PPT 2 Flashcards

1
Q

2 das vias de sinalização mais importantes na células dos mamíferos são:

A
  1. Growth factor signalling pathway
  2. p53 signalling pathway

1.proliferação, migraçáo, diferenciação, apoptose, comunicação intercelular
2. proteina supressora de tumores; mutada em casos de câncro

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2
Q

A maior parte dos processos biológicos envolve a … de proteínas na forma de … ou …

A
  • interação
  • complexos
  • vias de sinalização
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3
Q

O que é o interactoma?

A

Todas as interações (funcionais e físicas) entre as macromoléc. biológicas de uma célula.

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4
Q

O que é interactomica?

A

Disciplina inserida na bioinformática que estuda as interações e as suas consequências das moléc. celulares.

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5
Q

A importância das interações moleculares deve-se à sua …, … e …

A
  • compreensão
  • previsão (de proteínas de função desconhecida)
  • caracterização
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6
Q

Se uma proteína desconhecida está associada a uma outra de função conhecida podemos assumir a interação da primeira?

A

Sim

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7
Q

Proteínas envolvidas no mesmo processo devem ser…

A

Agrupadas no mesmo cluster nas networks

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8
Q

Uma proteína pode interagir com …

A
  • outras proteínas
  • ácidos nucleicos
  • moléculas pequenas
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9
Q

As interações PPI são aquelas que dão os conhecimentos mais/menos valiosos sobre as funções biológicas celulares.

A

Mais valiosos

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10
Q

Que papeis podem as PPI ter?

A
  1. modificar as propriedades cinéticas de enzimas (alterar afinidade ao substrato ou efeitos alostéricos)
  2. atuar como mecanismos que permitam o channeling de substratos
  3. construir novos locais de binding
  4. inativar/suprimir proteínas
  5. alterar a especificidade de uma proteína ao seu substrato
  6. papel regulador
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11
Q

Em que podem ser dividida a composição?

A
  • homo: PPI ocorre entre cadeias identicas
  • Hetero: PPI ocorre entre cadeias não idênticas

Enzimas, carrier proteins, scaffolding proteins –> homo-oligomeros

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12
Q

Em que pode ser dividida a afinidade?

A
  • Obrigatória: os constituintes são instáveis sozinhos
  • Não obrigatória: os constituintes podem existir separadamente

Ku proteins (reparação DNA): homodímeros obrigatórios; H-Ras (G protein): lig. não obrigatórias com GTP

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13
Q

Em que pode ser dividido o tempo de vida?

A
  • Transiente: os componentes associam-se e desassociam-se temporariamente (kinases, nuclear pore impotins)
  • Permanente: interações permanentes bastante estáveis e irreversíveis (ribossoma, hemoglobolina)
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14
Q

O tempo de vida transiente pode ser ainda dividido em:

A
  • Forte: associação e desassociação acontece por determinados acionadores
  • Fraco: complexos são formados e desmanchados continuamente
  • Domínio-peptídeo
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15
Q

Quanto mais alto/baixo for a constante de dissociação (Kd) maior é a força de ligação (constante de afinidade).

A

Baixo

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16
Q

A proteína Ras está inserida em que via de sinalização?
Qual é a sua função?

A
  • Via de sinalização por fatores de crescimento
  • Quando ativo liberta GDP e forma cascata de sinalização, ativando a transcrição de proteínas que promovem sinalização celular
17
Q

A proteína Ras possui uma ligação…

A

transiente

18
Q

A ligação de proteínas a p53 é de natureza…

A

transiente

19
Q

Todas as PPIs obrigatórias são …

A

permanentes

20
Q

Nem todas as ligações … são obrigatórias.

A

Permanentes

21
Q

As ligações não-obrigatórias são … mas algumas podem ser …

A
  • transientes
  • permanentes

ppt 17

22
Q

Na relação genoma -> transcriptoma -> proteoma, aumenta o nº de … e por sua vez a …

A
  • interações
  • complexidade
23
Q

O que é interactomica estrutural?

A

Prever as interações prota-prota se duas proteínas tiverem estrutura semelhante

Se A e B interagirem, pode haver C e D cujas estruturas são semelhantes a A e B –> pressupõe que C e D também interagem entre si

24
Q

A interactomica estrutural é importante para a descoberta de…

A

drogas

25
Q

O binding de proteínas é um processo completamente conhecido? Justifica

A

Não!
* proteínas com estruturas semelhantes associam-se de maneiras diferentes
* diferentes estruturas podem associar-se de formas semelhantes

Ainda é desafiante identificar e construir networks com base em PPIs

26
Q

O que podemos fazer com a interactómica?

A
  • prever interactomas
  • Interactomica comparativa
  • Estratégia para drug design
  • Descoberta de links virus - hospedeiros
27
Q

Para modelar PPIs, que estratégias se podem usar?

A
  • Inibição: proteína pequena liga-se ao local ativo OU inibição alostérica
  • Estabilização: por ligação ao local ativo ou alostericamente.