Alineamiento de secuencia Flashcards
Qué es un alineamiento?
Emparejamiento para ver que tanto se asemejan las secuencias de bases que se están contrastando
Distintas funciones de alineamiento de secuencias
- Alinear una secuencia que no sepas que sea con otra de referencia
- Detecta polimorfismos, variaciones genéticas o enfermedades
Alineación comparando dos secuencias biológicas se llama…
Alineación de secuencia por pares
Alineación comparando tres o más secuencias biológicas se llama:
Alineación de secuencias múltiples
Isótopo radioactivo del carbono que se utliza para datar objetos antiguos
Carbon 14
Alineamiento que encuentra la región que mejor empate con la secuencia que se está interrogando, pone inserciones, no detecta gaps y no toma espacios
Alineamiento local
Alineamiento que hace del mismo tamaño las 2 secuencias y analiza las partes que empatan, incluyendo gaps y buscando donde se empalma la secuencia con la de referencia
Alineamiento global
Alineamiento que coloca brechas o deleiciones
Alineamiento global
El algoritmo Smith and Waterman se utiliza en…
Alineamientos locales
El algoritmo Needleman-Wunch se utiliza en…
Alineamientos globales
El alineamiento de secuencias de puede ayudar a detectar polimorfismos, variaciones génicas y enfermedades
V o F
V
Método que te ayuda a averiguar que ADN desconocido al comparar su secuencia con una de referencia
Alineamiento de secuencias
Qué son los indels
Inserciones o deleiciones
AACTCGTC
AAC - CGTC
Ejemplo de
Indel (inserción o deleición)
AACGTC
ATCGTC
Ejemplo de
Sustituciones
El alineamiento de secuencia ayuda a averiguar que proteína puede codificar una secuencia de nucleótidos
V o F
V
VIVA
HUMBE
Algoritmos de alineamiento por pares
- Dot plot
- Alineamiento local
- Alineamiento global
Diagrama que ayuda a ver la similitud por pares y revela patrones complejos
Dot Plot
Alineamiento ideal para buscar características que aparezcan en distintos órdenes
Dot plot
Qué línea será la solución del alineamiento en un dot plot?
La más larga
Alineamiento que busca el mejor alineamiento con la de referencia
DOT PLOT
Algoritmo que pone una calificación al match de la secuencia
Algoritmo Needleman-Wunch
- Match: bueno (+1 punto)
- Dismatch: penalización (-1 punto)
- Gap: penalización (-2 puntos)
Qué busca el algoritmo Needleman-Wunch??
Va donde hay más match y menos dismatch y señala el mejor alineamiento
