Polymorphisme Flashcards
Qu’est-ce que le polymorphisme?
Variation phénotypique ou génétique considérée comme normale chez une espèce
Qu’est-ce que le polymorphisme moléculaire?
Variation détectable par des techniques moléculaires Ex: - Hybridation - Clivage par enzymes de restriction - Amplification par PCR - Séquençage de nucléotides
Qu’est-ce qu’un marqueur moléculaire?
Locus démontrant un polymorphisme moléculaire
Donnez un exemple de polymorphisme moléculaire.
Segments qui ne migrent pas à la même vitesse dans un gel d’agarose
Donnez l’avantage d’un marqueur moléculaire.
Les trois génotypes d’un organisme diploïde sont détectables (gel d’agarose)
Qu’est-ce qu’un SNP?
“Single nucleotide polymorphism” ou polymorphisme mononucléotidique
(variation dans l’ADN touchant un seul nucléotide)
Qu’est-ce qu’un RFLP?
“Restriction fragment length polymorphism” ou polymorphisme de longueur de fragments de restriction
sequense de nucleodide reconnu par une enzyme de restriction pour le clivage.
Qu’est-ce qu’un VNTR?
“Variable number tandem repeats”
Qu’est-ce qu’un STR?
“Short tandem repeats”
Qu’est-ce qui fait partie des STR? (~satellites)
- minisatellites
- microsatellites
Qu’est-ce qu’un minisatellite?
Séquence répétée en tandem de longueur allant de 10 à 60 pb
Qu’est-ce qu’un microsatellite?
Courte séquence répétée en tandem (1-6 pb)
Dans les cas de mini et de microsatellite, à quoi correspond le polymorphisme?
Au nombre de répétitions
Sur quoi est basée l’identification individuelle faite par la police?
Selon les allèles de 13 loci STR
Les SNP couvrent ___% de la variation génétique observée chez l’humain
90%
On compte, en moyenne 1 SNP tous les ___ à ___ nucléotides dans le génome humain
100 à 300 nt
Que fait un SNP silencieux?
Aucun effet phénotypique, utile en tant que marqueur moléculaire
Que fait un SNP dans une région intergénique?
Aucun effet phénotypique, utile pour la cartographie des génomes
Qu’est-ce qu’un SNP fonctionnel?
SNP dont un allèle est à l’origine d’une maladie monogénique ou SNP influençant un caractère quantitatif (QTL)
La cartographie des chromosomes à l’ère du séquençage de génomes entiers est basée sur quelles deux notions?
- La notion d’haplotype
2. La notion du déséquilibre de liaison
Sur quoi la cartographie des chromosomes à l’ère du séquençage de génomes entier est basée? (autre que les notions)
Sur les études de populations et/ou d’arbres généalogiques (implique une composante bioinformatique)
Quelle est la définition générale de l’haplotype?
Ensemble d’allèles localisés sur un même chromosome et transmis ensemble à la progéniture en absence de crossing-over
Quelle est la définition pratique de l’haplotype?
Ensemble de SNPs observés sur un segement de chromosomes chez un individu (la séquence d’ADN peut être réduite aux variations pour simplifier)
Sous quelle forme les relations entre les haplotypes peuvent-t-elles être représentées?
Sous forme de réseau
Que permettent les réseaux (relations entre haplotypes)
Reconstructions historiques:
- migrations humaines
- origine des groupes ethniques
- domestication des plantes et animaux
Donnez un exemple de réseau haplotypique du chromosome Y d’hommes asiatiques
Star Cluster
(vient de Genghis Khan)
(8% des hommes asiatiques et 0,5% de tous les hommes)
Que confirme la génétique mitochondriale?
L’origine africaine de l’espèce humaine (ancêtre mitochondrial commun)
Quelles sont les raisons pour le séquençage complet du génome humain? (3)
- Afin de cartographier la variation génétique humaine
- Afin d’identifier des marqueurs associés avec des traits particuliers (maladies génétiques)
- Connaître l’évolution moléculaire des populations humaines
Quel était le but de “Whole-genome sequencing in French Canadians from Quebec”?
Créer une banque de données afin de cartographier les gènes responsables de maladies génétiques fréquentes dans la population
Que se passe-t-il si les fréquences observées des haplotypes n’égalent pas les fréquences attendues?
Les loci sont en déséquilibre de liaison:
ces loci sont localisés à proximité sur le chromosome
ou
ces loci ont été soumis à une forte pression de
sélection positive récente
Quel est le principe de base de la découverte de gènes codant pour des maladies héréditaires par étude des haplotypes et du déséquilibre de liaison? (5)
- Identifier les personnes touchées par la maladie
- Créer un groupe contrôle de personnes “saines”
- Établir les haplotypes des chromosomes pour des marqueurs moléculaires connus (SNPs)
- Procéder à une analyse par association
- le gène dont l’allèle muté détermine la maladie se trouve à proximité de ces marqueurs
Pourquoi ferait-on une analyse par association?
Pour déterminer les marqueurs moléculaires qui démontrent un déséquilibre de liaison dans les chromosomes de personnes malades (maladies héréditaires)
