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Virologie > Rétroviridae et le VIH > Flashcards

Rétroviridae et le VIH Flashcards

1
Q

Caractéristiques uniques des rétrovirus?

A
  • Flux inverse de l’information génétique : ADN en ARN (possède une DpRd)
  • Insertion d’un provirus via une intégrase
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2
Q

Classification des rétrovirus?

A

Famille : retroviridae
- 7 genres
- 2 groupes : rétrovirus simples et rétrovirus complexes

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Q

Rétrovirus simples?

A

Codent seulement pour les produits des gènes Gag, Pro, Pol et Env

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4
Q

Rétrovirus complexes?

A

Codent pour Gag, Pro, Pol et Env + un ensemble de protéines régulatrices

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5
Q

Les rétrovirus sont phylogénétiquement liés à…?

A

Des éléments génétiques capables de transcription inverse (rétroéléments) : rétrotransposons, introns auto-clivés…

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6
Q

Structure des rétrovirus?

A
  • Particules sphériques, diamètre : 100 nm
  • 4 gènes qui forment 4 polyprotéines
  • ++ fragiles (sensibles à la chaleur, aux détergents…)
  • Virion contient 2 copies du génome ARNsb +
  • Baltimore 6
  • ARN génomique condensé
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7
Q

Les rétrovirus peuvent avoir ++ protéines. Quelles sont les protéines activent transportées dans la réplication?

A

Protéines toujours dans la capside
- Protéase (PR)
- Intégrase (IN)
- Transcriptase inverse (RT)

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8
Q

Structure du noyau (core) des rétroviridae?

A
  • ARN génomique condensé lié à la NC = RNC
  • Noyau composé de ++ protéines CA
  • Core entouré d’une coquille sphérique constituée de MA → tout ça entouré par l’enveloppe bilipidique
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9
Q

Que contient la membrane du virion?

A
  • La TM (protéine ancrée dans l’espace transmembranaire)
  • La SU (protéine entièrement à l’extérieur qui est liée à la TM)
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10
Q

Structure du génome des rétroviridae?

A
  • Dimère linéaire d’ARNsb+, chaque monomère possède une longueur de 13,7 kb
  • Deux monomères identiques (virions rétroviraux sont pseudo-diploides)
  • Génome d’ARN : coiffe en 5’ et queue de polyA
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11
Q

Quels sont les blocs importants de la séquence du génome?

A
  • U5 : comprend site requis pour l’intégration provirale
  • Gag : antigène spécifique de groupe, Pol : polymérase, Env : enveloppe → codent pour les 3 produits du virus
  • U3 : région impliquée dans l’expression des gènes viraux et l’intégration de l’ADN
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12
Q

Où s’assemble les rétroviridae?

A

Le virus s’assemble sur la face interne de la MP, et les virions bourgeonnent à la surface de la cellule.

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13
Q

Quand les rétroviridae deviennent infectieux?

A

Quand la protéase PR clive les précurseurs Gag et Gag-Pol pour produire les protéines de virions matures

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14
Q

Qu’est-ce qui déclenche le début de la synthèse de l’ADN (signal)?

A

L’exposition de la nucléocapside à des niveaux élevés de dNTP présents dans le cytoplasme

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15
Q

Les composants essentiels de la réaction de RT (rétrotranscriptase)?

A
  • L’ARN génomique viral
  • Amorce
  • La transcriptase inverse
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16
Q

Qu’est-ce qui explique les taux élevés de recombinaison génétique chez les rétrovirus?

A

2 génomes sont encapsidés dans le virus, mais une seule copie de l’ADN est intégrée dans le génome de l’hôte.

Par contre, les 2 génomes sont utilisés comme gabartis au cours du processus RT.

17
Q

Le génome est revêtu sur toute sa longueur par..?

A

Une protéine nucléocapside virale (NC) → facilite le template switching et améliore l’efficacité de l’allongement (processivité)

18
Q

Amorce pour la transcription inverse? Se lie à quoi?

A

Une des ARNt cellulaires permet l’initiation de la RT (vient de la cellule hôte, acquise pendant l’assemblage du virus) → Se lie au site PBS près du 5’

19
Q

Transcription inverse : Où a lieu la synthèse de l’ADN?

A

Principalement dans le cytoplasme, dans une structure sous-virale appelée le complexe RT

20
Q

Quelles sont les activités catalytiques que la transcriptase inverse est capable de faire?

A
  • Polymérisation dépendante de l’ARN ou de l’ADN
  • Déroulement de l’ADN
21
Q

Le domaine RNase H est une SU de la transcriptase inverse. Ses actions?

A
  • Dégrader l’ARN génomique après qu’il ait été copié en ADNc
  • Créer l’amorce pour la synthèse de l’ADN brin + de l’ARN génomique
  • Supprimer l’amorce et l’amorce d’ARNt de l’ADN viral naissant
22
Q

Étapes de la transcription inverse ?

A
  1. Production de l’ADN “strong-stop” négatif
  2. Premier échange de gabarit
  3. Initiation de la synthèse de l’ADN à brin +
  4. 2ième échange de gabarit
23
Q

Comment se produit la production de l’ADN “strong-stop” négatif? (transcription inverse)

A
  • La RT commence au PBS et synthétise un produit d’environ 100 nt de brin d’ADN- (qui comprend l’amorce d’ARNt) = ADN “strong-stop” négatif
  • L’activité de la RNase H dégrade l’extrémité 5’ de l’ARN viral au fur et à mesure
24
Q

Comment se produit le premier échange de gabarit?

A
  • Séquence r en 3’ de l’ARN viral est liée à la séquence R de l’ADN “strong-stop” négatif.
  • Réaction qui aboutit à la substitution d’une extrémité (5’) de l’ARN à l’autre (3’)
  • La RT copie tout le génome jusqu’en 5’ du gabarit, et la RNase H dissout l’ARN dans son sillage (sauf ppt)
25
Q

Comment se produit l’initiation de la synthèse de l’ADN à brin + (transcription inverse)?

A
  • La ppt sert d’amorce pour la synthèse de l’ADN brin+
  • Synthèse : se produit à la section terminale du gabarit d’ADN à brin - et se termine après avoir copié le premier 18 nt de l’amorce d’ARNt (produit = ADN “strong-stop” +)
  • Élimination de l’amorce d’ARNt par la RNase H
  • 3’ de l’ADN stong-stop + se lie aux PBS en 3’ de l’ADN génomique - = nouveau gabarit
26
Q

Comment se produit le deuxième échange de gabarit (transcription inverse)?

A
  • Génome circularisé = polymérisation continu du brin + par la RT (ADN brin- = gabarit)
  • Synthèse de l’ADN brin- continue, utilise l’activité de déplacement de la RT → fragment de l’ADN strong-stop sert de gabarit
27
Q

Produit final de la transcription inverse?

A

Une copie linéaire de l’ADN duplex du génome viral qui possède des séquences LTR → Les LTR contiennent des signaux importants (U3, R et U5) importants aux deux extrémités.

28
Q

Pourquoi la transcription inverse rétrovirale est appelée #réplication destructrice”?

A

Car il n’y a pas de gain net de génomes, mais plutôt une substitution de 2 molécules d’ARNsb+ pour une seule molécule d’ADNdb.

29
Q

La RT fait une copie de l’ADN linéaire du génome rétroviral contenant les signaux nécessaires pour…?

A

La transcription du virus

30
Q

Transcription inverse :
Produit final = ADN db linéaire avec séquences LTR. Rôle des séquences LTR?

A
  • Promoteur LTR en amont : emplacement pour la synthèse des nouveaux génomes d’ARN et des ARNm par la pol II de l’ARN cellulaire
  • LTR en aval : contient les signaux de polyadénylation de l’ARNm viral
31
Q

Comment la transcription inverse favorise la recombinaison?

A
  • La RT s’arrête périodiquement au niveau des ruptures dans le gabarit, ce qui empêche la copie = échanges de gabarits internes = recombinaison peut avoir lieu
32
Q

Les 2 modèles de recombinaison pendant la transcription inverse?

A
  • Copy choice : recombinaison au cours de la synthèse de brin - de l’ADN → résulte en un homoduplex db
  • Strand displacement model : recombinaison lors de la synthèse de brin + → commence aux sites internes, résulte en un produit db avec des régions hétéroduplex
33
Q

Comment se produit l’intégration des rétrovirus dans le génome de l’hôte?

A
  • Par une intégrase rétrovirale (IN), qui catalyse l’insertion spécifique du produit d’ADN de la RT dans l’ADN de la cellule hôte grâce aux extrémités LTR
  • Pendant l’intégration, 2 pb (AA et TT) sont perdues à partir des 2 extrémités du provirus. Un site cible de 6 pb dans l’ADN de l’hôte est dupliqué de chaque côté de l’ADN viral
  • L’ordre des gènes est identique dans l’ADN proviral et cet ADN est colinéaire avec le génome d’ARN viral
34
Q

Caractéristiques du VIH?

A
  • Famille : Retroviridae
  • Genre : Lentivirus

Rétrovirus complexe

35
Q

Distinction du VIH?

A

2 espèces : VIH-1 et VIH-2

  • Chaque clade est répandu dans une zone géographique particulière
36
Q

Distribution du VIH ?

A
  • L’espèce VIH-1 est distribuée globalement
  • Le VIH-2 se trouve principalement en Afrique de l’ouest

*Groupe M, sous-type B

Virologie (8 decks)

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