Maturation des ARN et traduction Flashcards

Professeur: Dr Labbé

1
Q

Info général

A

L’information se trouvant encodée
dans l’ADN d’un gène est
transcrite en ARN messager,
ARNm
L’information se trouvant sur
l’ARNm est traduite en une
protéine qui réalisera une
fonction

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2
Q

Qu’est-ce qui se passe avec les transcrits des eucaryotes?

A

l’information des gène est morcelée exons-introns.

Les ARN primaires doivent être maturés par
modifications en ARNm et transportés dans le cytoplasme pour la traduction en protéine

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3
Q

Qu’est-ce qui se passe avec les transcrits des procaryotes?

A

L’information des gènes est contigüe et les ARNm ne nécessitent pas d’être maturés

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4
Q

Localisation de la transcription et de la maturation des ARN des eucaryotes?

A

Dans le noyau

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5
Q

Localisation de la traduction des ARN des eucaryotes?

A

Dans le cytoplasme

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6
Q

Localisation de la traduction, transcription et maturation chez les procaryotes.

A

Tous dans le cytoplasme

L’ADN bactérien est directement en contact avec le cytoplasme où se font la transcription et la traduction.
L’ARN synthétisé est tout de suite en contact
avec les ribosomes qui effectuent la traduction

l’ARNm peut encoder plus d’une protéine. Les gènes peuvent s’organiser en opérons où plusieurs protéines peuvent être produite à partir d’un même ARNm.

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7
Q

Nomme les étapes de la maturation du ARNpm des eucaryotes.

A

Les ARN primaires (pré- ARNm) doivent être maturés
par modifications en ARNm

1- Addition de la coiffe en 5’
2- Épissage des introns
3- Polyadénylation

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8
Q

Explique le rôle de l’ARN polymérase (outre celui de la transcription).

A

Recrute via sa queue hyperphosphorylée des protéines impliquées dans la maturation de l’ARN en voie de synthèse (= co-transcriptionnelle)

*on se rapelle que Les ARN des eucaryotes sont transcrits et maturés simultanément dans le noyau

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9
Q

Chez les eucaryotes, la maturation et transcription à lieu à des momoment différent?

A

FAUX, SIMULTANÉMENT

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10
Q

Que fait la Capping enzyme?

A

Addition de la coiffe (cap) à l’extrémité 5’ de l’ARN par le Capping Enzyme (CE) dès que l’ARN synthétisé par l’ARN polymérase atteint environ 25 nucléotides de longueur

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11
Q

Explique l’addition de la coiffe en 5’.

A

Addition de la coiffe 7- méthyl guanosine (‘cap’) à l’extrémité 5’ du pré-ARNm dès qu’il a atteint 25 nucléotides de longueur par la Capping Enzyme (CE)

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12
Q

En quoi résulte une liaison 5’ vers 5’ inhabituelle au début de l’ARN?

A

ARN plus résistant aux nucléases qui digèrent de 5’ vers 3’

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13
Q

Nomme les fonctions de la coiffe.

A

1) Stabilité (protection contre exonucléases du cytoplasme)
2) Facilite l’export de l’ARNm vers le cytoplasme
3) Stimule la traduction par les ribosomes

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14
Q

Explique l’addition de la séquence poly(a) en 3’.

pas à l’examen

A
  1. Les facteurs de clivage portés par la queue phosphorylée de l’ARN polymérase sont transférés sur la séquence AUAAA qui sert de signal au clivage et à l’addition de la queue polyA
  2. Recrutement de la Poly-A polymérase (PAP) à l’extrémité 3’ de l’ARN
  3. Clivage de l’ARN (environ 15 nucléotides après la séquence AUAAA) par la Poly-A polymérase (PAP)
  4. Ajout de poly-A par la Poly-A polymérase (PAP)
  5. Recrutement de protéines liant le poly-A qui assurent la stabilité de la queue de polyA (PABP: poly A binding proteins)
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15
Q

Nomme les facteurs de clivage.

A

CPSF
CstF

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16
Q

Conséquences de l’addition de la queue de polyA?

A

1) Augmente la stabilité de l’ARNm en protégeant l’extrémité 3’ même s’il y a dégradation progressive de la queue dans le cytoplasme
2) Facilite son exportation vers le cytoplasme
3) Favorise la traduction en identifient les molécules de ARNm matures prêtes à être traduites

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17
Q

LA VASTE MAJORITÉ DES GÈNES EUCARYOTES ONT
DES SÉQUENCES CODANTES ___

Pour la plupart, les exons correspondent aux séquences dites « _______ » que l’on retrouve dans l’ARN messager après élimination des introns

A

INTERROMPUES

codantes

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18
Q

Que contienent souvent les premiers et les derniers exons?

A

séquences non-codantes en 5’ et 3’, respectivement dites 5’UTR et 3’UTR

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19
Q

Les exons sont en général plus ____ que les introns

A

courts

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20
Q

Le facteur VIII joue un rôle central dans la _______.

Le gène responsable de la biosynthèse du facteur VIII
est défectueux (mutant) dans l’hémophilie

A

coagulation

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21
Q

Qu’Est-ce que l’épissage de l’ARN?

A

L’épissage de l’ARN est un processus par lequel les séquences des introns sont excisées du pré-ARNm et les exons reliés entre eux pour donner naissance à l’ARNm mature

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22
Q

Que cause des failles dans l’épissage?

A

Mutations donc pathologies

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23
Q

Qu’Est-ce qui est nécessaire pour exciser un intron?

A

Séquences nucléotidiques

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24
Q

Nomme les deux sites nécessaires pour enlever un intron.

A

Site donneur
Site accepteur

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25
Q

Par quoi sont recconus les séquences spécifiques qui identifient les jonctions 5’ et 3’?

A

snRNP = petit ribonucléoprotéine nucléaire

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26
Q

Que font les snRNP?

A

Assistent la coupure de l’ARN aux jonctions intron-exon et relient les exons entre eux de façon covalente

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27
Q

Fin d’un exon?

A

AG

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28
Q

Début d’un intron?

A

GURAGU (où R doit être une purine, donc soit A ou G)

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29
Q

Fin d’un intron?

A

YYYYYYYYYYNCAG

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30
Q

Point de branchement d’un intron?

A

CURAYY (A obligatoire; souvent: UAAC)
~30 nucléotides avant le début d’un exon (donc à 30 nucléotides de la fin de l’intron)

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31
Q

Début d’un exon?

A

G

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32
Q

Site donneur?

A

passage de l’exon à l’intron

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33
Q

Site receveur?

A

passage de l’intron à l’exon

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34
Q

Explique la formation de la structure branchée de l’intron au cours de l’épissage.

pas à l’examen

A
  1. L’adénine (A) du point de branchement de l’intron attaque l’extrémité 5’ de l’intron
    au point d’épissage, et coupe le squelette sucre-phosphate.
  2. L’extrémité 5’ coupée de l’intron se lie de façon covalente au 2’ OH du ribose de l’Adénine pour former une structure branchée en forme de «Lasso»
  3. L’extrémité 3’-OH libre de l’exon 1 réagit avec le 5’ de l’exon 2, reliant les deux exons
    ensemble pour former une séquence codante continue et libérant l’intron sous forme de Lasso qui sera ensuite dégradé
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35
Q

Quel est le nom de la machinerie d’épissage?

A

Spliceosome

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36
Q

Explique les étapes du mécanisme de l’épissage par les spliceosomes.

pas à l’examen

A
  1. U1 snRNP possédant de l’ARN complémentaire aux séquences d’ARN se lie à la jonction exon 1/intron. U2 snRNP se lie aussi par complémentarité à la séquence entourant le « branch site »
  2. Recrutement des snRNP U4/U6 et U5.
  3. U5snRNPs force l’association de U1 et U2 amène l’Adénine de la séquence UAAC (branch site).
  4. Structure favorable pour la formation du lasso (Lariat) mais pas de lien covalent
    encore entre les exons
    5.1. Relâchement de U1 et U4. L’Adenine du site de branchement attaque le G en 5’ de l’intron, (G de GURAGU) Formation du lasso
    5.2. L’extrémité 3’ OH de l’exon 1 attaque le premier nucléotide (G) de l’exon 2 en hydrolysant le lien phosphodiester entre l’intron et l’exon 2 . Ligation de l’exon 1 et l’exon 2
    5.3. Les snRNPs sont libérés pour être recyclés tandis que les introns sont dégradés dans le noyau
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37
Q

Explique le exon shuffling.

A

Les exons sont de modules d’information (ex, codant des domaines) qui ont grandement contribué à l’évolution via une duplication ou une insertion dans un autre gène

joeur avec les exons pour produire de nouvelles protéines

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38
Q

Par quoi s’explique la diversité des protéines? 50 000 à 150 000 gène mais seulement environ 30 000 gènes humains ont été identifiés

A

épissage alternatif

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39
Q

~__% de gènes humains codent pour de pré-ARNm qui subissent un épissage alternatif

A

60

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40
Q

Que permet l’épissage alternatif?

A

permet aux eucaryotes d’augmenter le potentiel de codage de leur génome

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41
Q

Est-ce qu’un transcrit primaire est épissé de la même manière pour tout les types cellulaires?

A

NON

UN TRANSCRIT PRIMAIRE PEUT ÊTRE ÉPISSÉ DIFFÉREMMENT SELON LE TYPE CELLULAIRE

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42
Q

Qu’est-ce qui peut arriver lors d’un épissage alternatif?

A

Lors d’un épissage alternatif, on peut avoir élimination ou inclusion de certains exons, produisant de cette manière différents ARNm qui seront traduits en protéines différentes

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43
Q

Les formes d’épissages alternatifs varient selon le _contexte par exemple selon le ___ ou le ____

cette variation permet de diversifier la fonction d’un ________.

A

tissuou le stade du développement

d’une gène

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44
Q

À quoi donne naissance l’épissage alternatif?

A

à des variantes de protéines composé de différent modules

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45
Q

Les exons peuvent coder pour…

A

des domaines de protéines

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46
Q

Nomme un exemple d’épissage alternatif.

A

Transcrit primaire du gène de la a-tropomyosine épissé de façon alternative

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47
Q

Que contrôle et qu’est la a-tropomyosine?

A

La a-tropomyosine est une protéine super-enroulée qui contrôle la contraction dans les cellules musculaires régulant les interactions entre l’actine et la myosine

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48
Q

Quel est le rôle de la a-tropomyosine dans des cellules non musculaires?

A

régulation du cytosquelette

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49
Q

Certaines variantes d’ARNm ne s’expriment que dans le muscle lisse, ou le muscle strié, les fibroblastes, ou encore le cerveau. Alors que tous ces ARNm sont produits à partir ________________.

A

d’un même gène

50
Q

Qu’est-ce que la régulation positive ou négative de l’épissage?

A

Exemple d’épissage alternatif où on obtient un épissage différentiel possible par conservation ou non d’un intron.

51
Q

À quoi mène un répresseur de l’épissage?

A

Inclusion d’un intron dans l’ARNm mature du Tissu

52
Q

À quoi mène un activateur de l’épissage?

A

Mène à l’exclusion d’un intron dans l’ARNm mature du Tissu

53
Q

Est-ce que certains introns peuvent être présent dans l’ARNm mature?

A

OUI, ils seront traduits en protéines

54
Q

Seuls les ARNm ______ correctement peuvent sortir du noyau

A

maturés

55
Q

Comment la cellule s’assure-t-elle que seul les ARNm matures sortent du noyau?

A

Le complexe de pores nucléaires reconnaît et exporte seulement les ARNm qui on terminé leur maturation

56
Q

Explique l’exportation du noyau des ARNm.

A

Un ensemble de protéines signale que l’ARNm a bien subi une maturation correcte et est prêt à l’exportation.

Ces protéines incluent: la protéine de liaison à la poly A (PABP), la protéine de liaison à la coiffe (Cap-binding protein), et un complexe de protéines qui se lie à la jonction d’exons (EJC; Exon Jonction Complex) et qui se dépose après excision des introns

57
Q

Quels sont les étapes dans la maturation des ARNm chez les procaryotes et chez les eucaryotes?

A

Procaryotes: rien
Eucaryotes:
1- Addition de la coiffe en 5’
2- Épissage des introns
3- Polyadénylation

58
Q

Quelles sont la caractéristiques biochimiques et propriétés fonctionnelles de la coiffe?

A

Caractéristiques:
* lien 5’-5’
* addition de méthyl-guanosine dès qu’il atteint 25 nucléotides de longueur par la Capping Enzyme.

Fonctions:
* Stabilité (protection contre exonucléases du cytoplasme)
* Facilite l’export de l’ARNm vers le cytoplasme
* Stimule la traduction par les ribosomes

59
Q

Quelle enzyme ajoute la queue poly A?

A

Poly-A polymérase PAP

60
Q

Quelle est la fonction de la queue poly A?

A
  1. Augmente la stabilité de l’ARNm en protégeant l’extrémité 3’ même s’il y a dégradation progressive de la queue dans le cytoplasme
  2. Facilite son exportation vers le cytoplasme
  3. Favorise la traduction en identifient les molécules de ARNm matures prêtes à être traduites
61
Q

Quel est le mécanisme de terminaison de la transcription chez les eucaryotes?

A

Séquence STOP sur ADN

62
Q

Quelles sont les étapes dans l’épissage (splicing) des pré-ARNm?

pas à l’examen

A
  1. L’adénine (A) du point de branchement de l’intron attaque l’extrémité 5’ de l’intron au point d’épissage, et coupe le squelette sucre-phosphate. C’est le même A que dans la figure antérieure
  2. L’extrémité 5’ coupée de l’intron se lie de façon covalente au 2’ OH du ribose de l’Adénine pour former une structure branchée en forme de «Lasso»
  3. L’extrémité 3’-OH libre de l’exon 1 réagit avec le 5’ de l’exon 2, reliant les deux exons ensemble pour former une séquence codante continue et libérant l’intron sous forme de Lasso qui sera ensuite dégradé
63
Q

Quels sont les facteurs impliqués dans l’épissage (splicing) des pré-ARNm?

A

U1 snRNP

64
Q

Quelle est la composition et quelles sont les fonctions des snRNPs?

A

ARN et protéines
Servent à contrôler l’épissage de l’ARN

65
Q

Qu’est-ce que détermine les limites des exons et des introns

A

Site donneur : passage de l’exon à l’intron
Site accepteur (receveur): passage de l’intron à l’exon

66
Q

Qu’est-ce que la structure en lasso et où elle se forme dans la molécule de pré-ARNm?

A

formé par l’intron lors de l’épissage. L’intron se replie, se lie à l’Adénine en interne, puis est coupé et libéré sous forme de lasso avant d’être dégradé.

L’extrémité 5” de l’intron coupé se lie à l’adéline, via une liaison spéciale 5” à 2” formant une structure en boucle (le lasso).

Sur l’extrémité 5’ coupée de l’intron
Liaison covalente

67
Q

Qu’est-ce qui détermine le grand nombre de protéines dans les cellules humaines?

A

Épissage alternatif

68
Q

Quels sont les mécanismes d’inclusion ou exclusion d’un exon/intron?

A

Contrôle positif ou négatif

69
Q

Qu’est-ce qui « donne » le signal d’export d’un ARNm vers le cytoplasme?

A

Un ensemble de protéines:
PABP
Cap
EJC

70
Q

À quoi sert l’addition de la queue en 5’?

A

Aide le transport noyau/cytoplasme

71
Q

À quoi sert l’épissage des introns?

A

On veut une synthèse des protéines continue

72
Q

À quoi sert la polyadénylation?

A

Stabilise ARNm en ajoutant la queue poly A

73
Q

Quand se fait l’addition de la coiffe?

A

Directement quand le pré-ARNm a atteint 25 nucléotides de long

74
Q

En quoi consiste la coiffe?

A

Lien 5’-5’ avec une forme méthylé de la guanine

75
Q

Que permet l’ajout de poly-A sur la conformation 3D de l’ARNpm?

A

La queue interragit avec la tête via PABP ce qui lui fait prendre la forme d’un cercle.
Par conséquent, elle a moins d’accès aux nucléases

76
Q

Nomme les deux sites très bien conservé dans l’ARNpm.

A

Site donneur
Site accepter
(pour l’épissage)

77
Q

Est-ce que l’épissage est une réaction autonome?

A

Oui, les protéines sont présente pour l’accélérer seulement

78
Q

Par qui est coordonné l’épissage?

A

SnRNP

79
Q

Que contient SnRNP?

A

ARN
Protéines

80
Q

Que permet l’épissage alternatif?

A

Diversité

81
Q

Localisation des ribosomes?

A

Cytoplasme

82
Q

Localisation du matériel génétique?

A

Noyau

83
Q

Comment sont lu les ARNm?

A

en groupes de 3 bases En triplets/codons

Les codons ou triplets codent pour des acides aminés

84
Q

Est-ce que différents codons peuvent coder pour le même a.a.?

A

Différents codons peuvent coder un même acide aminé, avec l’exception de la
Méthionine (Met, ou M) et le Tryptophane (Trp, ou W)

85
Q

Nomme les 3 codons STOP

A

UAA
UAG
UGA

86
Q

Vrai ou faux? Sur cette planète, le code génétique est universel.

A

Vrai

87
Q

Qu’est-ce que ORF?

A

Cadre de lecture ouvert

88
Q

Qu’est-ce que UTR?

A

Région non traduite

89
Q

Nomme le codon initiateur et son aa.

A

Le premier codon AUG (Méthionine) sur un cadre de lecture signale Initiation

AUG
Met

(ps au niveau de l’ADN c’est ATG)

90
Q

Explique la structure d’un ARNm.

A

de 5’ vers 3’
Coiffe
5’ UTR
AUG
ORF
STOP
3’ UTR
Queue

91
Q

Fonction de la coiffe?

A
  • Reconnaissance par le ribosome
  • Efficacité de traduction
  • Stabilité de l’ARNm
92
Q

Fonction de 5’ UTR?

A

Efficacité de
traduction

93
Q

Fonction de 3’ UTR?

A

Efficacité de traduction
Stabilité de l’ARNm

94
Q

Fonction de la queue?

A

Efficacité de
traduction
Stabilité de l’ARNm

95
Q

C’est le premier ____, codon _______qui détermine le cadre de lecture (ORF)

A

AUG au niveau de l’ARNm
Méthionine au niveau de la protéine

96
Q

Combien de cadres de lectures possibles pour une molécule ARNm donnée?

A

Il existe 3 cadres de lecture possibles
pour une molécule d’ARNm donnée

97
Q

Nomme les 6 types de mutation.

A
  • Silencieuse
  • Faux-sens
  • Non-sens
  • Continuation
  • Insertion
  • Délétion
98
Q

Quel est l’effet des insertions et délétions?

A

Insertion: un ou plusieurs nucléotides sont ajoutés

Délétation: un ou plusieurs nucléotides sont supprimés

décalage dans le cadre de lecture, modificant les codons, donc les protéines.
+1 ou -1 frameshift

99
Q

Effet d’une mutation silencieuse?

A

Rien, ne change pas l’aa produit

100
Q

Effet d’une mutation faux-sens?

A

Change nucléotide, peut changer protéine finale

101
Q

Effet d’une mutation non-sens?

A

STOP trop tôt

102
Q

Effet d’une continuation?

A

un codon STOP est remplacé par un autre codon qui prolonge la chaîne

103
Q

Comment le cadre de lecture est lu?

A

Les ARN de transfert ARNt permettent la lecture du code génétique

LES ARN DE TRANSFERT (ARNt) ASSORTISSENT LES ACIDES AMINÉS AUX CODONS

Les ARNt sont des adaptateurs moléculaires reliant les acides aminés et les codons

104
Q

Dégénérescence , ou
redondance, mais pas
d’___

A

ambiguïté

Total de 64 codons (43)
61 codons codent pour 20
acides aminés (aa)

105
Q

Décrit la structure de l’ARNt.

A

structure en feuille de trèfle
70-80 nucléotides
Anticodon
Acide aminé

106
Q

Le code génétique est dit __________.

A

dégénéré

Plusieurs codons peuvent spécifier un seul acide aminé.
Le code génétique est dit dégénéré: c.-à-d. il y a redondance

Certains acides aminés ont plus d’un ARNt

107
Q

Qui recconait et couple un aa à son ARNt?

c’Est qui Le premier adaptateur du code génétique ?

A

L’Aminoacyl-ARNt-synthétase

108
Q

Comment se nomme l’addition de aa à ARNt?

Un ARNt avec son acide aminé est appelé ___

A

le processus du Chargement

ARNt chargé

109
Q

Quelle partie de l’ARNt permet de se lier au codon de l’ARNm?

A

anticodon

*	Le 1er adaptateur : l’enzyme minoacyl-ARNt synthétase qui attache l’acide aminé à l’ARNt.
*	Le 2e adaptateur : L’ARNt apporte l’acide aminé jusqu’à l’ARN messager (ARNm) en utilisant son anticodon, qui se lie au codon de l’ARNm
110
Q

Localisation de la lecture du code génétique?

Une machine moléculaire qui assure
la lecture du code génétique

A

Ribosomes

111
Q

Décrit la structure du ribosome.

A

4 ARN
80 protéines
2 sous-unité Grande et petite s-u
possède 1 site de liaison à l’ARNm
possède 3 site de liaison à l’ARNt

Bien que les protéines dépassent
en nombre les ARNs, ces
derniers comptent pour plus de la
moitié de la masse du ribosome

112
Q

Nomme les 3 sites de liaison à l’ARNt du ribosome.

A

Site A: pour site Aminoacyl ARNt (ou site
Accepteur)
Site P: pour site Peptidyl-ARNt
Site E: exit

113
Q

Nomme les 3 phases de la traduction.

A

1) Initiation
2) Élongation
3) Terminaison

114
Q

Explique l’étape 1 de l’élongation.

A
  • Un ARNt chargé d’un acide aminé se lie au site A libre du ribosome selon le codon sur l’ARNm
  • Ce codon détermine l’acide aminé ajouté à la chaine polypeptidique en croissance
  • Les site A et site P sont assez proches pour que deux ARNt s’apparient à deux codons successifs
  • Cet arrangement ajusté permet qu’il n’y ait pas d’erreur de lecture pendant tout la synthèse de la protéine

Le dernier déplacement initie à nouveau le ribosome qui présente maintenant un site A libre pour accepter un nouveau ARNt chargé et le cycle continue

115
Q

Explique l’étape 2 de l’élongation.

A
  • Le bout carboxylique de la chaîne polypeptidique est découplé de l’ARNt situé au site P et lié par liaison peptidique au groupement aminé libre lié à l’ARNt au site A
  • Cette réaction est favorable énergétiquement et se réalise spontanément grâce à la grande énergie du lien aminoacyl avec son ARNt
116
Q

Explique l’étape 3 de l’élongation.

A

Un déplacement de la grande sous-unité par rapport à la petite sous-unité du ribosome déplace les deux ARNt dans A et P vers, respectivement, les sites P et E de la grande sous-unité

117
Q

Nomme l’étape 4 de l’élongation.

A
  • La petite sous-unité se
    déplace exactement 3 nucléotides sur la molécule d’ARNm , ce qui la repositionne exactement en face de la grande sous-unité en positions originales l’une par rapport à l’autre
  • Le Site A est libre pour accueillir le suivant ARNt chargé
118
Q

Explique la terminaison.

A
  • Lorsque le ribosome arrive à un codon stop, aucun ARNt correspond à ce codon.
  • Un facteur reconnaît cette situation.
  • Au cours de la phase finale de la synthèse protéique, la liaison d’un facteur de libération (Release Factor) au site A porteur d’un codon stop met fin à la traduction.
  • Le polypeptide achevé se détache et le ribosome se dissocie en ses deux sous-unité
119
Q

Qu’est-ce qu’un polysome?

A

Une série de ribosomes qui traduissent simultanément une même molécule d’ARNm

Les ARNm peuvent être lus de façon simultanée par
plusieurs ribosomes, formant un Polysome

120
Q

À quoi sert le polysome?

A

Efficacité de la traduction