Nukleorūgštys

Question 1

Of the elements below, two are more abundant in living organisms than in earth's crust. What are these two elements?
Iron
Silicon
Oxygen 
Calcium
Nitrogen

Answer 1

O, N

Question 2

Genas

Answer 2

DNR dalis, koduojanti biologiškai aktyvaus produkto sintezę

Question 3

geno produktas gali būti

Answer 3

RNR arba baltymas

Question 4

fosfodiesterinio ryšio susidarymas

Answer 4

Vieno nukleotido ribozės C3’-OH grupė esteriniu ryšiu sujungta su kito nukleotido C5’ fosfato grupe

Question 5

RNR, DNR sekos skaitymo kryptis

Answer 5

5’ -> 3’

Question 6

inozinas

Answer 6

nukleozidas, aptinkamas tRNR, turi hipoksantino heterociklinę bazę

Question 7

KOkie atomai sudaro glikozidinį ryšį?

Answer 7

purinų bazės N9, pirimidinų N1, ribozės C1

Question 8

Atsiradus abaziniam taikiniui, koks nukleotidas dažniausiai įjungiamas komplementariai?

Answer 8

C, nes apurininės liekanos kilmė dažniausiai G

Question 9

Galimi bazių pakeitimo efektai (modifikacijų rezultatas)

Answer 9

 Tylinčios (“silent”) mutacijos: nepasikeičia
aminorūgštis
 Gali sumažėti baltymo raiška
 “Missense” mutacijos: aminorūgštis pasikeičia į kitą
 Baltymo atliekama funkcija gali sutrikti
 “Nonsense” mutacijos: “Stop” kodono atsiradimas
 Gaminamas trumpesnis baltymas, jo atliekama
funkcija dažniausiai sutrinka

Question 10

DNR inžinerijos fermentai

Answer 10

 Nukleazės: nukleorūgščių hidrolizė  Polimerazės: nukleorūgščių sintezė
 Ligazės: kovalentiškas nukleorūgščių sujungimas
 Kinazės: fosfato prijungimas prie nukleorūgšties (fosforilina/defosforilina)
 Fosfatazės: fosfato pašalinimas nuo nukleorūgšties (dažniausiai tik į vieną pusę – defosforilinimas)

Question 11

Restrikcijos endonukleazės

Answer 11

Rerstriktazės, nes restriction – apribojimas. Atrastos kaip bakterijų dviejų genų kasetė, kuri atsakinga už bakteriofagų dauginimosi apribojimą.
 EcoRI – restrikcijos nukleazių klasika. Skelia palikdama 4 nukleotidų lipnų galą
 5‘ galą iškiša (kairėj apačioj)
 PvuII nepalieka lipnių galų (hidrolizė bukais galais – DNR fragmentai neturi iškišų)

Question 12

Polimerazės :)

Answer 12

 Nuo DNR priklausomos DNR polimerazės (replikatyvinės - užtikrina genetinės info. padauginimą)
 Nuo DNR priklausomos RNR polimerazės (transkripcinės - užtikrina RNR sintezę nuo DNR)
 Nuo RNR priklausomos DNR polimerazės (atvirkštinės transkriptazės) - užtikrina, kad RNR viruso genomas paverčiamas į DNR ir gali integruotis į žmogaus ląstelės chromosomas (genetinę medž.)
 Nuo RNR priklausomos RNR polimerazės (replikatyvinės ir transkripcinės - nelabai aptinkamos žmogaus ląstelėse, būdingi RNR genomo virusams)

Question 13

DdDp aktyvumai

Answer 13

 5’-3’ DNR polimerazinis aktyvumas
 3’-5’ egzonukleazinis aktyvumas
 5’-3’ egzonukleazinis aktyvumas
 Atvirkštinės transkriptazės aktyvumas (nuo RNR sintetinama DNR)

Question 14

esminiai dalykai, reikalingi DdDp

Answer 14

PRADMUO, deoksiribonukleozidtrifosfatai

Question 15

PGR ETAPAI

Answer 15

 NR denatūracija – 95 C
 Pradmens hibridizacija (“annealing”) - 40-65 C
 DNR sintezė (pradmens pratęsimas, “extension”) - 72 C
Pradmens hibridizacija – pradmens prilyginimas (ant išlydytos DNR).
Žemiausia PGR ciklo temp. Dedamas didelis perteklius, kad pradmenys atrastų komplementarias sekas grandinėse, o pradinės grandinės nesuliptų atgal.
72 C – polimerazei optimali veikimo temp.

Question 16

Kas įgalina DNR sekoskaitą?

Answer 16

tai, kad DNR - LINIJINĖ struktūra

Question 17

Maxam-Giulbert sekoskaita

Answer 17

Metodo esmė – radioaktyviai žymėta pilno ilgio DNR chemiškai modifikuojama ir hidrolizuojama penkiose atskirose cheminėse reakcijose. Kiekviena reakcija specifinė atskirai bazei ar bazės tipui.
(esminiai principai – radioaktyvus žymėjimas; cheminis modifikavimas. TIESIOGINIS atpažinimas)

Question 18

Sanger sekoskaita

Answer 18

 Fermentinė DNR sintezė selektyviai terminuojama ties norima baze, naudojant dideoksiribonukleotidus.
 Susidaro įvairaus ilgio DNR molekulės, kurių 5‘ galas yra vienodas, o 3‘ galai skiriasi.
 DNR ilgį nulemia nukleotido, ties kuriuo DNR polimerazė buvo sustabdyta, pozicija.
Dideoksinukleozidtrifosfatai (ddNTP):
 Nukleotidų analogai, kurie ribozės 3‘ pozicijoje neturi -OH grupės.
 Įjungus juos į DNR, sintezė terminuojama (negali tęstis), nes nėra kur
prijungti kito nukleotido.
Principai: DNR sintetinama; naudojami nukleozidų analogai, kurie terminuoja sintezę. Atpažįstama MATRICA (komplementari bazė)

Question 19

Kas įgalina nukleorūgščių erdvines struktūras?

Answer 19

nukleorūgščių paslankumas
 Šeši „fosfodiesteriniai“ ryšiai (kampai alfa- eta) – nuo 5‘ iki galo. Užtikrina fosforibozinį karkasą.
 Penki ribozės ryšiai (kampai 𝜐O -𝜐4)
 Glikozidinis ryšys Χ

Question 20

kaip įjungiamos kitos iRNR modifikacijos (5’ kofaktoriai)?

Answer 20

pradedant iRNR sintezę, transkripcijos metu

Question 21

kada vyksta 7-metilguanozin-5’-trifosfato prijungimas prie iRNR?

Answer 21

post transliaciškai, kai iRNR bręsta

Question 22

Dominuojanti post-transliacinė žinduolių iRNR modifikacija? KOkią funkciją atlieka?

Answer 22

N6-metiladenozinas

Įgalinamas genetinio kodo praplėtimas (valdomas modifikavimas)

Question 23

Nekoduojančios RNR, slopinančios genų ekspresiją post-transkripciniame lygmenyje

Answer 23

miRNR (koduojama endogeniškai) ir siRNR (koduojama ir endogeniškai, ir egzogeniškai)

Question 24

RNR struktūros profiliavimas

Answer 24

Remiamasi skirtingu endonukleazių gebėjimu hidrolizuoti skirtingose vietose (arba dvigrandininį rajoną, arba nesuporuotą). Svarbu erdvinės struktūros nustatymui.