Secuenciamiento Flashcards
Qué es la secuenciación?
Saber la secuencia de nucleótidos de un genoma
Secuenciación de 1era generación
SANGER
Primera tecnología con la que se secuencio el gen humano
SANGER
Tecnología que:
- Es muy precisa
- Analiza 1 por 1 las bases
- MUY costosa
- Muy tardada
- Secuencia segmentos largos
- Ineficiente para secuencias genomas completos
- Coloca ddNTP
SANGER
Secuencias que nos ayuda secuenciar SANGER
- Secuencias de segmentos largos (>900 pb)
- Plásmidos
- Mutaciones
- Amplicones
Los primers son…
oligonucleótidos
Elementos utilizados para PCR
- ADN muestra
- Primers (oligonucleótidos)
- Master mix (polimerasa+magnesio+desoxirribonucleótidos)
- Detección equimolar
Los ddNTPs que son y qué hacen?
Nucleótidos mutantes (dideoxinucleótidos)
- Utilizados en SANGER en su PCR
- Finaliza la replicación y crecimiento de cadena
- Tienen fluorescencia y pueden detectarse por electroforesis
Cuáles son las next generation sequencies (NGS)?
2da generación: por síntesis (ILLUMINA y ION TORRENT)
3ra generación: por molécula única (nanoporoes e hibridación)
Las NGS no son tan precisas como SANGER pero son más rápidas
V o F
V
Tecnologías que:
- No secuencian secuencias largas (100-300 pb)
- No tan precisas
- Rápidas
Next Generation Sequencies
Qué dice la Ley de Moore?
Al aumentar la tecnología, disminuye el costo y aumenta el rendimiento de proceso de información
ILLUMINA es una plataforma de…
Cómo hace su secuenciación?
2da generación (NGS)
- Secuenciación por síntesis
Que secuenciación tiene las 3 B? (BBB: Bueno, Bonito y Barato)
ILLUMINA
Cómo funciona la secuenciación por síntesis y quién la realiza?
ILLUMINA e ION TORRENT
- Se secuencia generando copias ->
- Se añaden dNTP en el extremo hidroxilo en la síntesis de ADN y cada uno va a emitir un color fluorescente
- La luz se transforma en un electroferograma
Tecnología que:
- Analiza exomas
- Alto rendimiento y bajo costo
- Analiza variantes (mutaciones)
- Genera síntesis de nuevas cadenas de ADN a partir de una muestra
- No se colocan ddNTP
ILLUMINA
Desventajas de la secuenciación por síntesis (ILLUMINA)
- Solo leen 150-300 pb
- La polimerasa tiene tasa de error de 99.9%
ejemplos de 2nd generation sequencies
ILLUMINA
ION TORRENT
Cómo funciona ION TORRENT?
- Secuenciación de síntesis
- Traduce info por iones
- Trabaja con perlas flotantes
- Cada que se añaden dNTPs, el aparato los detecta a través de los cambios en el pH (cuando se añaden, se libera un hidrógeno de 3’ y cambian el pH)
La secuenciación por molécula única a que corresponde?
3era generación
La secuenciación por síntesis a que corresponde?
A 2da generación
Secuenciamiento que va secuenciando cada vez que se añade el nucleótido en tiempo real
Secuenciación en tiempo real de la molécula única (SMRT)
- 3era generación
Secuenciamientos que:
- Son caras
- Leen lecturas largas (2000-50,000 pbs)
- Forma plásmidos (ADN circular)
- Al mismo tiempo que añade nucleótidos va secuenciando
- Muy precisa
3era generación
- PAC BIO
- OXFORD NANOPOROS
Secuenciamiento que
- Detecta paso de moléculas de ADN por nanoporos
- Lecturas largas
- Ensambla genomas completos
- Muy precioso y muy costoso
- Genera pulsos hidrogeniones
- Se secuencia en el momento
OXFORD NANOPOROS (3era gen)
Secuenciamiento que permite secuenciar genomas completos
OXFORD NANOPORO
Secuenciamiento que permite ensamblar genomas nuevos donde no hay uno de referencia
PAC BIO
