Polymorphisme

Question 1

Qu’est-ce que le polymorphisme?

Answer 1

Variation phénotypique ou génétique considérée comme normale chez une espèce

Question 2

Qu’est-ce que le polymorphisme moléculaire?

Answer 2

Variation détectable par des techniques moléculaires
Ex:
- Hybridation
- Clivage par enzymes de restriction
- Amplification par PCR
- Séquençage de nucléotides

Question 3

Qu’est-ce qu’un marqueur moléculaire?

Answer 3

Locus démontrant un polymorphisme moléculaire

Question 4

Donnez un exemple de polymorphisme moléculaire.

Answer 4

Segments qui ne migrent pas à la même vitesse dans un gel d’agarose

Question 5

Donnez l’avantage d’un marqueur moléculaire.

Answer 5

Les trois génotypes d’un organisme diploïde sont détectables (gel d’agarose)

Question 6

Qu’est-ce qu’un SNP?

Answer 6

“Single nucleotide polymorphism” ou polymorphisme mononucléotidique

(variation dans l’ADN touchant un seul nucléotide)

Question 7

Qu’est-ce qu’un RFLP?

Answer 7

“Restriction fragment length polymorphism” ou polymorphisme de longueur de fragments de restriction

sequense de nucleodide reconnu par une enzyme de restriction pour le clivage.

Question 8

Qu’est-ce qu’un VNTR?

Answer 8

“Variable number tandem repeats”

Question 9

Qu’est-ce qu’un STR?

Answer 9

“Short tandem repeats”

Question 10

Qu’est-ce qui fait partie des STR? (~satellites)

Answer 10

• minisatellites

- microsatellites

Question 11

Qu’est-ce qu’un minisatellite?

Answer 11

Séquence répétée en tandem de longueur allant de 10 à 60 pb

Question 12

Qu’est-ce qu’un microsatellite?

Answer 12

Courte séquence répétée en tandem (1-6 pb)

Question 13

Dans les cas de mini et de microsatellite, à quoi correspond le polymorphisme?

Answer 13

Au nombre de répétitions

Question 14

Sur quoi est basée l’identification individuelle faite par la police?

Answer 14

Selon les allèles de 13 loci STR

Question 15

Les SNP couvrent ___% de la variation génétique observée chez l’humain

Answer 15

90%

Question 16

On compte, en moyenne 1 SNP tous les ___ à ___ nucléotides dans le génome humain

Answer 16

100 à 300 nt

Question 17

Que fait un SNP silencieux?

Answer 17

Aucun effet phénotypique, utile en tant que marqueur moléculaire

Question 18

Que fait un SNP dans une région intergénique?

Answer 18

Aucun effet phénotypique, utile pour la cartographie des génomes

Question 19

Qu’est-ce qu’un SNP fonctionnel?

Answer 19

SNP dont un allèle est à l’origine d’une maladie monogénique ou SNP influençant un caractère quantitatif (QTL)

Question 20

La cartographie des chromosomes à l’ère du séquençage de génomes entiers est basée sur quelles deux notions?

Answer 20

1. La notion d’haplotype

2. La notion du déséquilibre de liaison

Question 21

Sur quoi la cartographie des chromosomes à l’ère du séquençage de génomes entier est basée? (autre que les notions)

Answer 21

Sur les études de populations et/ou d’arbres généalogiques (implique une composante bioinformatique)

Question 22

Quelle est la définition générale de l’haplotype?

Answer 22

Ensemble d’allèles localisés sur un même chromosome et transmis ensemble à la progéniture en absence de crossing-over

Question 23

Quelle est la définition pratique de l’haplotype?

Answer 23

Ensemble de SNPs observés sur un segement de chromosomes chez un individu (la séquence d’ADN peut être réduite aux variations pour simplifier)

Question 24

Sous quelle forme les relations entre les haplotypes peuvent-t-elles être représentées?

Answer 24

Sous forme de réseau

Question 25

Que permettent les réseaux (relations entre haplotypes)

Answer 25

Reconstructions historiques:

• migrations humaines
• origine des groupes ethniques
• domestication des plantes et animaux

Question 26

Donnez un exemple de réseau haplotypique du chromosome Y d’hommes asiatiques

Answer 26

Star Cluster
(vient de Genghis Khan)
(8% des hommes asiatiques et 0,5% de tous les hommes)

Question 27

Que confirme la génétique mitochondriale?

Answer 27

L’origine africaine de l’espèce humaine (ancêtre mitochondrial commun)

Question 28

Quelles sont les raisons pour le séquençage complet du génome humain? (3)

Answer 28

1. Afin de cartographier la variation génétique humaine
2. Afin d’identifier des marqueurs associés avec des traits particuliers (maladies génétiques)
3. Connaître l’évolution moléculaire des populations humaines

Question 29

Quel était le but de “Whole-genome sequencing in French Canadians from Quebec”?

Answer 29

Créer une banque de données afin de cartographier les gènes responsables de maladies génétiques fréquentes dans la population

Question 30

Que se passe-t-il si les fréquences observées des haplotypes n’égalent pas les fréquences attendues?

Answer 30

Les loci sont en déséquilibre de liaison:
ces loci sont localisés à proximité sur le chromosome

ou

ces loci ont été soumis à une forte pression de
sélection positive récente

Question 31

Quel est le principe de base de la découverte de gènes codant pour des maladies héréditaires par étude des haplotypes et du déséquilibre de liaison? (5)

Answer 31

• Identifier les personnes touchées par la maladie
• Créer un groupe contrôle de personnes “saines”
• Établir les haplotypes des chromosomes pour des marqueurs moléculaires connus (SNPs)
• Procéder à une analyse par association
• le gène dont l’allèle muté détermine la maladie se trouve à proximité de ces marqueurs

Question 32

Pourquoi ferait-on une analyse par association?

Answer 32

Pour déterminer les marqueurs moléculaires qui démontrent un déséquilibre de liaison dans les chromosomes de personnes malades (maladies héréditaires)