Protéine et ARN non codant Flashcards
Professeur: Dr Labbé
Par quoi sont réalisé la plupart des fonctions dans la cellule?
Protéines
Décrit pourquoi le repliment des protéine est si complexe.
- Il est très sensible à l’environnement (pH, sel, T, ROS)
- Il peut être affecté par des mutations
Plus les protéines sont _________ et plus les erreurs de repliement sont fréquentes
Quel est le pourcentage de proteine mal repliees
complexes
50% et ce pourcentage augmente dans certaines maladies
Donne un exemple de mutation qui affecte le repliement des protéines.
Anémie falciforme (GAG pour Glu devient GTG pour Val)
Comment sont appelés des modifications permanentes de l’ADN?
Mutations
Avec l’âge, que se passe-t-il au niveau du repliement des protéines de la vision?
Il est affecté = cataractes
Devienne plus frequente avec l’age
20 millions aveugle a cause de sa
5% des cas de cécité et 60% en Avrique et Amerique du Sud
Que sont les cristallines?
Protéines structurales solubles dans l’eau se trouvant dans la lentille et la cornée de l’oeil permettant la transparence
Qu’est-ce que l’apha-cristalline?
Chaperone moléculaire qui empêche la précipitation des protéines dénaturées et d’augmenter la tolérance au stress cellulaire
Fonction importante pour transparence et prevention cataracte en maitenant proteine soluble
Qu’est-ce qui cause les cataraques?
Avec l’age il y a Déclin des fonctions de l’alpha cristalline donc
Précipitation des protéines dans la lentille
Quand débute le repliement d’une protéine?
Pendant sa synthèse
Explique se que fait la protéine pendant sa synthèse.
1- Formation d’abord des éléments de structure secondaire de base (hélice a, feuillets b, boucles) qui se replient indépendamment
2- Formation des domaines
3- Puis ajustement de domaines et repliement final
Qui aident les protéines nouvellement synthétisées à acquérir leur conformation finale?
Chaperones moléculaires, ce sont des protéines
Que font les chaperones?
Elles préviennent l’agrégation en s’attachant à des parties prônes à s’agréger telles que les régions hydrophobes
Est-ce que la fixation entre la chaperone et le polypeptide consomme de l’énergie? quand les chaperonne se fixent à la protéine?
NON
Est-ce que la séparation des chaperones et des protéines demande de l’énergie? quand il est temps que la cahperonne se détache de la protéine
OUI ATP
Si les protéines n’acquirent pas leur structure correcte, il se passe quoi? Quek est le pourcentage
Dégradées par l’UPS: ubiquitin-proteasome- system (50% des protéines y passent à cause de leur mauvaise conformation)
Explique la dégradation des protéines qui n’ont pas la bonne structure.
- Marqué pour dégradation par l’ajout d’une équiquette ubiquitine
- Dégradé par le protéasome
Qu’est-ce que l’ubiquitine?
Une protéine de 76 aa ajouté sur un résidu Lysine (K) au protéines à être dégradées
Le marquage via l’ubiquitine est fait par quoi? et donne les étapes
UPS système unbiquitine-protéasome
E1: ubiquitin-activating : ACTIVE l’ubiquitine
E2: ubiquitin-conjugating : TRANSFERT À E2 ,
E3: ubiquitin-ligase : E3 reconnait la protéines à être dégradée, lie la protéine à l’ubiquitine
Qu’est-ce que le protéasome? et donne les étapes de la dégradation par le protéasome
- Est une machine à dégrader de protéines, qui fonctionne à l’ATP
- Est un tube formé surtout de protéases
- Les protéines à être dégradées sont reconnues à leur étiquette Ubiquitine.
- Les Ub sont clivées avant de que la protéine ciblée n’entre le tube
- la protéines ciblé est dépliée et entre dand le tube
- Hydrolyse les protéines en petits peptides qui sont relâchés
Est-ce que les Ub sont clivées avant que la protéine ciblée rentre dans le protéasome?
Oui
Le protéasome hydrolyse les protéines en quoi?
Petits peptides
Nomme les maladies du repliement des protéines.
Conformational Disorders
Protein Folding Diseases
Protein Misfolding diseases
Trafficking Diseases
ER Storage Diseases
Voici une version en français de ta carte :
• Troubles conformationnels • Maladies du repliement des protéines • Maladies du mauvais repliement des protéines • Maladies de trafic intracellulaire • Maladies de stockage dans le réticulum endoplasmique
Décrit la fibrose kystique.
- Maladie autosomale récessive
- Mutation la plus fréquente (80%)
- DF508, délétion de 3 nucléotides qui codent pour la phénylalanine 508 du canal chlore CFTR
Décrit la maladie de Huntington.
- Maladie génétique neurodégénérative,
- Transmission est autosomique dominante
- Code pour une grosse protéine appelée Huntingtine
À quoi sert la protéine Huntingtine?
diverse fonction cellulaire
* Trafic véciculaire
* Sécrétion de facteurs neurotrophiques comme le BDNF
Que se passe-t-il avec la Huntigntine des patients atteint de la maladie?
La Huntigntine agrège formant des fibres amyloïdes. La perte de fonction de cette protéine et son agrégation causent la mort de neurones par apoptose
Qu’est-ce qui cause la maladie de Huntington?
- Expansion du triplet CAG qui code pour Glu (glutamine)
- cause Séquence Poly-glutamine dites POLY-Q dans la protéine
- Agrégation de la Huntingtine
Qu’est-ce qui détermine si on est atteint ou pas de la maladie de H?
- nb de triplets de CAG répété (36 à 121 =afecté) (27 à 41=prématuré) et
- âge du début des symptômes
Que causent les protéines mal repliées qui ne sont pas éliminées?
Des maladies graves, comme l’alzheimer
Décrit la cause et la conséquence de l’Alzheimer.
- Diminution de l’efficacité du repliement et la dégradation de protéines avec l’âge
- protéine dont la fonction normale est inconnue et qui est normalement associée à la membrane d’un neurone ne se dégrade pas correctement
- Formation d’agrégats de protéines sous forme de plaques amyloïdes détruisant les neurones environnants
- Il en résulte une perte de la fonction des neurones et leur mort
Qu’est-ce qu’un prion?
Protéine qui peut se trouver dans deux ou plus conformations, dont une est autoréplicative
Nomme les maladies du prion chez les animaux.
- Scrapie : Tremblante (chez les moutons et les chèvres)
- Transmissible mink encephalopathy : Encéphalopathie des visons transmissible
- Bovine spongiform encephalopathy (BSE) : Encéphalopathie spongiforme bovine (ESB)
- Chronic wasting disease (CWD) : Maladie débilitante chronique (chez les cerfs et les wapitis)
Nomme les maladies du prion chez les humains.
- Kuru : Kuru
- Creutzfeldt-Jakob disease (CJD) : Maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ)
- Variant CJD (vCJD) : Variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (vMCJ)
- Fatal familial insomnia (FFI) : Insomnie fatale familiale (IFF)
- Gerstmann-Sträussler-Scheinker syndrome (GSS) : Syndrome de Gerstmann-Sträussler-Scheinker (GSS)
Nomme les trois grandes catégories de maladies de CJD.
- Sporadique (90%)
- Maladies génétiques à prions (10%)
- Transmis (contagieux)
Explique le CJD sporadique.
- 90 % des cas
- Touchent les personnes âgées, sans avertissement ni explication.
- Le prion commence à se former dans une ou plusieurs cellules du cerveau, puis se propage au reste du cerveau
Explique le CJD génétique à prions.
- 10%
- Dus à une mutation génétique qui peut augmenter vos risques de développer la maladie
Décrit la CJD transmise.
- rare
- La maladie peut être transmise accidentellement au cours d’une procédure médicale impliquant des tissus humains («iatrogène») ou par ingestion de la viande de vache folle («variante» BSE)
Explique la réplication des prions.
Ils peuvent induire d’autres malrepliments de d’autres protéines adjacentes
les agrégat amyloide s’Accumulent
mener à la mort des neurones par aptose.
Qu’est- ce qu’un codon et que les triplets codifient?
Une séquence d’aa qui va créer une protéine
Qu’est-ce qu’un cadre de lecture et comment on l’identifie?
ORF (région qui est codante)
AUG à STOP
Possibles conséquences de mutations dans synthèse protéique?
- Silencieuse (rien)
- Faux sens (mauvais aa)
- Non sens (STOP)
- Continuation (plus de STOP)
- Insertion/délétion (+-1 frameshift)
ARNt, codon anticodon?
ARNt: ARN chargé d’un aa qui contient un anticodon
Codon: triplet sur ARNm
Anticodon: triplet complémentaires sur ARNt
Ribosome et sa structure?
4 ARN
80 protéines
2 sous-unités
Les étapes de la traduction, initiation, élongation, arrêt?
Bien décrit dans les autres flash cards
Les chaperones moléculaires et le repliement des protéines?
Les chaperones moléculaires préviennent l’agrégation en s’attachant à des parties prônes à s’agréger telles que les régions hydrophobes
Dégradation des protéines mal repliées par le UPS?
Ajout d’ubiquitine
Dégradation
Les maladies causées par un mauvais repliement?
Conformational Disorders
Protein Folding Diseases
Protein Misfolding diseases
Trafficking Diseases
ER Storage Diseases
L’exemple des prions?
Les prions ont un mauvais repliement ce qui cause la mort des cellules (agglomération dans la cellule)
Qu’est-ce qu’un ARN non codant?
Molécule d’ARN fonctionnelle qui est transcrite mais pas traduite en protéine
mRNA
= ARN messager code pour une protéine
ncRNA=
= non-coding RNA
ARN non-codant
Ne code pas pour une protéine
Par qui est porté la fonction d’un ARN non traduit?
Par l’ARN lui-même
Nomme les deux types de séquences d’ADN chez l’humain.
SÉQUENCES « UTILES » CORRESPONDANT AUX GÈNES
* gènes ~ 10-20% du génome/ exons ~ 1,5-2% du génome
SÉQUENCES INTERGÉNIQUES (« INUTILES » / « JUNK » )
* (~80 - 90% du génome)
Qu’est une large portion des séquences junk?
Séquences répétées
Qu’on mis en évidence des analyses génomiques à grande échelle?
Existence d’une multitude d’ARN non codants
Au moins ___% du génome humain peut être transcrit
70
D’environ 180 000 ARNs transcrits, environ _____ encodent des protéines.
30 000
Environ _______ ARN sont de long non-coding RNAs (lncRNAs)
150 000
Le génome humain peut coder de ______ miRNA (micro ARNs)
400 à 600
Quelle était l’hypothèse de base pour les ncRNAs?
Bruit de fond transcriptionnel généré par liaison aléatoire de l’ARN Polymérase à des séquences d’ADN ressemblantes à des promoteurs
Que font les ncRNAs en général? nomme les
Ils régulent l’expression des gènes au niveau transcriptionnel et post transcriptionnel (épissage)
s miRNA, siRNA lncRNA
Que peuvent réguler les ncRNAs?
- Formation d’hétérochromatine
- Modification d’histones
- Ciblage de la méthylation
- Silencing des gènes