Bioinformática Flashcards
La bioinformática se entiende como
área de la biología que conjunta info con el objetivo de resolver problemad de interés biológico
Gen más utilizado para los estudios de filogenia y para taxonomía bacteriana
Gen 16s rRNA
Qué es un amplicon?
Producto de una amplificación (PCR)
- Secuencia específica de ADN que se ha copiado
Qué regiones se utilizan del gen 16s para estudios de microbiota?
Regiones hipervariables
- V3 y V4
Regiones del gen 16s rRNA
Regiones conservadas: pedacitos idénticos en todas las bacterias
Regiones hipervariables: 9 regiones (v1-V9), las V3 y V4 se utilizan par estudios de microbiota
Si las regiones V3 y V4 de bacterias son casi idénticas, esto significa que…
Son filogenéticamente (evolutivamente) cercanas o de especies cercanas
Si las regiones V3 y V4 de bacterias son diferentes, esto significa que…
Son filogenéticamente (evolutivamente) distantes
Qué son los OTUS y que representan’
OTUS: Unidad operacional taxonómica
- Secuencias idénticas de amplicones entre regiones hipervariables
- Representan un grupo bacteriano o filogenéticamente similar
Que contienen FASTA y FASTQ?
Archivos de secuencia
Diferencias entre FASTA y FASTQ
FASTA
- solo tiene identificador y la secuencia
- no empieza con @
FASTQ
- tiene la calificación de calidad (Escala Phred para medir calidad)
- Tiene (en orden): @, la secuencia, (+) y el quality score
Calificación mínima que se acepta de calidad en la escala de Phred
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