ribosome Flashcards
C’est quoi les sous-unité du ribosome
La grande sous-unité qui contient le centre peptides-transférase
La petite sous-unité interagit avec l’ARNm et contient le centre de décodage, dans lequel les ARNt chargés lisent ou décodent les codons de l’ARNm
Comment les protéines s’auto-assemblent
Dans la cellule eucaryotique, l’assemblage commence dans le nucléole. Au début, quelques protéines interagissent d’une façon indépendante avec l’ARN pour former un échafaudage, qui permet ensuite aux autres protéines de se fixer
La grosse sous-unité contient quoi
ARNr monochrome, protéines jaune.
l’intérieur est majoritairement composé d’ARNr et les protéines sont majoritairement en surface, mais il y en a qui ont des prolongements qui entre à l’intérieur.
Ils ont des queues qui interagissent avec l’ARN négativement chargé. Ils ont un site peptidyl-transférase localisé au milieu qui est un site actif pour la liaison peptidique qui est dépourvu de protéine
Le ribosome est composé de quoi
De molécules d’ARN possédant une activité enzymatique
Une cellule de E. coli contient combien de ribosome
Environ 20,000 ribosomes
Quelle quantité de la masse du ribosome prokaryote est constitué d’ARN
Plus que 2/3
C’est quoi l’architecture du model dru ribosome 70S
Vue: sous-unité 30S à l’avant et la sous-unité 50S à l’arrière.
1. Trois sites de liaison d’ARNt
2. La liaison et le décodage de l’ARNm se produisent sur la sous-unité 30S
3. Les ARNt remplissent l’espace entre 30S et 50S
4. Une nouvelle chaine polypeptidique synthétisée sort du ribosome à travers un tunnel dans la sous-unité
5. Que la réaction de peptides-transférase se produit à un site sur la sous-unité 50S
Ce modèle montre les trois sites de liaison d’ARNt occupés simultanément qui ne produit pas normalement
Qu’est ce qui arrive au cours de chaque cycle de traduction
La petite et grande sous-unité s’associe et se dissocie au cours de chaque cycle
La synthèse des polypeptides procède dans quel direction
Du N-terminal vers le bout C-terminal
Dans quel direction les ribosome lisent les ARNm
dans la direction 5’ vers 3’
Lors de la traduction est ce qu’il a plus d’un ribosome d’attaché à l’ARNm
Oui il en plus q’un
C’est quoi un polyribosome
C’est quand plusieurs ribosomes effectuent la traduction de la même protéine sur le même messager les uns après les autres. C’est une structure active dans la synthèse des protéines
Comment ce déroule la synthèse des polypeptides
Le polypeptide s’allonge en étant transféré sur l’acide aminé lié à l’ARNt
A- Le peptidyl-ARNt (site P) est transféré sur l’aminoacyl-ARNt (site A) qui arrive, pour former in peptides-ARNt ayant acquis un résidu de plus
B- Le ribosome ce déplace (3 nucléotides). L’ARNt déacylé quitte le site P pour le site E. Le nouveau peptidyl-ARNt prend ça nouvelle place (site P).
C- Avec l’arrivé de l’aminoacyl-ARNt (site A), l’ARNt décalé quitte le site E.
C’est quoi la différence entre les structures des molécules d’ARN messager procaryote et eucaryote
Dans les procaryotes polycistronique: il peut y avoir de multiple sites de liaison aux ribosomes (RBS) (séquences de Shine-Dalgarno) à l’intérieur d’un chaine d’ARNm, chacun ayant pour résultat la synthèse d’une protéine différente
Dans les ARNm eucaryotes monocistronique, la structure de la coiffe en 5’ aide à définir le codon initiation. Le RBS est Kozak
Qu’est ce qu’il y a durant l’initiation de la traduction pour le début de synthèse de la chaine peptidique
Le premier codon traduit est généralement AUG
Le ARNt initiateur (ARNti) ou ARNt de démarrage reconnait le codon d’initiation
procaryote: N-Formylméthionine-ARNtfmet
eucaryote: Methionine-ARNtiMET
Qu’est ce qui arrive durant l’appariement entre le ARNm et le ARNr 16S
Les ARNm procaryotes sont initialement recrutés dans la petite sous-unité par appariement de bases à l’ARNr
L’ARNr 16S possède quoi chez les E. coli
Ils possède une séquence riche en pyrimidines à 3’
Que fait la séquence riche en pyrimidines
Cette séquences est complémentaire à une séquence riche en purines constitué de 3 à 10 nucléotides qui est dans chaque ARNm procaryote.
Cette séquence est situé à 10 nucléotides en amont de l’AUG de démarrage. C’est la séquences Shine-Dalgarno. L’appariement de ces 2 séquences permet au ribosome d’indentifié le codon de démarrage
C’est quoi le motif de Shine-Dalgarno
3 à 9 nucleotides consécutifs, situé 6 à 12 nucléotides en amont du AUG de démarrage
C’est quoi les 5 facteur de elF-4
elF-4E qui se fixe directement à la coiffe
elF-4A qui a une activité ATPase et hélicase et défait les structures secondaires de l’extrémité 5’ non traduite de l’ARNm avec l’hélicase Ded1
elF-4G qui a une forte affinité pour elF-3
elF-4B et elF-4H qui agissent comme cofacteurs de elF-4A
Qu’est ce qui arrive avant que la synthèse débute pour les eucaryotes
La petite sous-unité est chargée avec les facteurs de démarrage elF-1, elF-1A, elF-5 et elF-3
Que fait elF-4
Il reconnait la coiffe de l’ARNm
Que fait Met-ARNti
elle recrute le facteur de démarrage elF-2 qui est lié au GTP
Qu’est ce qui arrive après la fixation de la petite sous-unité et Met-ARNti chez les eucaryotes
Le complexe se met à balayer l’ARNm à la recherche du codon de démarrage. Quand le codon de démarrage est trouvé elF-4 se dissocie
Le mouvement requiert l’hélicase Ded1 et l’hydrolyse d’ATP
Lorsque le complexe atteint le codon start le facteur elF-5 induit l’hydrolyse du GTP lié à elF-2
Cette hydrolyse permet à tous les facteurs de quitter le complexe et ainsi laisser la place à l’arrivée de la grande sous-unité
elF5B-GDP et elF1A sont libérés
le complexe de démarrage est formés
Qu’est ce qui arrive durant l’ajout du deuxième acide aminé
Le ribosome essemblé au site P recrute un autre ARNt sur le 2e codon au site A. La peptidyltransférase de la grande SU transfert le Met sur le 2e aa. L’énergie est fournie par clivage entre aminoacyl et l’ARNt. L’ARNti désacycé quitte le site P et occupe transitoirement le site E. Le dipeptidyl-ARNt avance avec l’ARNm, du site A au site P ce qui libère le site A pour un nouvel aa-ARNtaa. Le nouvel aa-ARNtaa escorté par EF-Tu-GTP qui assure le positionnement correct au site A. Après l’hydrolyse du GTP et le départ de EF-Tu. Le peptide est transféré par le peptidyltransférase sur un nouvel aa. Le ribosome transfert l’ARNt libre du site P au site E. L’ARNm avec le peptidyl-ARNt se déplace vert le site P. L’énergie de translocation vient du GTP lié à EF-G. Un nouveau aa-ARNt se lie au site A et l’ARNt deacylé quitte le site E.
Quand est ce que la synthèse s’arrête
Lorsque le ribosome rencontre l’un des 3 codons stop (UAA, UAG et UGA) se qui amène la terminaison de la traduction
Comment les codon-stop fonctionne
Ils n’ont pas pas d’ARNt complémentaire, donc ils ont une autre protéine fixatrice de GTP, soit le facteur de terminaison RF1 qui se lie directement au codon-stop lorsqu’il apparait dans le site A. Cela induit la peptidyltransférase à transférer la chaine polypeptidique sur une molécule d’eau, libérant ainsi la protéine nouvellement synthétisée. L’ARNt quitte le complexe et RF1 après l’hydrolyse de GTP. Le ribosome relâche l’ARNm et se dissocie en ses SU qui sont prêtes pour un nouveau cycle de synthèse
