Alineamiento de secuencia Flashcards
Qué es un alineamiento?
Emparejamiento para ver que tanto se asemejan las secuencias de bases que se están contrastando
Distintas funciones de alineamiento de secuencias
- Alinear una secuencia que no sepas que sea con otra de referencia
- Detecta polimorfismos, variaciones genéticas o enfermedades
Alineación comparando dos secuencias biológicas se llama…
Alineación de secuencia por pares
Alineación comparando tres o más secuencias biológicas se llama:
Alineación de secuencias múltiples
Isótopo radioactivo del carbono que se utliza para datar objetos antiguos
Carbon 14
Alineamiento que encuentra la región que mejor empate con la secuencia que se está interrogando, pone inserciones, no detecta gaps y no toma espacios
Alineamiento local
Alineamiento que hace del mismo tamaño las 2 secuencias y analiza las partes que empatan, incluyendo gaps y buscando donde se empalma la secuencia con la de referencia
Alineamiento global
Alineamiento que coloca brechas o deleiciones
Alineamiento global
El algoritmo Smith and Waterman se utiliza en…
Alineamientos locales
El algoritmo Needleman-Wunch se utiliza en…
Alineamientos globales
El alineamiento de secuencias de puede ayudar a detectar polimorfismos, variaciones génicas y enfermedades
V o F
V
Método que te ayuda a averiguar que ADN desconocido al comparar su secuencia con una de referencia
Alineamiento de secuencias
Qué son los indels
Inserciones o deleiciones
AACTCGTC
AAC - CGTC
Ejemplo de
Indel (inserción o deleición)
AACGTC
ATCGTC
Ejemplo de
Sustituciones
El alineamiento de secuencia ayuda a averiguar que proteína puede codificar una secuencia de nucleótidos
V o F
V
VIVA
HUMBE
Algoritmos de alineamiento por pares
- Dot plot
- Alineamiento local
- Alineamiento global
Diagrama que ayuda a ver la similitud por pares y revela patrones complejos
Dot Plot
Alineamiento ideal para buscar características que aparezcan en distintos órdenes
Dot plot
Qué línea será la solución del alineamiento en un dot plot?
La más larga
Alineamiento que busca el mejor alineamiento con la de referencia
DOT PLOT
Algoritmo que pone una calificación al match de la secuencia
Algoritmo Needleman-Wunch
- Match: bueno (+1 punto)
- Dismatch: penalización (-1 punto)
- Gap: penalización (-2 puntos)
Qué busca el algoritmo Needleman-Wunch??
Va donde hay más match y menos dismatch y señala el mejor alineamiento
Algoritmo para alinemaientos locales
Algoritmo Smith and Waterman
Cómo inicia el algoritmo Needleman-Wunch??
En la parte inferior derecha a la parte superior izquierda
Valor mínimo permitido de algoritmo Smith and Waterman
0
Alineamiento de secuencias múltiples
Local o global??
Global
Características de algoritmo de secuencias múltiples
- Alineación global
- Complejo y sofisticado
- Detecta regiones de variabilidad en familias de proteínas
- Análisis filogenético
Alineamiento que detecta GAPS
Alineamiento global
Alineamiento que se ajusta para que ambas secuencias sean de la misma longitud
Alineamiento global
Alineamiento que busca la región donde hay mayor similitud de frecuencias
Acoplamiento local
Método más simple para identificar similitudes entre dos secuecnias
Dot plot
Herramienta más utilizada para búsqueda de secuencias en bases de datos
BLAST
BLASTN
Una secuencia de nucleótidos contrastada con otra secuencia de nucleótidos
BLASTP
Una secuencia de proteínas contrastada con otra secuencia de proteínas
BLASTX
Todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos se contrastan contra una secuencia de proteínas de referencia
TBLASTN
Una secuencia proteínica es contrastada contra todos los marcos de lectura de secuencias de nucleótidos de referencia
TBLASTX
Las traducciones de seis marcos de la secuencia de nucleótidos se buscan contra seis marcos traducciones de una base de datos de secuencias de nucleótidos
MEGABLAST
Adecuado para encontrar alineación entre secuencias estrechamente relacionadas
PSI-BLAST
Busca homólogos remotos o miembros de una familia de proteínas
PHI-BLAST
Encuentra secuencias de proteínas con un patrón específico en la base de datos
