protein structure Flashcards
en 3D, les atomes N, C et O de la liaison amide forment ….
un plan
parce qu’ils sont en résonnance (hybridés sp2)
Quelle liaison permet la formation d’hélice alpha?
liaison H entre C(n) et N(n+4)
Quel amino-acide est un casseur d’hélice alpha
proline
pas de liaison amide pour faire la liaison hydrogène mais liaison imide
4 propriétés des hélices alpha
- Rotation à droite
- Tous les groupes NH et CO sont liés sauf 1er et dernier
- centre de l’hélice est compacté,sans espace libre
- Les résidus pointent vers l’extérieur
dimensions de l’hélice alpha?
pitch = 5.4 A
résidues / tours = 3.6
rise = 5.4/3.6 = 1.5 A
rise = distance entre 2 AA en hauteur
distance entre CO et NH consécutif dans un feuillet beta
3.5 A
donc les feuillets bétas sont plus étirés que les hélices alpha (1.5A)
1 feuillet béta est composé de plusieurs ….
brins béta (beta strands)
différences du feuillets beta parallèle par rapport à l’anti-parallèle
- Nécessite un long retour au niveau inférieur
- Les liaisons H ne sont pas alignées
Quels AA permettent un béta-turn?
Glycine, Sérine, Asparagine, proline
quel AA peut occuper tous les angles autorisés du Ramachandran plot.
Glycine
quels sont les 2 angles utilisés pour dessiner un ramachandran plot.
Phi
Psi
pour un feuillet beta, quelles sont les valeurs de psi et phi?
phi = -130°
psi = +125°
pour une hélice alpha, quelles sont les valeurs de psi et phi?
phi = -57°
Psi = -47°
Etapes de la cristallographie?
- Cristalliser les protéines
- Les soumettre à des rayons X
- Détections de rayons X diffractés
- Calculer la structure de la protéine
Combien d’AA dans la myoglobine?
153
Explain the distribution of amino acid residues in the secondary and tertiary structure of proteins.
Quelle est, en A, la longueur d’onde des rayons X?
1-1.54A
est-ce qu’il existe des lentilles pour focaliser les rayons X diffractés?
Non
c’est pour ça qu’il faut une méthode pour détecter ces rayons diffractés
comment calculer l’amplitude de RX diffusés?
A = sqrt(I)
I = intensité, plus un point est sombre, plus le rayonnement est intense
Interpret different visual representations of 3-D protein structures generated from X-ray crystallography data.
Justify methods used for experimental protein structure determination.
Distinguish features of common 3-D folds.
comment est résolu le problème du calcul de la phase?
Avec des dérivés avec atomes lourds (Au, U, Hg)
Etapes de la cristallographie
- Purification et cristallisation de la protéine
- Diffraction des rayons X et enregistrement du motif de diffraction
- Résolution du problème de phase et détermination des amplitudes
- Calcul de la carte de densité électronique par transformée de Fourier
- Construction et ajustement du modèle de la protéine
Quelle est la loi de Bragg
nλ = 2d sinθ
Quels sont les 3 niveaux de résolution de la cristallographie?
6 A ==> chaine polypeptidique
3 A ==> hélices alpha et feuillets béta
1.5 A ==> atomes non H donc side chain
Cite 3 propriétés de la myoglobine déduite de l’observation de sa structure
- Densément regroupée
- Coeur hydrophobe
- Surface essentiellement polaire
NB: tout hélice alpha
RNAse C est majoritairement composée de…
feuillets béta
Fonction des résidus par rapport à la structure 2D?
La stabiliser
ex: résidus hydrophobes au centre d’une structure à 4 hélices alpha
Cite 4 structures III de protéines
- 4-helix bundle
- Ig like domain
- béta barrels
- Beta saddle
Quellle est la structure des domaines Ig like?
Béta-sandwich = 2 feuillets bétas reliés par S-S, chacun composé de 3 à 5 brins bétas
quelle est la structure de TIM barrels?
Succession hélice alpha et feuillets beta, les feuillets bétas forment un barrel au centre.
D’où vient le nom “TIM” barrels?
Triose phosphate isomerase
quels sont les éléments d’une structure en selle (beta saddle)?
Feullets béta centraux avec Hélices alphas de chaque côté
Comment se forme un béta saddle?
en décalant les brins béta, et en préservant les liaisons H entre brins
