EXAM 1 Flashcards
Les baleines sont infectées par quel type de virus ?
Calicivirus
Quel pourcentage de la matière particulaire océanique représentent les virus ?
94 %
Par quoi s’explique la résistance continuelle des virus aux traitements ?
Très grande fréquence de mutation et évolution constante (rapide).
Vrai ou faux ?
Il existe environ 125 génomes différents du VIH actuellement
FAUX
10¹⁶
Combien d’infections virales touchent l’humain chaque seconde
12
Une partie de notre génome est composé de séquences virales. Quel est le nom et environ quel pourcentage de notre génome ?
8.3% rétrotransposons LTR
Complétez la phrase suivante, donnez en la définition :
Un virus est un parasite _________ obligatoire.
intracellulaire
Ils sont inertes à l’extérieur de la cellule
Pour étudier en détail les virus, il faut nécessairement étudier ___________
l’organisme qu’ils infectent
complétez la phrase ci-dessous à partir des choix de mots suivants :
localement
régionalement
globalement
occasionnellement
fréquemment
Le côté parasite du virus est discutable _____________ et néfaste _____________
discutable globalement (pour l’hôte)
néfaste localement (pour la cellule)
Vrai ou faux ? L’étude de l’interaction entre les virus et les cellules hôtes a permis d’en apprendre beaucoup sur les virus, mais très peu sur les cellules hôtes.
Faux, des découvertes fondamentales sur les cellules hôtes ont été faites grâce à ces études
Donnez 4 exemples de découvertes fondamentales faites grâce à l’étude de l’interaction virus-hôte
Épissage de l’ARNm
Détails de réplication ADN
Rôle de la coiffe 5’ de l’ARNm
Mécanismes de régulation des gènes
Les acides nucléiques encodent l’information génétique
Le transfert horizontal des gènes
Les virus sont ils plus petits ou plus gros que:
1 : les composants cellulaires (protéines, lipides etc)
2 : les organites
plus gros que les composants cellulaires
Plus petits que les organites
Quelle est la particularité du mimivirus ?
Il est aussi gros que certaines cellules
Comment s’assemblent les virus pour la réplication ? Quelle est la différence avec le mode de réplication des bactéries ?
Par assemblage de composants pré formés en plusieurs particules. Ils ne font pas de fission binaire
A propos de l’âge des virus, quel lien peut-on faire entre l’herpès et sa présence chez les oiseaux ? (Quelle espèce l’herpès a t-il infecté dans le passé)
l’herpès a infecté les dinosaures
Par quoi peut on traduire virus en latin ? Pourquoi leur a t’on donné ce nom ?
liquide poison, parce qu’on ne savait pas qu’il s’agissait d’un organisme (et non d’une toxine)
Quel est un avantage de la petite taille des virus ?
permet une infection plus rapide et réduit les chances de se faire consommer par un microbe
Pour quelle raison on délaisse de plus en plus l’espèce dans la classification des virus ?
Trop grande variété des virus
Associez ces termes de classification hiérarchiques :
1: -virales
2: -viridae
3: -virus
a)Famille
b)Ordre
c)Genre
1: -virale = Ordre
2: -viridae = Famille
3: -virus = Genre
Vrai ou faux ?
Les virus influencent les cycles biogéochimiques mondiaux
Vrai
Complétez :
Tous les virus doivent faire (l’) _______ qui est traduit par les ribosomes (d’/de) __________.
ARNm
de l’hôte
Complétez :
La science de ______________ a été établie par Edward Jenner en Angleterre avec ses expériences menées en 1790.
la vaccination
Dans quelle décennie a t’on produit les premières images de virus ?
a)1900
b)1920
c)1930
d)1940
c)1930
Nommez les critères de classification des virus (Se basent sur quoi) ?
6 critères
INDICE
——–
(le génome est important ici)
La nature du génome (ADN/ARN)
La taille du génome
La séquence du génome
La symétrie de la capside
Les dimensions du virion et de la capside
La présence ou non d’une membrane lipidique / d’une enveloppe
Au sujet de la classification des virus :
Nommez les 5 critères de classification propre à l’ARN
Simple brin
Double brin
Segmenté
Polarité positive
Polarité négative
Au sujet de la classification des virus :
Nommez les 4 critères de classification propre à l’ADN
Double brin
Simple brin
Circulaire
linéaire
Au sujet de la classification des virus :
Nommez les 3 critères de classification propre à la capside
Hélicoïdale
Icosaédrique
Complexe
remettre les 6 étapes du cycle infectieux dans l’ordre :
Encapsidation
Adsorption
Entrée et décapsidation
Réplication du génome
Relachement des virions
Synthèse des protéines virales
Adsorption
Entrée et décapsidation
Réplication du génome
Synthèse des protéines virales
Encapsidation
Relachement des virions
Lesquelles de ces découvertes sont attribuables à la recherche sur les phages :
1- Comment les protéines se replient
2 - Les acides nucléiques encodent l’information génétique
3 - Découverte du microbiote intestinal
2 - Élucidation de la recombinaison génétique
Tous sauf 3 (microbiote)
Complétez :
La recherche sur les phages a permis de démontrer l’évolution des organismes par le transfert _________________________
horizontal de gènes
Vrai ou faux (élaborez) :
La taxonomie des phages est demeurée constante dans le temps, les méthodes de classification des phages sont demeurées sensiblement les mêmes depuis leur découverte.
Faux !
Jusqu’à récemment, on classait par morphologie et autres propriété structurales. L’ancien système les classait selon 5 rang, on les classe maintenant selon 15 rangs.
La viromique a permis de démontrer que la similitude des phages est seulement visuelle.
La taxonomie des phages a été revue pour accorder plus d’importance au contenu génomique
Vrai ou faux :
Bien que les phages partagent tous le même ancêtre commun, les transferts de gène sont si fréquents qu’ils partagent peu de similitudes aujourd’hui
Faux, les phages n’ont aucun ancêtre commun
De quoi découle le haut degré de mosaïcisme retrouvé chez les phages
L’endémicité du transfert horizontal de gènes
Les phages ont ils un équivalent de l’ARNr 16s ? (gène universellement conservé chez les bactéries)
Non
Quel pourcentage de l’ensemble des gènes du génome doivent être identiques pour que deux phages soient considérés comme appartenant au même genre ?
plus de 70%
Quel pourcentage de l’ensemble des gènes du génome doivent être identiques pour que deux phages soient considérés comme appartenant à la même espèce ?
Plus de 95%
Complétez le shéma suivant en indiquant ce qui se trouve en [A] (comment sont divisés les rangs / critères de classification)
INDICE : Le roi au sommet porte une courone ornementée. Quel mot est synonyme d’ornement ?
EN A (De Domaine à Classe) : Repliement des protéines, motifs structuraux
Complétez le shéma suivant en indiquant ce qui se trouve en [B] (comment sont divisés les rangs / critères de classification)
EN B (De sous-embranchement à Famille) : Gènes de coeur et accessoires
Complétez le shéma suivant en indiquant ce qui se trouve en [C] (comment sont divisés les rangs / critères de classification)
En C (De Ordre à Genre) :
Pourcentage d’acides aminés partagés
Complétez le shéma suivant en indiquant ce qui se trouve en [D] (comment sont divisés les rangs / critères de classification)
EN D (De sous-famille à espèce):
Pourcentage de nucléotides partagés, SNPs
Complétez :
Les _____________ sont plus fidèles à la réalité que les arbres phylogénétiques.
réseaux
Environ combien de gènes sont nécessaires à la réplication ?
On cherche un intervale
hint : Diversité dramatique
de 4 (Enterobacteria phage Qbeta) à 700 (Bacillus phage G), grande diversité
Complétez :
Un virion peut produire plus de _____ descendants infectieux en ~1h
a)10
b)100
c)1000
d)10 000
b : 100
On croit qu’environ quel pourcentage de la lyse cellulaire bactérienne est attribuable aux phages ?
20-40%
Comment appelle t’on l’union du phage et de la cellule ?
Virocell
Quels sont les trois rôles du virion pour se répliquer ?
indice: similaire aux rôles d’une pompe à insuline ?
Protéger le génome des dangers environnementaux
Détecter son récepteur spécifique et s’y lier irréversiblement (adsorption)
Délivrer le génome du phage dans la cellule
Quels sont les deux rôles du génome dans le cycle de réplication ?
Échapper aux défenses de la cellule hôte
Réorienter la machinerie cellulaire vers la production des virions descendants
Pendant la phase de réplication, la transcription de gènes de l’hôte peut ______1________ et l’ADN hôte ___2____, alors que l’énergie produite par le métabolisme de l’hôte est _____3_______
être arrêtée
détruit
Dérobée par le phage
Vrai ou faux :
Les génomes de phages peuvent échanger mutuellement des segments génomiques avec le chromosome de l’hôte par recombinaison
Vrai
Combien de reproductions du génome du phage sont répliqués lors de la phase de réplication
entre 25 et 100
Complétez :
Dans la phase finale, les protéines sont assemblées en _____________, puis un ____________ est emballé dans chacune d’entre elles.
procapsides
génome
Cette étape se produit elle dans la phase de réplication ou dans la phase finale :
les protéines structurales sont synthétisées dans des nombres relativement exacts
Finale
Quel type de phage emprunte uniquement le cycle lytique ?
Phage virulent
Quel type de phage peut emprunter les cycles lysogéniques et lytiques ?
Phage tempéré
Retrouve t’on cette étape dans le cycle lysogénique, lytique ou les deux ?
L’ADN est répliqué, les protéines sont synthétisées et le tout est assemblé en virions
lytique
Retrouve t’on cette étape dans le cycle lysogénique, lytique ou les deux ?
L’ADN du phage s’intègre dans le chromosome bactérien
Lysogénique
Retrouve t’on l’étape ci-dessous dans le cycle lysogénique, lytique ou les deux ?
- Le prophage s’excise du chromosome bactérien
Lysogénique
Retrouve t’on cette étape dans le cycle lysogénique, lytique ou les deux ?
L’ADN du phage se circularise et entre dans le cycle
Les deux
Qu’est ce qu’un prophage ? Dans quel cycle se produit il
Un génome de phage inséré dans le chromosome de l’hôte, lysogénique
Comment appelle t’on une bactérie contenant un prophage ?
lysogène
Comment appelle t’on la relation entre un prophage et sa cellule hôte
lysogénie
Vrai ou faux :
Les phages tempérés commencent le cycle lytique immédiatement après l’infection
Faux
Quelle enzyme les phages tempérés synthétisent ils ? à quoi sert elle ?
Une intégrase
Permet l’insertion du génome dans le chromosome bactérien (recombinaison spécifique au site)
Donnez brièvement 3 caractéristiques d’une infection chronique productive (particularité, changements chez l’hôte, quels types de phage)
Réplication et libération des virions sans lyse
Chez l’hôte, changements phénotypiques : formation de biofilms, augmentation de la pathogénicité de l’hôte (toxines)
Par les inoviridae (phages filamenteux)
Qui suis-je :
Je suis souvent causé par des conditions défavorables de croissance de la cellule. Le génome viral n’intègre pas le chromosome bactérien, il demeure simplement dans la cellule, sans se répliquer. Il se produit une transmission asymétrique à une cellule fille
Hint : son préfixe est aussi utilisé pour parler du nom d’un bloggeur
Pseudolysogénie (chez certains phages tempérés)
Comment les phages communiquent ils pour décider entre cycle lytique ou lysogénique ? Comment cela fonctionne il
indice: Soccer
par la libération d’un peptide, arbitrium, se liant aux cellules hôtes et pénétrant dans les cellules non infectées. Sa concentration demeure donc élevée lorsqu’il y a peu de cellules disponibles pour l’infection, ce qui dicte aux phages de choisir le cycle lysogénique afin de ne pas épuiser les cellules hôtes.
Au contraire, une concentration faible d’arbitrium indique que le nombre de cellules hôtes disponibles est élevé (peptide est entré dans la cellule donc concentration exterieur faible). Le phage se dirigera donc vers le cycle lytique.
complétez la phrase avec la sous famille :
Tous les _______ sont virulents et ne sont capables QUE du cycle lytique
hint pour s’en rappeler : le début sonne similaire à la phrase d’Un vidéo virulent d’un party de fête douteux au début des années 2000 : “enweille _____ continue comme ça”
Tevenvirinae
Les fibres longues de la queue du bactériophage se lient elles réversiblement ou irréversiblement à la surface de la cellule ?
réversiblement
Les fibres courtes de la queue du bactériophage se lient elles réversiblement ou irréversiblement à la cellule ?
irréversiblement
Chez T4, quel est un avantage du regroupement des gènes aux fonctions associées
Facilite la régulation précise
l’ADN de T4 contient une base modifiée, de quelle base s’agit il et quels sont les avantages qu’elle confère ?
HMC, protège l’ADN viral des restrictions de l’hôte
Permet de distinguer ADN viral de l’ADN de l’hôte pour dégrader ADN hôte
Vrai ou faux :
Par rapport aux autres virus, le virion T4 est peu complexe.
FAUX.
Très complexe : il possède à la fois une
symétrie icosaédrique et
hélicoïdale
Au sujet de la symétrie de T4 : Complétez (tête et/ou queue) :
La _______ possède une symétrie icosaédrique
La _______ possède une symétrie hélicoïdale
tête icosaédrique
queue hélicoïdale
Complétez :
Chaque virion contient ______% du génome de T4
103
Vrai ou faux :
Chez T4, le décalage du génome de façon circulaire fait en sorte que le point de départ est identique pour chaque virus d’une même population.
Faux, diffère pour chaque virus
Vrai ou faux :
T4 possède de multiples origines de réplication
Vrai
T4 est il un virus à ADN ou ARN ?
ADN
Chez T4 : Quelle protéine virale se fixe à la surface de la cellule au cours de l’adsorption ? À quoi se lie t’elle ? (2 réponses)
gp37
Les LPS et les protéines OmpC (pores)
Complétez :
Lors de l’adsorption, chez T4, le virion se déplace sur la surface de la cellule jusqu’à ce qu’au moins ______ de ses fibres soient fixées.
3 (trois)
complétez :
Chez t4, après la fixation des fibres à la cellule, les fibres ______ ______ associées à la plaque __________ sont libérées de leur position repliée et se lient de manière irréversible avec les ____ de l’hôte.
2 premieres ; Les fibres (1) ______ (2) longues/ courtes.
Chez t4, après la fixation des fibres à la cellule, les FIBRES CAUDALES COURTES associées à la plaque BASALE sont libérées de leur position repliée et se lient de manière irréversible avec LES LPS de l’hôte.
Lors de la fixation de T4, la plaque basale passe d’une forme à une autre. Passe t’elle ?
a)d’une forme en étoile à une forme hexagonale
b)d’une forme hexagonale à une forme en étoile
c)d’une forme hexagonale à une forme circulaire
d)d’une forme hexagonale à une forme octogonale
B) d’une forme hexagonale à une forme en étoile
Quel est le rôle de la protéine étalon de la queue chez T4 ?
Lors de l’injection, elle se rétracte pour permettre la sortie de l’ADN viral, en ajustant la quantité au fur et à mesure. Cette entrée progressive permet de protéger le génome des enzymes de restriction
Complétez cette phrase au sujet de l’expression des gènes de T4 :
Elle est ________ contrôlée (très/peu)
et __________________ ordonnée
On cherche elle est ordonnée relativement à quoi
Hint : c’est un adverbe
Très controlée
Temporellement ordonnée
Vrai ou faux :
L’ARN polymérase de l’hôte est impliquée dans le cycle de réplication de T4 directement dans son état d’origine grâce aux mécanismes d’adaptation rapides du phage.
FAUX :
Elle est impliquée, MAIS modifiée par T4 tout au long du cycle
Complétez :
L’ARN polymérase est formée de _____ sous unité(s) ⍺, _______ sous unité(s) β, et _______ sous unité(s) β ‘ qui forment le noyeau de l’enzyme
2 sous unités alpha
1 beta
1 beta prime
Est ce que la séparation des brins d’ADN se trouve au niveau des sous unités ⍺, β ou β’ de l’ARN polymérase ?
alpha
Quelle sous unité est le site actif de l’ARN polymérase ?
Beta
Qui suis-je ?
Je permet la fixation de l’ARN polymérase au promoteur
La sous unité (facteur) sigma
Quelle sous unité la protéine Alt modifie t’elle? à quel moment ?
Aussi : Que favorise t’elle ?
C’est une protéine injectée pendant la transcription précoce. Elle modifie la sous unité alpha de ARNpol pour favoriser l’activité des promoteurs T4
Quelle est l’action de la protéine Alc sur l’ARNpol ?
hint : HMC est ignoré
Elle oblige l’ARNpol à cesser la transcription de l’ADN contenant la cytosine.
Les gènes précoces sont ils transcrits en sens horaire ou anti horaire ?
anti
Quelles protéines sont impliquées dans la transcription intermédiaire (T4) ? Que font elles ?
MotA et AsiA
Elles modifient le facteur sigma pour initier la transcription des promoteurs de gènes intermédiaires
Donnez trois choses (et fonctions) codées par les gènes intermédiaires de T4
- Nucléases dégradant ADN de l’hote
- ADNpol dépendante de l’ADN
- Protéines modifiant ARNpol de l’hote
Pour initier la transcription tardive, les produits de deux gènes sont nécessaires. Lesquels ?
a) 35 et 33
b) 55 et 35
c) 33 et 55
d) 30 et 50
33 et 55
Que fait la protéine 33 ?
sur quelle sous unité ? conséquence ?
Elle modifie l’ARNpol au niveau de la sous unité beta, afin qu’elle ne puisse plus se lier à l’ADN de l’hote
Vrai ou faux :
La protéine 55 est un facteur sigma
Vrai
Les gènes tardifs sont ils transcrits dans le sens horaire ou anti horaire ?
horaire
Au sujet des fragments d’Okasaki:
L’amorce d’ARN est synthétisée par la ____________ d’ARN
primase
Comment explique t’on la présence de répétitions aux deux extrémités de la séquence / la raison pour laquelle deux phages n’ont pas les mêmes répétitions ?
Pendant l’assemblage des virions, le long concatémere est poussé dans la tête jusqu’à ce qu’elle soit pleine (103%), puis clivé . Il arrive qu’un gène soit coupé en plein milieu (Non fonctionnel)
L’empaquetage de l’ADN dans la tête est fait par quelle protéine ?
Packasome
Vrai ou faux:
l’empaquetage de l’ADN s’effectue sans énergie, ses mécanismes sont encore méconnus
Faux, utilise de l’ATP
L’assemblage des structures du phage se produit dans quel ordre ?
Structures principales en simultané et celles ci sont assemblées lorsque formées
Vrai ou faux, au sujet des T4:
La séquence complète dans chaque virus est la même
Vrai, ne sont pas dans le même ordre de départ et de fin mais la séquence est pareille une fois circularisé
Quelles sont les 4 phases de la réplication de T4 (noms seulement)
1: adsorption et entrée du matériel génétique
2: Synthèse des Acides nucléiques des virions et des protéines
3: Assemblage des virions
4: Libération des virions
Quelles sont les deux protéines impliquées dans la lyse et leur rôle
Holine : faire des trous dans la membrane
Lysozyme de T4 : dégrade le peptidoglycane
T4 lyse E coli quand un certain nombre de virions se sont accumulés. Combien ?
150
