Outils Et Techniques Flashcards
À quoi sert le RNA-seq?
Technologie qui utilise le séquençage à haut débit pour identifier et quantifier les ARNs transcrits du génome à un moment donné
Quelles sont les étapes du RNA-seq?
1- Extraction d’ARN total
2- Purification et isolation des ARN spécifiques
Soit
- Poly-A selection
- Ribo-depletion
- Size selection
Quelles sont les étapes de préparation d’une librairie ?
1) PolyA+ RNA capturé
2) RNA fragmenté et promoteur
3) Premier brin ADN synthétisé
4) Un deuxième brin d’ADN synthétisé
5) 3’ terminaison adénylé et 5’
terminaison repairé
6) DNA sequençage adaptateur lié
7) Fragments liés PCR amplifié
Comment détecter les circARN?
Les circARN sont formés par épissage alternatif de pré-ARNm dans lequel un accepteur d’épissage en amont est joint à un donneur d’épissage en aval (backsplicing)
La RNase R permet de digérer les ARN linéraires ou circARN?
ARN linéaires
Quelles sont les étapes du RIP-seq?
1- anticorps se colle sur la séquence
2- Immunoprécipitation
3- Préparation d’une librairie de séquençage
4- Voir où est situé la modification
Est-ce que la technique de RIP-seq permet de déterminer quel est le type d’ARN?
Oui avec un anticorps spécifique avec RBP- et la protéine A/G
Comment est utilisé la technique CLIP?
Méthode qui combine le cross-link par UV avec l’IP afin d’analyser les intéractions des protéines avec l’ARN
Quelles sont les étapes pour la technique iCLIP?
1- Protéines fixés sur ARN 2- Immuniprécipitation avec anticorps 3- Dégradation avec K 4- Reverse transcriptase avec primeurs contenant deux adaptateurs et barcode 5- Fragment par truncation 6-Circularisation avec site de restriction 7- Linéarisation 8- PCR
À quoi sert la technique CLIP?
Savoir quel ARN et où il est situé
À quoi sert la technique Northern blot?
Méthode utilisée pour détecter et mesurer des molécules d’ARN spécifiques parmi un mélange d’ARN.
Qu’est-ce que fait la technologie RNAscope?
Amplifie un signal spécifique de la cible avec un ratio signal/bruit de fond supérieur à 400x pour la détection de molécule d’ARN
À quoi sert la technologie RNAscope/BaseScope?
Savoir où et la quantité d’ARN
Quelles sont les différences entre le RNAscope et BaseScope?
RNAscope :
Expression gènes standard
Minimum 3 paires de sondes
Hautement sensible
BaseScope :
Expression de séquences spécifiques
1 paire de sondes
Ultra sensible
À quoi sert la technologie BaseScope?
Détection de variants, de points de mutation, de circARN
Détection de molécules uniques