Outils Et Techniques

Question 1

À quoi sert le RNA-seq?

Answer 1

Technologie qui utilise le séquençage à haut débit pour identifier et quantifier les ARNs transcrits du génome à un moment donné

Question 2

Quelles sont les étapes du RNA-seq?

Answer 2

1- Extraction d’ARN total
2- Purification et isolation des ARN spécifiques

Soit

• Poly-A selection
• Ribo-depletion
• Size selection

Question 3

Quelles sont les étapes de préparation d’une librairie ?

Answer 3

1) PolyA+ RNA capturé
2) RNA fragmenté et promoteur
3) Premier brin ADN synthétisé
4) Un deuxième brin d’ADN synthétisé
5) 3’ terminaison adénylé et 5’
terminaison repairé
6) DNA sequençage adaptateur lié
7) Fragments liés PCR amplifié

Question 4

Comment détecter les circARN?

Answer 4

Les circARN sont formés par épissage alternatif de pré-ARNm dans lequel un accepteur d’épissage en amont est joint à un donneur d’épissage en aval (backsplicing)

Question 5

La RNase R permet de digérer les ARN linéraires ou circARN?

Answer 5

ARN linéaires

Question 6

Quelles sont les étapes du RIP-seq?

Answer 6

1- anticorps se colle sur la séquence
2- Immunoprécipitation
3- Préparation d’une librairie de séquençage
4- Voir où est situé la modification

Question 7

Est-ce que la technique de RIP-seq permet de déterminer quel est le type d’ARN?

Answer 7

Oui avec un anticorps spécifique avec RBP- et la protéine A/G

Question 8

Comment est utilisé la technique CLIP?

Answer 8

Méthode qui combine le cross-link par UV avec l’IP afin d’analyser les intéractions des protéines avec l’ARN

Question 9

Quelles sont les étapes pour la technique iCLIP?

Answer 9

1- Protéines fixés sur ARN 
2- Immuniprécipitation avec anticorps
3- Dégradation avec K
4- Reverse transcriptase avec primeurs contenant deux adaptateurs et barcode
5- Fragment par truncation 
6-Circularisation avec site de restriction
7- Linéarisation 
8- PCR

Question 10

À quoi sert la technique CLIP?

Answer 10

Savoir quel ARN et où il est situé

Question 11

À quoi sert la technique Northern blot?

Answer 11

Méthode utilisée pour détecter et mesurer des molécules d’ARN spécifiques parmi un mélange d’ARN.

Question 12

Qu’est-ce que fait la technologie RNAscope?

Answer 12

Amplifie un signal spécifique de la cible avec un ratio signal/bruit de fond supérieur à 400x pour la détection de molécule d’ARN

Question 13

À quoi sert la technologie RNAscope/BaseScope?

Answer 13

Savoir où et la quantité d’ARN

Question 14

Quelles sont les différences entre le RNAscope et BaseScope?

Answer 14

RNAscope :
Expression gènes standard
Minimum 3 paires de sondes
Hautement sensible

BaseScope :
Expression de séquences spécifiques
1 paire de sondes
Ultra sensible

Question 15

À quoi sert la technologie BaseScope?

Answer 15

Détection de variants, de points de mutation, de circARN

Détection de molécules uniques

Question 16

À quoi sert la technique Ribo-seq?

Answer 16

Permet d’identifier l’emplacement des sites de début de traduction, les ORF traduits dans une cellule ou un tissu, la distribution des ribosomes sur un ARNm et la vitesse de traduction des ribosomes.

Question 17

À quoi sert le Western Blot?

Answer 17

Permet la détection et l’identification de protéines spécifiques dans un échantillon biologique à l’aide d’anticorps dirigés contre les protéines d’intérêts.
Possibilité de regarder des modifications post-traductionnelles des protéines.

Question 18

Qu’est-ce que la technique Co-IP?

Answer 18

Un complexe protéique peut être isolé d’une mixture de protéines en utilisant un anticorps qui est spécifique d’une protéine du complexe.

Question 19

Qu’est-ce que l’immunofluorescence?

Answer 19

Technique d’immunomarquage qui utilise des anticorps pour détecter une protéine spécifique dans la cellule, par émission de fluorescence

Question 20

À quoi sert l’immunofluorescence?

Answer 20

Permet de déterminer la présence/absence d’une protéine, mais aussi sa localisation dans la cellule ou le tissu analysé.

Question 21

Vrai ou Faux

Il existe un seul type d’immunofluorescence soit direct

Answer 21

Faux.

Direct et indirect

Question 22

Qu’est-ce que la technique d’immunohistochimie?

Answer 22

Technique d’immunomarquage qui utilise des anticorps pour détecter une protéine spécifique dans la cellule.

Question 23

Quelle est l’étape 3 de l’immunohistochimie?

Answer 23

L’anticorps secondaire est biotinylé et la biotine va réagir avec un complexe composé d’avidine et de biotine.

Question 24

À quoi sert la technique de spectrométrie de masse?

Answer 24

Technique physique d’analyse permettant de détecter et d’identifier des molécules d’intérêt par mesure de leur masse.

Question 25

Qu’est-ce que fait la spectrométrie de masse?

Answer 25

Les protéines sont digérées en différents fragments peptidiques, les peptides sont séparés en fonction de leur masse.

Question 26

Qu’est-ce que la technique FRET?

Answer 26

Une paire FRET consiste en un donneur et un accepteur. Paire FRET est sélectionnée pour que le spectre d’absorption de l’accepteur chevauche le spectre d’émission du donneur.
Lorsque deux protéines appropriées sont à proximité, il y a un transfert d’énergie et émission de lumière.

Question 27

Quelles sont les utilisations du FRET?

Answer 27

• L’intéraction de 2 protéines
• Le clivage de la protéine
• La liaison d’un ligand
• L’activation d’une protéine