Différentes Classes De Protéines

Question 1

Quels sont les 3 types de gènes?

Answer 1

• Gènes codants
• Gènes non codants
• Pseudogènes

Question 2

Quel type de gène contient un cadre ouvert de lecture ou séquence codante?

Answer 2

Gène codant

Question 3

Quel type de gène contient un décalage de cadre et/ou un ou plusieurs codons d’arrêt qui perturbent l’ORF?
Peuvent être transcrits ou pas

Answer 3

Pseudogènes

Question 4

De Quels évènements peuvent provenir les différents ARNms?

Answer 4

Épissage alternatif
Utilisation de promoteurs alternatifs
Évènement de polyadénylatuon alternatifs
Évènements d’édition

Question 5

Vrai ou faux

Les ARNs annotés comme ncRNAs contiennent un CDS?

Answer 5

Faux

Question 6

Vrai ou faux
Les ARNs de pseudogènes sont systématiquement annotés comme IncARN, même s’ils contiennent des ORFs plus grand que 100 codons

Answer 6

Vrai

Question 7

Quels sont les 3 types de protéines de référence?

Answer 7

Protéines canoniques
Protéformes
Isoformes

Question 8

Qu’est-ce qu’une protéine canoniques?

Answer 8

Provient de la traduction d’un ARNm et la séquence codante de référence est l’ORF le plus long

Question 9

Qu’est-ce qu’un isoforme?

Answer 9

Provient d’un même gène
Issues de la diversité au niveau des transcrits : épissage l, promoteur, polyadénylation alternative
Différent par l’absence de certains acides aminés
Plus courte—> manque des bouts

Question 10

Qu’est-ce qu’un protéoforme?

Answer 10

Provient d’un même gène, possède des modifications post-traductionnelles différentes : phosphorylation, polymorphisme, mutation et possèdes mutations ou des SNPs

Question 11

Par quelle méthode les protéoformes peuvent être détecté?

Answer 11

Spectrométrie de masse

Question 12

Vrai ou faux
Généralement, on ajoute la séquence avec la variation génétique à la séquence de référence pour pouvoir détecter les 2 types de protéines : Avec Ou San polymorphisme

Answer 12

Vrai

Question 13

Vrai ou faux

Un ARNm mature peut contenir plusieurs ORFs?

Answer 13

Vrai

Question 14

Vrai ou faux

Les ORFs alternatifs sont forcément plus grands que les ORFs annotés?

Answer 14

Faux. Ils sont forcément plus petits.

Question 15

Les protéines alternatives sont-elles des isoformes ou des protéines différentes?

Answer 15

Protéines différentes

Question 16

Comment se nomme la structure ayant le transcriptome dans un ribosome?

Answer 16

Translatome

Question 17

Quelles sont les étapes du Ribo-seq?

Answer 17

1- Digestion RNAse1 et purification des monosomes (sauf ce qui est dans le ribosome)
2-Purification des ARNs protégés donc enlève les ribosomes mais laisse intact les séquences codantes.
3-Séquençage
4-Analyse des données
5-Nombre de lectures sur les sites d’initiation protégés

Question 18

Quelles sont les 3 stratégies pour détecter les nouvelles protéines ou variants?

Answer 18

1- On utilise tout le transcriptome théorique (base de données énormes) Ok pour petits génomes

2- On utilise le transcriptome exprimé —> Personnalisation . On élimine donc tous les gènes non exprimés par séquençage (RNAseq)

3-Protéogénonique avec profilage des ribosomes : on ne prend en compte que les ORFs traduits (bonne pour tous les génomes)

Question 19

À quoi sert la protéogénomique?

Answer 19

Elle permet de capturer tout le potentiel codant et d’améliorer les annotations des gènes.

Question 20

Ça prend plus ou moins d’énergie pour la cellule de faire des nouveaux gènes au lieu des protéines alternative?

Answer 20

Plus d’énergie.

Question 21

Les séquences codantes alternatives sont-elles toutes traduites?

Answer 21

NON! Une fraction correspond probablement à des ORFs aléatoires.