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Question 1

Proteínas que interagem têm maior probabilidade de …

Answer 1

co-evoluir

Question 2

Baseado nas distâncias filogenéticas é possível…

Answer 2

inferir interações entre pares de proteínas

Question 3

A co-evolução é sempre um fenómeno positivo?

Answer 3

Não!

Question 4

Exemplos de métodos no contexto genómico são:

Answer 4

• perfis filogenéticos
• Previsão de co-evolução proteica
• rosetta stone (fusão de genes)
• Conserved gene neighborhood
• …

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Question 5

Em que se baseia o perfil filogenético?

Answer 5

Se 2 ou + protas estão simultaneamente presentes ou ausentes em diferentes genomas é porque, provavelmente, são funcionalmente relacionadas.

Question 6

Tradicionalmente, a expressão filogenética dava-se pela presença ou ausência de proteinas. Hoje em dia, é mais usual ver gráficos de … para analisar estes parâmetros

Answer 6

tonalidades

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Question 7

O perfil filogenético é usado para prever…

Answer 7

a co-evolução de proteínas

Question 8

As árvores filogenéticas de … e … são mais prováveis de serem semelhantes do que random devido a …

Answer 8

Ligandos e recetores;
pressão seletiva semelhante (o que levou a co-evolução)

Question 9

Como se prevê se 2 proteínas co-evoluiram?

Answer 9

Análise de árvores filogenéticas
* encontrar homologos para as protas de interesse (BLAST)
* alinhamentos múltiplos de sequencias (Clustal) -> matrizes de distância
* matrizes de distância -> valores elevados correspondes a co-evolução OU árvores filogenéticas

Question 10

Em que se baseia o método rosetta stone / fusão genes?

Answer 10

Hipótese de que proteínas que interagem podem encontrar-se fundidas numa só proteína noutro genoma

Question 11

Que algoritmo é necessário para identificar gene fusion?

Answer 11

BLAST

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Question 12

Quais são as limitações do rosetta stone / gene fusion?

Answer 12

• nem todas as proteinas que interagem podem ser encontradas fundidas noutro genoma; não podem ser identificadas por este método
• muitas proteína possuem homólogos dos domínios mas não interagem

Question 13

O conserved gene neighborhood propõe…

Answer 13

Se genes codificantes são vizinhos num cromossoma, em diversos genomas, então têm relação funcional

Question 14

Uma limitação do conserved gene neighborhood é que é mais eficaz em..

Answer 14

em procariotas com operões

Question 15

A STRING é uma ferramenta forte na … de dados e não é limitada pelas interações … das proteínas.

Answer 15

• Integração de dados
• físicas

Question 16

Para que a network seja forte, ou seja, esteja bem integrada é necessário uma boa…

Answer 16

coverage

Question 17

Diferentes genomic context methods dão coverage … diferente. Podem haver … métodos.

Answer 17

• relativa
• 5

Question 18

A STRING apresenta associações de prota-prota tanto … como …

Answer 18

conhecidas como previstas

Question 19

A descrição total do funcionamento de uma proteína na STRING provém de:

Answer 19

• conhecimento das proteínas envolvidas com a prota em questão
• perspetivaa funcional: binding físico + interações indiretas

Indiretas: participação na mesma via metabólica ou num mesmo processo celular

Question 20

A informação acerca das associações de proteínas provém de 1 fonte e organismo?

Answer 20

Não.
Várias fontes e vários organismos modelo

Question 21

Na STRING, a maioria dos organismos são … e o Top 1 dos organismos accessed é …

Answer 21

• bactérias
• Homo sapiens

Question 22

Na STRING, o maior nº de interações deve-se a níveis de confiança…

>= 0.900 OU 0.700 OU 0.400

Answer 22

> =0.400

Em menor nº são os >= 0.900

Question 23

A framework para diferentes tipos de evidência PPI envolve que pontos?

Answer 23

• mapear diferentes tipos de evidência num único set de proteinas (facilita análise comparativa)
• complementação de interações conhecidas e previstas (aumenta coverage)
• Scoring scheme integrado (aumenta confiança)
• mapeamento de interações num nº elevado de organismos (facilita estudos evolucionários)

Question 24

Na STRING, os scores não indicam nem … nem a … das interações mas sim da …

Answer 24

força nem a especificidade mas sim da confiança

Question 25

Os scores variam entre os valores … e …

Answer 25

0 e 1

Question 26

Para quase todas as evidências, existem dois tipos de scores:

Answer 26

• normal
• transferred

Question 27

Em que consistem os transferred scores?

Answer 27

Dados computacionais que não são originalmente observados no organismo em questão, mas sim extrapolados de outros por homologia/ortologia.