PPT 2 Flashcards
2 das vias de sinalização mais importantes na células dos mamíferos são:
- Growth factor signalling pathway
- p53 signalling pathway
1.proliferação, migraçáo, diferenciação, apoptose, comunicação intercelular
2. proteina supressora de tumores; mutada em casos de câncro
A maior parte dos processos biológicos envolve a … de proteínas na forma de … ou …
- interação
- complexos
- vias de sinalização
O que é o interactoma?
Todas as interações (funcionais e físicas) entre as macromoléc. biológicas de uma célula.
O que é interactomica?
Disciplina inserida na bioinformática que estuda as interações e as suas consequências das moléc. celulares.
A importância das interações moleculares deve-se à sua …, … e …
- compreensão
- previsão (de proteínas de função desconhecida)
- caracterização
Se uma proteína desconhecida está associada a uma outra de função conhecida podemos assumir a interação da primeira?
Sim
Proteínas envolvidas no mesmo processo devem ser…
Agrupadas no mesmo cluster nas networks
Uma proteína pode interagir com …
- outras proteínas
- ácidos nucleicos
- moléculas pequenas
As interações PPI são aquelas que dão os conhecimentos mais/menos valiosos sobre as funções biológicas celulares.
Mais valiosos
Que papeis podem as PPI ter?
- modificar as propriedades cinéticas de enzimas (alterar afinidade ao substrato ou efeitos alostéricos)
- atuar como mecanismos que permitam o channeling de substratos
- construir novos locais de binding
- inativar/suprimir proteínas
- alterar a especificidade de uma proteína ao seu substrato
- papel regulador
Em que podem ser dividida a composição?
- homo: PPI ocorre entre cadeias identicas
- Hetero: PPI ocorre entre cadeias não idênticas
Enzimas, carrier proteins, scaffolding proteins –> homo-oligomeros
Em que pode ser dividida a afinidade?
- Obrigatória: os constituintes são instáveis sozinhos
- Não obrigatória: os constituintes podem existir separadamente
Ku proteins (reparação DNA): homodímeros obrigatórios; H-Ras (G protein): lig. não obrigatórias com GTP
Em que pode ser dividido o tempo de vida?
- Transiente: os componentes associam-se e desassociam-se temporariamente (kinases, nuclear pore impotins)
- Permanente: interações permanentes bastante estáveis e irreversíveis (ribossoma, hemoglobolina)
O tempo de vida transiente pode ser ainda dividido em:
- Forte: associação e desassociação acontece por determinados acionadores
- Fraco: complexos são formados e desmanchados continuamente
- Domínio-peptídeo
Quanto mais alto/baixo for a constante de dissociação (Kd) maior é a força de ligação (constante de afinidade).
Baixo
A proteína Ras está inserida em que via de sinalização?
Qual é a sua função?
- Via de sinalização por fatores de crescimento
- Quando ativo liberta GDP e forma cascata de sinalização, ativando a transcrição de proteínas que promovem sinalização celular
A proteína Ras possui uma ligação…
transiente
A ligação de proteínas a p53 é de natureza…
transiente
Todas as PPIs obrigatórias são …
permanentes
Nem todas as ligações … são obrigatórias.
Permanentes
As ligações não-obrigatórias são … mas algumas podem ser …
- transientes
- permanentes
ppt 17
Na relação genoma -> transcriptoma -> proteoma, aumenta o nº de … e por sua vez a …
- interações
- complexidade
O que é interactomica estrutural?
Prever as interações prota-prota se duas proteínas tiverem estrutura semelhante
Se A e B interagirem, pode haver C e D cujas estruturas são semelhantes a A e B –> pressupõe que C e D também interagem entre si
A interactomica estrutural é importante para a descoberta de…
drogas
O binding de proteínas é um processo completamente conhecido? Justifica
Não!
* proteínas com estruturas semelhantes associam-se de maneiras diferentes
* diferentes estruturas podem associar-se de formas semelhantes
Ainda é desafiante identificar e construir networks com base em PPIs
O que podemos fazer com a interactómica?
- prever interactomas
- Interactomica comparativa
- Estratégia para drug design
- Descoberta de links virus - hospedeiros
Para modelar PPIs, que estratégias se podem usar?
- Inibição: proteína pequena liga-se ao local ativo OU inibição alostérica
- Estabilização: por ligação ao local ativo ou alostericamente.
