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genetique > cours 3 expression > Flashcards

cours 3 expression Flashcards

1
Q

Qu’elle est la quantité d’ARNm chez l’humain

A

1-5% des ARN sont des ARNm

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Q

Qu’elle est la quantité d’ARNr chez l’humain

A

80% des ARN sont des ARNr

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3
Q

Qu’est ce qui remplace la Thymine dan l’ARN

A

l’uracil

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4
Q

C’est quoi la structure de l’ARN

A

Elle est généralement simple, mais des régions complémentaires peuvent s’apparier

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5
Q

L’ARN polymerases synthétisent dans quels direction

A

5’ vers 3’

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6
Q

Dans quels direction est le brin matrice

A

3’ vers ‘5

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7
Q

Que font les différents types cellulaires

A

Ils expriment des gènes spécifiques quand mème si le génome des cellules est identiques

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8
Q

Comment les gènes sont exprimés

A

Ils vont être exprimés dans les cellules qui vont synthétiser la protéine qui encode. Certains sont spécifique a des cellules et d’autres sont dans chaque cellules. Il y en a qui son induit par des stimuli

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9
Q

c’est quoi le transcriptome

A

C’est l’ensemble des ARN transcrits d’une cellule

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10
Q

Que font les gènes housekeeping

A

Ils sont impliqués dans la croissance, le cycle cellulaire et le métabolisme : le fonction de base de la cellule

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11
Q

Qu’est ce qui génère les cDNA

A

Une amorce polyT à partir des ARN poly-adénylés

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12
Q

Comment est ce qu’on quantifie l’abondance ARN

A

On utilise un PCR quantitatif qui mesure l’abondance d’un transcrit donné en utilisant des amorces de PCR spécifiques à un ARNm d’intérêt en détectant de la fluorescence à chaque cycle ou en regardant la quantité de produit en comparaison au bruit de fond

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13
Q

Qu’elle est l’avantage du PCR en temps réel

A

peu couteux de mesurer l’expression d’ARN spécifique

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14
Q

Qu’elle est le désavantage du PCR en temps réel

A

Seulement quelques ARN peut être mesurer à la fois

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15
Q

Qu’elle est la technique d’analyse la plus utilisé

A

l’ARN-seq

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16
Q

Que fait la classification par gène ontology ou GO-terms

A

Elles rends disponibles des connaissances biologiques à propos d’un gène. Les concepts sont organisé de façon hiérarchique et elle permet de déterminer pour un groupe de gènes leur fonction, processus biologique et organelle influencé

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17
Q

Comment est maintenue l’information de GO term

A

Elle est maintenue de façon manuelle et automatisé par des scientifiques

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18
Q

Qu’est ce qui arrive durant l’initiation de la transcription eucaryote

A

La polymérise à ARN et des protéines lient l’ADN. L’ADN est ouvert pour exposer le brin à transcrire et l’ARN polymérise commence à synthétiser l’ARN. L’ARN polymérase II ne lie pas l’ADN seule

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19
Q

Qu’est ce qui arrive durant l’élongation de la transcription eucaryote

A

La polymerase produit un produit un ARN complémentaire au brin codant de l’ADN. Une autre polymérase peut commencer à synthétiser de l’ARN avant que la première ait terminé. Direction de la brin codant 5’-3’

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20
Q

Qu’est ce qui arrive durant la terminaison de la transcription eucaryote

A

La terminaison de la transcription se produit quand l’ARN polymérise rencontre une séquence appelée terminateur: perte d’affinité à la polymérase pour la matrice d’ADN et le relâchement d’ARN

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21
Q

Est ce que le début de la transcription de l’ARN messager a un lien direct avec les codons qui dirige la traduction de la protéine

A

non il n’y en a pas

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22
Q

Est ce que la transcription commence au codon de départ et arrête au codon stop

A

non

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23
Q

Que font les séquences et structures formées dans les UTR

A

Ils peuvent influencer la stabilité, la traduction ou la localisation d’un ARNm et souvent en liant des protéines

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24
Q

Ou peut débuter et terminer la transcription en ARN d’un gène

A

plusieurs kb avant le codon de départ et se termine plusieurs kb après le codon stop, donc les ARNm contiennent beaucoup de séquences non codantes

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25
Q

Est ce que les UTR font partie des exons

A

Oui donc ils ne sont pas enlevés lors de l’épissage

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26
Q

De quoi dépend l’initiation de la transcription

A

Elle dépend de la liaison de l’ARN polymérise à la région promotrice en amont du gène qui comprend des éléments de base et des séquences régulatrices

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27
Q

Est ce que l’ARN polymérase II seule peut reconnaitre le promoteur d’un gène

A

Non, il a besoin de l’aide de protéines pour s’assembler au promoteur

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28
Q

De quoi est formé le complexe de pré-initiation (PIC)

A

Il est formé de l’ARN pol II et des facteurs de transcription de base se liant aux éléments de base du promoteur

29
Q

Que sont les éléments de base

A

Boîte TATA, site BRE, Inr, DPE et MTE

30
Q

Qui sont les facteurs de transcription

A

TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH

31
Q

Que sont les étapes de l’assemblage de la machinerie de bas pour l’initiation de la transcription

A
  1. TFIID se fixe au TATA, TFIIA renforce la liaison de TBP à l’ADN.
  2. TFIIB se fixent proche de TATA et peut interagir avec BRE. TFIIB favorise le recrutement de RNAPII
  3. RNAPII se fixe sur TFIIF qui interagîtes avec TFIIB
  4. TFIIE et TFIIH complètent la formation de PIC
  5. TFIIH avec son activité kinase phosphoryle le CTD de l’ARN pol, qui se défait de facteur de transcription et de débuter la phase d’élongation. TFIIH avec sont activé hélicase peut ouvrir l’ADN et permettre la transcription
32
Q

Qu’est ce que le C-terminal Domain (CTD)

A

C’est une région essentielle pour transcription chez les mammifères qui est hypophosphorylée dans le complexe d’inition et hypophosphorylée lors de l’élongation

33
Q

Que font les séquences proximales

A

Ils lient des régulateurs protéiques distincts des facteurs de transcription de base à 100 bp en amont du TSS

34
Q

Que font les séquences silencer

A

Ils lient des represseurs transcriptionnels qui inhibent la formation du PIC

35
Q

Que sont les enhancers

A

Ce sont des régions régulatrices discales situé en amont ou aval du promoteur qui peuvent agir à distance et qui est liées par des facteurs de transcription pour influencer l’initiation et la formation du PIC

36
Q

Commet fonctionne la capsule technique d’identification d’éléments régulateur

A

On transfects un plasmide qui contient un gène rapporteur comme la luciférase, le plasmide est sous le contrôle d’un promoteur d’intérêt. Après en faisant des délétions et mutation dans la séquences du promoteur on mesure l’activité de luciférase qui permet d’identifier les séquences du promoteurs importantes pour l’expression

37
Q

Est ce que diverses protéines peuvent lier les éléments régulateurs proximaux

A

Oui

38
Q

Est ce que la présence d’un élément proximal ou de la protéine qui la lie est suffisante pour prédire si ce gène sera activé ou réprimé

A

Non une collaboration entre plusieurs facteurs est souvent essentiel

39
Q

C’est quoi les éléments contrôlant la réponse transcriptionnelle à un signal/stimulus

A

De séquences dans ou autour des gènes exprimés en réponse à l’activité d’un facteur de transcription particulier qui sont reconnues par des facteurs qui coordonnent la transcription de gènes

40
Q

Que fait les récepteurs nucléaires de classe 1

A

En absence de ligand le récepteur est séquestré au cytoplasme. La liaison du ligand cause translocation du récepteur au noyau ou il active la transcription

41
Q

Que fait les récepteurs nucléaires de classe 2

A

le récepteur est constitutivement nucléaire et lie un co-répresseur: inhibe la transcription. La liaison du ligand cause dissociation du co-répresseur. et liaison d’un co-activateur, ce qui activent la transcription

42
Q

Que fait les récepteurs nucléaires

A

Ils permets de moduler la transcription en réponse à un signal spécifique

43
Q

Comment fonctionne le retardement sur gel d’électrophorèse ou EMSA

A

Cette technique est utilisé pour valider un site de liaison ou la liaison de facteurs sur un fragment d’ADN. On commence en marquant un fragment d’ADN contenant la séquences de liaison présumé par radioactivité ou fluorescence, puis on incube se fragment invitro avec une protéine purifiée ou un extrait protéique cellulaire. On migre sr un gel non-dénaturant qui sépare les molécules selon leur taille, puis on visualise les protéines. La présence de protéine retarde la migration

44
Q

Comment fonctionne la quantification de la liaison d’une protéine d’intérêt à une séquence d’ADN par ChIP

A

Elle permet de quantifier le recrutement d’un facteur à une région d’ADN in vivo. Après être fixé on purifie les fragments d’ADN lié à un facteur d’intérêt. L’ADN est ensuite analysé par qPCR ou par séquençage à haut débit. Avec le séquençage on peut voir tous les sites, mais avec qPCR on voit les sites ciblée

45
Q

Que sont les isolateurs

A

Ce sont des régions d’ADN qui bloquent l’action non désirée d’un enhancer sur un promoteur

46
Q

Que fait le complexe médiateur

A

C’est un complexe protéiques de grande taille comprenant plusieurs sous-unités. il est important pour la régulation de l’expression génique par les éléments proximaux et distaux

47
Q

Comment agit le médiateur

A

Comme pont entre les protéine régulatrices liées à leur site dans l’ADN et machinerie de transcription de base.

48
Q

Comment le médiateur réagit avec CTD

A

Il se lie au CTD de L’ARN pol II non-phosphorylé et facilite la formation du PIC. Lors de l’élongation le CTD devient hyperphosphorylé ce qui abolit l’interaction avec le complex médiateur

49
Q

Que fait l’activateur

A

Ils favorisent formation du PIC en liant le médiateur a une conformation qui favorise l’association de l’ARN pol II et facteurs de transcription de base avec le promoteur

50
Q

Que fait les répresseurs

A

Ils inhibent l’interaction entre l’ARN pol II et promoteur, puis la conformation du médiateur bloque la formation de PIC dans ces conditions

51
Q

Pourquoi les enhancers peuvent agir à grande distance linéaire d’un gène

A

La formation de boucle de chromatine rapprochent les complexes

52
Q

Qu’est ce qui peut former des boucles de chromatines

A

L’interaction entre le complexe médiateur et les facteurs de transcription/séquences régulatrices

53
Q

la formation de boucles par l’interaction entre séquences isolatrice cause quoi

A

Elle permet de restreindre l’activité d’un enchancer à un domaine particulier à l’intérieur de la boucle en question

54
Q

Que sont les deux conditions pour qu’une protéine puisse agir comme activateur d’un gène

A

a) Capable de se fixer à l’ADN ou d’interagir avec une protéine qui lie l’ADN
b) Capable d’interagir directement avec le PIC, médiateur ou d’autres facteurs de transcription afin de moduler la transcription

55
Q

De quoi sont composé les facteurs de transcription

A

Ils sont composé de deux régions modulaires: fixation à l’ADN et domaine d’activation

56
Q

Qui interagit avec le domaine d’activation de la transcription

A

Les TAFs (TBP-associated factors) ou le complexes médiateur intéragissent physiquement

57
Q

Qui sont les domaines d’activation

A

Domaine riche en acide aminé (chargé -), domaine riche en glutamiques, domaine riche en prolines, domaine riche en isoleucine et 9aaTAD

58
Q

Que sont des domaines/motif protéiques de liaison à l’ADN

A

Doigt de zinc, hélice-tour-hélice, zipper de leucine et hélice boucle hélice

59
Q

Comment fonctionne les doigts de zinc

A

C’est un coordination d’un atome de zinc avec des structures secondaire en forme de doigts, qui sont souvent en série dans la protéine et qui n’interagissent pas tous avec l’ADN, mais avec l’ARN, les protéines, lipides ou petites molécules

60
Q

Comment fonctionne Hélice-tour-Hélice(HTH)

A

Elle est typiquement un dimère, sa dimérisation fait que la protéines lient deux sillons majeurs adjacents

61
Q

Comment fonctionnent les zipper de leucines

A

C’est une séquence d’acides aminés ayant une leucine à tous les 7 résidus et formant une hélice alpha. les résidus interagis avec les résidus des autres protéine pour former un dimère. La région adjacente aux leucines est basique et interagîtes avec le sillon majeur de l’ADN

62
Q

Comment hélice-boucle-hélicem (HLH) fonctionne

A

Contient deux segments hélicaux séparés par une boucle non-structurée. Les hélices permettent la dimérisation des facteurs la contenant et une des hélices est suivie d’une région basique qui lie l’ADN

63
Q

Comment se fixent les facteurs de transcription à l’ADN

A

Sous forme de dimère ou multimère

64
Q

Que se que la fixation de facteurs de transcription à l’ADN permettent

A

Il augmente le nombre d’éléments potentiellement reconnus par une protéine donnée. Chaque monomère reconnaît un demi-site.
sa permet la régulation combinatoire comme que l’expression se produit seulement dans les cellules qui exprime des régulateurs transcriptionnels. ceci permet a des facteur de transcription de réguler un grand nombre de gènes.

65
Q

Que sont les façons pour réguler les facteurs de transcription

A

l’expression du régulateur transcriptionnel, la phosphorylation/déphosphorylation du régulateur influence sa liaison à l’ADN, la liaison de ligand/translocation au noyau, liaison par un inhibiteur protéique et formation de dimer actif/inactif

66
Q

Que arrive t’il durant initiation de l’élongation

A

Après la liaison des facteurs de transcription de base la polymérisation de l’ADN commence
L’activité hélices de TFIIH dénature l’ADN: s débute à -10 et ouvre 25 paires de base.
Ce qui permet à l’ARN pol de générer une base de l’ARNm.

67
Q

Que arrive t’il durant l’élongation

A

La polymerase doit s’éloigner du promoteur et des facteurs de transcription.
cycles d’élongation avorté = relâchement de transcrit d’ARN tronqués de courte taille
Il y a transition entre PIC et le début de la synthèse/ promoteur clearance ou escape correspond à l’éloignement de l’ARN pol. Ensuite pol II pause ce qui donne des opportunité de régulation. Les pauses sont régulés par les événements de phosphorylation de CTD

68
Q

Que arrive t’il durant ka terminaison de la transcription

A

Les ARNm eucaryotes ont une queue 3’ terminale polyA. La polyadénylation est lié à la terminaison.
un complexe enzymatique lie le CTD et clive l’ARN dans le signal de polyadénylation et l’ARN relâche est ensuite polyadénylé par un complexe enzymatique

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