaire

composant clé des machineries qui condense et assemble les chromatides soeurs durant la duplication des chromosomes

174
Q

Qu’est ce que H2A.X?

A

variant de H2A, répandu dans les nucléosomes eucaryotes,

si ADN subit une cassure double brin, H2A.X à proximité devient phosphorylé donc ACTIVÉ

–> H2A.X phosphorylé recrute des enzymes de réparation de l’ADN au site du dommage

175
Q

Qu’est ce que CENP-A?

A

variant de H3, dans les nucléosomes (incorporés dans le kinétochore) associés à l’ADN du centromère

a une queue N-terminale + longue que celle de H3, mais repliement central similaire

queue + longue = nouveaux sites de fixation pour d’auters protéines

2- introduction à la génétique (6 decks)

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