PPT 5 Flashcards
Proteínas que interagem têm maior probabilidade de …
co-evoluir
Baseado nas distâncias filogenéticas é possível…
inferir interações entre pares de proteínas
A co-evolução é sempre um fenómeno positivo?
Não!
Exemplos de métodos no contexto genómico são:
- perfis filogenéticos
- Previsão de co-evolução proteica
- rosetta stone (fusão de genes)
- Conserved gene neighborhood
- …
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Em que se baseia o perfil filogenético?
Se 2 ou + protas estão simultaneamente presentes ou ausentes em diferentes genomas é porque, provavelmente, são funcionalmente relacionadas.
Tradicionalmente, a expressão filogenética dava-se pela presença ou ausência de proteinas. Hoje em dia, é mais usual ver gráficos de … para analisar estes parâmetros
tonalidades
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O perfil filogenético é usado para prever…
a co-evolução de proteínas
As árvores filogenéticas de … e … são mais prováveis de serem semelhantes do que random devido a …
Ligandos e recetores;
pressão seletiva semelhante (o que levou a co-evolução)
Como se prevê se 2 proteínas co-evoluiram?
Análise de árvores filogenéticas
* encontrar homologos para as protas de interesse (BLAST)
* alinhamentos múltiplos de sequencias (Clustal) -> matrizes de distância
* matrizes de distância -> valores elevados correspondes a co-evolução OU árvores filogenéticas
Em que se baseia o método rosetta stone / fusão genes?
Hipótese de que proteínas que interagem podem encontrar-se fundidas numa só proteína noutro genoma
Que algoritmo é necessário para identificar gene fusion?
BLAST
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Quais são as limitações do rosetta stone / gene fusion?
- nem todas as proteinas que interagem podem ser encontradas fundidas noutro genoma; não podem ser identificadas por este método
- muitas proteína possuem homólogos dos domínios mas não interagem
O conserved gene neighborhood propõe…
Se genes codificantes são vizinhos num cromossoma, em diversos genomas, então têm relação funcional
Uma limitação do conserved gene neighborhood é que é mais eficaz em..
em procariotas com operões
A STRING é uma ferramenta forte na … de dados e não é limitada pelas interações … das proteínas.
- Integração de dados
- físicas
Para que a network seja forte, ou seja, esteja bem integrada é necessário uma boa…
coverage
Diferentes genomic context methods dão coverage … diferente. Podem haver … métodos.
- relativa
- 5
A STRING apresenta associações de prota-prota tanto … como …
conhecidas como previstas
A descrição total do funcionamento de uma proteína na STRING provém de:
- conhecimento das proteínas envolvidas com a prota em questão
- perspetivaa funcional: binding físico + interações indiretas
Indiretas: participação na mesma via metabólica ou num mesmo processo celular
A informação acerca das associações de proteínas provém de 1 fonte e organismo?
Não.
Várias fontes e vários organismos modelo
Na STRING, a maioria dos organismos são … e o Top 1 dos organismos accessed é …
- bactérias
- Homo sapiens
Na STRING, o maior nº de interações deve-se a níveis de confiança…
>= 0.900 OU 0.700 OU 0.400
> =0.400
Em menor nº são os >= 0.900
A framework para diferentes tipos de evidência PPI envolve que pontos?
- mapear diferentes tipos de evidência num único set de proteinas (facilita análise comparativa)
- complementação de interações conhecidas e previstas (aumenta coverage)
- Scoring scheme integrado (aumenta confiança)
- mapeamento de interações num nº elevado de organismos (facilita estudos evolucionários)
Na STRING, os scores não indicam nem … nem a … das interações mas sim da …
força nem a especificidade mas sim da confiança
Os scores variam entre os valores … e …
0 e 1
Para quase todas as evidências, existem dois tipos de scores:
- normal
- transferred
Em que consistem os transferred scores?
Dados computacionais que não são originalmente observados no organismo em questão, mas sim extrapolados de outros por homologia/ortologia.
