PPT 3

Question 1

Que estratégias são usadas para criar PPIs networks?

Answer 1

• Obtenção PPI data
• Construção da network
• Identificar estruturas + anotação

Question 2

Como se pode obter data das PPIs?

Answer 2

• Trabalho experimental
• Evidência experimentar comunicada na literatura
• Metadatabases ou databases preditivas (STRING)

Question 3

Que desafios tem a obtenção de data de PPIs?

Answer 3

• redundancias
• qualidade e tipo dos dados
• mapeamento de informação externa

Question 4

Exemplos de databases pra analisar PPIs são:

Answer 4

• Cytoscape
• igraph
• Gphi
• NetworkX

Question 5

Quando analisamos PPIs devemos ter cuidado com:

Answer 5

o tipo e qualidade dos dados usados

Confidence scores (Ex, Miscore) podem ajudar a selecionar os melhores dados

Question 6

Quais são os tipos de topologias mais usados para analisar PPIs?

Answer 6

• Centralidade: identifica os nodes mais importantes
• comunicabilidade: para encontrar entidades altamente interconectadas

Question 7

Como podemos simplificar as análises de enriquecimento de anotações?

Answer 7

Com ferramentes de análise de networks

Question 8

Quais são as ferramentas mais usadas para anotações?

Answer 8

• GO
• Cytoescape BiNGO and ClueGP
• Reactome
• KEGG

Question 9

De onde provêm os dados sobre as interações moleculares?

Answer 9

• Experimental data
• Computacional

Question 10

Os dados experimentais só podem ser obtidos a partir de 1 abordagem?

Answer 10

Não. Existem diversos métodos.

Question 11

Devemos usar mais do que um método para checkar interações?
Porquê?

Answer 11

Sim
* Nenhum método é perfeito
* Todos os métodos têm limitações

Question 12

Exemplos de métodos experimentais são:

Answer 12

• Yeast 2 Hybrid
• protein arrays
• pull down
• …

Question 13

Exemplos de métodos computacionais são:

Answer 13

• PTMs
• Gene fusion
• Co-expression
• GO annotation
• gene neighborhood
• pylogenetic profile
• topological features
• sequence features
• domain interaction
• protein fold
• orthologs

Question 14

A identificação experimental de PPIs, Y2H é High/Low throughput.

Answer 14

High

Question 15

Como funciona a Y2H?

Answer 15

• fator de transcrição dividido em 2 (DNA-Binding Domain + DNA-Activation Domain)
• BD e AD são fundidas a duas proteinas de interesse: Isco + presa
• Se o isco e a presa se ligarem quando expressos na yeast, o fator de** transcrição fica completo** e dá-se a transcrição de um gene reporter

Gene reporter: dá capacidade a que MO cresça num determinado meio ou MO desenvolve determinada cor

Question 16

Quais são as vantagens do Y2H?

Answer 16

• rápido
• barato
• escalável
• binding sites são mapeados com exatidão
• librarias de clones são de fácil acesso e comuns

Question 17

Quais são as desvantagens do Y2H?

Answer 17

• pode haver interações das proteínas que não ocorrem no ambiente normal onde estão inseridas
• falsos positivos: quando uma prota da yeast forma a ligação
• limitações à expressão heteróloga: isco e presa podem não ser expressos/ ser citotóxicos; proteínas podem ser demasiado grandes
• Necessidade de uma library

Question 18

A Creative Protomics oferece serviços de identificação experimental?

Answer 18

Sim

Question 19

A técnica Y2H é in vitro, in vivo ou in silico?

Answer 19

In vivo

In vitro são todas as outras que não recorrem a bases computacionais (in silico).