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Biologia do Genoma > PPT 1 > Flashcards

PPT 1 Flashcards

1
Q

As redes em biologia representam interações … ou …

A
  • binárias
  • relações entre entidades diferentes
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2
Q

A que se deveu a necessidade de criar abordagens mais sistemáticas à analise de dados?

A

À era das omicas! Deu-se uma explosão de dados

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3
Q

As redes biológicas permitem a … e … de sistemas biológicos.

A
  • análise
  • representação
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4
Q

A interação entre as entidades biológicas pode ser de nível … a nível …?

A

molecular a nível do ecossistema

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5
Q

Exemplos de redes biológicas são:

A
  • ecológicas
  • neurológicas
  • metabólicas
  • moleculares
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6
Q

Nas networks, o que são os nodes e as edges?

A
  • Nodes: representação de entidades diferentes (proteínas, genes, etc)
  • Edges: representam informação que liga dois nodes
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7
Q

Que outros nomes podem ter:
* Nodes
* Edges

A
  • Nodes: vertices
  • Edges: links
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8
Q

Que tipos de networks as edges podem formar?

A
  • Não dirigidas
  • Dirigidas
  • Ponderadas
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9
Q

Descreve as networks não dirigidas.

A
  • Não dirigidas: interações proteína proteína (PPINs); conexão simples sem uma direção aplicada; A está para B assim como B para A.
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10
Q

Descreve as networks dirigidas.

A

Dirigidas: redes metabólicas e de regulação de genes; A está para B mas B não está para A

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11
Q

Descreve as networks ponderadas.

A
  • Ponderadas: envolvem as Não direcionadas e as Direcionadas; podem ter um peso ou um valor quantitativo; Fornece confiança de uma interação ou a expressão quantitativa de um gene sobre outro ou o quão próximos são 2 genes em termos de semelhança de sequencias.
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12
Q

O que são as matrizes de proximidade?

A

Forma como as networks são expressas matematicamente.

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13
Q

Nas matrizes de proximidade, o que representam as linhas e colunas?

A

Os nodes da network

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14
Q

Nas matrizes de proximidade, um número simboliza…

slide 6

A

uma edge.

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15
Q

As matrizes de proximidade podem ser usadas para calcular …

A

graus (degrees) e centralidades.

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16
Q

Uma network não dirigida tem uma matriz de proximidade…
Os valores … e … representam a … ou … de … .

A
  • simétrica
  • 0 e 1 representam a ausência ou presença de conexções
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17
Q

Networks dirigidas e ponderadas podem ter valores numéricos diferentes. Para que propósito?

A

Expressar relações mais complexas

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18
Q

O propósito de qualquer análise a networks é de…

A

extraír informação útil que não existiria caso os componentes fossem examinados individualmente.

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19
Q

O que é a topologia de uma network?

A

Forma como os nodes e as egdes estão organizados numa network

20
Q

A propriedades topológicas de uma network podem ajudar-nos a …

A

identificar sub-estruturas relevantes.

21
Q

O que é um grau (degree) de um node?

A

Nº de edges que conectam a esse node

22
Q

O grau de um node influencia…

A

se uma network é scale-free ou não.

23
Q

Em networks direcionadas, um node pode ter mais do que 1 grau?

A

Sim! O out-degree para as edges que saem do node e um in-degree para as edges que entram no node.

24
Q

A topologia das networks pode ser dividida em:

A
  • Caminhos mais curtos
  • Scale-free
  • random

Topologia = forma como os nodes e edges estão organizados =/= net. dirigidas,etc

25
Q

A topologia de caminhos mais curtos envolve a distância mais … entre …

A

curta entre nodes

26
Q

A topologia scale-free envolve que a maioria dos nodes…

A
  • esteja conectada a um nº baixo de vizinhos
  • envolva um nº pequeno de nodes com alto degree que promove conectividade à network
27
Q

Como se podem chamar os nodes com alto degree das topologias scale-free?

A

Hubs

28
Q

As topologias scale-free apresentam maior/menor nº de conexões a um node que em topologias random.

A

Maior (são os hubs)

29
Q

Descreve a estabilidade das networks scale-free.

A
  • Ataques random: a maioria das proteinas tem small degree, a probabilidade que a hub é afetada é pequena.
  • Ataques às hubs: a conexão não é muito afetada se as restantes hubs se mantiverem; se muitas hubs forem afetadas, a network perde integridade!
30
Q

Nas networks scale-free, a quantidade de nodes e edges que esta tem faz variar a sua escala?

A

Não

ppt 10

31
Q

As networks scale-free são mais vulneráveis a ataques…

A

direcionados.

32
Q

Normalmente, as hubs representam…

A

genes essenciais ou letais

Ex: cancer linked proteins like tumor supressor protein p53

33
Q

A topologia scale-free de interações prota-prota **pode/não pode **ser extrapolada a interactomas completos. Porquê?

A
  • Não pode
    Devido à coverage limitada e a variabilidade da qualidade dos dados de interação
34
Q

O que é a transitividade de uma network?

A

Medida da tendência dos nodes se agruparem em conjunto

35
Q

O que significa elevada transitividade?

A

A network contém grupos de nodes que estão densamente conectados entre eles

36
Q

O que são clusters ou comunidades?

Que outro nome têm?

A
  • Grupos de nodes que estão mais interconectados como eles próprios que com o resto da network

Clusters topológicos

37
Q

O que é a centralidade?

A

O quão importante é um node ou uma edge para a conectividade.

Serve tanto para nodes e edges!

38
Q

O … está diretamente interligado à centralidade.

A

grau

39
Q

As networks biológicas mais comuns são:

A
  • Interações proteína-proteína (PPIs)
  • metabólicas
  • Interações genéticas
  • Regulação genes / transcriptacional
  • sinalização celular
40
Q

Uma network pode conter diferentes interações biológicas?

A

Sim, em que os nodes e as edges podem significar entidades e tipos de interações diferentes.

ppt 13

41
Q

As networks metabólicas são não/direcionadas/ponderadas.

A

Direcionadas

As edges podem significar a direção da flow metabólica ou os efeitos regulatórios de uma reação específica

42
Q

Nas networks das regulações genéticas, estas são normalmente…

A

direcionadas

43
Q

As networks de sinalização celular são… e representadas por dois tipos de fontes:

A

direcionadas
* Pathway databases (kegg, reactome, etc) –> geradas por seleção manual
* Reaction databases (Signor, Spike, etc)

44
Q

Que desafios têm as networks?

A
  • O tamanho das databases biológicas
  • Ruído e bases incompletas
45
Q

No que pode resultar os desafios?

A

Diferentes tipos de evidência que não coincidem ou podem ser contraditórios,

46
Q

Os dados para a criação das networks provêm de:

A
  • Seleção manual de dados a partir da literatura
  • high throughtput datasets
  • previsões computacionais
  • Text-mining

Biologia do Genoma (6 decks)

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