cours 4 chromatine Flashcards
Qu’est ce qu’un nucléosome
C’est l’unité de base de la chromatine
Qu’est ce que l’hétérochromatine
C’est des régions condensées de chromosomes transcriptionnellement inactives, car les protéines on moins d’accès à l’ADN.
Qu’est ce que l’euchromatine
C’est la chromosomes décondensée, pas toutes la chromatine décondensée sont transcrits.
C’est quoi l’hétérochromatine constitutive
C’est de la chromatine qui existe dans tous types de cellules avec peu ou pas d’expression génique. Ils ont une densité de gènes faible
C’est quoi l’hétérochromatine facultative
C’est de la chromatine qui est présente dans certains types de cellules ou durant certains stade du développement. Elle permet d’inactiver la transcription de blocs de chromosomes. Ils peuvent redevenir permissives à la transcription
Quelle est la forme de l’ADN des régions actives
De la chromatine décondensée
Qu’est ce que qui arrive quand l’ADN est sous forme de chromatine décondensée
Les protéines de transcription on accès aux gènes. La chromatine est plus facilement digérée par la DNAse I. Une nucléase dans les régions chromosomiques où un gène est transcrit confirme que l’ADN est sous forme décondensée
Que sont les sites hypersensibles
Ce sont des régions de chromatine ou il y a absence de nucléosomes, ou des régions avec des nucléosomes déstabilisés. Ce qui fait que les machinerie transcriptionnelle et les facteurs de transcription ont ainsi accès au promoteur d’un gène qui contient es site
Est ce que les gènes actifs ont des sites hypersensibles
Oui les gènes actifs ont généralement un ou plusieurs de ces sites dans la région de leur promoteur qui permet la liaison de facteurs de transcription
Quelle est la différence entre des sites hypersensibles et l’essai global
Les sites hypersensibles sont des régions ponctuelles sensibilité et l’Essaie global révèle la sensibilité d’un locus en entier.
Qu’elle est le lien entre les sites hypersensibles à la DNAse I et la liaison de facteurs de transcription
Les facteurs de transcription protègent l’ADN dans une région qui est flanquée des sites coupés par la DNAse
Comment est ce qu’on identifie les régions d’ADN associées à une protéine donnée par chromatin-immunoprecipitation (ChIP)
a) Il y a pontage au formaldéhyde, puis les protéines liées à leur région d’ADN sont purifiées par immunologies-précipitation
b) une résine couplée à un anticorps d’intérêt es incubée Ave la chromatine pontée
c) on isole les protéines et on purifie l’ADN associé
d) L’ADN est analysés par PCR quanti ou par micropsie/séquencage à haut débit
Est ce que les sites hypersensibles peut représenté des enchanter distaux
Oui les sites hypersensibles peut représenté des enchancer distaux qui doivent être liés par des protéines. L’accès à l’ADN par ces protéines est favorisé par une chromatine ouverte/décondensée
Que sont les sites appelés Locus control régions (LCR)
Ces des sites dans des gènes contenant la B-globine qui influencent l’expression de tous les gènes du locus. ils forment des boucles avec les promoteurs des gènes individuels
Qu’elle est l’effet global de la chromatine et des nucléosomes sur la transcription
Ils ont un effets global inhibiteur sur la transcription
Que doit faire les facteurs de transcription pour accéder à l’information encodée dans l’ADN
Ils doivent surmonter l’inhibition intrinsèque d’accessibilité causé par la chromatine
Qu’est ce que les complexes protéiques remodeleur de la chromatine utilisent pour rendre l’ADN accessible
Ils utilisent l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP.
Qu’est ce qui régule le recrutement des complexes de remodelage à l’ADN
Il est régulé par des facteurs de liaisons à l’ADN ou des modifications d’histones
Pourquoi les complexes de remodelage de la chromatine font souvent partie de complexes protéiques
Ils ont des propriétés communes
Que sont les propriétés communes entre les complexes de remodelage et les complexes protéiques
Ils on une affinité pour les nucléosomes et les histones
Domaines protéique qui reconnait les histones modifiées comme le bromodomaine et le chromodomaine
Domaine ATPase qui module les contacts histone-ASN
Domaines qui interagissent avec des facteurs de transcription
Qu’est ce que les complexes de remodelage font
Ils peuvent déplacer les nucléosomes le long d’une molécule d’ADN
Qu’est ce que le glissement des nucléotides permet
Il permets d’accéder à des séquences auparavant cachées/ accès facilité pour les facteurs de transcriptions
Est ce que les complexes remodeler sont toujours activateurs
Non ils ne sont pas toujours activateurs car le déplacement d’un nucléosome peut causer une réduction de l’accessibilité à un site de liaison en cachant une séquence dans un nucléosome
Qu’est ce que les complexes de remodelage SWI/SNF et ISWI font
Ils peuvent éjecter des dimeres d’histones qui fait que l’octomère peut se dissocier et ce qui peut mener à l’éviction du nucléosome et les sites sans nucléosome sont hypersensibles à la DNAse I
Est ce que un nucléosome sans H2A/H2B est stable
Non il n’est pas stable sur long terme
Qu’elle est la cible principale pour les modifications d’histones
Elles ciblent les extrémités flexibles en N-terminal des histones, puisqu’ils sortent du nucléosomes
Comment est transmise les modifications épigénétique de l’activité des gènes
Elles est transmise à la descendance cellulaire dans certain cas mais réversibles et n’altèrent pas la séquence d’ADN
Qu’est ce que l’acétylation des histones fait
Sa neutralise la charge des lysines ce qui fait qu’il a moins d’interaction entre les histones et l’ADN et peut décompacter directement la chromatine car les charges négatives de l’ADN on tendance à se repousser entre chaque nucléosome acétyle
à quoi est associé l’acétylation
l’acetylation est associé à l’euchromatine et rarement à l’hétérochromatine
Les lysines sont acétyles et déacétylée par quoi
Ils sont acétylées par des histones acétyltransférases (HAT) et déacétylée par des histone déacétylases (HDAC)
Que sont les autres protéines qui peuvent être acétylées
Les lysines acétyltransférases et les lysines déacétylases
Comment est ce que l’acétylastion des lysines est liée au métabolisme de l’acétal coA
Les modifications aux histones, incluant l’acétyltion, dépendent de la génération de substrats tels que l’acétal coA et le NAD
Qu’est ce qui arrive quand les domaines de chromatine sensible sont enrichie en histones acétylées
Il y a une espacement entre le nucléosome et la décondensation qui facilite l’accès
Qu’est ce que l’acétylation fait
elle facilite la liaison de facteurs à leur site de reconnaissance dans l’ADN
Qu’est ce qui est recruté pour favoriser l’activation d’un gène
Les complexes acétyltransférases ou deacétylases peuvent être recrutées au promoteur des gènes
Qu’est ce qui permet des modifications à la chromatine
La liaison de facteurs de transcription permet des modifications en rapprochant des enzymes de modifications des histones du promoteur
Est ce que l’acétylation est reconnue par des domaines protéiques
Oui, l’acéttylation peut aussi influencer l’expression/structure de la chromatine de façon indirecte par interaction entre protéines et lysines acétylés
Qu’est ce qui lies les lysines acétyles dans les histones
Plusieurs type de domaine protéique lie les lysines acétyles et souvent ils font partie des complexes de remodelage de la chromatine
Qu’est ce que le recrutement de HDAC fait
Le recrutement de HDAC au promoteur peut inactiver un gène
Est ce que les déacétylases font partie de complexes protéiques
Oui ils font souvent parties des complexes protéiques
Est ce que les complexes impliqués dans la transcription sont multifonctionnels
Oui les complexes impliqués dans la transcriptionsont multifonctionnel, car ils ont des sous unités ayant des fonctions variées
Comment arrive la méthylation des histones
Elle cible des résidus lysine ou arginine. elle maintient leur charge positive et n’influence pas directement la compaction. Les lysines peuvent être mono, di ou triméthylées et les arginines peuvent être mono ou diméthylées
Qu’est ce que la méthylation fait
La méthylation des histones influence les fonctions de la chromatine en recrutant des protéines à la chromatine. elle peut activer ou inhiber la transcription selon le résidu
Est ce que la méthylation peut cibler autres choses que les histones
oui elle peut cibler d’autre protéine que les histones
Qu’est ce qui catalyse la méthylation
PRMT: protein arginine methyltransferase
KMT: lysine methyltransferase
KDM: lysine demethylase
Qu’est ce qui lie les histone méthylées
Plusieurs domaines spécifique, des domaines des différente protéines ont leurs propres spécificité et une même marques peut être liée par plusieurs domaines différents
C’est quoi l’impact de l’acétylation et la méthylation des histones sur la transcription
L’acétylation est associé à la chromatine active
la méthylation peut être associer à l’activation et inhibition
Comment la formation de l’hétérochromatine dépend de l’interaction entre la protéine HP1 et la chromatine méthylée
La protéine HP1 est associé par son interaction avec la lysine 9 triméthylée de l’histone H3, puis la méthyltransférase SUV39H1 interagit avec HP1 ce qui permet de méthyle des nucléosomes adjacent qui crée une réaction chaine qui propage de l’hétérochromatine dans une région d’ADN.
Par quoi la propagation de l’hétérochromatine est elle bloqué
Par des isolateurs comme la formation de boucles de chromatines
Comment la formation de l’hétérochromatine implique de l’oligomérisation d’HP1 et l’activité de HDAC
La méthyltransférase SUVAR interagîtes avec HP1 et HDAC ce qui induit la réduction de l’Acétylation de la chromatine et la remplace par thriméthylation de H3K9 et HP1 interagit avec d’autres HP1. Ce qui fait que il y a une condensation de la chromatine initié par la méthylation de H3K9 et la réaction chaine
Qu’est ce que la phosphorylation fait
Elle cible les serines, thréonine et tyrosines et rend leur charge négative.
C’est reconnue par des domaines protéiques.
C’est catalysé par des kinase qui transfèrent un groupe phosphate de l’ATP sur leurs substrats. elle favorise aussi l’acéthylation et la méthylation
C’est quoi le cross-talk
C’est la modifications d’histone qui ultimement influence les fonctions des chromatines
C’est quoi le code d’histone
C’est un modèle qui repose sur l’existence des protéines d’écriture, effacement, et lecture de modifications d’histones
Qu fait le code d’histones
Il stipule que des modification en influence d’autres, que le crosstalk possibles est nombreux. Il permet d’utiliser différemment le matériel génétique dans divers types cellulaires et il permet de répondre à divers stimuli
Que fait la méthylation de l’ADN
Elle cible le carbone en position 5 de la cytosine dans l’ADN. Elle est catalysée par DNMT et enlevé par TET. Elle est stable dans un type celluaire donné
Où se produit la méthylation de l’ADN
Chez les mammifères elle se produit souvent à des sites CpG.
Que sont les ilots CpG
C’est des régions contenant plusieurs CpG. Ils ne sont généralement pas méthylés et sont des promoteurs des gènes actifs. Leur méthylation peut empêcher la liaison de facteurs de transcription à son élément de réponse ce qui inhibe la transcription
À quoi la méthylation de l’ADN est associé
elle est associé à la répression transcriptionnelle
Le mécanisme qui cible DNMT dépend de quoi
Elle dépend de leur interaction avec des complexes multifonctions
Qu’est ce qui arrive quand la méthylation de l’ADN reconnait MBD
MBD peut recruter d’Autre complexes enzymatiques qui réprime la transcription
