Initiation à la génomique Flashcards
Qu’est-ce que la génomique?
C’est la branche de la génétique consacrée à l’étude de génomes entiers
Que caractérise la génomique structurale?
La nature physique de génomes entiers (séquence; relations phylogéniques)
Que caractérise la génomique fonctionnelle?
Le mode d’expression des gènes (transcriptome) et l’ensemble des protéines codées par ces gène (protéome; secrétome; interactome…)
Que permet l’hybridation in situ avec sonde fluorescente (FISH)?
Localiser rapidement un gène ou un marqueur moléculaire sur un chromosome particulier; permet de détecter des localisations anormales
Quelles sont les deux approches de séqençage de génomes?
- Par création d’une banque ordonnée de fragments génomiques et construction d’une carte physique
- Par séquençage direct de fragments d’ADN choisis de manière aléatoire et assemblage des séquences par ordinateur (approche “shotgun”)
Comment crée-t-on une banque d’ADN? (2)
- Collection de fragments d’ADN provenant d’un individu, d’un échantillon ou d’une espèce
- Chaque fragment d’ADN est inséré dans un vecteur (plasmide ou adaptateur de séquence connue)
Quelle est la stratégie de séquençage de fragments d’une banque ordonnée? (5)
- Création d’une banque d’ADN
- Séquençage de petites sections (STS) qui serviront de marqueurs
- Une carte virtuelle est bâtie en utilisant les STS
- On procède au séquençage de fragments choisis pour minimiser le séquençage total
- La séquence complète est assemblée par ordinateur
Quelles sont les étapes de la construction d’une banque ordonnée de fragments génomiques humains? (3)
- Tri des chromosomes par cytométrie en flux
- Clonage dans les chromosomes artificiels de levure (YACs) qui servent de vecteur
- Méthode pour déterminer l’ordre des fragments
- Déterminer, au hasard dans le génome, des courtes séquences de nucléotides
- Pour chaque insert de la banque génomique dans les YACs, déterminer quels STS y sont présents
- Bâtir une carte alignant les STS et les inserts génomiques (contigs) = carte physique
Quels sont les avantages et inconvénients de l’aproche ordonnée de séquençage?
A: Économise le séquençage de l’ADN, qui était beaucoup plus dispendieux à l’époque
I: Il faut beaucoup de temps pour l’étape de clonage dans les YACs, identification des STS et assemblage de la carte virtuelle
Quels sont les avantages et inconvénients de l’approche shotgun?
A: Plus rapide
I: Demande plus de séquençage, moins exhaustive (il reste des “trous” non séquencés)
Quelle est la stratégie de l’approche shotgun pour le séquençage d’un génome? (4)
- Fragmentation de l’ADN génnomique
- Clonage de fragments aléatoires dans une banque d’ADN
- Séquençage du plus grand nombre de fragments possible, choisis au hasard
- Assemblage virtuel des séquences qui se chevauchent en “contig” (séquences contiguës)
Grâce à quoi l’approche aléatoire est-elle de plus en plus utilisée? (2)
- Une capacité accrue des nouveaux modèles de séquenceurs
2. La mise au point de noveaux algorithmes bioinformatiques
Qu’est-ce qui nous différencie des souris? (2)
- Une utilisation plus fréquente de phénomènes d’épissage alternatif (un gène code pour plusieurs protéines)
- Une complexité croissante de réseaux régulateurs (les mécanismes qui décident quels gènes sont allumés et lesquels sont éteints)
Quel est le défi en génomique individuelle maintenant?
-L’interprétation (bioinfo, conseil génétique, éthique, etc.)
(plus la séquençage)
À quoi sert la génomique fonctionnelle?
- Bâtir des profils d’expression des gènes pour l’ensemble du génome dans diverses conditions physiologiques
- Identifier les motifs régulateurs responsables de cette expression (établir les réseaux régulateurs régissant la physiologie de l’espèce)
