Sem6

Question 1

Quels sont les 3 problème principaux de la PCR?

Answer 1

• effet stachostatique de la PCR
• Stutters
• Addition A incomplète

Question 2

A quoi la sensibilité de la PCR est proportionnelle?

Answer 2

Proportionnelle au nombre de cycle de copiage

Question 3

Empiriquement avec cbm de cycle et quelle masse d’adn obtient t’on un bon profil ADN?

Answer 3

30 cycles de PCR et 500picogrammes d’ADN

Question 4

Théoriquement il suffirait d’une cellule d’ADN mais empiriquement cbm au minimum?

Answer 4

Minimum 100 cellules

Question 5

Quelle est l’effet stochastiques de la PCR?

Answer 5

Si peu d’ADN il est sujet à L’effet stachostique. Des légère fluctuations cela fausse les résultats. Si bcp d’ADN ces légères fluctuations passent inaperçus
(Expérience des billes)

Question 6

Quel sont les problèmes sur les allèles lors d’effets stochastique?

Answer 6

-peak imbalance
-allèle drop in
-allele drop out
-marker drop out

Question 7

Comment résoudre l’effets stochastique si peu d’ADN?

Answer 7

1.Répéter suffisamment de fois l’expérience. Refaire plus de cycle et combiner les différentes répliques

2. Recherche d’un profil consensus

Question 8

Qu’est ce qu’un peak imbalance?

Answer 8

Allèle avec un pic extrement bas ou extrêmement haut sans raison apparente

Question 9

Qu’est ce qu’un allèle drop in?

Answer 9

Pic de quelque chose autre. Svt amplification d’autre chose, svt contamination

Question 10

Est-ce qu’un allèle drop out?

Answer 10

Un allèle du profil n’apparaît pas oups

Question 11

Qu’est ce qu’un marker drop out?

Answer 11

Manque les 2 allèles d’un marker (double oups)

Question 12

Comment détecter la présence des effets stochastiques?

Answer 12

Signal faible
Proche du bruit de fond
(Page 8)

Question 13

Si augmenter le nbre de cycles réduit les allèles drop out et locus drop out , qu’est ce qui apparaît?

Answer 13

Allèle drop in car on augment le risque de contamination

Question 14

Que gagne t’on à faire une recherche d’un profil consensus?

Answer 14

Gain de fiabilité par l’analyse de plusieurs aliquotes du même extrait

Question 15

Comment gagner en fiabilité par l’analyse de plusieurs aliquotes du même extrait?

Answer 15

On sépare le peu d’ADN qu’on a pour pouvoir faire plusieurs fois l’analyse comme on peu comparer les différents résulta et éliminer les erreurs

Question 16

Mieux vaut faire 3 x 10 pg ou 1x 30pg?

Answer 16

3x 10 car tant qu’on a pas atteint un certain seuil l’effet stochastique est trop fort

Question 17

Qu’est-ce qu’un stutters?

Answer 17

Un allèle ayant un ou plusieurs élément répétitif de moins que l’allele nominal

Question 18

Comment se produit un stutter?

Answer 18

Pdt le copiage glissagement en arrière et donc le brin d’ADN ne copie que 6 unités et non 7, et donc se produira en tant qu’allège -1.

Question 19

Quand se produit un stutter?

Answer 19

Se produit le copiage des allèles

Question 20

Comment interprèter les pics de stutter?

Answer 20

Se méfier du pic en 0 et pic en -1, le -1 peut être un glissement

Question 21

Quels sont les solutions pour empêcher l’apparition des stutters?

Answer 21

1. Utiliser uniquement des STR comprenant des répétitions de tetra et penta nucleotides
   Exemple TAGATAGATAGA
   TCAGTCAGTCAG
2. Utiliser enzyme qui réduit le risque de glissement des brins d’ADN

Question 22

Quelle est l’enzyme qui réduit les glissement ?

Answer 22

Taq Gold

Question 23

Qu’est-ce que l’addition A incomplète?

Answer 23

L’ADN polymérisé tend à ajouter un nucleotides Adenine au-delà du dernier nucleotides du brin d’ADN modèle

Question 24

Comment reconnaître le cas d’addition A incomplète?

Answer 24

Problème généraliser sur tt le profil avec la présence de «split» pics

Question 25

Qu’est ce qu’un split pic?

Answer 25

Un allèle avec 2 pics, un à cause d’un -A et un +A

Question 26

Quels sont les solutions pour empêcher les addition A incomplète?

Answer 26

1. Prolonger le temps du dernier cycle de la PCR pour que tous aient +A
2. Utiliser moins d’ADN

Question 27

Quels sont les artefacts liés à l’électrophorese?

Answer 27

1. Dye blob
2. pull-up
3. Spike

Question 28

Qu’est ce que le dye blob?

Answer 28

Un colorant se détache et est enregistré car fluorescent bien qu’il n’y ait pas d’ADN attaché.

Question 29

Quand est ce que les dye blob à tendance à se produire?

Answer 29

Si qualité des réactifs défectueux ou vieux

Question 30

Comment reconnaître un dye blob?

Answer 30

-La forme du pic (plus large)
- dans tous les échantillons du même couleur, analyse avec le même kit
- généralement de faible intensité
Page 22 et 23

Question 31

Quels solutions pour un dye blob?

Answer 31

• comparer les résultats obtenus avec deux kits différents

-entraîner le logiciel pour les reconnaître

Question 32

Quel est ce qu’un pull-up?

Answer 32

Une contamination de couleur
Par exemple les allerles en bleu ajoutent des petits allèles dans les autres couleurs

Question 33

Pk le pull-up peut arriver?

Answer 33

Lorsque l’excitation des chlorophylles redescend, ils restituent leur énergies sous forme de SPECTRE et donc atteint également les autres couleurs?

Question 34

Grâce à quoi la machine est normalement programmé pour garder le pic majoritaire?

Answer 34

Calibration spectral

Question 35

Comment reconnaître un pull up?

Answer 35

• position et alignement
• pic contaminant très grand

Question 36

Quelle solutions d’un pull-up?

Answer 36

• analyse moins de produit PCR
• refaire la calibration spectrale

Question 37

Qu’est ce qu’un spike?

Answer 37

Injection d’une impureté visible dans toutes les couleurs/ instabilité électrique lié au voltage élevé

Question 38

Le spike est une erreur sur le standard interne de taille?

Answer 38

Vrau

Question 39

Comment reconnaître un spike?

Answer 39

• forme de pic très pointu
• visible dans toute les couleur

Question 40

Pk un spike peut faire décaler tout le profil ADN?

Answer 40

Tout les ADN de tailles connus sont alignés mais si problème de lecture les choses ne sont pas aligné le logiciel se trompe et prend le spike et donc tout est mal aligné et toi se décale d’une allèle

Question 41

Comment dépister un artefact,

Answer 41

Avoir des blancs-> contrôle positif et négatif

Question 42

Quels solutions lors d’un spike ?

Answer 42

Refaire l’electrophorese capillaire de l’échantillon