Baltymai Flashcards
Which of the following amino acids should have the greatest conformational flexibility of its side chain? Lysine Alanine Proline Cysteine
Lysine
Lysine has the longest side chain of the above amino acids. Because Proline is an imino acid, it has very restricted side chain conformational flexibility.
Kur ramachandran skirsnyje bus kilpų regionai?
Visose zonose, nes kilpoje aminorūgštis gali įgyti bet kokią psi ir phi kampų kombinaciją, jei ji stereochemiškai toliaruojama
Why is an aqueous solvent so important for protein folding?
Water (and the aqueous solvent generally) is crucial for the hydrophobic effect. The collapse of the hydrophobic core of the protein is entropically favored by the solvent.
Why are there a limited number of protein folds in nature?
Proteins of highly divergent sequence can still adopt the same fold. correct
It is likely that there are a limited number of stable, functional protein folds; nature utilizes most of them. correct
Why are there a limited number of protein folds in nature?
Proteins of highly divergent sequence can still adopt the same fold. correct
It is likely that there are a limited number of stable, functional protein folds; nature utilizes most of them. correct
Antrinę struktūrą labiausiai stabilizuojantis ryšys
vandenilinis
What statement best describes how chaperones perform their function?
They prevent intermolecular hydrophobic interactions while the protein folds. It is important to remember that the main function of chaperones is to prevent unwanted intermolecular hydrophobic interactions!
Keli peptido peptidinio ryšio atomai yra vienoje plokštumoje?
6 C(alfa)-CO-NH-C(alfa +1)
Kampas phi
Kampas phi aprašo sukimąsi apie kovalentinį ryšį N->C(alfa)
Kampas psi
Kampas psi aprašo sukimąsi apie kovalentinį ryšį C(alfa)->C
Ramachandran skirstymas
Psi ir phi kampų pasiskirstymas
superantrinė struktūra/motyvas
Dažnai baltymuose pasikartojančios struktūros
vadinamos superantrine struktūra arba motyvais
Tai yra alfa spiralės ir beta juostos derinys, sudarytas susijungiant kilpoms arba linkiams
Cinko pirštai
Aptinkami DNR surišančiuose baltymuose, trankripcijos faktoriuose (lemia, kokie genai bus labiau išreikšti) ;
Cys2His2 - cinkas koordinuotas dviejų histidinų ir cisteinų
Leucino užtrauktukas
Alfa spiralės sąveikauja HIDROFOBINĖMIS sąveikomis ir apsiveja viena kitą. Leidžia stabilizuoti ilgas struktūras (sujungia į dimerą – transkripcijos faktorių monomerų sujungimas į dimerą, kuris taip gali atpažinti ilgesnius DNR sekos rajonus)
disulfidinių tiltelių susidarymas ląstelės viduje ir išorėje
Ląstelės viduje – redukuojanti aplinka, išorė – oksiduojanti. T.y. disulfidiniai tilteliai formuosis ląstelės išorėje