Outils Et Techniques Flashcards
À quoi sert le RNA-seq?
Technologie qui utilise le séquençage à haut débit pour identifier et quantifier les ARNs transcrits du génome à un moment donné
Quelles sont les étapes du RNA-seq?
1- Extraction d’ARN total
2- Purification et isolation des ARN spécifiques
Soit
- Poly-A selection
- Ribo-depletion
- Size selection
Quelles sont les étapes de préparation d’une librairie ?
1) PolyA+ RNA capturé
2) RNA fragmenté et promoteur
3) Premier brin ADN synthétisé
4) Un deuxième brin d’ADN synthétisé
5) 3’ terminaison adénylé et 5’
terminaison repairé
6) DNA sequençage adaptateur lié
7) Fragments liés PCR amplifié
Comment détecter les circARN?
Les circARN sont formés par épissage alternatif de pré-ARNm dans lequel un accepteur d’épissage en amont est joint à un donneur d’épissage en aval (backsplicing)
La RNase R permet de digérer les ARN linéraires ou circARN?
ARN linéaires
Quelles sont les étapes du RIP-seq?
1- anticorps se colle sur la séquence
2- Immunoprécipitation
3- Préparation d’une librairie de séquençage
4- Voir où est situé la modification
Est-ce que la technique de RIP-seq permet de déterminer quel est le type d’ARN?
Oui avec un anticorps spécifique avec RBP- et la protéine A/G
Comment est utilisé la technique CLIP?
Méthode qui combine le cross-link par UV avec l’IP afin d’analyser les intéractions des protéines avec l’ARN
Quelles sont les étapes pour la technique iCLIP?
1- Protéines fixés sur ARN 2- Immuniprécipitation avec anticorps 3- Dégradation avec K 4- Reverse transcriptase avec primeurs contenant deux adaptateurs et barcode 5- Fragment par truncation 6-Circularisation avec site de restriction 7- Linéarisation 8- PCR
À quoi sert la technique CLIP?
Savoir quel ARN et où il est situé
À quoi sert la technique Northern blot?
Méthode utilisée pour détecter et mesurer des molécules d’ARN spécifiques parmi un mélange d’ARN.
Qu’est-ce que fait la technologie RNAscope?
Amplifie un signal spécifique de la cible avec un ratio signal/bruit de fond supérieur à 400x pour la détection de molécule d’ARN
À quoi sert la technologie RNAscope/BaseScope?
Savoir où et la quantité d’ARN
Quelles sont les différences entre le RNAscope et BaseScope?
RNAscope :
Expression gènes standard
Minimum 3 paires de sondes
Hautement sensible
BaseScope :
Expression de séquences spécifiques
1 paire de sondes
Ultra sensible
À quoi sert la technologie BaseScope?
Détection de variants, de points de mutation, de circARN
Détection de molécules uniques
À quoi sert la technique Ribo-seq?
Permet d’identifier l’emplacement des sites de début de traduction, les ORF traduits dans une cellule ou un tissu, la distribution des ribosomes sur un ARNm et la vitesse de traduction des ribosomes.
À quoi sert le Western Blot?
Permet la détection et l’identification de protéines spécifiques dans un échantillon biologique à l’aide d’anticorps dirigés contre les protéines d’intérêts.
Possibilité de regarder des modifications post-traductionnelles des protéines.
Qu’est-ce que la technique Co-IP?
Un complexe protéique peut être isolé d’une mixture de protéines en utilisant un anticorps qui est spécifique d’une protéine du complexe.
Qu’est-ce que l’immunofluorescence?
Technique d’immunomarquage qui utilise des anticorps pour détecter une protéine spécifique dans la cellule, par émission de fluorescence
À quoi sert l’immunofluorescence?
Permet de déterminer la présence/absence d’une protéine, mais aussi sa localisation dans la cellule ou le tissu analysé.
Vrai ou Faux
Il existe un seul type d’immunofluorescence soit direct
Faux.
Direct et indirect
Qu’est-ce que la technique d’immunohistochimie?
Technique d’immunomarquage qui utilise des anticorps pour détecter une protéine spécifique dans la cellule.
Quelle est l’étape 3 de l’immunohistochimie?
L’anticorps secondaire est biotinylé et la biotine va réagir avec un complexe composé d’avidine et de biotine.
À quoi sert la technique de spectrométrie de masse?
Technique physique d’analyse permettant de détecter et d’identifier des molécules d’intérêt par mesure de leur masse.
Qu’est-ce que fait la spectrométrie de masse?
Les protéines sont digérées en différents fragments peptidiques, les peptides sont séparés en fonction de leur masse.
Qu’est-ce que la technique FRET?
Une paire FRET consiste en un donneur et un accepteur. Paire FRET est sélectionnée pour que le spectre d’absorption de l’accepteur chevauche le spectre d’émission du donneur.
Lorsque deux protéines appropriées sont à proximité, il y a un transfert d’énergie et émission de lumière.
Quelles sont les utilisations du FRET?
- L’intéraction de 2 protéines
- Le clivage de la protéine
- La liaison d’un ligand
- L’activation d’une protéine
