Genomics i klinisk mikrobiologi

Question 1

Hvad er standardmetoder inden for mikrobiologi?

Answer 1

Dyrkning

- Isolering af isolat, identifikation, klassifikation, rendyrkning, resistens mønster

Question 2

Hvad benyttes PCR til?

Answer 2

Påvisning af mikroorganismer i kliniske prøver

Question 3

Hvad benyttes Genotyping til?

Answer 3

Adskiller bakterielle isolater af den samme art.
Primært anvendt i udbrudskontrol

Non-sequence-based
- PFGE!

Sequence-based
- MLST!

Question 4

Hvad menes der med omvendt vaccinologi?

Answer 4

Identifikation af potentielle antigene epitoper (proteiner) som kan bruge som vaccine kandidater
(Det mikrobielle genom koder for det komplette antigene repertoire)

Question 5

Hvad skal man overveje ved design af dyrkningsmidler?

Answer 5

99 % af mikroorganismer fra vores omgivelser kan ikke dyrkes med standard teknikker

Ved at kende det metabolske potentiale, kan et optimalt medie så fremstilles

Question 6

Hvad er WGS og hvad kan det bruges til?

Answer 6

Whole Genomes Sensing

• Udbruds kontrol og epidemiologiske undersøgelser
• Transmission af hospitals associerede infektioner – hospital infektions kontrol
• Identifikation af udbrudskilder

Question 7

Hvad er pangenomics?

Answer 7

Den totale genetisk information for en bakteriel art

Question 8

Hvad er metagenomics?

Answer 8

• Analyse af genomisk DNA fra polymikrobielle prøver

Question 9

Hvad er en Fylogenetisk analyse?

Answer 9

Evolutionen af en genetisk relateret gruppe af organismer