PPT 1 Flashcards
As redes em biologia representam interações … ou …
- binárias
- relações entre entidades diferentes
A que se deveu a necessidade de criar abordagens mais sistemáticas à analise de dados?
À era das omicas! Deu-se uma explosão de dados
As redes biológicas permitem a … e … de sistemas biológicos.
- análise
- representação
A interação entre as entidades biológicas pode ser de nível … a nível …?
molecular a nível do ecossistema
Exemplos de redes biológicas são:
- ecológicas
- neurológicas
- metabólicas
- moleculares
Nas networks, o que são os nodes e as edges?
- Nodes: representação de entidades diferentes (proteínas, genes, etc)
- Edges: representam informação que liga dois nodes
Que outros nomes podem ter:
* Nodes
* Edges
- Nodes: vertices
- Edges: links
Que tipos de networks as edges podem formar?
- Não dirigidas
- Dirigidas
- Ponderadas
Descreve as networks não dirigidas.
- Não dirigidas: interações proteína proteína (PPINs); conexão simples sem uma direção aplicada; A está para B assim como B para A.
Descreve as networks dirigidas.
Dirigidas: redes metabólicas e de regulação de genes; A está para B mas B não está para A
Descreve as networks ponderadas.
- Ponderadas: envolvem as Não direcionadas e as Direcionadas; podem ter um peso ou um valor quantitativo; Fornece confiança de uma interação ou a expressão quantitativa de um gene sobre outro ou o quão próximos são 2 genes em termos de semelhança de sequencias.
O que são as matrizes de proximidade?
Forma como as networks são expressas matematicamente.
Nas matrizes de proximidade, o que representam as linhas e colunas?
Os nodes da network
Nas matrizes de proximidade, um número simboliza…
slide 6
uma edge.
As matrizes de proximidade podem ser usadas para calcular …
graus (degrees) e centralidades.
Uma network não dirigida tem uma matriz de proximidade…
Os valores … e … representam a … ou … de … .
- simétrica
- 0 e 1 representam a ausência ou presença de conexções
Networks dirigidas e ponderadas podem ter valores numéricos diferentes. Para que propósito?
Expressar relações mais complexas
O propósito de qualquer análise a networks é de…
extraír informação útil que não existiria caso os componentes fossem examinados individualmente.
O que é a topologia de uma network?
Forma como os nodes e as egdes estão organizados numa network
A propriedades topológicas de uma network podem ajudar-nos a …
identificar sub-estruturas relevantes.
O que é um grau (degree) de um node?
Nº de edges que conectam a esse node
O grau de um node influencia…
se uma network é scale-free ou não.
Em networks direcionadas, um node pode ter mais do que 1 grau?
Sim! O out-degree para as edges que saem do node e um in-degree para as edges que entram no node.
A topologia das networks pode ser dividida em:
- Caminhos mais curtos
- Scale-free
- random
Topologia = forma como os nodes e edges estão organizados =/= net. dirigidas,etc
A topologia de caminhos mais curtos envolve a distância mais … entre …
curta entre nodes
A topologia scale-free envolve que a maioria dos nodes…
- esteja conectada a um nº baixo de vizinhos
- envolva um nº pequeno de nodes com alto degree que promove conectividade à network
Como se podem chamar os nodes com alto degree das topologias scale-free?
Hubs
As topologias scale-free apresentam maior/menor nº de conexões a um node que em topologias random.
Maior (são os hubs)
Descreve a estabilidade das networks scale-free.
- Ataques random: a maioria das proteinas tem small degree, a probabilidade que a hub é afetada é pequena.
- Ataques às hubs: a conexão não é muito afetada se as restantes hubs se mantiverem; se muitas hubs forem afetadas, a network perde integridade!
Nas networks scale-free, a quantidade de nodes e edges que esta tem faz variar a sua escala?
Não
ppt 10
As networks scale-free são mais vulneráveis a ataques…
direcionados.
Normalmente, as hubs representam…
genes essenciais ou letais
Ex: cancer linked proteins like tumor supressor protein p53
A topologia scale-free de interações prota-prota **pode/não pode **ser extrapolada a interactomas completos. Porquê?
- Não pode
Devido à coverage limitada e a variabilidade da qualidade dos dados de interação
O que é a transitividade de uma network?
Medida da tendência dos nodes se agruparem em conjunto
O que significa elevada transitividade?
A network contém grupos de nodes que estão densamente conectados entre eles
O que são clusters ou comunidades?
Que outro nome têm?
- Grupos de nodes que estão mais interconectados como eles próprios que com o resto da network
Clusters topológicos
O que é a centralidade?
O quão importante é um node ou uma edge para a conectividade.
Serve tanto para nodes e edges!
O … está diretamente interligado à centralidade.
grau
As networks biológicas mais comuns são:
- Interações proteína-proteína (PPIs)
- metabólicas
- Interações genéticas
- Regulação genes / transcriptacional
- sinalização celular
Uma network pode conter diferentes interações biológicas?
Sim, em que os nodes e as edges podem significar entidades e tipos de interações diferentes.
ppt 13
As networks metabólicas são não/direcionadas/ponderadas.
Direcionadas
As edges podem significar a direção da flow metabólica ou os efeitos regulatórios de uma reação específica
Nas networks das regulações genéticas, estas são normalmente…
direcionadas
As networks de sinalização celular são… e representadas por dois tipos de fontes:
direcionadas
* Pathway databases (kegg, reactome, etc) –> geradas por seleção manual
* Reaction databases (Signor, Spike, etc)
Que desafios têm as networks?
- O tamanho das databases biológicas
- Ruído e bases incompletas
No que pode resultar os desafios?
Diferentes tipos de evidência que não coincidem ou podem ser contraditórios,
Os dados para a criação das networks provêm de:
- Seleção manual de dados a partir da literatura
- high throughtput datasets
- previsões computacionais
- Text-mining
