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Traces Biologique > Sem2 > Flashcards

Sem2 Flashcards

1
Q

Quelles sont-elles les grande étapes entre le corps humain jusqu’au profile ADN?

A

Corps-cellule-ADN-allele-adn amplification -electrophorese- profile ADN

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Q

Que représente la phase d’extraction d’ADN?

A

L’étape cruciale permettant d’obtenir un ADN en quantité et qualité suffisantes pour rendre possible l’établissement d’un profil génétique

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3
Q

Quelle est la phase initiale de tout les protocoles d’extraction?

A

Lyser les cellules présentes dans l’échantillon pour en libérer l’ADN

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4
Q

Qu’utilise t’on pour la lyse cellulaire?

A

-le SDS (sodium dodecyl sulfate)
-la protéinase K
-l’Ebullition

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5
Q

Qu’est ce que le SDS?

A

Le sodium dodecyl sulfate est un détergent anionique qui perturbe les interactions non covalentes des protéines

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6
Q

Qu’est ce que la proteinase K?

A

Un enzyme capable de dégrader les protéines

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7
Q

À quoi sert l’ébullition?

A

Désintègre la cellule

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8
Q

Citer les différentes méthodes qui servent à extraire l’ADN?

A

-Purification de l’ADN à base de silice (kits quiagen)
-purification de l’ADN -phénol-chloroforme
-extraction de l’ADN-papier FTA
-extraction de l’ADN-differentielle

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9
Q

Sur quoi est basé la purification de l’ADN à base de silice?

A

Méthode basée sur l’utilisation de colonnes qui possèdent une membrane de gel-silice capable de fixer l’ADN

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10
Q

Comment fonctionne la purification de l’ADN à base de silice?

A

L’ADN est lié à la membrane de gel-silice en présence d’une haute concentration ionique et les protéines et autres impuretés sont ensuite éliminées au cours de deux centrifugations en présence d’un tampon de lavage. L’ADN est ensuite récupéré dans un tub neuf grâce a une centrifugation en présence d’un tampon d’elution de pH basique et de faible concentration ionique

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11
Q

Comment fonctionne la purification de l’ADN à base de silice?

A

L’ADN est lié à la membrane de gel-silice en présence d’une haute concentration ionique et les protéines et autres impuretés sont ensuite éliminées au cours de deux centrifugations en présence d’un tampon de lavage. L’ADN est ensuite récupéré dans un tub neuf grâce a une centrifugation en présence d’un tampon d’elution de pH basique et de faible concentration ionique

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12
Q

Comment se fait il que l’ADN s’accroche à la silice.

A

La silice et charge négativement et l’ADN aussi grâce au groupe phosphate.
On y are un cation comme pont pour les lier. Ce pont permet ensuite de les séparer plus facilement

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13
Q

Quelles sont les avantage des kits qiagen?

A

-extrait ADN de bonne qualité
-existence de différents kits adaptés à l’extraction de certain types d’echantillon

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14
Q

Quel type d’extraction est la purification d’ADN? Qu’ajoute t’on à la trace lysee?

A

Extraction organique
Ajout d’un mélange de phénol et de chloroforme (PCIA)

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15
Q

Comment fonctionne la purification de l’ADN ?

A
  1. Ajout de phénol et chloroforme
  2. Centrifugation permet de séparer l’ADN qui est soluble dans la phase aqueuse (supérieure), des protéines et des lipides qui ont plus d’affinité pour la phase organique (inférieure)
  3. L’ADN est ensuite récupéré avec le transfert de la phase aqueuse dans un nouveau tube
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16
Q

Quels sont les inconveniants de l’extraction d’ADN avec phénol -chloroforme?

A

-protocole d’extraction long
-utilisation de produits chimiques toxiques
-nécessite une étape de concentration de l’extrait
-perte d’une partie de l’ADN au niveau de l’interphase organique/aqueuse

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17
Q

Quel sont les avantages de l’extraction de l’ADN -phenol-chloroforme?

A

-extrait d’ADN relativement pur
-possibilité d’extraire un échantillon de relativement grande taille

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18
Q

Qu’est l’extraction d’ADN avec papier FTA?

A

Le papier FTA est un papier absorbant qui contient des substances chimiques capable de préserver l’ADN de l’action des nucléaires ainsi que d’empêcher la croissance des bactéries

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19
Q

Pour qu’elle trace biologique utilise t’on le papier FTA?

A

Moyen de stockage d’échantillons de salive et de sang

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20
Q

Comment fonctionne le papier FTA?

A

Les cellules déposées sur le papier sont lysee à son contact et l’ADN se lie à la matrice du papier

Ensuite lavage

Ensuite le punch contenant l’ADN lave peut être directement introduit dans un tube par pour l’amplification

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21
Q

Quel sont les avantage du papier FTA?

A

-permet de conserver la salive et le sang à température ambiante pdt plusieurs années
-protocoles d’extraction rapide
-récupération d’une proportion importante de l’ADN de depart (peu de perte)
-quantité d’ADN extrait généralement constante (selon la taille du punch)

22
Q

Que permet l’extraction différentielle?

A

Permet de séparer l’ADN des spermatozoides de celui des autres cellules, en principe majoritairement féminine

23
Q

Quelle produit est utilisée pour lyser les cellules lors de l’extraction différentielle?

A

Une solution de SDS et proteinase K

24
Q

Lors de la lyse pdt l’extraction différentielle est ce que les cellules épithéliales résistent à la lyse?

A

Non les spermatozoïdes résistent, le cellules épithéliales sont lysees

25
Q

Que permet l’ajout de DTT (dithiothreitol) aux spermatozoïdes?

A

Permet de rompre les ponts disulfures des protéines qui lie le noyau et l’ADN et d’en extraire l’ADN

26
Q

Que permet un pont disulfure?

A

2 cysteines peuvent former une liaison covalente entre elles par l’intermédiaire de l’atome soufre de leur radical.
Cela permet de compacter l’ADN dans le noyau des spermatozoïdes

27
Q

Quels sont les caractéristiques du système Differex?

A

-extrait ADN de bonne qualité
-séparation efficaces des fractions spermatiques et épithéliales

28
Q

Qu’est ce que la polymerase Chain Reaction (PCR)?
Qui a créé quand?

A

Technique de copiage moléculaire, technique d’amplification de l’ADN
Katy Mullins 1986

29
Q

Que détermine la paire d’amorce?

A

Déterminent quelle partie de l’ADN va être copiée

30
Q

Lors de PCR, cbm de cycle de copiage fait on?

A

30cycles

31
Q

Comment fonctionne un cycle PCR?

A
  1. Dénaturation -> séparer 2 brins d’ADN en chauffant (liaisons hydrogène faible)
  2. Amorce peut brin d’ADN avec séquence spécifique-> reco+ indique quelle partie il faut copier (s’attache par complémentarité)
  3. Polymerisation-> synthèse du nouveau brin d’ADN
32
Q

Quels sont les outils nécessaire pour une PCR?

A

ADN polymerase
Amorces
Nucléarisés
pH entre 8 et 9 et présence de Mg2+

33
Q

Qu’est ce que l’ADN polymerase?

A

Enzyme de copiage d’ADN qui a la capacité d’accrocher des nucléarisés les uns aux autres en se servant d’un brin d’ADN comme modèle

34
Q

Qu’est-ce que les amorces?

A

Une paire de petits morceaux d’ADN synthétiques qui vont encadrer la zone d’ADN à copier et ainsi diriger le travail de copiage de l’ADN polymerase

35
Q

Qu’est-ce Waze les nucléarisés?

A

Les constituants des copies d’ADN à construire

36
Q

Comment fonctionne la machine PCR?

A

L’amplification se fait grâce a des blocs PCR qui sont capable de chauffer et de refroidir rapidement le mélange constitué par l’extrait d’ADN et les produits des kits d’amplification

37
Q

Quelles sont les 3 étapes d’une machine PCR ?

A
  1. Dénaturation 95°
  2. Hybridation 55-60°
  3. Élongation 72°
38
Q

Comment a t’on découvert l’ADN polymerase le plus courrment utilisée pour la PCR?

A

Dans la bactérie Thermus AQuaticus (TAQ)

39
Q

Pourquoi utilise t’on la polymerase TAQ?

A

Résiste aux températures élevées de la PCR ( pas besoin d’en rajouter à chaque cycle)

“Hot start” -> ADN polymerase modifiée pour rester inactive tant qu’elle n’a pas été chauffée

40
Q

À quoi sert l’éectrophorese capillaire?

A

Manipulation pour pouvoir lire l’ADN

41
Q

Qu’est ce que le marquage fluorescent?

A

Des colorants qui émettent de la lumière lorsqu’ils sont stimulés par une lumière d’excitation adéquate

42
Q

Quelles sont les 4 marquages différents? Quelles sont leur longueur d’onde?

A

FAM (bleu) (540nm)
JOE (vert) 560 mm
TAMRA (NED) (jaune) 580 nm
ROX (rouge) 610 nm

43
Q

Que permet l’électrophorese?

A

Une technique permettant de séparer les molécules de différent taille par leur différences de mobilité dans un champ électrique

44
Q

Comment fonctionne l’électrophorese?

A

Pour se déplacer dans le champ électrique, les molécules à séparer se trouve dans un liquide. Le papier buvard au milieu gélatineux exerce un n effet de tamisage moléculaire, freinât les molécules d’autant plus fort qu’elles sont grosses, et permettant une remarquable séparation selon la taille

45
Q

Ou se déroule l’électrophorese de capillaire?

A

Se déroule dans un tube fin qui est rempli d’une solution visqueuse : le polymère

46
Q

Pourquoi l’electrophorese capillaire permet de réduire le temps d’analyse?

A

Grâce à la finesse du capillaire, l’échange de chaleur avec l’environnement est bcp plus rapide. Il est donc possible d’appliquer des tensions électriques élevées qui permet de réduire ce temps d’analyse

47
Q

Quelle est la différence du filtre optique et la matrice ?

A

Dans le filtre optique il y a un chevauchement des couleurs alors que dans le matrice le signal des autres couleurs présentes par le chevauchement spectral est éliminé

48
Q

Quelle est la différence du filtre optique et la matrice ?

A

Dans le filtre optique il y a un chevauchement des couleurs alors que dans le matrice le signal des autres couleurs présentes par le chevauchement spectral est éliminé

49
Q

Comment le standard de taille de la taille des fragment d’ADN est formé?

A

Par des molécules d’ADN de taille connu marqué avec un colorant fluorescents différent.
Un graphe taille/temps(s) forme une droite de correlation

50
Q

Comment s’appelle le soft qui permet d’identifier les allèles en les comparant avec l’échelle alleloque du kit?

A

Étalon allélique

51
Q

Comment fonctionne l’identification des allèles?

A
  1. Détection du signal brut par un filtre optique
  2. Identification des couleurs des amplifications par une calibration spectrale
  3. Détermination de la taille des molécules ADN (allèles) par le marqueur de taille
  4. Allèles nommés en utilisant un étalon allélique
52
Q

Comment fonctionne l’identification des allèles?

A
  1. Détection du signal brut par un filtre optique
  2. Identification des couleurs des amplifications par une calibration spectrale
  3. Détermination de la taille des molécules ADN (allèles) par le marqueur de taille
  4. Allèles nommés en utilisant un étalon allélique

Traces Biologique (3 decks)

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