Omics

Question 1

Hvad er genomics?

Answer 1

Studiet af en organismes genom (totale arvemasse)

Question 2

Hvad er transcriptomics?

Answer 2

Analyse af global genekspression på mRNA-niveau

Question 3

Hvad er proteomics?

Answer 3

Analyse af global genekspression på protein niveau

Question 4

Nævn to mobile genetiske elementer

Answer 4

Insertion sequence (IS)
Pathogenicity island

Question 5

Hvad er en insertion sequence?

Answer 5

Kort DNA sekvens som opfører sig som en simpel transposable element

Question 6

Hvad er en pathogenicity island

Answer 6

En serie af continuere gener i patogene mikroorganismer, som bestemmer virulence, tilegnet ved HGT

Question 7

Hvad er et transposable element?

Answer 7

DNA sekvens som kan ændre dets position i et genom

Kan skabe eller reversere mutationer og ændre cellens genetiske identitet og genomets størrelse

Question 8

Hovrdan er det bakterielle genom dynamisk?

Answer 8

Kan reducere genom ved deletion events

Kan erhverve sig gener ved HGT

Kan ændres ved mutation, omgruppering i genomet

Question 9

Hvad bruges mikrorarrays til?

Answer 9

Nyttige til bakteriel identifikation og sammenligning af genomprofiler

Question 10

Hvad sker der ved RNAseq?

Answer 10

RNA reversen transkriberes til cDNA, som sekventeres (Illumina)

Antallet af ”reads” på en given position er et udtryk for den transkriptionelle aktivitet

Question 11

Hvad er proteomanalyse baseret på?

Answer 11

Massespektrometri

Question 12

Hvad bruges tn-seq (transposon sekventering) til?

Answer 12

Identificere virulensgener

Undersøge geners ekspression på RNA og protein niveau samt deres rolle i infektion

Question 13

Hvad er de fire trin i tn-seq?

Answer 13

1. Inaktivér bakteriens gener med transposon – selektér for mutanter på antibiotikaplader
2. Mix et stort antal transposon mutanter (bibliotek), således at alle gener er repræsenteret
3. Test bibliotek under relevante betingelser – i forsøgsdyr, serum, urin, galde, syre, anaerobt, etc.
4. Isolér overlevende bakterier og sekventér regionen, hvor transposon er indsat

Question 14

Hvad identificeres overlevende mutanter i tn-seq?

Answer 14

1. Oprens total DNA
2. Skær med Mmel - giver 16 pb flankerende sekvens
3. Påsæt DNA adapter
4. PCR amplifikation
5. Sekventering
6. Mapping af sekvenser på genomet

Question 15

Hvad er virulensgener?

Answer 15

Sygdomsfremkaldende bakterier har særlige egenskaber som skyldes ekstra gener – virulensgener

Question 16

Hvor finder man ofte virulensgener?

Answer 16

på mobile genetiske elementer og kan udveksles imellem forskellige bakterier (HGT)

Question 17

Hvad sker der ved Entero hæmolytisk E. coli? (EHEC)

Answer 17

Medfører dysenteri og hæmolytisk-uremisk syndrom (HUS)

Virker ved specifik deaminering af ribosomalt RNA (N-glykoidase)

Defekte ribosomer medfører celledød

Question 18

Hvilket toksin har vi med at gøre ved Entero hæmolytisk E. coli? (EHEC)

Answer 18

Shigatoksin produceres af Shigella og EHEC

Består af to subunits, A og B

Toksinet holdes inaktivt i bakterien selv ved blokering af det aktive site

Question 19

Hvad gør infektion af Entero hæmolytisk E. coli? (EHEC) så farlig?

Answer 19

Ekstremt lav infektionsdosis; omkring 10 bakterier er nok!
Inkubationstid: 3-4 dage

Kan foresage hæmolytisk uremisk syndrom (HUS) karakteriseret ved nyesvigt og nedbrydning af røde blodlegemer

Question 20

Hvad er type 3 sekretionssystemet (injectisome)?

Answer 20

Protein appendage found in gram-negative bacteria

Kontaktafhængig levering af proteiner

Question 21

Hvad bruges type 3 sekretionssystemet til?

Answer 21

I patogene bakterier bruges den nåle lignende stuktur til at detekterer tilstedeværelsen af eukaryote organismer og udskiller proteiner som hjælper bakterien med at inficere dem, ved at hjælpe bakterien med at overleve og undslippe immunrespons

Question 22

Hvor findes T3SS generne?

Answer 22

Ligger på kromosomale ”pathogenicity islands” eller plasmider og transmitteres ved horisontal gen-transfer