Secuenciamiento

Question 1

Qué es la secuenciación?

Answer 1

Saber la secuencia de nucleótidos de un genoma

Question 2

Secuenciación de 1era generación

Answer 2

SANGER

Question 3

Primera tecnología con la que se secuencio el gen humano

Answer 3

SANGER

Question 4

Tecnología que:
- Es muy precisa
- Analiza 1 por 1 las bases
- MUY costosa
- Muy tardada
- Secuencia segmentos largos
- Ineficiente para secuencias genomas completos
- Coloca ddNTP

Answer 4

SANGER

Question 5

Secuencias que nos ayuda secuenciar SANGER

Answer 5

• Secuencias de segmentos largos (>900 pb)
• Plásmidos
• Mutaciones
• Amplicones

Question 6

Los primers son…

Answer 6

oligonucleótidos

Question 7

Elementos utilizados para PCR

Answer 7

• ADN muestra
• Primers (oligonucleótidos)
• Master mix (polimerasa+magnesio+desoxirribonucleótidos)
• Detección equimolar

Question 8

Los ddNTPs que son y qué hacen?

Answer 8

Nucleótidos mutantes (dideoxinucleótidos)
- Utilizados en SANGER en su PCR
- Finaliza la replicación y crecimiento de cadena
- Tienen fluorescencia y pueden detectarse por electroforesis

Question 9

Cuáles son las next generation sequencies (NGS)?

Answer 9

2da generación: por síntesis (ILLUMINA y ION TORRENT)
3ra generación: por molécula única (nanoporoes e hibridación)

Question 10

Las NGS no son tan precisas como SANGER pero son más rápidas

V o F

Answer 10

V

Question 11

Tecnologías que:
- No secuencian secuencias largas (100-300 pb)
- No tan precisas
- Rápidas

Answer 11

Next Generation Sequencies

Question 12

Qué dice la Ley de Moore?

Answer 12

Al aumentar la tecnología, disminuye el costo y aumenta el rendimiento de proceso de información

Question 13

ILLUMINA es una plataforma de…
Cómo hace su secuenciación?

Answer 13

2da generación (NGS)
- Secuenciación por síntesis

Question 14

Que secuenciación tiene las 3 B? (BBB: Bueno, Bonito y Barato)

Answer 14

ILLUMINA

Question 15

Cómo funciona la secuenciación por síntesis y quién la realiza?

Answer 15

ILLUMINA e ION TORRENT
- Se secuencia generando copias ->
- Se añaden dNTP en el extremo hidroxilo en la síntesis de ADN y cada uno va a emitir un color fluorescente
- La luz se transforma en un electroferograma

Question 16

Tecnología que:
- Analiza exomas
- Alto rendimiento y bajo costo
- Analiza variantes (mutaciones)
- Genera síntesis de nuevas cadenas de ADN a partir de una muestra
- No se colocan ddNTP

Answer 16

ILLUMINA

Question 17

Desventajas de la secuenciación por síntesis (ILLUMINA)

Answer 17

• Solo leen 150-300 pb
• La polimerasa tiene tasa de error de 99.9%

Question 18

ejemplos de 2nd generation sequencies

Answer 18

ILLUMINA
ION TORRENT

Question 19

Cómo funciona ION TORRENT?

Answer 19

• Secuenciación de síntesis
• Traduce info por iones
• Trabaja con perlas flotantes
• Cada que se añaden dNTPs, el aparato los detecta a través de los cambios en el pH (cuando se añaden, se libera un hidrógeno de 3’ y cambian el pH)

Question 20

La secuenciación por molécula única a que corresponde?

Answer 20

3era generación

Question 21

La secuenciación por síntesis a que corresponde?

Answer 21

A 2da generación

Question 22

Secuenciamiento que va secuenciando cada vez que se añade el nucleótido en tiempo real

Answer 22

Secuenciación en tiempo real de la molécula única (SMRT)
- 3era generación

Question 23

Secuenciamientos que:
- Son caras
- Leen lecturas largas (2000-50,000 pbs)
- Forma plásmidos (ADN circular)
- Al mismo tiempo que añade nucleótidos va secuenciando
- Muy precisa

Answer 23

3era generación
- PAC BIO
- OXFORD NANOPOROS

Question 24

Secuenciamiento que
- Detecta paso de moléculas de ADN por nanoporos
- Lecturas largas
- Ensambla genomas completos
- Muy precioso y muy costoso
- Genera pulsos hidrogeniones
- Se secuencia en el momento

Answer 24

OXFORD NANOPOROS (3era gen)

Question 25

Secuenciamiento que permite secuenciar genomas completos

Answer 25

OXFORD NANOPORO

Question 26

Secuenciamiento que permite ensamblar genomas nuevos donde no hay uno de referencia

Answer 26

PAC BIO