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genómica 303 > Alineamiento de secuencia > Flashcards

Alineamiento de secuencia Flashcards

1
Q

Qué es un alineamiento?

A

Emparejamiento para ver que tanto se asemejan las secuencias de bases que se están contrastando

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Q

Distintas funciones de alineamiento de secuencias

A
  • Alinear una secuencia que no sepas que sea con otra de referencia
  • Detecta polimorfismos, variaciones genéticas o enfermedades
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3
Q

Alineación comparando dos secuencias biológicas se llama…

A

Alineación de secuencia por pares

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4
Q

Alineación comparando tres o más secuencias biológicas se llama:

A

Alineación de secuencias múltiples

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5
Q

Isótopo radioactivo del carbono que se utliza para datar objetos antiguos

A

Carbon 14

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6
Q

Alineamiento que encuentra la región que mejor empate con la secuencia que se está interrogando, pone inserciones, no detecta gaps y no toma espacios

A

Alineamiento local

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7
Q

Alineamiento que hace del mismo tamaño las 2 secuencias y analiza las partes que empatan, incluyendo gaps y buscando donde se empalma la secuencia con la de referencia

A

Alineamiento global

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8
Q

Alineamiento que coloca brechas o deleiciones

A

Alineamiento global

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9
Q

El algoritmo Smith and Waterman se utiliza en…

A

Alineamientos locales

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10
Q

El algoritmo Needleman-Wunch se utiliza en…

A

Alineamientos globales

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11
Q

El alineamiento de secuencias de puede ayudar a detectar polimorfismos, variaciones génicas y enfermedades

V o F

A

V

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12
Q

Método que te ayuda a averiguar que ADN desconocido al comparar su secuencia con una de referencia

A

Alineamiento de secuencias

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13
Q

Qué son los indels

A

Inserciones o deleiciones

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14
Q

AACTCGTC
AAC - CGTC

Ejemplo de

A

Indel (inserción o deleición)

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15
Q

AACGTC
ATCGTC

Ejemplo de

A

Sustituciones

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16
Q

El alineamiento de secuencia ayuda a averiguar que proteína puede codificar una secuencia de nucleótidos

V o F

A

V

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17
Q

VIVA

A

HUMBE

18
Q

Algoritmos de alineamiento por pares

A
  • Dot plot
  • Alineamiento local
  • Alineamiento global
19
Q

Diagrama que ayuda a ver la similitud por pares y revela patrones complejos

A

Dot Plot

20
Q

Alineamiento ideal para buscar características que aparezcan en distintos órdenes

A

Dot plot

21
Q

Qué línea será la solución del alineamiento en un dot plot?

A

La más larga

22
Q

Alineamiento que busca el mejor alineamiento con la de referencia

A

DOT PLOT

23
Q

Algoritmo que pone una calificación al match de la secuencia

A

Algoritmo Needleman-Wunch
- Match: bueno (+1 punto)
- Dismatch: penalización (-1 punto)
- Gap: penalización (-2 puntos)

24
Q

Qué busca el algoritmo Needleman-Wunch??

A

Va donde hay más match y menos dismatch y señala el mejor alineamiento

25
Q

Algoritmo para alinemaientos locales

A

Algoritmo Smith and Waterman

26
Q

Cómo inicia el algoritmo Needleman-Wunch??

A

En la parte inferior derecha a la parte superior izquierda

27
Q

Valor mínimo permitido de algoritmo Smith and Waterman

A

0

28
Q

Alineamiento de secuencias múltiples

Local o global??

A

Global

29
Q

Características de algoritmo de secuencias múltiples

A
  • Alineación global
  • Complejo y sofisticado
  • Detecta regiones de variabilidad en familias de proteínas
  • Análisis filogenético
30
Q

Alineamiento que detecta GAPS

A

Alineamiento global

31
Q

Alineamiento que se ajusta para que ambas secuencias sean de la misma longitud

A

Alineamiento global

32
Q

Alineamiento que busca la región donde hay mayor similitud de frecuencias

A

Acoplamiento local

33
Q

Método más simple para identificar similitudes entre dos secuecnias

A

Dot plot

34
Q

Herramienta más utilizada para búsqueda de secuencias en bases de datos

A

BLAST

35
Q

BLASTN

A

Una secuencia de nucleótidos contrastada con otra secuencia de nucleótidos

36
Q

BLASTP

A

Una secuencia de proteínas contrastada con otra secuencia de proteínas

37
Q

BLASTX

A

Todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos se contrastan contra una secuencia de proteínas de referencia

38
Q

TBLASTN

A

Una secuencia proteínica es contrastada contra todos los marcos de lectura de secuencias de nucleótidos de referencia

39
Q

TBLASTX

A

Las traducciones de seis marcos de la secuencia de nucleótidos se buscan contra seis marcos traducciones de una base de datos de secuencias de nucleótidos

40
Q

MEGABLAST

A

Adecuado para encontrar alineación entre secuencias estrechamente relacionadas

41
Q

PSI-BLAST

A

Busca homólogos remotos o miembros de una familia de proteínas

42
Q

PHI-BLAST

A

Encuentra secuencias de proteínas con un patrón específico en la base de datos

genómica 303 (7 decks)

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