Protéine et ARN non codant COPY Flashcards
Professeur: Dr Labbé
Par quoi sont réalisé la plupart des fonctions dans la cellule?
Protéines
Décrit pourquoi le repliment des protéine est si complexe.
- Il est très sensible à l’environnement (pH, sel, T, ROS)
- Il peut être affecté par des mutations
Plus les protéines sont _________ et plus les erreurs de repliement sont fréquentes
complexes
Donne un exemple de mutation qui affecte le repliement des protéines.
Anémie falciforme (GAG devient GTG)
Comment sont appelés des modifications permanentes de l’ADN?
Mutations
Avec l’âge, que se passe-t-il au niveau du repliement des protéines de la vision?
Il est affecté = cataractes
Que sont les cristallines?
Protéines structurales solubles dans l’eau se trouvant dans la lentille et la cornée de l’oeil permettant la transparence
Qu’est-ce que l’apha-cristalline?
Chaperone moléculaire qui empêche la précipitation des protéines dénaturées et d’augmenter la tolérance au stress cellulaire
Qu’est-ce qui cause les cataraques?
Déclin des fonctions de l’alpha cristalline
Précipitation des protéines dans la lentille
Quand débute le repliement d’une protéine?
Pendant sa synthèse
Explique ce que fait la protéine pendant sa synthèse.
1- Formation d’abord des éléments de structure secondaire de base (hélice a, feuillets b, boucles) qui se replient indépendamment
2- Formation des domaines
3- Puis ajustement de domaines et repliement final
Qui aident les protéines nouvellement synthétisées à acquérir leur conformation finale?
Chaperones moléculaires
Que font les chaperones?
Elles préviennent l’agrégation en s’attachant à des parties prônes à s’agréger telles que les régions hydrophobes
Est-ce que la fixation entre la chaperone et le polypeptide consomme de l’énergie?
NON
Est-ce que la séparation des chaperones et des protéines demande de l’énergie?
OUI
Si les protéines n’acquirent pas leur structure correcte, il se passe quoi?
Dégradées par l’UPS (50% des protéines y passent)
Explique la dégradation des protéines qui n’ont pas la bonne structure.
- Marqué par l’ajout de l’ubiquitine
- Dégradé par le protéasome
Qu’est-ce que l’ubiquitine?
Une protéine de 76 aa ajoutée au protéines à être dégradées sur un résidu Lysine (K)
Le marquage via l’ubiquitine est fait par quoi?
UPS
Qu’est-ce que le protéasome?
- Est une machine à dégrader de protéines, qui fonctionne à l’ATP
- Est un tube formé surtout de protéases
Est-ce que les Ub sont clivées avant que la protéine ciblée rentre dans le protéasome?
Oui
Le protéasome hydrolyse les protéines en quoi?
Petits peptides
Nomme les maladies du repliement des protéines.
Conformational Disorders
Protein Folding Diseases
Protein Misfolding diseases
Trafficking Diseases
ER Storage Diseases
Décrit la fibrose kystique.
- Maladie autosomale récessive
- Mutation la plus fréquente (80%)
- DF508, délétion de 3 nucléotides qui codent pour la phénylalanine 508 du canal chlore CFTR
Décrit la maladie de Huntington.
- Maladie génétique neurodégénérative,
- Transmission est autosomique dominante
- Code pour une grosse protéine appelée Huntingtine
À quoi sert la protéine Huntingtine?
- Trafic cellulaire
- Sécrétion de facteurs neurotrophiques comme le BDNF
Que se passe-t-il avec la Huntigntine des patients atteint de la maladie?
La Huntigntine agrège formant des fibres amyloïdes. La perte de fonction de cette protéine et son agrégation causent la mort de neurones par apoptose
Qu’est-ce qui cause la maladie de Huntington?
- Expansion du triplet CAG qui code pour Glut
- Séquence Poly-Q dans la protéine
- Agrégation de la Huntingtine
Qu’est-ce qui détermine si on est atteint ou pas de la maladie de Huntington?
- nb de triplets de CAG
- âge du début des symptômes
Que causent les protéines mal repliées qui ne sont pas éliminées?
Des maladies graves, comme l’alzheimer
Décrit la cause et la conséquence de l’Alzheimer.
- Diminution de l’efficacité du repliement et la dégradation de protéines avec l’âge
- Non dégradation d’une protéine dont la fonction normale est inconnue et qui est normalement associée à la membrane d’un neurone
- Formation d’agrégats de protéines sous forme de plaques amyloïdes détruisant les neurones environnants
- Il en résulte une perte de la fonction des neurones et leur mort
Qu’est-ce qu’un prion?
Protéine qui peut se trouver dans deux ou plus conformations, dont une est autoréplicative
Nomme les maladies du prion chez les animaux.
- Scrapie (sheep and goats)
- Transmissible mink encephalopathy
- Bovine spongiform encephalopathy (BSE)
- Chronic wasting disease (CWD) (deer and elk)
Nomme les maladies du prion chez les humains.
- Kuru
- Creutzfeldt-Jakob disease (CJD)
- Variant CJD (vCJD)
- Fatal familial insomnia (FFI)
- Gerstmann-SträusslerScheinker syndrome (GSS)
Nomme les trois grandes catégories de maladies de CJD.
- Sporadique (90%)
- Maladies génétiques à prions (10%)
- Transmis (contagieux)
Explique le CJD sporadique.
- Touchent les personnes âgées, sans avertissement ni explication.
- Le prion commence à se former dans une ou plusieurs cellules du cerveau, puis se propage au reste du cerveau
Explique le CJD génétique à prions.
Dus à une mutation génétique qui peut augmenter vos risques de développer la maladie
Décrit la CJD transmise.
La maladie peut être transmise accidentellement au cours d’une procédure médicale impliquant des tissus humains («iatrogène») ou par ingestion de la viande de vache folle («variante» BSE)
Explique la réplication des prions.
Ils peuvent induire d’autres malrepliments des protéines adjacentes et mener à la mort des cellules
Qu’est- ce qu’un codon et que les triplets codifient?
Une séquence d’aa qui va créer une protéine
Qu’est-ce qu’un cadre de lecture et comment on l’identifie?
ORF (région qui est codante)
AUG à STOP
Possibles conséquences de mutations dans synthèse protéique?
- Silencieuse (rien)
- Faux sens (mauvais aa)
- Non sens (STOP)
- Continuation (plus de STOP)
- Insertion/délétion (+-1 frameshift)
ARNt, codon anticodon?
ARNt: ARN chargé d’un aa qui contient un anticodon
Codon: triplet sur ARNm
Anticodon: triplet complémentaires sur ARNt
Ribosome et sa structure?
4 ARN
80 protéines
2 sous-unités
Les étapes de la traduction, initiation, élongation, arrêt?
Bien décrit dans les autres flash cards
Les chaperones moléculaires et le repliement des protéines?
Les chaperones moléculaires préviennent l’agrégation en s’attachant à des parties prônes à s’agréger telles que les régions hydrophobes
Dégradation des protéines mal repliées par le UPS?
Ajout d’ubiquitine
Dégradation
Les maladies causées par un mauvais repliement?
Conformational Disorders
Protein Folding Diseases
Protein Misfolding diseases
Trafficking Diseases
ER Storage Diseases
L’exemple des prions?
Les prions ont un mauvais repliement ce qui cause la mort des cellules (agglomération dans la cellule)
Qu’est-ce qu’un ARN non codant?
Molécule d’ARN fonctionnelle qui est transcrite mais pas traduite en protéine
Par qui est porté la fonction d’un ARN non traduit?
Par l’ARN lui-même
Nomme les deux types de séquences d’ADN chez l’humain.
SÉQUENCES « UTILES » CORRESPONDANT AUX GÈNES
* gènes ~ 10-20% du génome/ exons ~ 1,5-2% du génome
SÉQUENCES INTERGÉNIQUES (« INUTILES » / « JUNK » )
* (~80 - 90% du génome)
Qu’est une large portion des séquences junk?
Séquences répétées
Qu’on mis en évidence des analyses génomiques à grande échelle?
Existence d’une multitude d’ARN non codants
Au moins ___% du génome humain peut être transcrit
70
D’environ 180 000 ARNs transcrits, environ _____ encodent des protéines.
30 000
Environ _______ ARN sont de long non-coding RNAs (lncRNAs)
150 000
Le génome humain peut coder de ______ miRNA (micro ARNs)
400 à 600
Quelle était l’hypothèse de base pour les ncRNAs?
Bruit de fond transcriptionnel généré par liaison aléatoire de l’ARN Polymérase à des séquences d’ADN ressemblantes à des promoteurs
Que font les ncRNAs en général?
Ils régulent l’expression des gènes au niveau transcriptionnel et post transcriptionnel (épissage)
Que peuvent réguler les ncRNAs?
- Formation d’hétérochromatine
- Modification d’histones
- Ciblage de la méthylation
- Silencing des gènes
Les ARNnc sont impliqués dans quoi de négatif?
Pathologies comme le cancer