Différentes Classes De Protéines Flashcards
Quels sont les 3 types de gènes?
- Gènes codants
- Gènes non codants
- Pseudogènes
Quel type de gène contient un cadre ouvert de lecture ou séquence codante?
Gène codant
Quel type de gène contient un décalage de cadre et/ou un ou plusieurs codons d’arrêt qui perturbent l’ORF?
Peuvent être transcrits ou pas
Pseudogènes
De Quels évènements peuvent provenir les différents ARNms?
Épissage alternatif
Utilisation de promoteurs alternatifs
Évènement de polyadénylatuon alternatifs
Évènements d’édition
Vrai ou faux
Les ARNs annotés comme ncRNAs contiennent un CDS?
Faux
Vrai ou faux
Les ARNs de pseudogènes sont systématiquement annotés comme IncARN, même s’ils contiennent des ORFs plus grand que 100 codons
Vrai
Quels sont les 3 types de protéines de référence?
Protéines canoniques
Protéformes
Isoformes
Qu’est-ce qu’une protéine canoniques?
Provient de la traduction d’un ARNm et la séquence codante de référence est l’ORF le plus long
Qu’est-ce qu’un isoforme?
Provient d’un même gène
Issues de la diversité au niveau des transcrits : épissage l, promoteur, polyadénylation alternative
Différent par l’absence de certains acides aminés
Plus courte—> manque des bouts
Qu’est-ce qu’un protéoforme?
Provient d’un même gène, possède des modifications post-traductionnelles différentes : phosphorylation, polymorphisme, mutation et possèdes mutations ou des SNPs
Par quelle méthode les protéoformes peuvent être détecté?
Spectrométrie de masse
Vrai ou faux
Généralement, on ajoute la séquence avec la variation génétique à la séquence de référence pour pouvoir détecter les 2 types de protéines : Avec Ou San polymorphisme
Vrai
Vrai ou faux
Un ARNm mature peut contenir plusieurs ORFs?
Vrai
Vrai ou faux
Les ORFs alternatifs sont forcément plus grands que les ORFs annotés?
Faux. Ils sont forcément plus petits.
Les protéines alternatives sont-elles des isoformes ou des protéines différentes?
Protéines différentes
Comment se nomme la structure ayant le transcriptome dans un ribosome?
Translatome
Quelles sont les étapes du Ribo-seq?
1- Digestion RNAse1 et purification des monosomes (sauf ce qui est dans le ribosome)
2-Purification des ARNs protégés donc enlève les ribosomes mais laisse intact les séquences codantes.
3-Séquençage
4-Analyse des données
5-Nombre de lectures sur les sites d’initiation protégés
Quelles sont les 3 stratégies pour détecter les nouvelles protéines ou variants?
1- On utilise tout le transcriptome théorique (base de données énormes) Ok pour petits génomes
2- On utilise le transcriptome exprimé —> Personnalisation . On élimine donc tous les gènes non exprimés par séquençage (RNAseq)
3-Protéogénonique avec profilage des ribosomes : on ne prend en compte que les ORFs traduits (bonne pour tous les génomes)
À quoi sert la protéogénomique?
Elle permet de capturer tout le potentiel codant et d’améliorer les annotations des gènes.
Ça prend plus ou moins d’énergie pour la cellule de faire des nouveaux gènes au lieu des protéines alternative?
Plus d’énergie.
Les séquences codantes alternatives sont-elles toutes traduites?
NON! Une fraction correspond probablement à des ORFs aléatoires.
