Sem6 Flashcards
Quels sont les 3 problème principaux de la PCR?
- effet stachostatique de la PCR
- Stutters
- Addition A incomplète
A quoi la sensibilité de la PCR est proportionnelle?
Proportionnelle au nombre de cycle de copiage
Empiriquement avec cbm de cycle et quelle masse d’adn obtient t’on un bon profil ADN?
30 cycles de PCR et 500picogrammes d’ADN
Théoriquement il suffirait d’une cellule d’ADN mais empiriquement cbm au minimum?
Minimum 100 cellules
Quelle est l’effet stochastiques de la PCR?
Si peu d’ADN il est sujet à L’effet stachostique. Des légère fluctuations cela fausse les résultats. Si bcp d’ADN ces légères fluctuations passent inaperçus
(Expérience des billes)
Variabilité des résultats du au hasard
Quel sont les problèmes sur les allèles lors d’effets stochastique?
-peak imbalance
-allèle drop in
-allele drop out
-marker drop out
Comment résoudre l’effets stochastique si peu d’ADN?
1.Répéter suffisamment de fois l’expérience. Refaire plus de cycle et combiner les différentes répliques
- Recherche d’un profil consensus
Qu’est ce qu’un peak imbalance?
Allèle avec un pic extrement bas ou extrêmement haut sans raison apparente
Qu’est ce qu’un allèle drop in?
Pic de quelque chose autre. Svt amplification d’autre chose, svt contamination
Est-ce qu’un allèle drop out?
Un allèle du profil n’apparaît pas oups
Qu’est ce qu’un marker drop out?
Manque les 2 allèles d’un marker (double oups)
Comment détecter la présence des effets stochastiques?
Signal faible
Proche du bruit de fond
(Page 8)
Si augmenter le nbre de cycles réduit les allèles drop out et locus drop out , qu’est ce qui apparaît?
Allèle drop in car on augment le risque de contamination
Que gagne t’on à faire une recherche d’un profil consensus?
Gain de fiabilité par l’analyse de plusieurs aliquotes du même extrait
Comment gagner en fiabilité par l’analyse de plusieurs aliquotes du même extrait?
On sépare le peu d’ADN qu’on a pour pouvoir faire plusieurs fois l’analyse comme on peu comparer les différents résulta et éliminer les erreurs
Mieux vaut faire 3 x 10 pg ou 1x 30pg?
3x 10 car tant qu’on a pas atteint un certain seuil l’effet stochastique est trop fort
Qu’est-ce qu’un stutters?
Un allèle ayant un ou plusieurs élément répétitif de moins que l’allele nominal
Comment se produit un stutter?
Pdt le copiage glissagement en arrière et donc le brin d’ADN ne copie que 6 unités et non 7, et donc se produira en tant qu’allège -1.
Quand se produit un stutter?
Se produit le copiage des allèles
Comment interprèter les pics de stutter?
Se méfier du pic en 0 et pic en -1, le -1 peut être un glissement
Quels sont les solutions pour empêcher l’apparition des stutters?
- Utiliser uniquement des STR comprenant des répétitions de tetra et penta nucleotides
Exemple TAGATAGATAGA
TCAGTCAGTCAG - Utiliser enzyme qui réduit le risque de glissement des brins d’ADN
Quelle est l’enzyme qui réduit les glissement ?
Taq Gold
Qu’est-ce que l’addition A incomplète?
L’ADN polymérisé tend à ajouter un nucleotides Adenine au-delà du dernier nucleotides du brin d’ADN modèle
Comment reconnaître le cas d’addition A incomplète?
Problème généraliser sur tt le profil avec la présence de «split» pics
