Protein-struktur Flashcards
Aminosyror har alla en gemensam struktur. Hur ser denna ut?
En kolatom bunden till H2N, COOH och H. Den fjärde sidokedjan R varierar.
Vilka grupper delas aminosyror upp i?
- “Proteinerge”: Aminosyror som finns i proteiner, inkorporerat ribosomalt.
- “Non-proteinerge”: Förekommer inte i proteiner. T.ex. ornitin som är en del av urinämnessyntesen. Vissa förekommer i bakterier.
- Post-translatoriskt modifierade av enzymer: Pro, Ser, Thr, Tyr, Asn.
Vad är aminosyror oftast? Primära eller sekundära aminer?
Primära.
Vilka aminosyror ingår i proteiner?
Endast L-alfa-proteiner.
Vad innebär det att en aminosyra är en zwitter-jon?
Dess laddning är inte stabil utan ändras, t.ex. beroende av pH.
Vilken nomenklatur gäller för proteiner och peptider?
- N-terminal åt vänster, C-terminal åt höger.
- Numrering startar vid N-terminalen.
- Trebokstavskod eller enbokstavskod för aminosyror.
- (n= antal aminosyror) n < 50 = peptider, n > 50 = proteiner.
Hur förstärks ofta extracellulära proteiner?
Genom disulfidbindningar.
På vilka nivåer organiseras proteiner?
Primär: Aminosyrasekvens
Sekundär: Vikning av kedjans “ryggrad” (alfa-helix, beta-sheet, coiled coil)
Tertiär: 3D-form
Kvartenär: Interaktion med flera polypeptidkedjor.
Ge exempel på olika typer av membranbundna proteiner.
Integrala:
- Transmembranproteiner
- Monolager-associerade proteiner
- Lipidkopplade proteiner
Perifera:
- Proteinförankrade proteiner.
Förklara denaturering av proteiner.
En process där den naturliga tredimensionella strukturen hos t.ex. proteiner och nukleinsyror bryts ned under ändrade fysiska betingelser, t.ex. höjd temperatur eller behandling med denaturerande ämnen. Icke-kovalenta bindningar bryts = biologiskt inaktivt protein.
Förklara renaturering av protein.
Då ämnet efter denaturering hittar tillbaka till den biologiskt aktiva konformationen genom att icke-kovalenta bindningar ansvarig för proteinets vikning återbildas.
Vad är skillnaden mellan tertiärstruktur och domäner?
Tertiärstruktur är hela aminosyrakedjans yttre form/struktur.
Domäner är inre delar av kedjan som av sig själv kan bilda stabil vikning.
Vad innebär kvartenärstruktur?
Proteiner består ofta av flera peptidkedjor som kallas subunits.
Hur delas aminosyror upp efter sidokedjornas egenskaper?
Icke polära (hydrofoba) och polära (hydrofila).
Polära i sura (negativa sidokedjor), basiska (positiva sidokedjor) och neutrala.
