Picornavirus Flashcards
Que signifie le nom picornaviridae ?
Pico = petit
RNA = génome d’ARN
viridae = famille
Donnez des exemples de virus faisant partie de la famille picornaviridae.
- Poliovirus
- Virus de l’hépatite A
- Virus de la fièvre aphteuse
- Entérovirus 71
- Rhinovirus
Quel était le premier virus animal découvert ?
FMDV
Classification de picornavirus.
- Classe : Pisoniviricetes
- Ordre : Picornavirales
- Famille : picornaviridae
Vrai ou faux : Les picornaviridae infectent une large gamme d’espèces vertébrés.
Vrai
Les picornavirus font partie de quel groupe de la classification de Baltimore ?
Groupe IV (ARN + … ARN - … ARNm)
Décrivez la structure des picornavirus.
- Capside non enveloppée
- Capside icosaédrique formée de 4 protéines VP1, VP2, VP3 et VP4 (interne)
- La surface est composée de plateaux en forme d’étoile et plusieurs canyons
La structure est similaire chez tous les picornavirus.
Quel est l’avantage de ne pas avoir une enveloppe ?
Le virus est plus résistant. Il est insensible aux solvants organiques.
Quel est le rôle de la VP4 ?
Cette protéine se trouve sur la surface interne de la capside et permet de stabiliser la capside et le génome.
Comment s’assemble la capside ?
Les 4 protéines VP s’assemblent pour former un protomère qui s’assemble avec d’autre protomères.
Quelles protéines déterminent le sérotype viral ?
L’extrémité C-terminale des protéines VP1-4
Décrivez la structure du génome.
- 7000 à 8000 pb
- Protéine VPg à l’extrémité 5’ du génome
- 5’-UTR très longue, contrôle la réplication du génome
- 1 ORF = 1 ARNm traduit et puis traité pour former les différentes protéines
- Extrémité 3’ impliquée dans le contrôle de la synthèse de l’ARN
- Queue poly-A ad 100 nt
Quelle est la première chose que font les picornavirus lorsqu’ils entrent dans une cellule ?
Traduction du génome.
Combien de temps dure le cycle de réplication des picornavirus ?
5 à 10 heures
Attachement du virus à la cellule.
- Fixation au récepteur de la membrane plasmique sur le virus (canyon ou plateau)
- Certains ont besoin d’un co-récepteur
Entrée du virus dans la cellule.
Le virus déclenche la voie endocytique de la cellule et entre par moyen d’une vésicule.
Libération du matériel génétique dans la cellule.
Dépend de l’espèce.
FMDV : le faible pH rencontré durant l’endocytose déclenche la libération de l’ARN
Poliovirus : Attachement du virus cause la transformation de la protéine A qui forme ensuite des pores dans la membrane
Traduction du génome des picornavirus.
- Utilisation du IRES dans la 5’-UTR agit comme une coiffe en 5’ pour permettre la liaison du ribosome
- S-U 40S du ribo est recrutée par eIF3
- eIF3 se lie à eIF4G (composé de eIF4A et eIF4E)
Rôle de eIF4A et eIF4E ?
- eIF4A : hélicase
- eIF4E : positionne la S-U 40S sur l’ARNm
Certains picornavirus clivent l’eIF4G. Conséquence ?
- Permet d’empêcher la traduction des ARNm de la cellule
- Cause plus de symptômes car met la cellule en mode panique
Vrai ou faux : les picornavirus synthétisent une polyprotéine.
Vrai. Elle est ensuite clivée pour former les différentes protéines
Rôles des 3 régions de la polyprotéine.
- P1 : protéines de la capside
- P2 : protéines associées à la transformation des protéines
- P3 : protéines impliquées dans la réplication du génome
Vrai ou faux : La polyprotéine est facilement observée chez les cellules infectées par un picornavirus.
Faux. Elle est clivée immédiatement après que les séquences des protéases sont traduites.
Vrai ou faux : la polyprotéine est traitée par auto-clivage.
Vrai.
Étapes de traitement de la polyprotéine.
- 2Apro clive P1 du reste de la polyprotéine
- 3Cpro et 3CDpro effectuent un clivage secondaire dans P1, P2 et P3
- VP0 s’auto-clive pour former VP2 et VP4
Caractéristiques de l’ARN polymérase virale.
- ARN pol ARN dépendante
- Structure de la main
- Site actif = paume
- Synthèse amorcée par VPg modifiée
Ratio entre la synthèse du brin + versus brin -
Brin + est synthétisé 30 à 70 fois plus que le brin -
Pourquoi la réplication cause-t-elle la destruction du Golgi et le RE ?
Les vésicules membranées doubles sont le site de la réplication de l’ARN viral (permet la protection). Ces organelles sont la source des vésicules.
Quelles protéines sont impliquées dans le transport des complexes de réplication dans l’appareil de Golgi et le RE ?
2C et 3AB
Comment la RdRp et le ribosome évitent-ils les collisions ?
- Les 2 procédés n’ont pas lieu en même temps.
- Les protéines qui stimulent la traduction dépendante de IRES sont clivées par la protéase virale 3Cpro
- La traduction est régulée à la baisse, les ribos sont retirés et la RdRp peut passer.
Rôle des protéines 2A, 2B, 2C, 2BC, 3AB et L.
- 2A : clive polyprotéine, stimule synthèse brin -
- 2B : stade précoce synthèse de la RdRp, formation de vésicules et libération des virions
- 2C : initie synthèse du brin - (travaille avec 2A). Est une hélicase.
- 2BC : formation de vésicules
- 3AB : ancre la VPg dans les membranes (amorce la synthèse de l’ARN)
- L : protéase, clive la polyprotéine
Comment la diversité est-elle introduite chez les picornavirus ?
- Taux d’erreurs très élevé (1/1000)
- Mauvaise incorporation des bases
- Polymérase incapable de réviser et corriger
- Erreurs = maximise la diversité et l’adaptabilité
- Recombinaison fréquente (proximité dans les vésicules)
- Template switching
Expliquez la signification de “quasi-espèce.”
Les populations existent sous forme de mélanges de plusieurs génomes différents.
Template switching
- Polymérase copie un des brins + en 3’
- Change de molécule d’ARN lors du recopiage.
- La copie formée est composée d’éléments du premier brin + et du deuxième brin +
- Déclenché par une pause de la polymérase après une erreur. La polymérase détecte qu’elle a commis une erreur mais ne peut pas la corriger. Elle bouge plus lentement après des erreurs.
Étapes d’assemblage des virions
- P1 est clivée par 3CDpro = VP0, VP1 et VP3
- 5 protomères (VP0, VP1 et VP3) se forment et s’assemblent en capsides vides
- VP0 clivé en VP2 et VP4 = particule infectieuse finale
- VP2 et VP4 augmentent la stabilité
Remplissage des capsides
- Mécanisme inconnu
- Théorie 1 : ARN est vissé dans la particule
- Théorie 2 : pentamères s’assemblent avec l’ARN
Quels sont les effets sur l’hôte d’une infection par un picornavirus ?
- Traduction de l’ARNm cellulaire arrêté en 2 heures
- Séquestration de l’ARNm cellulaire dans des granules de stress et des “p-bodies”
- Granules de stress sont désagrégés par les protéines virales durant les derniers stades de l’infection
- Trafic nucléoplasmatique inhibé par protéolyse des pores nucléaires
- Perturbation du transport des protéines sécrétoires
